조세심판원 심판청구 법인세

① 지방자치단체로부터 위탁받은 사무를 수행하는 청구법인이 그 사무로 발생되는 주민세 재산분과 종업원분에 대하여 납세의무가 있는지 여부 및 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부 ② 처분청이 이 건 주민세에 대하여 청구법인에게 과세하지 않는다는 의사표시를 하는 등 비과세 관행이 성립된 것으로 볼 수 있는지 여부

사건번호 조심 2021지1337 선고일 2021-11-23 조세심판원

[요지]

① 청구법인은 자신의 책임과 계산으로 노인전문병원 사업을 영위한 사업주에 해당하므로 청구법인에게 이 건 주민세 납세의무가 없다는 청구주장을 받아들이기 어려움.. ② 청구법인이 주민세를 신고․납부하지 않음에 따라 처분청이 일정기간 단순히 주민세를 부과하지 않은 사정만으로는 처분청이 상당기간의 비과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 이 건 주민세에 대하여 비과세관행이 성립하였다고 보기 어려움.

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 재단법인 OOO(이하 “OOO”이라 한다) 소유의 OOO대 OOO㎡ 및 그 지상의 건물 가동을 OOO시장에게 기부채납하여 2002.6.25. 설립된 병원으로, 설립 이후 지방세법상 주민세 재산분 및 종업원분에 대한 납세의무자가 아니라고 보아 이를 신고․납부하지 아니하였다.
  • 나. 처분청은 2020년 9월 청구법인에 대하여 세무조사를 한 결과, 청구법인을 지방세법상 주민세 재산분 및 종업원분에 대한 납세의무자로 보아 2020.10.23. 청구법인에게 주민세 재산분 5건 OOO원(가산세 OOO원 포함), 주민세 종업원분 57건 OOO원(가산세 OOO원 포함) 합계 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 각 부과․고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.1.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 대구광역시 치매 및 노인전문병원 설치․운영조례에 따라 대구광역시의 사무를 위탁받았을 뿐, 청구법인의 업무는 대구광역시의 업무로서, 지방세법(2015.12.29. 법률 제13636호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제77조 제1항 제1호의 국가, 지방자치단체 및 지방자치단체조합에게는 주민세를 부과하지 않는다는 규정에 의하여 청구법인에게 주민세 납세의무가 없는 것으로 보아야 하는 점, 대구광역시와 OOO은 청구법인의 운영에 관한 위․수탁 계약을 체결하고 대구광역시가 청구법인의 운영을 OOO이 위탁한 점, 청구법인의 자산은 대구광역시가 소유하고 있고, 청구법인의 운영으로 생긴 이익금은 청구법인의 운영 및 시설에 재투자 하여야 할 뿐이며, 수탁법인인 OOO이 그 이익을 분배받을 수 없는 점, 대구광역시가 청구법인의 위탁사무에 대하여 사무감독 및 회계감독을 하고 있는 점 등을 종합하면, 청구법인은 그 설치 주체가 대구광역시이므로 그 운영수익의 귀속자는 위탁자인 대구광역시라 할 것이다. 따라서 청구법인은 이 건 가산세를 면제할 정당한 사유가 있으므로 처분청이 청구법인에게 이 건 가산세를 부과한 처분은 부당하다.

(2) 청구법인은 2002년 6월 경 병원 개원 후부터 2020년 9월 경 세무조사 전까지 18년 동안 청구법인이 주민세 납세의무자가 아님을 처분청 담당자에게 유선으로 확인하였고, 처분청은 한 번도 청구법인에게 주민세를 부과․고지한 사실이 없었던바, 이는 사실상의 비과세 상태가 장기간에 걸쳐 계속된 것으로서 주민세를 과세하지 않는다는 과세관청의 묵시적 의사 표시에 해당하므로 처분청이 청구법인에게 이 건 주민세를 과세한 것은 비과세관행의 요건에 반하는 행위로서 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고․납부 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정한 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지․착오 등은 그 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하는 것으로 볼 수 없다고 할 것이며, 주민세 재산분 및 종업원분은 신고․납부방식의 조세로서 원칙적으로 납세의무자 스스로 과세표준과 세액을 정하고 신고하는 행위에 의해 납세의무가 구체적으로 확정되는 조세라 할 것인바, 청구법인이 주민세를 신고․납부하여야 한다는 사실을 알지 못하였거나 그 안내를 받지 못하였다 하더라도 그러한 사실만으로 청구법인에게 가산세를 부과하지 아니하여도 될 만한 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

(2) 비과세관행이 성립하려면, 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재하고, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 할 것인바, 처분청은 명시적으로 비과세 의견을 표시한 바가 없고, 청구법인이 청구법인에게 이 건 주민세를 부과하지 않은 것은 단순 과세누락에 불과하므로 비과세관행이 성립되었다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁 점

① 지방자치단체로부터 위탁받은 사무를 수행하는 청구법인이 그 사무로 발생되는 주민세 재산분과 종업원분에 대하여 납세의무가 있는지 여부 및 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

② 처분청이 이 건 주민세에 대하여 청구법인에게 과세하지 않는다는 의사표시를 하는 등 비과세 관행이 성립된 것으로 볼 수 있는지 여부

  • 나. 관련 법령 등

(1) 지방세 기본법(2016.12.27. 법률 제14474호로 전부개정되기 전의 것) 제53조(가산세의 부과) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따른 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 지방세관계법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다. 제54조(가산세의 감면 등) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 그 가산세를 부과하지 아니한다.

(2) 지방세법(2015.12.29. 법률 제13636호로 개정되기 전의 것) 제74조(정의) 주민세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.

2. “재산분”이란 사업소 연면적을 과세표준으로 하여 부과하는 주민세를 말한다.

3. “종업원분”이란 종업원의 급여총액을 과세표준으로 하여 부과하는 주민세를 말한다.

4. “사업소”란 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사업 또는 사무가 이루어지는 장소를 말한다.

5. “사업주”란 지방자치단체에 사업소(매년 7월 1일 현재 1년 이상 휴업하고 있는 사업소는 제외한다)를 둔 자를 말한다.

6. “사업소 연면적”이란 대통령령으로 정하는 사업소용 건축물의 연면적을 말한다. 제75조(납세의무자) ② 재산분의 납세의무자는 매년 7월 1일 현재 과세대장에 등재된 사업주로 한다. 다만, 사업소용 건축물의 소유자와 사업주가 다른 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 건축물의 소유자에게 제2차 납세의무를 지울 수 있다.

③ 종업원분의 납세의무자는 종업원에게 급여를 지급하는 사업주로 한다. 제77조(비과세) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에 대하여는 주민세를 부과하지 아니한다.

1. 국가, 지방자치단체 및 지방자치단체조합 제83조(징수방법과 납기 등) ① 재산분의 징수는 신고납부의 방법으로 한다.

② 재산분의 과세기준일은 7월 1일로 한다.

③ 재산분의 납세의무자는 매년 납부할 세액을 7월 1일부터 7월 31일까지를 납기로 하여 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

④ 재산분의 납세의무자가 제3항에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니하면 제80조와 제81조에 따라 산출한 세액 또는 그 부족세액에 지방세기본법 제53조의2부터 제53조의4까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다. 제84조의6(징수방법과 납기 등) ① 종업원분의 징수는 신고납부의 방법으로 한다.

② 종업원분의 납세의무자는 매월 납부할 세액을 다음 달 10일까지 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

③ 종업원분의 납세의무자가 제2항에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니하면 제84조의2 및 제84조의3조에 따라 산출한 세액 또는 그 부족세액에 지방세기본법 제53조의2부터 제53조의4까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다.

(3) 대구광역시 노인전문병원 설치․운영 조례(2000.3.10. 대구광역시 조례 제3388호로 제정된 것) 제1조(목적) 이 조례는 치매 및 노인환자의 요양과 진료를 위하여 대구광역시 치매 및 노인전문병원(이하 “병원”이라 한다)을 설치하고 그 운영에 관하여 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다. 제4조(설치ㆍ운영) ① 대구광역시장(이하 “시장”이라 한다)은 병원을 설치·운영한다. 다만, 시장이 필요하다고 인정할 때에는 다음 각호의 1에 해당하는 자에게 10년이내의 기간을 정하여 병원을 위탁운영할 수 있으며, 특별한 경우를 제외하고는 재계약할 수 있다.

1. 의료법인(다만, 법인의 대표자는 병원급이상 의료기관을 3년이상 운영한 경력이 있는 자) 및 종합병원을 2년이상 운영한 경력이 있는 자

② 제1항의 규정에 의하여 병원의 운영을 위탁받은 자(이하 “수탁기관”이라 한다)는 시장의 지도·감독을 받아야 한다.

③ 병원의 운영은 독립채산제에 의하여 운영함을 원칙으로 한다.

⑥ 제5항의 경우 수탁기관은 시설공사의 설계서 및 의료장비 구입 등의 계획서를 작성하여 시장의 승인을 받아야 하며, 사업시행에 있어서 시장의 지도·감독을 받아야 한다. 이 경우에 시설공사 및 의료장비 구입 등의 대행으로 완공된 부동산이나 구입된 물품은 시장의 명의로 등기 또는 등재하여야 한다. 제7조(보고ㆍ감독) ① 시장은 병원을 운영하는 자 및 시설공사와 의료 장비 구입 등을 대행하는 자에게 필요한 사항에 대하여 보고를 명하거나, 관계공무원으로 하여금 병원의 운영상황 및 장부 등 기타 관계서류를 조사·검사하게 할 수 있다.

② 시장은 제1항의 조사·검사결과 시정하여야 할 사항이 있는 경우에는 필요한 조치를 하여야 한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) OOO시장은 2000년 5월 노인전문병원조례 제4조 제1항에 의해 위탁운영자 선정공고를 하여 OOO이 수탁자로 선정됨에 따라 OOO시장과 OOO은 2000.7.6. 아래 <표>와 같은 내용의 위․수탁협약서를 작성․날인하였는데 위․수탁협약서에 따르면, 청구법인의 시설 및 장비일체는 OOO시장 소유로 OOO은 위․수탁 기간 종료시 OOO시장에게 이를 반환하여야 하고(제11조), 병원운영은 독립회계로 하고 병원운영이익금은 병원 운영 및 시설에 재투자하도록 강제하고 있으며(제12조), OOO은 OOO시장에게 병원운영의 결산 등을 보고하여야 한다(제14조)고 명시되어 있다. <표> 위․수탁 협약서 주요내용 (나) OOO은 2001.7.16. OOO대 OOO㎡에 청구법인 건물 가동 및 나동을 착공하여 2002.6.15.과 2006.1.30. 각 사용승인을 받았고, 2002.9.17. OOO시장에게 위 병원부지의 56.7%(=3,580/6,285) 및 위 건물 가동을 기부채납하였다. (다) OOO은 2002.6.24. OOO소장으로부터 의료법제33조 제4항 및 같은 법 시행규칙 제27조 제3항에 따른 의료기관개설 허가를 받았는데, 의료기관의 개설자는 ‘재단법인OOO(BBB)’으로 되어 있다. (라) 청구법인은 2002.6.25. 개업하여 고유번호증OOO을 발급받았고, 2003.3.19. 국세기본법 제13조 제2항에 따라 법인으로 보는 단체로 신청을 하여 승인을 받았다. (마) 청구법인은 2016.12.31.을 기준으로 의사 8명, 간호사 40명을 고용하고 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 대구광역시의 사무를 위탁받았을 뿐, 청구법인의 업무는 대구광역시의 업무로서, 청구법인을 지방자치단체와 동일시 하여 청구법인에게 이 건 주민세 납세의무가 없고, 따라서 가산세를 면제할 정당한 사유가 있으므로 처분청이 청구법인에게 이 건 가산세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하나, 청구법인은 2003.3.19. 국세기본법제13조 제2항에 따라 법인으로 보는 단체로 승인받아 이른바 의제법인으로서의 지위를 부여받았으므로 OOO 및 OOO시장과는 다른 별개의 인격체인 점, 위․수탁 협약서에 의하면 청구법인의 운영은 독립회계로서 별도 계리하고 병원운영 이익금은 병원 운영 및 시설 재투자에만 사용되어야 하는 등 청구법인에서 발생한 수익이 대구광역시에 귀속된다고 볼만한 사정이 나타나지 않는 점, 청구법인이 직접 의사 및 간호사 등 필요한 인력을 고용하고 있는 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구법인은 자신의 책임과 계산으로 노인전문병원 사업을 영위한 사업주에 해당하므로 청구법인에게 이 건 주민세 납세의무가 없다는 청구주장을 받아들이기 어렵다. 또한, 정당한 사유의 존재에 대한 입증책임은 그 주장자인 납세자에게 있다할 것인바, 청구법인의 위와 같은 주장만으로는 청구법인에게 이 건 가산세를 면제할 정당한 사유가 있었다고 보기 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 이 건 주민세에 대하여 장기간에 걸쳐 비과세 상태를 유지한 것은 묵시적으로 비과세의 의사를 표시한 것으로 볼 수 있으므로 이미 비과세관행이 성립한 것이라고 주장하나, 비과세관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 비과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 하는 것(대법원 2002.11.8. 선고 2001두4849 판결, 같은 뜻임)인바, 청구법인이 주민세를 신고․납부하지 않음에 따라 처분청이 일정기간 단순히 주민세를 부과하지 않은 사정만으로는 처분청이 상당기간의 비과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 이 건 주민세에 대하여 비과세관행이 성립하였다고 보기 어렵다. (다) 따라서, 처분청이 청구법인에게 이 건 주민세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)