조세심판원 심판청구 법인세

청구법인이 창업중소기업 사업용 재산의 취득일부터 2년 내 해당 사업에 직접 사용하였는지 여부

사건번호 조심 2021지1142 선고일 2021-10-06 조세심판원

[요지] (쟁점①) 청구법인은 2016.4.26. 종전건물을 취득하고 2016.7.21. 멸실하여 2년 이상 해당 사업에 직접 사용하지 아니하였는바, 이는 청구법인 스스로의 선택에 의한 것이므로 해당 사업에 직접 사용한 것으로 보기 어렵다 하겠음. (쟁점②) 청구법인이 쟁점건물을 직접 사용한 근거로 제출한 자료는 주로 2020년도에 대한 것이라 하겠고, 처분청이 제출한 00물산의 법인등기부등본, 사업자등록증, 물품공급계약서, 재무제표 등에 의해 00물산의 사업장 소재지가 쟁점건물로 나타나고 있는바, 청구법인이 쟁점건물을 2년 이상 직접 사용한 사실을 확인할 수 있는 구체적이고 객관적인 증거자료가 명백하게 확인되지 아니한 이상, 이 건 임대차계약의 내용을 부인하기 어렵다 하겠음.

[참조결정] 조심2014지2042

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 2013.12.24. 장식철물 제조・판매업 등을 목적사업으로 설립되었고, 2016.4.26. OOO 토지 면적 합계 OOO㎡(이하 “이 건 토지”라 한다) 및 그 지상의 건축물 OOO㎡(이하 “종전건물”이라 하고, 이 건 토지와 합하여 “종전부동산”이라 한다)를 취득(매매)한 후, 처분청에 지방세특례제한법(이하 “지특법”이라 한다) 제58조의3 제1항에 따른 ‘창업중소기업이 창업일부터 4년 이내 취득하는 사업용 재산’의 취득세 감면(감면율 75%로 이하 “창업중소기업 감면”이라 한다)을 신청하고 취득세 과세표준 OOO원에 대하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 감면(이하 “쟁점①감면”이라 한다)받았다.
  • 나. 그 후 청구법인은 2016.7.21. 종전건물을 멸실하고, 2016.11.30. 이 건 토지의 지상에 4동의 건물 OOO㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고 이 건 토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축한 후, 2016.12.13. 처분청에 창업중소기업 감면을 신청하여 취득세 과세표준 OOO원에 대하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 감면(이하 “쟁점②감면”이라 하고 쟁점①감면과 합하여 “쟁점감면”이라 한다)받았다.
  • 다. 한편, 처분청은 청구법인이 2018.9.28. AAA(청구법인의 대표이사 BBB의 누나)와 쟁점부동산의 무상임대차계약(이하 “이 건 임대차계약”이라 한다)을 체결한 후 AAA가 2018.9.27. 설립한 유한회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)이 쟁점부동산을 사용한 것으로 보아 2020.10.15. 청구법인에게 쟁점감면의 적용을 배제하여 아래 <표1>과 같이 쟁점①․②처분(이하 쟁점①․②처분을 합하여 “이 건 부과처분”이라 한다)을 하였다. <표1> 쟁점처분 내역 (단위: 원)
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.1.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점①감면과 관련하여, 청구법인은 2016.4.26. 종전부동산을 취득하였고, 이 건 임대차계약상 임대시작일은 2018.9.28.로 그 취득일부터 2년 내에 있지 아니하며, 이 건 임대차계약상 목적물은 쟁점부동산으로 2016.7.21. 이 건 토지상의 멸실된 종전건물과는 전혀 관련이 없다. 법인이 제조업을 영위하기 위해 공장을 설립하는 것은 그 목적 사업에 사용하게 되는 것인바, 2016.4.26. 이 건 토지를 취득하고 2016.11.30. 그 지상에 쟁점건물을 신축하게 된 이상, 이 건 토지를 취득일부터 2년 내 직접 사용하지 아니하였다고 볼 수 없으므로 쟁점①처분은 부당하다.

(2) 쟁점②감면과 관련하여, 청구법인은 다음과 같이 2016.4.26.부터 쟁점부동산을 직접 사용하였고, 이 건 임대차계약은 형식적으로 체결된 것에 불과하므로 처분청이 청구법인의 실제 사용여부를 감안하지 아니한 채 쟁점②처분을 한 것은 부당하다. (가) 처분청(투자유치과) 담당 공무원은 2018.3.13. ~ 2020.3.13. 기간에 3차례에 걸쳐 현장실사를 하여 청구법인이 정상적으로 영업하고 있음을 확인하였고, OOO지사의 담당 직원도 2019.8.12. 현장실사를 통해 청구법인을 공모기업으로 선정하기도 하였다. 그 외 전력사용 및 납부내역, 기업영업사실확인서(택배 및 외부식사배달업체), 전자세금계산서 목록 등에서도 청구법인이 쟁점부동산을 직접 사용하고 있는 것을 알 수 있는데도 실제 사용여부를 고려하지 아니한 채 쟁점②처분을 한 것은 부당하다. (나) 구 지특법 제2조 제1항 제8호에서 “직접 사용”이란 부동산 등의 소유자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말하고, 대법원(2002.4.26. 선고 2000두3238 판결 등)도 실제 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단해야 한다고 판시하였다. 위 대법원 판시내용과 같이 “직접 사용”은 청구인이 실제 사용하였는지 여부를 기준으로 판단하면 되는 것이고, 형식적으로 임대차 여부만을 기준으로 감면한 취득세 등의 추징 여부를 판단해서는 아니된다. (다) 이 건 임대차계약서는 임대인 및 임차인 모두 AAA가 작성하여 서명날인한 것으로 그 계약서상 기재된 면적(OOO㎡)이 쟁점부동산 건물의 건축면적(OOO㎡)과 일치하지 아니한 것으로 보아 형식상 작성된 것임을 알 수 있다. (라) 임차인인 AAA는 청구법인에서 사무 및 인감 등을 관리하는 업무를 하면서, 사회적 기업을 운영하고자 우편물 수령, 사업자 등록 등을 위해 쟁점부동산 소재지를 본점으로 하여 OOO을 설립하였던 것이다. 그러나, AAA는 실제로 OOO에서 사업을 운영하였고, 법인 설립 이후 사회적 기업으로의 지정이 되지 아니하여 실질적으로 사업을 영위하지 못하게 되어 2020.2.29. 사회적 기업 선정에서 탈락한 이후 폐업 신청을 하였으며, 법인세 등 신고내역에 의하면, 인터넷 주문 등에 의한 공급내역에 불과하다. (마) 가사, 백번 양보하여 AAA가 청구법인의 직원으로서 일을 하는 것 자체를 OOO의 행위로 본다하더라도 쟁점건물(4개동) 중 1개동만 OOO이 사용한 것이므로 이에 대한 취득세만을 추징하는 것이 타당하나, 쟁점②처분은 4개동 전체에 대한 것이므로 분리과세의 원칙에 위배된다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 쟁점①감면과 관련하여, 청구법인은 2016.4.16. 종전부동산을 취득하고 2016.7.21. 종전건물을 멸실하였는바, 청구법인 스스로의 선택에 의해 그 건물을 멸실한 것을 취득일부터 2년 내 해당 사업에 직접 사용하지 아니한 정당한 사유로 인정할 수 없다(조심 2014지2042, 2015.3.31., 같은 뜻임). 또한 취득세의 감면규정 적용은 공장을 신축할 목적으로 토지를 취득한 경우에는 공장에 대한 사용승인을 받은 시점부터 그 토지를 직접 사용하는 것으로 보는 것이 타당한 것인바(대법원 2015.2.12. 선고 2014두43752 판결 참조), 이 건 토지의 경우 그 종전건물의 멸실로 인해 지상에 신축된 쟁점건물의 사용승인일인 2016.11.30.을 그 사용일로 볼 수 있고, 청구법인은 그날부터 2년이 경과하지 아니한 2018.9.28. 쟁점부동산을 OOO에게 임대를 하여 그 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니한 정당한 사유도 없어 보이므로 쟁점①처분은 정당하다.

(2) 쟁점②감면과 관련하여, OOO의 법인등기사항 증명서에 의하면, 쟁점부동산의 소재지를 본점으로 하여 설립되었고, 2018년도 및 2019년도 관련 제세(법인세, 부가가치세, 지방소득세)의 신고서 등에 의하면, 사업장 소재지를 쟁점부동산의 소재지로 등록하였던 것으로 보아 OOO이 쟁점부동산에서 영업을 하였던 것으로 볼 수 있다. 게다가 청구법인이 쟁점부동산을 직접 사용하였다는 증거로 제출한 기업실사 확인서 및 기업영업사실 확인서는 특정 시점에 작성된 것이고, 전기요금 관련 내역서의 주소지가 쟁점부동산OOO이 아닌 OOO의 주소지로 되어 있어 객관적인 입증자료로 볼 수 없으므로 쟁점②처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점 청구법인이 창업중소기업 사업용 재산의 취득일부터 2년 내 해당 사업에 직접 사용하였는지 여부
  • 나. 관련 법률 등: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인(대표이사 BBB)은 2013.12.24. OOO를 본점으로 하여 장식철물 제조업・판매업, 방충망 제조 및 도・소매업 등을 목적사업으로 설립되었다. (나) 청구법인은 2016.4.26. 및 2016.11.30. 종전부동산 및 쟁점건물을 취득하였고, 창업중소기업 감면을 적용하여 쟁점감면을 받았다. (다) 그 후 청구법인은 2017.3.15. 본점 소재지를 OOO로 변경하였고, 2017.7.10. 사업자등록을 정정하였다. (라) 청구법인(임대인)이 2018.9.28. AAA(임차인)와 작성ㆍ날인한 이 건 임대차계약서에 의하면, 청구법인이 쟁점부동산(기재된 건물의 면적 OOO㎡)을 2018.9.28. ~ 2020.9.27. 기간 동안 AAA에게 무상 임대하는 것으로 나타나는바, 등기부등본 및 건축물대장상 그 연면적 합계는 OOO㎡으로 기재되어 있다. (마) AAA는 2018.9.28. 이 건 임대차 계약서를 작성하고 같은 날 사업자등록을 신청하였는바, 그 사업자등록증(2018.9.28. OOO서장 발급)에 의하면 ‘상호: OOO대표자: AAA, 개업연월일: 2018.9.28., 본점 및 사업장 소재지: 쟁점부동산, 사업의 종류: 제조업ㆍ도매업(건축자재)’의 내역이 기재되어 있다. (바) 청구법인은 쟁점부동산에서 직접 사업을 영위하였다는 주장을 입증하기 위해 아래 <표2>와 같이 관련 자료를 제출하였다. <표2> 청구법인이 제출한 자료 내역 위 자료 중 쟁점건물의 사업장 내부사진에 대하여 청구법인은 <그림1>과 같이 직접 사용하였다는 주장이다. <그림 1> 청구법인이 제출한 쟁점건물 내 사업장 사진 (사) 처분청은 OOO이 쟁점부동산에서 직접 사업을 영위하였다는 내용의 반증자료로 아래 <표3>와 같이 관련 자료를 제출하였다. <표3> 처분청이 제출한 자료 내역 위 자료 중 임차법인이 주장하는 실제 사업장OOO의 사진(촬영시점: 2019년 6월)을 보면, <그림2>와 같이 공실로 나타난다. <그림2> 처분청이 제출한 임차법인의 실질 사업장 사진 (아) 청구법인은 조세심판관회의 개최일(2020.11.30.)에 아래 <표4>와 같이 서면자료를 추가로 제출하였다. <표4> 청구법인이 추가로 제출한 자료 내역

(2) 지특법 제58조의3 제1항에서는 “창업중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75에 상당하는 세액을 경감하되, 다만, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용ㆍ처분(임대 포함)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 처분하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다”고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. (가) 청구법인은 종전 건물의 취득일부터 2년 내에 쟁점건물을 취득하여 2년 이상 사업에 직접 사용하였으므로 이 건 부과처분이 부당하다고 주장한다. (나) 먼저 쟁점①처분에 대하여 보면, 청구법인은 2016.4.26. 종전건물을 취득하고 2016.7.21. 멸실하여 2년 이상 해당 사업에 직접 사용하지 아니하였는바, 이는 청구법인 스스로의 선택에 의한 것이므로 해당 사업에 직접 사용한 것으로 보기 어렵다 하겠다. 또한 멸실된 종전건물과 같이 철거예정인 건물을 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산에 해당된다고 보기도 어려우므로 쟁점①처분은 정당하다 하겠다. (다) 다음으로 쟁점②처분에 대하여 보면, 청구법인이 2016.11.30. 이 건 토지 위에 쟁점건물을 신축하였으므로 2년간 직접 사용하였어야 하나, 이 건 임대차계약에 의하면, 청구법인이 2018.9.28. AAA와 쟁점부동산을 임대(무상)하는 계약을 체결한 것으로 나타나므로 쟁점건물의 취득일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하였다는 사실에 대한 입증책임이 청구법인에게 있다고 할 것이다.

1. 청구법인이 쟁점건물을 직접 사용한 근거로 제출한 자료는 주로 2020년도에 대한 것이라 하겠고, 처분청이 제출한 OOO(대표자 AAA)의 법인등기부등본, 사업자등록증, 물품공급계약서, 재무제표 등에 의해 OOO의 사업장 소재지가 쟁점건물로 나타나고 있는바, 청구법인이 쟁점건물을 최초 사용일부터 2년 이상 직접 사용한 사실을 확인할 수 있는 구체적이고 객관적인 증거자료가 명백하게 확인되지 아니한 이상, 이 건 임대차계약의 내용을 부인하기 어렵다 하겠다.

2. 또한, AAA가 실제 사업을 영위하였다고 주장하는 사업장OOO에 대하여 처분청이 공실로 확인한 사실이 있고, 청구법인이 이를 반증할 만한 자료를 제출하지 못하고 있으므로 청구법인이 쟁점건물을 2년 이상 직접 사용하였다는 청구주장을 받아들이기 어렵다 하겠다. (라) 따라서 처분청이 청구법인에게 이 건 부과처분을 한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률 등

(1) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 일부 개정되기 전의 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. "직접 사용"이란 부동산·차량·건설기계·선박·항공기 등의 소유자가 해당 부동산·차량·건설기계·선박·항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면) ① 중소기업창업 지원법 제2조 제1호에 따른 창업을 한 기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산(지방세법 제127조 제1항 제1호에 따른 비영업용 승용자동차는 제외한다)에 대해서는 취득세의 100분의 75에 상당하는 세액을 경감한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용ㆍ처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 처분하는 경우에는 감면받은 세액을 추징한다.

(2) 중소기업창업 지원법(2013.8.6. 법률 제12009호로 일부 개정된 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “창업”이란 중소기업을 새로 설립하는 것을 말한다. 이 경우 창업의 범위는 대통령령으로 정한다.

3. “중소기업”이란 중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업을 말한다.

(3) 중소기업 기본법(2011.7.25. 법률 제10952호로 일부개정된 것) 제2조(중소기업자의 범위) ① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 “중소기업시책”이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 영위하는 자로 한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업

  • 가. 업종별로 상시 근로자 수, 자본금, 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것
  • 나. 지분 소유나 출자 관계 등 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

2. 사회적기업 육성법 제2조제1호에 따른 사회적기업 중에서 대통령령으로 정하는 사회적기업

② 중소기업은 대통령령으로 정하는 구분기준에 따라 소기업(小企業)과 중기업(中企業)으로 구분한다.

③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)