이 건 부칙의 일반적 경과조치를 근거로, 개정 전「지방세법」의 적용을 전제로 하여「조세특례제한법」상 이월세액 공제규정을 적용할 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2015.3.30. 등에 2014사업연도 법인세를 신고하면서 임시투자비 등 이월세액공제(이하 “쟁점이월세액공제”라 한다)을 적용하여 산출한 세액을 신고․납부하였고, 2015.4.30. 등에지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것, 이하 같다) 제103조의19, 제103조의20 및 제103조의22의 규정에 따라 이월세액공제를 적용하지 아니하는 방법으로 산출한 2014사업연도 법인지방소득세 OOO원을 처분청들에게 신고·납부하였다.
• 나. 청구법인은 2020.4.29. 2014사업연도 법인지방소득세 산정시 쟁점이월세액공제액을 적용하여야 한다는 취지로 법인지방소득세 OOO원(이하 “이 건 지방소득세”라 한다)의 환급을 구하는 경정청구를 처분청들에게 하였다.
• 다. 처분청들은 2020.6.10. 등에 청구법인에게 경정청구 거부통지를 하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.11.3. 등 이의신청을 거쳐, 2021. 1.8. 심판청구를 제기하였다. 2.청구법인 주장 및 처분청들 의견 가.청구법인 주장 이 건 지방소득세는 지방세법이 개정 되기 전에 이미 세액공제요건, 대상금액이 확정되었고, 2014.1.1. 개정된지방세법부칙 제15조(이하 “이 건 부칙”이라 한다)에서 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있는바, 처분청들이 이 건 지방소득세를 환급하지 않는 경우 납세의무 성립 이후 납세자에게 불리하게 개정된 법령에 따라 추가적인 세 부담이 발생하는 것으로 이는 소급과세금지의 원칙에 위배되므로 이 건 지방소득세에 대한 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청들 의견 2014.1.1.이전까지 지방소득세 법인세분은 법인세액을 과세표준으로 하여 산출되었으므로 임시투자비 등 이월세액공제를 적용하여 법인세를 산출하는 경우 지방소득세 법인세분도 그 과세표준이 감소되어 반사적 효과를 보았으나, 이는 지방세법령에 따른 법률효과는 아니었고, 법인지방소득세에 있어서 임시투자비 등 납부세액 이월공제액을 이 건 부칙에서 규정하고 있는 종전의 법령에 따라 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 해당된다고 볼 수도 없으므로 이 건 지방소득세 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 이 건 부칙의 일반적 경과조치 규정을 근거로, 개정 전지방세법의 적용을 전제로 하여조세특례제한법상 이월세액공제규정을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령: ＜별지1＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청들이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2015.3.30. 등에 2014사업연도 법인세를 신고하면서 쟁점이월세액공제를 적용하여 산출한 세액을 신고․납부하였고, 2015.4.30. 등에지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것, 이하 같다) 제103조의19, 제103조의20 및 제103조의22의 규정에 따라 이월세액공제를 적용하지 아니하는 방법으로 산출한 2014사업연도 법인지방소득세 OOO원을 처분청들에게 신고·납부하였다. (나) 2014.1.1. 개정된지방세법의 개정 이유에는 “소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계”하기 위한 것으로 기재되어 있다. (다) 개정지방세법이 발의되었을 당시 국회 행정안전위원회 전문위원이 작성한 검토보고서에 의하면, “구 지방세법하에서 법인세 세액공제 및 감면에 연동하여 부가적으로 법인지방소득세도 세액공제ㆍ감면을 받았으나,지방세법의 개정으로 더 이상 이와 같은 혜택이 유지되지 않는다. 법률 개정안이 지방소득세를 부가세에서 독립세 방식으로 전환하였으므로 지방소득세에 대한 특례조항을 별도로 규정할 필요가 있어 개정안은 개인지방소득세에 관한 세액공제 등에 대하여는 새로이지방세특례제한법등에 옮겨 규정하였던 반면, 법인지방소득세에 관한 특례조항은 배제함으로써 법인에 대한 지방소득세의 과세를 강화하였다”고 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2014.1.1. 이후 법인지방소득세에서도 2014.1.1. 개정된 지방세법 부칙 제15조에 따라 2014.1.1. 이전 승인받은 세액감면 및 2014. 1.1. 이전 신청한 법인세 세액공제의 이월공제 등을 적용하여야 한다고 주장하나, 법인세 세액감면 또는 세액공제와 그 이월공제를 규정한 조세특례제한법에서는 해당 법인세 감면세액 또는 세액공제액을 법인세 산출세액에서 공제하되 해당 사업연도에 공제받지 못한 금액은 이월하여 공제한다고 규정한 것인데, 2014.1.1. 개정전 지방세법상 지방소득세 법인세분의 산정방식이 법인세액을 지방소득세 법인세분의 과세표준으로 삼았던 결과 지방소득세 법인세분 산출시 법인세 세액감면 등에 따른 세액감소 효과를 간접적으로 보았던 것뿐이므로, 위 법령에서 지방소득세 법인세분에 대하여도 세액감면 또는 세액공제를 규정하고 있었다고 보기 어렵고, 지방세법령에서도 달리 세액공제와 그 이월공제에 관하여 정한 바가 없어 법인세 세액공제의 이월공제에 따른 지방소득세 경감액을 개정 후지방세법 부칙 제15조에서 종전의 규정에 따르도록 정한 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세”라고 보기 어려우므로 결국 개정 후 지방세법 부칙 제15조에 따라 법인세 세액감면 및 세액공제의 이월공제를 법인지방소득세 세액산출시 적용하기는 어렵다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지1＞ 관련 법률

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제91조(신고납부) ① 법인세분의 납세의무자(연결집단의 경우에는 연결모법인을 말한다. 이하 같다)는 제89조에 따라 산출한 세액(이하 이 조에서 “산출세액”이라 한다)을 제87조 제2항 및 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 연결법인 또는 법인의 각 사업장 소재지 관할 지방자치단체별로 안분계산하여 해당 사업연도 종료일부터 4개월(연결법인의 경우에는 해당 연결사업연도 종료일부터 5개월,법인세법 또는국세기본법에 따라 세액이 결정되거나 경정되는 경우에는 그 고지서의 납부기한, 신고기한을 연장하는 경우에는 그 연장된 신고기간의 만료일, 수정신고를 하는 경우에는 그 신고일부터 각각 1개월) 내에 관할 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다. 다만, 경정 또는 수정신고로 인하여 사업연도별로 추가납부 또는 환급되는 총세액이 당초에 결정 또는 신고한 세액의 100분의 10에 미달할 때에는 귀속사업연도에도 불구하고 경정고지일 또는 수정신고일이 속하는 사업연도분 법인세분에 가감하여 신고하고 납부할 수 있으며, 이 경우에는지방세기본법 제77조를 적용하지 아니한다. 제94조(소득분의 계산방법) ① 소득분은소득세법과법인세법에 따라 신고하거나 결정·경정된 소득세 및 법인세(원천징수된 소득세 및 법인세를 포함한다)로서 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액에 제89조 제1항의 세율을 적용하여 계산한다. 다만, 제87조 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 부과된 세액은 공제한다

(2) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은법인세법제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다. 제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은지방세특례제한법에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다.

② 제1항에 따른 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 법인지방소득세 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다. 부칙(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제1조(시행일) 이 법은 2014.1.1.부터 시행한다. 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(3) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제26조(임시투자 세액공제) ① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정할 때에는 대통령령으로 정하는 투자(중고품에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 대통령령으로 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

② 내국법인이 법인세법 제63조에 따른 중간예납[같은 법 제63조제1항 단서 및 제4항에 따라 중간예납(中間豫納)하는 경우는 제외한다]을 할 때 그 중간예납기간에 제1항이 적용되는 투자를 한 경우에는 그 중간예납세액에서 그 투자분에 해당하는 임시투자 세액공제액을 빼고 중간예납할 수 있다. 이 경우 임시투자 세액공제액을 뺀 후의 중간예납세액이 제132조에 따라 계산한 직전 과세연도 최저한세(最低限稅)의 100분의 50에 미달하는 경우에는 그 미달하는 세액에 상당하는 임시투자 세액공제액은 빼지 아니한다.

③ 거주자가 소득세법 제65조에 따른 중간예납을 할 때 그 중간예납기간에 제1항이 적용되는 투자를 한 경우에는 그 중간예납세액에서 그 투자분에 해당하는 임시투자 세액공제액(그 중간예납세액 중 사업소득에 대한 세액을 한도로 한다. 이하 이 항에서 같다)을 뺀 금액(이하 이 항에서 “그 금액”이라 한다)을 중간예납세액으로 하여 11월 1일부터 11월 30일까지의 기간에 납세지 관할 세무서장에게 신고할 수 있다. 이 경우 그 금액이 제132조에 따라 계산한 직전 과세연도의 사업소득에 대한 최저한세의 100분의 50에 미달하는 경우에는 그 미달하는 세액에 상당하는 임시투자 세액공제액은 빼지 아니한다.

④ 거주자가 제3항에 따라 신고를 한 경우에는 소득세법 제65조제3항에 따라 신고한 것으로 보고 같은 법(제65조제9항 후단은 제외한다)을 적용한다.

⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. 제144조(세액공제액의 이월공제) ①제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의5, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제126조의6 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는 소득세법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.