[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
- 가. 청구법인은 2014〜2018사업연도 법인세 신고시 자원의 절약과 재활용촉진에 관한 법률에 따른 재활용시설투자에 대해서 조세특례제한법제25조의3 환경보전시설 투자세액공제를 적용받았으며, 취득한 사업용자산과 관련하여 조세특례제한법제26조 임시투자세액공제를 신청하여 법인세를 감면받았다.
- 나. 청구법인은 지방세법이 2014.1.1. 개정되어 법인지방소득세 산정방식이 법인세 결정세액을 과세표준으로 하던 부가세 방식에서 법인세 과세표준을 과세표준으로 하는 독립세 방식으로 변경되었고, 개정된 지방세특례제한법(법률 제12175호로 개정된 것, 이하 “지특법”이라 한다)에서는 법인지방소득세에 대한 세액공제ㆍ감면 규정을 두고 있지 아니하므로, 2014〜2018사업연도 법인지방소득세를 신고납부하면서 법인세 세액공제를 적용하지 않고 법인세 과세표준과 동일한 금액을 과세표준으로 하여 산정한 법인지방소득세를 신고ㆍ납부하였다.
- 다. 청구법인은 2020.4.28. 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것, 이하 “개정 지방세법”이라 한다) 부칙 제15조의 일반적 경과규정에 따라 종전과 같이 이러한 법인세 감면세액(이하 “쟁점세액감면”이라 한다)에 상당하는 지방소득세를 법인지방소득세 산출세액에서 공제하여야 한다는 취지로 2014〜2018사업연도 법인지방소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 2020.5.18. 이를 거부하는 통지를 하였다.
- 라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.8.13. 이의신청을 거쳐 2021.1.7. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장 청구법인은 2014〜2018사업연도분 법인세 신고시 조특법 제25조의3 및 제26조의 규정에 따른 투자세액공제를 적용받아 법인세를 신고납부하였다. 법인지방소득세에 대하여는 2014.1.1. 지방세법이 개정되면서 종전 법인세액의 10%를 과세표준과 세율로 적용하는 부가세 방식의 법인세분 지방소득세가 법인세 과세표준을 지방소득세의 과세표준으로 하는 독자적인 과세방식의 법인지방소득세로 전환되면서 청구법인은 2014〜2018사업연도 법인지방소득세 신고납부 시 법인세 세액공제를 적용하지 아니하였다. 그러나 개정 지방세법부칙 제15조에 따르면 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”고 규정하고 있고, 이 경과규정은 구법에 의하여 납세의무성립일 이전 납세자에게 부여된 신뢰를 보호하기 위한 특별규정으로써 2014년 이전에 감면요건이 성립된 법인세 투자세액공제에 대하여 당해 법인세 감면세액에 상당하는 지방소득세액은 종전의 규정에 따라 2014〜2018사업연도 법인지방소득세에서 공제되어야 하는 것이 정당하다.
- 나. 처분청 의견 조특법 및 구 지방세법어디에도 법인세분 지방소득세에 대한 감면규정은 별도로 규정되어 있지 않으며, 조특법에 따라 법인세 결정세액이 감면되고 구 지방세법에서 법인세분 지방소득세를 그 법인세액의 10%를 과세표준과 세율로 하였기 때문에 법인세와 동일하게 세액감면의 효과를 볼 수 있었던 것이지만, 지방세법이 2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되면서 법인지방소득세가 종전 법인세 결정세액의 10%를 단순하게 징수하던 부가세 방식에서 독립세 방식으로 전환하여 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법제13조에 따라 계산한 금액, 세율은 지방세법103조의20에 규정하면서 지방세특례제한법등 지방세관련법에서 법인지방소득세에 대한 세액공제ㆍ감면 규정이 없는 이상 기존의 조특법에 따른 세액공제ㆍ감면은 적용하지 않게 되었으며, 조특법 제25조의3 및 제26조는 법인세의 세액감면을 규정하고 있고, 지방세관련법에서 법인지방소득세 감면에 대한 언급은 그 어디에도 없음에도 개정 전과 동일한 감면을 하여야 한다는 청구주장은 결국 개정 지방세법시행에도 불구하고 개정 전 지방소득세 과세표준(조세특례제한법에 의거 세액 감면된 법인세액)을 적용해 달라는 것과 같다 할 것이다. 개정 지방세법부칙에서 “지방소득세에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다”고 명시하고 있고 이로써 개정 지방세법시행일인 2014년 1월 1일 이후부터 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 법인지방소득세에 대해서는 개정 지방세법에 따라 법인세의 과세표준을 지방소득세의 과세표준으로 적용하여야 한다. 또한, 조특법 제25조의3 및 제26조는 세액감면 등을 법인세에서 공제한다고 규정하고 있을 뿐이며, 구 지방세법상 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 과세표준으로 삼고 있었다고 하더라도 지방세와 법인세의 관계, 규정의 체계 및 내용 등에 비추어 볼 때, 위 조특법 규정을 통해 법인지방소득세에 대하여도 비과세 내지 감면을 명시적으로 규정하고 있었다고 보기는 어렵기 때문에 세액감면에 관하여 개정 지방세법부칙 제15조에 따라 구 지방세법및 조세특례제한법이 적용된다고 볼 수 없다. 대법원 판례는 “조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 부칙조항을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위 시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다 할 것이다”라고 해석하여 법령개정에도 불구하고 종전 규정이 적용되려면 그 법규가 향후 얼마 동안은 특별히 면제한다는 것을 명시적으로 정했어야 한다고 판시하였다. 따라서 개정 지방세법이 시행된 이후 청구법인이 한 법인지방소득세 신고납부행위에 대하여 종전 지방세법의 세액감면에 관한 규정은 없으므로 개정 지방세법부칙 제15조에 의하여 종전 지방세법의 세액감면에 관한 규정이 적용될 여지는 없으며, 개정 지방세법부칙 제15조의 경과규정을 적용한다 하여 종전 지방세법등에 적용할 근거 규정이 있지도 않은 세액감면 규정이 청구법인의 이 건 법인지방소득세 납세의무에 대하여 적용될 여지는 전혀 없으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다 할 것이다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁 점 청구법인이 2014〜2018사업연도에 임시투자세액공제를 받은 법인세에 상당하는 지방소득세를 2014.1.1. 개정된지방세법의 부칙(일반적 경과규정)을 적용하여 개정 전 지방세법의 규정에 따라 지방소득세 산출세액에서도 공제하여야 한다는 청구주장의 당부
- 나. 관련 법률
(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 85조(정의) 지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
4. “법인세분”이란 법인세법에 따라 납부하여야 하는 법인세액을 과세표준으로 하는 지방소득세를 말한다. 제89조(세율) ①소득분의 표준세율은 다음과 같다. 구분 세율 소득세분 법인세분 소득세액의 100분의 10 법인세액의 100분의 10
② 지방자치단체의 장은 조례로 정하는 바에 따라 소득분의 세율을 제1항의 표준세율의 100분의 50의 범위에서 가감할 수 있다.
(2) 지방세법 (2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다. 제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다.
② 제1항에 따른 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 법인지방소득세 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다. ＜부 칙＞ 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.
(3) 조세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것) 제25조의3(환경보전시설 투자에 대한 세액공제) ① 내국인이 대통령령으로 정하는 환경보전시설에 2018년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 1(대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 100분의 3, 중소기업의 경우에는 100분의 10)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 세액공제의 방법은 제11조를 준용한다.
② 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. 제26조(고용창출투자세액공제) ① 내국인이 2017년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자와 수도권과밀억제권역 내에 투자하는 경우는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 하는 경우로서 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소하지 아니한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 더한 금액을 해당 투자가 이루어지는 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 중소기업의 경우에는 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에도 제1호를 적용한다. 이 경우 제1호의 금액에서 감소한 상시근로자 1명당 1천만원씩 뺀 금액으로 하며, 해당 금액이 음수(陰數)인 경우에는 영으로 한다.
(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인의 연도별 지방소득세 납부내역은 아래 ＜표1＞과 같다. ＜표1＞ 지방소득세 신고납부 내역
○○○ (나) 법인세 신고시 청구법인의 연도별 투자세액공제를 적용한 내역은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 투자세액공제 내역
○○○ (다) 청구법인이 경정청구한 내역은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표2＞ 경정청구 내역
○○○ (라) 개정 지방세법의 개정이유에는 “소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계”하기 위한 것으로 기재되어 있다. (마) 개정 지방세법이 발의되었을 당시 국회 행정안전위원회 전문위원이 작성한 검토보고서에 의하면, “구 지방세법 하에서 법인세 세액공제 및 감면에 연동하여 부가적으로 법인지방소득세도 세액공제․감면을 받았으나, 지방세법의 개정으로 더 이상 이와 같은 혜택이 유지되지 않는다. 법률 개정안이 지방소득세를 부가세에서 독립세 방식으로 전환하였으므로, 지방소득세에 대한 특례조항을 별도로 규정할 필요가 있어 개정안은 개인지방소득세에 관한 세액공제 등에 대하여는 새로이 지방세특례제한법 등에 옮겨 규정하였던 반면, 법인지방소득세에 관한 특례조항은 배제함으로써 법인에 대한 지방소득세의 과세를 강화하였다”는 취지로 기재하고 있다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 2014.1.1. 이후 법인지방소득세에서도 2014.1.1. 개정된 지방세법부칙 제15조에 따라 2014.1.1. 이전에 발생한 법인세 세액공제액을 적용하여야 한다고 주장하나, 법인세 세액공제를 규정한 조세특례제한법에서는 투자세액공제 등 각종 세액공제대상을 법인세에서 공제하되 해당 사업연도에 공제받지 못한 금액은 이월하여 공제한다고 규정한 것인데, 2014.1.1. 개정전 지방세법상 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 법인지방소득세 과세표준으로 삼았던 결과 법인지방소득세 산출시 법인세 세액공제 및 이월공제에 따른 세액감소 효과를 간접적으로 보았던 것뿐이므로, 위 법령에서 법인지방소득세에 대하여도 비과세 내지 감면을 명시적으로 규정하고 있었다고 보기 어렵고, 지방세법령에서도 달리 세액공제와 그 이월공제에 관하여 정한 바가 없어 법인세 세액공제 이월공제에 따른 지방소득세 경감액을 개정 지방세법부칙 제15조에서 종전의 규정에 따르도록 정한 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세”라고 보기 어려우므로 결국 개정 지방세법부칙 제15조에 따라 법인세 세액공제 이월공제를 법인지방소득세 세액산출시 적용하기는 어렵다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.