2014.1.1. 개정된「지방세법」의 부칙(일반적 경과규정)을 적용하여 개정 전 「지방세법」의 규정에 따라 지방소득세 산출세액에서 조특법상 세액공제액을 차감하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 OOO일대에서 AAA 조성사업을 시행하였으며, 2012년 7월 OOO로 지정받아 당시 시행중이던 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제121조의9에 따라 2014사업연도 법인세 산출세액에서 OOO원을 감면받았다.
• 나. 청구법인은 2014사업연도 법인지방소득세를 신고납부하면서 법인세 세액공제를 적용하지 않고 법인세 과세표준과 동일한 금액을 과세표준으로 하여 산정한 법인지방소득세를 신고ㆍ납부하였다.
• 다. 청구법인은 2020.5.1. 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것, 이하 “개정 지방세법”이라 한다) 부칙 제15조의 일반적 경과규정에 따라 종전과 같이 이러한 법인세 감면세액(이하 “쟁점세액감면”이라 한다)에 상당하는 지방소득세를 법인지방소득세 산출세액에서 공제하여야 한다는 취지로 2014사업연도 법인지방소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 2020.6.25. 이를 거부하는 통지를 하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.9.17. 이의신청을 거쳐 2021.1.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 OOO 내에서 사업을 진행함에 따라 조특법의 규정에 따라 법인세를 감면받았다. 법인지방소득세에 대하여는 2014.1.1. 지방세법이 개정되면서 종전 법인세액의 10%를 과세표준과 세율로 적용하는 부가세 방식의 법인세분 지방소득세가 법인세 과세표준을 지방소득세의 과세표준으로 하는 독자적인 과세방식의 법인지방소득세로 전환되면서 청구법인은 2014사업연도 법인지방소득세 신고납부 시 법인세 세액공제를 적용하지 아니하였다. 그러나 개정 지방세법부칙 제15조에 따르면 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”고 규정하고 있고, 이 경과규정은 구법에 의하여 납세의무성립일 이전 납세자에게 부여된 신뢰를 보호하기 위한 특별규정으로써 2014년 이전에 OOO내의 사업에 대하여 법인세를 감면받았으므로, 이러한 법인세 감면세액에 상당하는 지방소득세액은 종전의 규정에 따라 2014년 사업연도 법인지방소득세에서 공제되어야 하는 것이 정당하다.
• 나. 처분청 의견 조특법 및 구 지방세법어디에도 법인세분 지방소득세에 대한 감면규정은 별도로 규정되어 있지 않으며, 조특법에 따라 법인세 결정세액이 감면되고 구 지방세법에서 법인세분 지방소득세를 그 법인세액의 10%를 과세표준과 세율로 하였기 때문에 법인세와 동일하게 세액감면의 효과를 볼 수 있었던 것이지만, 지방세법이 2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되면서 법인지방소득세가 종전 법인세 결정세액의 10%를 단순하게 징수하던 부가세 방식에서 독립세 방식으로 전환하여 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법제13조에 따라 계산한 금액, 세율은 지방세법103조의20에 규정하면서 지방세특례제한법등 지방세관련법에서 법인지방소득세에 대한 세액공제ㆍ감면 규정이 없는 이상 기존의 조특법에 따른 세액공제ㆍ감면은 적용하지 않게 되었으며, 조특법 제121조의9는 법인세의 세액감면을 규정하고 있고, 지방세관련법에서 법인지방소득세 감면에 대한 언급은 그 어디에도 없음에도 개정 전과 동일한 감면을 하여야 한다는 청구주장은 결국 개정 지방세법시행에도 불구하고 개정 전 지방소득세 과세표준(조세특례제한법에 의거 세액 감면된 법인세액)을 적용해달라는 것과 같다 할 것이다. 이러한 주장은 개정 지방세법부칙에서 “지방소득세에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다”고 명시하고 있고 이로써 개정 지방세법시행일인 2014년 1월 1일 이후부터 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 법인지방소득세에 대해서는 개정 지방세법에 따라 법인세의 과세표준을 지방소득세의 과세표준으로 적용하여야 한다. 또한, 조특법 제121조의9는 세액감면 등을 법인세에서 공제한다고 규정하고 있을 뿐이며, 구 지방세법상 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 과세표준으로 삼고 있었다고 하더라도 지방세와 법인세의 관계, 규정의 체계 및 내용 등에 비추어 볼 때, 위 조특법 규정을 통해 법인지방소득세에 대하여도 비과세 내지 감면을 명시적으로 규정하고 있었다고 보기는 어렵기 때문에 세액감면에 관하여 개정 지방세법부칙 제15조에 따라 구 지방세법및 조세특례제한법이 적용된다고 볼 수 없다. 대법원 판례는 “조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 부칙조항을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다 할 것이다”라고 해석하여 법령개정에도 불구하고 종전 규정이 적용되려면 그 법규가 향후 얼마 동안은 특별히 면제한다는 것을 명시적으로 정했어야 한다고 판시하였다. 따라서 개정 지방세법이 시행된 이후 청구법인이 한 법인지방소득세 신고납부행위에 대하여 종전 지방세법의 세액감면에 관한 규정은 없으므로 개정 지방세법부칙 제15조에 의하여 종전 지방세법의 세액감면에 관한 규정이 적용될 여지는 없으며, 개정 지방세법부칙 제15조의 경과규정을 적용한다 하여 종전 지방세법등에 적용할 근거 규정이 있지도 않은 세액감면 규정이 청구법인의 이 건 법인지방소득세 납세의무에 대하여 적용될 여지는 전혀 없으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 2014.1.1. 개정된지방세법의 부칙(일반적 경과규정)을 적용하여 개정 전 지방세법의 규정에 따라 지방소득세 산출세액에서 조특법상 세액공제액을 차감하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법률

(1) 조세특례제한법 제121조의9(제주투자진흥지구 또는 제주자유무역지역 입주기업에 대한 법인세 등의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 이 조, 제121조의11 및 제121조의12에서 "감면대상사업"이라 한다)을 하기 위한 투자로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 투자의 경우에 대해서는 제2항 및 제3항에 따라 법인세, 소득세, 취득세, 등록세 및 재산세를 각각 감면한다.

1. 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제217조에 따라 지정되는 제주투자진흥지구(이하 이 장에서 "제주투자진흥지구"라 한다)에 2012년 12월 31일까지 입주하는 기업이 해당 구역의 사업장에서 하는 사업

3. 제주투자진흥지구의 개발사업시행자가 제주투자진흥지구를 개발하기 위하여 기획, 금융, 설계, 건축, 마케팅, 임대, 분양 등을 일괄적으로 수행하는 개발사업

② 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 감면대상사업에서 발생한 소득에 대해서는 사업개시일 이후 그 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 그 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에 있어서 제1항 제1호 및 제2호의 경우에는 법인세 또는 소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을, 제1항 제3호의 경우에는 법인세 또는 소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에 있어서 제1항 제1호 및 제2호의 경우에는 법인세 또는 소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을, 제1항 제3호의 경우에는 법인세 또는 소득세의 100분의 25에 상당하는 세액을 각각 감면한다.

(2) 지방세법 (2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 이전의 것) 제85조(정의) 지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

4. “법인세분”이란 법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다. 제89조(세율) ①소득분의 표준세율은 다음과 같다. 구분 세율 소득세분 법인세분 소득세액의 100분의 10 법인세액의 100분의 10

② 지방자치단체의 장은 조례로 정하는 바에 따라 소득분의 세율을 제1항의 표준세율의 100분의 50의 범위에서 가감할 수 있다.

(3) 지방세법 (2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다. 제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다.

② 제1항에 따른 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 법인지방소득세 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다. ＜부 칙＞ 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2004년 8월에 개발사업계획 승인을 받아 AAA 조성사업을 추진하였고, 당해 사업지역은 2012년 7월 OOO로 지정받았다. (나) 개정 지방세법의 개정이유에는 “소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계”하기 위한 것으로 기재되어 있다. (다) 개정 지방세법이 발의되었을 당시 국회 행정안전위원회 전문위원이 작성한 검토보고서에 의하면, “구 지방세법 하에서 법인세 세액공제 및 감면에 연동하여 부가적으로 법인지방소득세도 세액공제․감면을 받았으나, 지방세법의 개정으로 더 이상 이와 같은 혜택이 유지되지 않는다. 법률 개정안이 지방소득세를 부가세에서 독립세 방식으로 전환하였으므로, 지방소득세에 대한 특례조항을 별도로 규정할 필요가 있어 개정안은 개인지방소득세에 관한 세액공제 등에 대하여는 새로이 지방세특례제한법 등에 옮겨 규정하였던 반면, 법인지방소득세에 관한 특례조항은 배제함으로써 법인에 대한 지방소득세의 과세를 강화하였다”는 취지로 기재하고 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 2014.1.1. 이후 법인지방소득세에서도 2014.1.1. 개정된 지방세법부칙 제15조에 따라 2014.1.1. 이전에 발생한 법인세 세액감면을 적용하여야 한다고 주장하나, 2014.1.1. 개정되기 전의 지방세법제85조 제4호에서는 법인세분이란 법인세법에 따라 납부하여야 할 법인세를 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다고 규정하고 있고, 종전 규정에서는 단순히 법인세법에 따라 산정된 납부세액을 지방소득세 과세표준으로 보아 법인세분 지방소득세를 산정하도록 하였을 뿐이고, 납부하여야 할 법인세액을 산정함에 있어서 구 조특법의 세액감면으로 인하여 지방소득세의 과세표준에 영향일 미칠 수는 있다고 하더라도, 이는 조특법상 세액감면에 관한 특례규정을 두고 있는데 기인한다 할 것이다. 그러나, 2014.1.1. 지방세법이 개정되면서 내국법인에 대한 지방소득세 과세표준을 법인세법제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준(조특법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정과 관련된 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 하도록 개정함에 따라 과세표준의 산정방식을 법인세 과세표준과 동일하게 산정하도록 규정하고 있으며, 이와 같이 과세표준의 산정방식을 납부하여야 할 법인세액에서 법인세 과세표준으로 개정하면서 법인세법상 세액감면과 관련된 규정은 모두 적용을 배제하는 형태를 갖추게 되었고, 이러한 지방소득세 과세표준 산정방식의 변경에 따라 개정된 이후의 사업연도에 발생한 세액감면의 경우에는 이를 지방소득세 과세표준에 적용되지 아니함에도, 그 이전에 발생한 세액감면을 그대로 적용하는 것은 개정 이후에 발생한 법인세 과세소득과 관련이 없는 세액감면액을 개정 이후의 사업연도에서 발생한 소득에 따른 지방소득세에서 차감하게 되는 결과를 초래하게 된다 할 것으로서, 이와 같이 납세의무 성립 시점과 관련이 없는 과거의 법인세 세액감면 규정을 개정 지방세법의 부칙 규정에 따라 개정 이후에 적용하기 위해서는 지방세법 및 지방세특례제한법에 특례 규정이 있는 경우에 한정하여 적용할 수 있다 할 것인데, 지방세법령에서 달리 법인의 OOO 내의 사업에 따른 세액감면과 관련하여 정한 바가 없으므로 법인세 세액감면에 따른 지방소득세 경감액을 개정된 지방세법부칙 제15조에 따라 감면하여야 한다는 청구주장은 인정하기 어렵다 할 것이므로, 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 별다른 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.