국가 등으로부터 정비기반시설 설치를 위하여 무상양여 받은 쟁점토지를 재건축조합이 일반분양을 위하여 취득한 토지로 볼 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2012년부터 2013년까지 조합원과 국가, OOO 및 처분청(이하 “국가 등”이라 한다) 외의 제3자(이하 “제3자”라 한다)로부터 OOO외 236필지 OOO㎡(이하 “매입토지”라 한다)를 취득한 후 처분청에 취득세 등을 신고·납부하였고, 2014.3.12.과 2014.3.18. 및 2015.10.14. 국가 등으로부터 OOO외 28 필지 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 무상양여로 취득한 후, 처분청에 지방세법제9조 제2항에 따른 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등을 비과세 받았다.
• 나. 청구법인은 이 건 매입토지, 쟁점토지 및 조합원으로부터 신탁받은 OOO등 토지 OOO㎡(이하 “이 건 신탁토지”라 한다) 합계 OOO㎡(이하 “이 건 사업부지”라 한다)에서 OOO주택재건축정비사업(이하 “이 건 재건축사업”이라 한다)을 시행한 후, 청구법인은 소유권 이전고시일의 다음날(2016.10.25.)에 이 건 신탁토지 중 조합원에게 귀속 될 토지 OOO㎡, OOO및 처분청에 기부채납할 토지 OOO㎡를 제외한 일반분양분 토지 OOO㎡(이하 “일반분양분 토지”라 한다)를 취득한 것으로 보아 그 토지의 시가표준액 OOO원을 과세표준으로 하고, 지방세법제11조 제1항 제2호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 처분청에 신고·납부하였다.
• 다. 청구법인은 2019.5.10. 일반분양분 토지 OOO㎡ 중 제3자 매입토지 OOO㎡는 기 취득세 등을 신고·납부하여 이중납부에 해당한다는 사유로 환급을 구하는 제1차 경정청구를 하였고, 처분청은 2019.7.10. 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 환급하였다.
• 라. 청구법인은 2020.12.7. 쟁점토지는 조합원이 조합에 신탁한 토지가 아닌 청구법인이 소유권 이전고시일 전에 국가 등으로부터 무상양여로 취득한 토지이므로 취득세 등 과세대상에 해당되지 않는다는 사유로 환급을 구하는 제2차 경정청구를 하였고, 처분청은 2020.12.27. 이를 거부하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2021.1.11. 심판청구를 제기하였다. 2.청구법인 주장 및 처분청 의견
• 가. 청구법인 주장 재건축정비사업에서 기부채납되는 부동산은 사업시행으로 새로이 조성되는 도로, 공원, 주민센터 등 정비기반시설인데, 쟁점토지는 새로이 조성되는 정비기반시설이 아니라 기존에는 국공유지였지만 용도폐지되어 사유지로 귀속된 토지인바, 기부채납되는 부동산과 발생적으로 분리되고 그 위치 역시 겹칠 수 없다(용도폐지되어 무상양여되는 부동산인 자체로 기부채납되는 것이 아님이 반증된다.). 즉, 쟁점토지는 국가 등에 기부채납되는 토지부분이 아니라, 일반분양분 토지 부분, 즉 사유지 부분에 해당한다. 도로, 공원 등은 청구법인이 소유권 이전고시에서 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등이 비과세되었고, 쟁점토지는 당초 국공유지였다가 2014.3.12.과 2014.3.18. 및 2015.10.14. 청구법인이 무상양여로 취득한 일반분양분 토지로서 기부채납 조건의 취득이 성립할 수 없어 지방세법 제9조 제2항에 따른 비과세대상이 될 수 없고, 쟁점토지 취득 당시 기부채납 조건의 취득을 적용하여 취득세를 비과세한 것은 처분청의 과세권 불행사일 뿐이다. 또한, 일반분양분 토지로서 취득세 과세대상 면적을 산정함에 있어서는 세무상 가장 유리한 방법으로 이를 산정하는 것이 합리적이라 할 것으로서, 청구법인이 재건축사업을 신축하여 일반 분양하는 주택의 부속토지 면적은 제3자로부터 매입한 토지가 우선적으로 포함되고, 나머지 면적을 조합원으로부터 신탁받은 토지로 충당된 것으로 보아야 할 것(대법원 2015.10. 29. 선고 2010두1804 판결, 이하 “쟁점판결”이라 한다)인바, 쟁점토지에 대하여 취득세를 부과·고지하여 채권이 확정되지 않는 이상 일반분양분 토지는 취득세에 충당될 여지도 없다 할 것으로 쟁점토지에 대한 당초 취득세 비과세를 근거로 소유권 이전고시를 한 후 취득하는 일반분양분 토지의 과세대상 면적에서 제3자 매입토지와 마찬가지로 무상양여 받은 쟁점토지도 취득세 과세대상에서 제외되어야 할 것으로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 경정청구의 근거로 제시하고 있는 쟁점판결은 청구법인이 제3자 매입토지를 취득할 때 취득세 등을 납부한 사실이 있을 경우, 주택재건축사업을 완료한 후 일반분양분 토지의 취득세 과세신고시 제3자 매입토지에 상응하는 부분은 이중과세에 해당한다는 취지의 판결이므로 일반분양분 토지에 우선적으로 할당되는 부분에 제3자 매입토지 외 국가 등으로부터 무상양여 받은 토지까지 해당하는 것으로 볼 수 없는 점, 주택재건축사업을 완료한 후 전체 사업부지의 실지귀속을 구분할 수 없는 경우라도 조합원 신탁토지는 조합원분에, 제3자 매입토지는 일반분양분에, 국가 등으로부터 무상양여 받은 토지는 정비기반시설에 우선 할당하는 것이 더 합리적인 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 국가 등으로부터 정비기반시설 설치를 위하여 무상양여 받은 쟁점토지를 재건축조합이 일반분양을 위하여 취득한 토지로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법 제7조(납세의무자 등) ⑧주택법 제11조에 따른 주택조합과 도시 및 주거환경정비법 제35조 제3항 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제23조에 따른 재건축조합 및 소규모재건축조합(이하 이 장에서 "주택조합등"이라 한다)이 해당 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산(공동주택과 부대시설ㆍ복리시설 및 그 부속토지를 말한다)은 그 조합원이 취득한 것으로 본다. 다만, 조합원에게 귀속되지 아니하는 부동산(이하 이 장에서 "비조합원용 부동산"이라 한다)은 제외한다. 제9조(비과세) ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 "국가등"이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(사회기반시설에 대한 민간투자법 제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 "귀속등"이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다.

1. 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우

2. 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우

③ 신탁(신탁법에 따른 신탁으로서 신탁등기가 병행되는 것만 해당한다)으로 인한 신탁재산의 취득으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 신탁재산의 취득 중 주택조합등과 조합원 간의 부동산 취득 및 주택조합등의 비조합원용 부동산 취득은 제외한다.

1. 위탁자로부터 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우

2. 신탁의 종료로 인하여 수탁자로부터 위탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우

3. 수탁자가 변경되어 신수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우

(2) 지방세법 시행령 제20조(취득의 시기 등) ⑦ 주택법 제11조에 따른 주택조합이 주택건설사업을 하면서 조합원으로부터 취득하는 토지 중 조합원에게 귀속되지 아니하는 토지를 취득하는 경우에는 주택법 제49조에 따른 사용검사를 받은 날에 그 토지를 취득한 것으로 보고, 도시 및 주거환경정비법 제35조 제3항에 따른 재건축조합이 재건축사업을 하거나 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제23조 제2항에 따른 소규모재건축조합이 소규모재건축사업을 하면서 조합원으로부터 취득하는 토지 중 조합원에게 귀속되지 아니하는 토지를 취득하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제86조 제2항 또는 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제40조 제2항에 따른 소유권이전 고시일의 다음 날에 그 토지를 취득한 것으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2008.10.28. 이 건 사업부지에서 이 건 재건축사업을 추진할 목적으로 도시 및 주거환경정비법제13조에 따라 설립된 주택재건축정비사업 조합이다. (나) 청구법인은 이 건 사업부지에 이 건 재건축사업을 시행하여 아파트 35동 3,726세대의 상가 및 복리시설을 신축하여 공급하기 위한 사업시행자로서 아래와 같이 그 사업을 추진하였다. (다) 청구법인은 조합원들로부터 신탁받은 토지 OOO㎡, 국가 등으로부터 무상양여 받은 토지 OOO㎡ 및 조합원, 국가 등 이외의 제3자로부터 취득한 OOO㎡를 사업부지로 하여 재건축정비사업을 시행하였고, 2016.4.6. 처분청으로부터 준공인가를 받은 후, 2016.10.25. 아래와 같이 소유권이전고시를 한 후 이 건 사업부지의 소유권을 조합원, 조합, OOO처분청으로 각각 이전하였다. (라) 처분청이 2014.3.12.과 2014.3.18. 및 2015.10.14. 청구법인의 국·공유지 무상양여 신청에 대하여 회신한 문서들을 보면 쟁점토지를 청구법인에게 국토의 계획 및 이용에 관한 법률제65조 제2항에 따라 무상양여하는데 협의하였고, 청구법인은 도시계획시설을 설치한 후 지적공부정리 및 관련부서 준공승인을 득한 후 국가 등 소관부서에 기부채납하여야 한다고 기재되어 있다. (마) 청구법인은 2014.3.12.과 2014.3.18. 및 2015.10.14. 국가 등으로부터 무상양여로 쟁점토지를 취득한 후, 처분청에 지방세법제9조 제2항에 따른 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산으로 취득세 등에 대한 비과세를 신청하여, 그 취득세 등을 비과세 받은 것으로 확인된다. (바) 청구법인은 2019.5.10. 처분청에 제1차 경정청구를 하였고, 처분청은 2019.7.10. 취득세 등을 환급하였으며, 청구법인은 2020.12.7. 제2차 경정청구를 하였는바, 그에 대한 세액 현황 등은 아래와 같다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. 지방세법제7조 제8항에서 주택법 제11조에 따른 주택조합과 도시 및 주거환경정비법 제35조 제3항 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제23조에 따른 재건축조합이 해당 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산(공동주택과 부대시설ㆍ복리시설 및 그 부속토지를 말한다)은 그 조합원이 취득한 것으로 본다. 다만, 조합원에게 귀속되지 아니하는 부동산(이하 이 장에서 "비조합원용 부동산"이라 한다)은 제외한다고 규정하고 있다. 같은 법 제9조 제2항에서 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 "국가등"이라 한다)에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다고 규정하면서 제1호에서 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우를 규정하고 있다. 위같은 조 제3항에서 신탁(신탁법에 따른 신탁으로서 신탁등기가 병행되는 것만 해당한다)으로 인한 신탁재산의 취득으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 신탁재산의 취득 중 주택조합 등과 조합원 간의 부동산 취득 및 주택조합등의 비조합원용 부동산 취득은 제외한다고 하면서 제1호에서 위탁자로부터 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우를, 제2호에서 신탁의 종료로 인하여 수탁자로부터 위탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우라고 규정하고 있다. 청구법인은 국가 등으로부터 정비기반시설 설치를 위하여 무상양여 받은 쟁점토지를 재건축조합이 일반분양을 위하여 취득한 토지로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인은 쟁점토지를 정비기반시설을 조성하여 국가 등에 기부채납할 것을 조건으로 국가 등으로부터 무상양여 받았고, 취득세 등에 대한 비과세를 신청하여, 처분청으로부터 비과세를 받은 점, 청구법인이 청구주장의 근거로 인용한 쟁점판결은 납세자가 기 납부한 취득세를 다시 납부하는 이중과세를 방지하기 위한 취지의 판결이나, 청구법인의 경우 국가 등으로부터 쟁점토지를 무상양여로 취득하면서 취득세 등을 기 비과세 받아 사실관계가 다르고, 만약 청구법인이 쟁점토지를 일반분양하기 위하여 취득한 토지로 보아 취득세 과세대상 토지의 면적이 축소될 경우에는 결과적으로 중복혜택을 받게 되는 점, 청구법인이 국가 등으로 받은 쟁점토지를 정비기반시설 조성토지로 보지 않고 일반분양분 토지로 볼 경우 국가 등에 귀속 등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각하는 결과가 되어 기 비과세 받은 취득세 등이 비과세대상에서 제외되는 점, 이 건 사업부지에 대한 소유권 이전고시에 따라 공원·도로 등의 정비기반시설 면적이 쟁점토지 보다 많은 OOO㎡로 나타나는바, 당초 정비기반시설 조성 목적으로 무상양여 받은 쟁점토지는 위 공원·도로 등의 정비기반시설 면적에 사용 된 것으로 보는 것이 합리적이라 하겠는 점 등에 비추어 청구법인의 쟁점토지는 정비기반시설을 조성하여 국가 등에 기부채납한 토지로 보는 것이 타당하다 하겠으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.