조세심판원 심판청구 소득세

2014.1.1. 개정된「지방세법」의 부칙(일반적 경과규정)을 적용하여 개정 전 「지방세법」의 규정에 따라 지방소득세 산출세액에서 조특법상 감면세액을 차감하여야 한다는 청구주장의 당부

사건번호 조심 2021지1325 선고일 2021-09-15 조세심판원

[요지] 납세의무 성립 시점과 관련이 없는 과거의 법인세 세액감면 규정을 개정 지방세법의 부칙 규정에 따라 개정 이후에 적용하기 위해서는 지방세법지방세특례제한법에 특례 규정이 있는 경우에 한정하여 적용할 수 있다 할 것인데, 지방세법령에서 달리 법인의 지방이전에 따른 세액감면과 관련하여 정한 바가 없으므로 법인세 세액감면에 따른 지방소득세 경감액을 개정된 지방세법부칙 제15조에 따라 감면하여야 한다는 청구주장은 인정하기 어렵다 할 것이므로, 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 별다른 잘못이 없는 것으로 판단됨

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 2014년 사업연도 법인지방소득세 신고 시 아래 <표>와 같이 법인지방소득세를 처분청별로 안분하여 신고납부하였다. <표> 처분청별 신고납부 내역 (단위: 원)

○○○

  • 나. 청구법인은 2020.4.29. 2019년도에 수도권 밖으로 공장을 지방이전함에 따라 조세특례제한법(법률 제9272호, 2008.12.26. 일부 개정된 것) 제63조의2 및 개정 조세특례제한법(법률 제12853호, 2014.12.23. 일부 개정된 것) 제63조의2(이하 “조특법”이라 한다)에 따라 7년간 법인세를 감면(이하 “쟁점세액감면”이라 한다) 받을 수 있었고, 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것, 이하 “개정 지방세법”이라 한다) 부칙 제15조의 일반적 경과규정에 따라 종전과 같이 이러한 쟁점감면세액에 상당하는 지방소득세를 법인지방소득세 산출세액에서 공제하여야 한다는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.6.17.〜24. 이를 거부하는 통지를 하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.9.14. 이의신청을 거쳐 2021.1.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장 청구법인은 2009년 법인의 공장시설 전부를 수도권과밀억제권역인 OOO시에서 OOO시로 이전한 바, 쟁점세액감면을 적용받을 수 있는 원인행위를 하였고, 조특법 제63조의2에 따라 세액감면 대상에 해당하여 2016년까지 법인세 감면을 적용받았다. 한편, 법인지방소득세에 대하여는 2014.1.1. 지방세법이 개정되면서 종전 법인세액의 10%를 과세표준과 세율로 적용하는 부가세 방식의 법인세분 지방소득세가 법인세 과세표준을 지방소득세의 과세표준으로 하는 독자적인 과세방식의 법인지방소득세로 전환되면서 청구법인은 2014사업연도 법인지방소득세 신고납부 시 쟁점세액감면을 적용하지 아니하였다. 그러나 개정 지방세법부칙 제15조에 따르면 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”고 규정하고 있고, 이 경과규정은 구법에 의하여 납세의무성립일 이전 납세자에게 부여된 신뢰를 보호하기 위한 특별규정으로써 2014년 이전에 원인행위를 하였던 법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우에 해당하여 감면받은 쟁점세액감면에 상당하는 지방소득세액은 종전의 규정에 따라 2014년 사업연도 법인지방소득세에서 공제되어야 하는 것이 정당하다.
  • 나. 처분청 의견 청구법인은 2009사업연도에 공장을 수도권 외의 지역으로 이전하여 조특법 제63조의2 감면규정을 적용받을 수 있었고, 개정 지방세법 부칙에 따라 개정 전의 지방세법을 적용하여 법인지방소득세도 동일하게 세액감면을 하여야 한다고 주장하고 있다. 그러나, 조특법 및 구 지방세법어디에도 법인세분 지방소득세에 대한 감면규정은 별도로 규정되어 있지 않으며, 조특법에 따라 법인세 결정세액이 감면되고 구 지방세법에서 법인세분 지방소득세를 그 법인세액의 10%를 과세표준과 세율로 하였기 때문에 법인세와 동일하게 세액감면의 효과를 볼 수 있었던 것이지만,지방세법이 2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되면서 법인지방소득세가 종전 법인세 결정세액의 10%를 단순하게 징수하던 부가세 방식에서 독립세 방식으로 전환하여 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법제13조에 따라 계산한 금액, 세율은 지방세법103조의20에 규정하면서 지방세특례제한법등 지방세관련법에서 법인지방소득세에 대한 세액공제ㆍ감면 규정이 없는 이상 기존의 조특법에 따른 세액공제ㆍ감면은 적용하지 않게 되었으며, 조특법 제63조의2는 법인세의 세액감면을 규정하고 있고, 지방세관련법에서 법인지방소득세 감면에 대한 언급은 그 어디에도 없음에도 개정 전과 동일한 감면을 하여야 한다는 청구주장은 결국 개정 지방세법 시행에도 불구하고 개정 전 지방소득세 과세표준(조세특례제한법에 의거 세액 감면된 법인세액)을 적용해달라는 것과 같다 할 것이다. 이러한 주장은 개정 지방세법 부칙에서 “지방소득세에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다”고 명시하고 있고 이로써 개정 지방세법 시행일인 2014년 1월 1일 이후부터 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 법인지방소득세에 대해서는 개정 지방세법 즉 법인세의 과세표준을 지방소득세의 과세표준으로 적용하여야 한다. 또한, 조특법 제63조의2는 세액감면 등을 법인세에서 공제한다고 규정하고 있을 뿐이며, 구 지방세법상 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 과세표준으로 삼고 있었다고 하더라도 지방세와 법인세의 관계, 규정의 체계 및 내용 등에 비추어 볼 때, 위 조특법 규정을 통해 법인지방소득세에 대하여도 비과세 내지 감면을 명시적으로 규정하고 있었다고 보기는 어렵기 때문에 세액감면에 관하여 개정 지방세법 부칙 제15조에 따라 구 지방세법및 조특법이 적용된다고 볼 수 없다. 대법원 판례는 “조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 부칙조항을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다 할 것이다”라고 해석하여 법령개정에도 불구하고 종전 규정이 적용되려면 그 법규가 향후 얼마 동안은 특별히 면제한다는 것을 명시적으로 정했어야 한다고 판시하였다. 따라서 개정 지방세법이 시행된 이후 청구법인이 한 법인지방소득세 신고납부행위에 대하여 종전 지방세법의 세액감면에 관한 규정은 없으므로 개정 지방세법 부칙 제15조에 의하여 종전 지방세법의 세액감면에 관한 규정이 적용될 여지는 없으며, 개정 지방세법 부칙 제15조의 경과규정을 적용한다 하여 종전 지방세법 등에 적용할 근거 규정이 있지도 않은 세액감면 규정이 청구법인의 이 건 법인지방소득세 납세의무에 대하여 적용될 여지는 전혀 없으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁 점 2014.1.1. 개정된지방세법의 부칙(일반적 경과규정)을 적용하여 개정 전 지방세법의 규정에 따라 지방소득세 산출세액에서 조특법상 감면세액을 차감하여야 한다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법률

(1) 조세특례제한법(법률 제9272호, 2008.12.26. 일부개정된 것) 제63조의2 (법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면) ① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 “수도권외 지역이전법인”이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면 받을 수 있다. 다만, 소비성서비스업, 대통령령으로 정하는 부동산업 및 건설업을 영위하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 수도권 과밀억제권역안에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 둔 법인일 것

2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2011년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나 수도권 밖에 2014년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2011년 12월 31일까지 보유하고 2011년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 이전계획서를 제출하는 경우에만 해당한다)

② 수도권외 지역이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공장을 이전한 경우에는 당해 공장에서 발생하는 소득

2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목중 작은 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득

  • 가. 당해 과세연도의 과세표준에서 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익을 차감한 금액
  • 나. 당해 과세연도 이전본사 근무인원이 이전 후에 받는 급여총액이 법인 전체인원이 받는 연간급여총액에서 차지하는 비율
  • 다. 해당 과세연도의 이전본사 근무인원이 법인전체 근무인원에서 차지하는 비율

3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 당해 과세연도의 소득금액을 한도로 한다.

(2) 조세특례제한법(법률 제12853호, 2014.12.23. 일부개정된 것) 제63조의2(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면) ① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "지방이전법인"이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업 및 소비성서비스업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 둔 법인일 것

2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2014년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2017년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2014년 12월 31일까지 보유하고 2014년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다)

② 지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득

2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목 중 작은 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득

  • 가. 해당 과세연도의 과세표준에서 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익 및 대통령령으로 정하는 소득을 뺀 금액
  • 나. 해당 과세연도의 이전(移轉) 본사 근무 인원이 이전 후에 근로를 제공함에 따라 발생한 급여 총액이 법인 전체 인원이 근로를 제공함에 따라 발생한 연간 급여 총액에서 차지하는 비율
  • 다. 해당 과세연도의 이전 본사 근무인원이 법인전체 근무인원에서 차지하는 비율

3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 해당 과세연도의 소득금액을 한도로 한다. <부칙>(2014.12.23.법률 제12853호로 일부개정된 것) 제21조(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면에 관한 적용례) ② 제63조의2 제2항 각 호 외의 부분의 개정규정은 이 법 시행 전에 공장 또는 본사를 이전한 경우에도 적용한다.

(3) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호) 제124조(수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면) ① 수도권과밀억제권역에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하는 중소기업(내국인만 해당한다)이 대통령령으로 정하는 바에 따라 수도권과밀억제권역 밖으로 그 공장시설을 전부 이전(본점이나 주사무소가 수도권과밀억제권역에 있는 경우에는 해당 본점이나 주사무소도 함께 이전하는 경우만 해당한다)하여 2014년 12월 31일까지 사업을 개시한 경우에는 이전 후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 6년(수도권정비계획법제6조 제1항 제2호의 성장관리권역, 같은 항 제3호의 자연보전권역, 수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도에는 개인지방소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 3년(수도권정비계획법 제6조제1항제2호의 성장관리권역, 같은 항 제3호의 자연보전권역, 수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 개인지방소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

② 제1항에 따라 감면을 적용받은 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 개인지방소득 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 개인지방소득세로 납부하여야 한다.

1. 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 그 사업을 폐업하는 경우. 다만, 합병·분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 공장을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하여 사업을 개시한 경우에 해당하지 아니하는 경우

3. 제1항에 따라 감면을 받는 기간에 수도권과밀억제권역에 제1항에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 같은 제품을 생산하는 공장을 설치하거나 본사를 설치한 경우

③ 제1항에 따라 감면받은 개인지방소득세를 제2항에 따라 납부하는 경우에는 제122조 제4항의 이자 상당 가산액에 관한 규정을 준용한다.

④ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액감면신청을 하여야 한다.

⑤ 제1항을 적용받으려는 중소기업은 대통령령으로 정하는 분류를 기준으로 이전 전의 공장에서 영위하던 업종과 이전 후의 공장에서 영위하는 업종이 같아야 한다.

(4) 지방세법 (2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 이전의 것) 85조(정의) 지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

4. “법인세분”이란 법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다. 제89조(세율) ①소득분의 표준세율은 다음과 같다. 구분 세율 소득세분 법인세분 소득세액의 100분의 10 법인세액의 100분의 10

② 지방자치단체의 장은 조례로 정하는 바에 따라 소득분의 세율을 제1항의 표준세율의 100분의 50의 범위에서 가감할 수 있다.

(5) 지방세법 (2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다. 제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다.

② 제1항에 따른 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 법인지방소득세 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다. <부 칙> 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 1987.9.25.에 OOO를 본점으로, 의약품의 제조업을 주된 사업으로 하여 설립되어 OOO에 사업장을 두고 있으며, 2009.4.15. 청구법인은 OOO에 소재한 공장을 OOO로 이전하고, 기존의 공장은 2010.7.5. 폐업한 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하였고 공장시설의 전부를 수도권 밖으로 2011.12.31.까지 이전하여 사업을 개시하였으므로, 조특법 제63조의2에 의한 지방이전에 따른 세액감면 적용대상에 해당하였고, 당초 청구법인은 이전일이 속하는 과세연도인 2009년을 감면 개시 시점으로 보았으나, 2009년에는 OOO공장에서 과세소득이 발생하지 않아 실질적으로 감면 혜택을 받지 아니하였다. (다) 조특법이 일부 개정(2014.12.23. 법률 제12853호)되면서 쟁점 조세감면에 대한 법인세 감면기간의 기산점이 당초 ‘이전일이 속하는 과세연도’에서 ‘이전일 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도’로 개정되었으며, 개정 당시 부칙 제21조 제2항에서 해당 규정은 이 법 시행 전에 공장 또는 본사를 이전한 경우에도 적용하도록 하였고, 이에 따라 청구법인은 아래와 같이 세액감면율을 적용하여 법인세를 감면받았다. <경정청구 전후 법인세 감면적용율>

○○○ (라) 2014.1.1. 개정된 지방세법의 개정이유에는 “소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계”하기 위한 것으로 기재되어 있다. (마) 개정 지방세법이 발의되었을 당시 국회 행정안전위원회 전문위원이 작성한 검토보고서에 의하면, “구 지방세법 하에서 법인세 세액공제 및 감면에 연동하여 부가적으로 법인지방소득세도 세액공제․감면을 받았으나, 지방세법의 개정으로 더 이상 이와 같은 혜택이 유지되지 않는다. 법률 개정안이 지방소득세를 부가세에서 독립세 방식으로 전환하였으므로, 지방소득세에 대한 특례조항을 별도로 규정할 필요가 있어 개정안은 개인지방소득세에 관한 세액공제 등에 대하여는 새로이 지방세특례제한법 등에 옮겨 규정하였던 반면, 법인지방소득세에 관한 특례조항은 배제함으로써 법인에 대한 지방소득세의 과세를 강화하였다”는 취지로 기재하고 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 2014.1.1. 이후 법인지방소득세에서도 2014.1.1. 개정된 지방세법부칙 제15조에 따라 2014.1.1. 이전에 발생한 법인세 세액감면을 적용하여야 한다고 주장하나, 2014.1.1. 개정되기 전의 지방세법제85조 제4호에서는 법인세분이란 법인세법에 따라 납부하여야 할 법인세를 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다고 규정하고 있고, 종전 규정에서는 단순히 법인세법에 따라 산정된 납부세액을 지방소득세 과세표준으로 보아 법인세분 지방소득세를 산정하도록 하였을 뿐이고, 납부하여야 할 법인세액을 산정함에 있어서 구 조특법의 세액감면으로 인하여 지방소득세의 과세표준에 영향일 미칠 수는 있다고 하더라도, 이는 조특법상 세액감면에 관한 특례규정을 두고 있는데 기인한다 할 것이다. 그러나, 2014.1.1. 지방세법이 개정되면서 내국법인에 대한 지방소득세 과세표준을 법인세법제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준(조특법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정과 관련된 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 하도록 개정함에 따라 과세표준의 산정방식을 법인세 과세표준과 동일하게 산정하도록 규정하고 있으며, 이와 같이 과세표준의 산정방식을 납부하여야 할 법인세액에서 법인세 과세표준으로 개정하면서 법인세법상 세액감면과 관련된 규정은 모두 적용을 배제하는 형태를 갖추게 되었고, 이러한 지방소득세 과세표준 산정방식의 변경에 따라 개정된 이후의 사업연도에 발생한 세액감면의 경우에는 이를 지방소득세 과세표준에 적용되지 아니함에도, 그 이전에 발생한 세액감면을 그대로 적용하는 것은 개정 이후에 발생한 법인세 과세소득과 관련이 없는 세액감면액을 개정 이후의 사업연도에서 발생한 소득에 따른 지방소득세에서 차감하게 되는 결과를 초래하게 된다 할 것으로서, 이와 같이 납세의무 성립 시점과 관련이 없는 과거의 법인세 세액감면 규정을 개정 지방세법의 부칙 규정에 따라 개정 이후에 적용하기 위해서는 지방세법지방세특례제한법에 특례 규정이 있는 경우에 한정하여 적용할 수 있다 할 것인데, 지방세법령에서 달리 법인의 지방이전에 따른 세액감면과 관련하여 정한 바가 없으므로 법인세 세액감면에 따른 지방소득세 경감액을 개정된 지방세법부칙 제15조에 따라 감면하여야 한다는 청구주장은 인정하기 어렵다 할 것이므로, 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 별다른 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 처분청별 청구세액 (단위: 원)

○○○

원본 출처 (국세법령정보시스템)