2014.1.1. 개정된 지방세법의 일반적 경과조치 및 신뢰보호의 원칙에 따라 그 개정 이후 사업연도의 법인지방소득세 산출세액에서 조특법상 이월공제세액 상당액을 공제하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2014사업연도의 법인지방소득세 OOO원을 신고․납부하였다가 2020.4.29. 법인지방소득세 산출세액에서 조세특례제한법상 연구․인력개발비세액공제 이월공제세액의 10%를 차감하여 2014사업연도 법인지방소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 처분청에 제기하였고, 처분청은 2020.6.24. 경정청구를 거부하였다.
• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2020.9.22. 이의신청을 거쳐 2021.1.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 일반적 경과조치는 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것이고, 그 내용 중 “종전의 규정”에는 지방세법뿐만이 아니라 조세특례제한법의 제반규정도 포함된다고 해석하는 것이 타당하므로, 조세특례제한법상 연구․인력개발비 세액공제액의 이월세액공제를 적용하여 법인지방소득세를 산정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 개정 지방세법에는 법인지방소득세에 대한 세액공제 및 세액감면에 관한 규정이 없고, 일반적 경과조치에서 언급한 종전 규정은 개정 지방세법이 시행될 당시에 이미 부과되었거나 감면이 종료된 경우 또는 감면의 요건이 완성된 경우를 가리키는 것으로 해석하는 것이 타당하므로, 법인지방소득세를 산정할 때에는 조세특례제한법상의 이월세액공제를 적용할 수 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 2014.1.1. 개정된 지방세법의 일반적 경과조치에 따라 그 개정 이후 사업연도의 법인지방소득세 산정시 조세특례제한법상 이월세액공제를 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법 (가) 2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것 제89조(세율) ① 소득분의 표준세율은 다음과 같다. 구분 세율 소득세분 법인세분 소득세액의 100분의 10 법인세액의 100분의 10 (나) 2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다. 제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다.(후문 생략) 부칙 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(2) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것) 제6조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(3) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.(각 호 이하 생략) 제144조(세액공제액의 이월공제) ① 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제126조의6, 제126조의7 제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(괄호 생략) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(괄호 생략) 또는 법인세에서 공제한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료의 내용은 아래와 같다. (가) 처분청의 경정청구 처리결과 공문에 따르면, 청구법인은 조세특례제한법상 연구․인력개발비 세액공제의 이월공제세액의 10%를 법인지방소득세 산출세액에서 차감하여 2014사업연도 법인지방소득세 OOO원의 경정청구를 하였고, 처분청은 지방세관계법에서 법인지방소득세에 관한 세액공제를 규정하고 있지 않다는 등의 사유로 경정청구를 거부한 것으로 나타난다. (나) 2014.1.1. 개정된 지방세법의 개정이유에는 “소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계”하기 위한 것으로 기재되어 있다. (다) 개정 지방세법에 대한 국회 행정안전위원회 전문위원의 검토보고서에는 “구 지방세법 하에서 법인세 세액공제 및 감면에 연동하여 부가적으로 법인지방소득세도 세액공제․감면을 받았으나, 지방세법의 개정으로 더 이상 이와 같은 혜택이 유지되지 않는다. 법률 개정안이 지방소득세를 부가세에서 독립세 방식으로 전환하였으므로, 지방소득세에 대한 특례조항을 별도로 규정할 필요가 있어 개정안은 개인지방소득세에 관한 세액공제 등에 대하여는 새로이 지방세특례제한법 등에 옮겨 규정하였던 반면, 법인지방소득세에 관한 특례조항은 배제함으로써 법인에 대한 지방소득세의 과세를 강화하였다.”는 내용이 기재하고 있다. (라) 2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 지방세특례제한법에서는 개인지방소득세에 대한 감면규정은 두고 있으나, 법인지방소득세에 대하여는 세액감면․세액공제 규정을 두고 있지 아니한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. 아래의 내용을 감안하면, 2014사업연도의 법인지방소득세는 종전의 규정이 아닌 납세의무 성립당시의 규정에 따라 산정함이 타당하고, 그러한 경우 법인지방소득세액 산정에 조세특례제한법상 이월세액공제는 적용되지 아니한다 할 것이므로, 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (가) 2014.1.1. 지방세법이 개정되기 전에는 법인지방소득세가 법인세의 부가세목으로서 법인세액에 10%를 곱하여 산정됨에 따라 법인세 감면이 법인지방소득세액의 감소로 이어지는 구조였다가, 2014.1.1. 개정으로 법인지방소득세가 별도의 독립세로 전환되면서 법인세의 세액공제․감면이 더 이상 법인지방소득세에 영향을 미치지 못하게 되었는데, 과거에 청구법인이 법인세 세액공제․감면을 통해 누렸던 법인지방소득세의 감세효과는 결과적․반사적 이익에 불과해 보인다. (나) 2014.1.1. 이후에 법인세 이월세액공제의 효과가 법인지방소득세 산정에 영향을 미치지 않게 된 것은 감면규정 그 자체와는 무관하게 법인지방소득세를 독립세로 전환한 데 따른 것인데, 법인지방소득세를 법인세의 부가세목으로 운영할 것인지 아니면 독립세로 전환할 것인지는 입법자의 선택에 따라 언제든지 바뀔 수 있는 입법정책의 문제일 뿐이므로, 법인지방소득세가 법인세의 부가세목으로 장래에 지속될 것이라는 청구법인의 믿음은 일반적 경과조치로 보호하여야 할 정도의 신뢰에 이르지 못한 단순한 기대에 불과해 보인다. (다) 지방세법제103조의22에서 법인지방소득세의 세액공제 및 감면에 관한 사항은지방세특례제한법에서 정하도록 하였으나, 지방세특례제한법에서는 개인지방소득세의 경우와 달리 법인지방소득세에 대한 세액공제 및 감면에 대한 규정을 별도로 두고 있지 아니하다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.