[요지]
① 경기도 안산시장과 충청남도 아산시장은 각 그 납세고지서를 2020.8.10.을 지나 송달한 사실이 우편물종적조회 등에 의하여 확인되므로 이 건 부과처분 중 경기도 안산시장과 충청남도 아산시장이 한 취득세 등의 부과처분은 부과제척기간을 도과하여 위법한 것으로 판단됨. ② ‘유가증권시장에 주권이 상장된 법인’의 주식만 과점주주 과세 제외 대상으로 한정하고 있는 것으로 보이므로 코스닥시장 상장 법인의 주식인 쟁점주식이 과점주주 취득세 과세 대상이 아니라는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단됨. ③ 청구법인이 과점주주 취득세 납세의무의 범위 등에 대하여 오인하였던 사정이 있었던 것으로 보이나, 이는 법률의 부지에 해당하므로 이를 가산세를 면할 정당한 사유로 보기는 어려운 것으로 판단됨.
[주 문]
1. OOO시장이 2020.8.14. 청구법인에게 한 취득세 등의 부과처분은 이를 취소한다.
2. OOO시장이 2020.8.13. 청구법인에게 한 취득세 등의 부과처분은 이를 취소한다.
3. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 이 건 취득세 무신고가산세 부과처분 중 일부(4건)는 부과제척기간을 도과하였다. 이 건 취득세의 경우 지방세기본법 (2015.5.18. 법률 제13293호로 개정된 것, 이하 같다) 제38조 제1항 제3호에 따라 5년의 부과제척기간이 적용되고, 같은 법 시행령 제18조 제1항 제1호는 신고·납부하는 지방세의 경우 부과제척간의 기산일을 ‘해당 지방세에 대한 신고기한의 다음 날’로 정하고 있으며, 지방세법 제20조 제1항은 취득세에 대한 신고기한을 취득세 과세물건을 취득한 날로부터 60일로 정하고 있다. 이 건의 경우 쟁점주식의 포괄적 주식교환으로 인한 주식의 이전일은 상법제360조의2 제2항에 따라 ‘주식을 교환하는 날’인 2015.6.9.(합병종료보고서)이고, 그로부터 60일 후인 2015.8.8.이 토요일이므로 2015.8.10.이 그 취득세 신고기한이며, 그 다음날부터 5년 후인 2020.8.10.이 부과제척기간의 종료일이 된다. 그런데 이 건 부과처분 중 OOO구청장, OOO시장, OOO군수, OOO시장이 한 부과처분은 제척기간을 도과한 2020.8.11.부터 2020.8.13.까지 사이에 이루어졌다.
(2) 코스닥상장법인 주식은 과점주주 취득세 과세대상에 해당하지 아니한다. (가) 증권시장의 범위에 대한 자본시장과 금융투자에 관한 법률(이하 “자본시장법”이라 한다)이 2013.5.28. 법률 제11845호로 개정됨에 따라 코스닥시장 상장법인 주식도 유가증권시장 상장법인과 마찬가지로 과점주주 취득세 과세대상에 해당하지 아니하게 되었다. 자본시장법은 2013.5.28. 개정으로 유가증권시장과 코스닥시장을 구분하던 종전의 제9조의 정의규정을 삭제하고, ‘증권의 매매를 위하여 거래소가 개설하는 시장’을 모두 증권시장으로 규정(제8조의2 제4항)하여 더 이상 유가증권시장과 코스닥시장을 별도로 구분하지 않게 되었다. 이에 따라 과점주주의 범위에 관한 지방세기본법 제47조(과점주주의 취득세에 관한 지방세법 제7조 제5항에서 과점주주의 범위에 대한 지방세기본법 제47조를 준용)도 개정되어 개정전에는 유가증권시장에 상장한 법인의 주식을 취득하는 경우만 과점주주의 범위에서 제외하였으나, 개정후에는 ‘자본시장법에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인’의 주식을 취득하는 경우를 과점주주의 범위에서 제외하는 것으로 규정하였다. 또 이에 따른 지방세기본법 시행령 제24조 제1항은 ‘대통령령에서 정하는 증권시장’이란 ‘자본시장법 시행령 제176조의9 제1항에 따른 유가증권시장을 말한다’고 규정하고 있고, 자본시장법 시행령(2013.8.27. 대통령령 제24697호로 개정된 것) 제176조의9 제1항 제1호는 ‘한국거래소가 개설한 증권시장으로서 금융위원회가 정하여 고시하는 증권시장에 주권이 상장된 법인’이라고 규정하고 있으며(개정전에는 코스닥시장은 제외한다고 규정하고 있었음), 그에 대한 금융위원회 고시는 다시 한국거래소 업무규정을 따르도록 하고 있는데, 한국거래소업무규정은 다시 자본시장법 제393조를 원용하고 있고 자본시장법 제393조 제1항에서는 ‘거래소가 개설운영하는 둘 이상의 증권시장인 유가증권시장과 코스닥시장 모두를 규정하고 있다. 따라서 증권시장의 범위에 관한 위 자본시장법 개정 및 관련 지방세법령의 개정 내용을 종합하면 코스닥시장 상장법인의 발행주식 역시 유가증권시장 상장법인의 발행주식과 마찬가지로 과점주주 취득세 과세대상이 아니게 되었다. (나) 과점주주 취득세의 입법 취지 및 상장법인 주식에 대한 헌법재판소 결정의 법리에 비추어 보더라도 지방세기본법에서 명문으로 달리 규정하지 않는 이상 유가증권시장 상장법인과 코스닥시장 상장법인 주식을 달리 취급할만한 합리적인 이유가 없다. 법인의 과점주주에 대하여 그 법인의 재산을 취득한 것으로 보아 취득세를 부과하는 것은 과점주주가 되면 해당 법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리운용할 수 있는 지위에 서게 되어 실질적으로 그 재산을 직접 소유하는 것과 크게 다를 바 없다는 점에서 담세력이 있다고 보기 때문이다. 헌법재판소는 ⓐ 상장법인은 비상장법인에 비해 엄격한 주식분산요건을 규정하여 특정인의 주식 독과점을 제도적으로 제한하고 있어 과점주주에 의한 법인 자산에 대한 사실적 지배력에 차이가 있으며, ⓑ 기업경영이나 재무상태에 영향을 미치는 주요경영사항이나 최대주주 등과의 거래관계 등을 공시토록 하여 기업 경영의 투명성을 유지하고, 일정 수 이상의 사외이사를 선임토록 하는 등 특정 과점주주에 의한 기업경영의 부실화를 막는 제도적 장치를 마련하고 있어 과점주주에 의한 기업재산의 자유처분이 비상장법인의 과점주주에 비해 엄격히 제한되므로 과점주주 취득세에 대해 상장법인과 비상장법인을 달리 취급할 만한 합리적인 이유가 있다고 판단하였다. 그런데 상장법인이란 증권시장에 상장된 증권을 발행한 법인을 의미하고, 자본시장법 개정으로 코스닥시장과 유가증권시장 모두 증권시장에 포함되게 되었는바, 코스닥시장 상장법인 역시 유가증권시장 상장법인과 마찬가지로 비상장법인에 비해 과점주주에 의한 법인 자산에 대한 사실적 지배력에 차이가 있고 과점주주에 의한 기업재산의 자유처분이 비상장법인의 과점주주에 비해 엄격히 제한되므로 위와 같은 과점주주 취득세의 취지와 자본시장법 개정내용 등에 비추어 지방세법령에서 명시적으로 달리 규정하지 않는 이상 코스닥시장 상장법인 주식 역시 유가증권시장 상장법인 주식과 마찬가지로 과점주주 취득세 대상에서 제외되는 것으로 볼 수 있다. (다) 쟁점주식 취득당시 시행중이던 지방세특례제한법에서도 유가증권시장 상장법인 주식과 코스닥시장 상장법인 주식을 동일하게 취급하고 있었다. 쟁점주식 취득당시 시행중이던 지방세특례제한법 제57조의2 제5항 제8호는 ‘대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인의 주식을 취득한 경우 과점주주 취득세를 면제하는 것으로 규정하고 있었고, 같은 법 시행령 제28조의2 제4항은 위 상장법인의 범위에 대하여 제1호에서 유가증권시장, 제2호에서는 코스닥시장을 규정하고 있었다. 이는 상장법인 주식은 과점주주 취득세 과세대상에서 제외한다는 지방세기본법 제47조의 내용을 확인한 것으로 보아야 한다. 따라서 유가증권시장 주식 뿐 아니라 코스닥시장 주식도 과점주주 취득세 과세대상에서 제외되는 것이며, 그동안의 과세실무도 코스닥 시장 주식을 과세대상에서 제외하는 것으로 처리하여 왔다. 그럼에도 처분청이 코스닥시장 주식에 대하여만 과점주주 취득세 과세대상에는 해당하나 그 납부의무만 면제되는 것으로 해석함은 법령의 체계에 반하고 모순된다.
(3) 설사, 과세대상에 해당한다 하더라도 이 건 과점주주 취득세 납세의무의 성립여부에 대하여 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등 청구법인이 그 신고를 하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다. (가) 관련 법령상 청구법인은 쟁점주식 취득이 과점주주 취득세 과세대상이 아닌 것으로 해석할 소지가 충분히 있었고, 법령의 불분명으로 인한 책임을 납세자에게 전가함은 부당하다. 설사, 코스닥시장 주식도 과점주주의 취득세 과세대상에 해당한다 하더라도, 증권시장의 범위에 대한 자본시장법과 지방세기본법의 개정 내용 및 지방세특례제한법의 규정 내용 등으로 인해 납세자로서는 유가증권시장 주식 뿐 아니라 코스닥시장 주식도 과점주주 취득세 과세대상이 아닌 것으로 오해할 만한 소지가 충분히 있었다. 위 규정에도 불구하고 유가증권시장 주식과 달리 코스닥시장 주식의 취득은 과점주주 취득세 납세의무 자체는 성립하므로 신고의무는 존재하나 그 납부는 면제된다고 해석할 것을 기대하기는 어려운 것이며, 이러한 입법의 불분명에 대한 책임을 납세자에게 전가하여 납부의무도 없는 조세에 대해 미신고에 대한 책임을 지우는 것은 매우 부당하다. (나) 청구법인이 지방세특례제한법 제57조의2 제5항을 과점주주 취득세 납세의무와 납부의무 모두 성립하지 아니하는 근거로 본 데에는 정당한 사유가 있다. 주식의 포괄적 교환 등에 대한 지방세특례제한법상 과세특례는 조세특례제한법 제120조 제6항에서 2014.12.31. 이관된 것인데 해당 규정에서는 주식의 포괄적 교환 등으로 과점주주에 해당하게 되는 경우에는 과점주주 취득세 납세의무에 관한 지방세법 제7조 제5항을 적용하지 아니한다고 규정하여 납세의무 자체가 성립하지 아니하는 것으로 규정하고 있었다(따라서 당연히 신고의무도 존재하지 아니함). 또한 지방세특례제한법 제57조의2에서는 과점주주 취득세 과세대상이 아닌 유가증권시장 주식에 대하여도 굳이 과점주주 취득세 면제대상으로 규정하고 있었으므로 납세자로서는 동 조항이 과세대상이 아님을 재차 확인하는 규정이라고 해석한 것이다(과세대상이 아닌데 납세의무를 면제하는 것은 비정상적임). (다) 당초부터 납부할 취득세가 없는 납세자에게 감면 전의 단순 산출세액을 기준으로 무신고가산세를 부과하는 것은 무신고 가산세의 본질에 반한다. 무신고가산세란 정상적으로 세금을 납부할 의무가 있는 납세자가 신고를 불이행하여 조세행정에 차질을 일으킨 경우에 대한 패널티로 부과되는 행정상의 제재로, 세금을 납부할 의무가 없다면 처음부터 납세의무가 성립하지 않는 경우나 면제되는 경우의 구별 없이 무신고 가산세의 제재를 가할 하등의 이유가 없다. 이러한 점을 반영하여 2016.1.1.부터 지방세기본법상 무신고 가산세 기준액을 ‘지방세법에 따라 산출한 세액’에서 ‘납부하여야 할 세액’으로 개정하였다(2013.1.1.∼2013.12.31. ‘지방세관계법에 따라 산출한 세액’→2014.1.1.∼2015.12.31. ‘지방세법에 따라 산출한 세액’→2016.1.1.∼‘납부하여야 할 세액’). 따라서 위와 같은 무신고가산세의 본질 및 지방세기본법상 무신고가산세 규정의 입법연혁 등을 종합하여 납부할 세액이 없는 경우에는 무신고가산세를 부과하지 아니함이 타당하며, 실제로 이 건 부과처분을 한 처분청의 약OOO%에 달하는 OOO개의 처분청은 취득세 무신고가산세를 부과하지 아니하였다.
(1) OOO시장 의견 등기우편으로 납세고지서를 2020.8.13. 송달하였다.
(2) OOO시장 의견 납세의무 성립시기는 납세의무가 확정되는 때 라 할 것이고, 납세의무는 부과결정에 의하여 확정되므로 청구법인이 과세표준과 세액을 신고하지 아니하여 처분청이 2020.8.7. 이 건 부과를 하고 2020.8.10. 징수결정 및 확정하였으므로 부과제척기간 내에 부과처분이 이루어졌다.
(3) OOO구청장 의견 2020.8.10. OOO에 위치한 청구법인의 본사에 직접 방문하여 문서수발실 직원 OOO에게 납세고지서를 교부송달하였다.
(4) OOO군수 의견 2020.8.10. 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 납세고지서를 송달하였으나, 2020.8.14.에는 이를 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원으로 감액하는 통지를 한 것이므로 이 건 부과처분은 부과제척기간내에 이루어졌다.
(5) ① 과점주주에 대한 취득세 납세의무는 지방세법 제7조 제5항에서 ‘법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법 제47조 제2호에 따른 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 본다.’고 규정하고 있고, 지방세기본법 제47조에서 ‘주식을 자본시장법에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인’은 과점주주 과세대상에서 제외한다고 규정하고 있으며, 지방세기본법 시행령 제24조 제1항에서 ‘법 제47조 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 증권시장"이란 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 (이하 “자본시장법 시행령”이라 한다) 제176조의9 제1항에 따른 유가증권시장을 말한다.’고 규정하고 있다. 또한 자본시장법 시행령 제176조의9 제1항에서 ‘법 제165조의7 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 주권상장법인"이란 한국거래소가 법 제4조 제2항 각 호의 증권의 매매를 위하여 개설한 증권시장으로서 금융위원회가 정하여 고시하는 증권시장(이하 "유가증권시장"이라 한다)에 주권이 상장된 법인을 말한다.’고 규정하고 있고, 증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정(금융위원회 고시) 제5-15조의3에서 ‘영 제176조의9 제1항에서 “금융위원회가 정하여 고시하는 증권시장”이란 영 제11조 제2항에 따른 한국거래소의 유가증권시장 업무규정 제1조에 따른 유가증권시장을 말한다.’고 규정하고 있다. 결국 위 규정내용을 종합하면, 지방세기본법 제47조 및 같은 법 시행령 제24조에서 과점주주 제외대상으로 정한 주식은 ‘한국거래소가 법 제4조 제2항 각 호의 증권의 매매를 위하여 개설한 증권시장’으로서 ‘금융위원회가 정하여 고시하는 증권시장(한국거래소의 유가증권시장 업무규정 제1조에 따른 유가증권시장)에 주권이 상장된 법인’의 주식을 의미하는 것이고, 일반적으로 “증권시장”이란 자본시장법 제8조의2 제4항에 따라 증권의 매매를 위하여 거래소가 개설하는 시장, 즉 통상적인 주식시장을 의미하는 것이지만, 과점주주에 대한 납세의무가 제외되는 증권시장은 국내에 개설된 증권시장 중 금융위원회가 정하여 고시한 유가증권시장에 상장한 법인에만 한정되는 것이다.
② 한편 자본시장법이 ‘유가증권시장’과 ‘코스닥시장’을 구분하여 규정하고 있다가 ‘증권의 매매를 위하여 거래소가 개설하는 시장’을 모두 증권시장으로 보는 것으로 개정되었으나, 이는 기존 유가증권시장과 코스닥시장에 대한 업무규정에 더해 신규 개설될 코넥스 시장에 대한 업무규정을 추가할 수 있도록 법률적 근거를 마련하기 위한 것으로, 지방세법령에서 과점주주에 대한 취득세 과세제외대상을 유가증권시장 상장 법인 주식으로 한정하는 것으로 정하고 있는 이상 위와 같은 자본시장법 개정내용은 과점주주에 대한 과세범위에 영향이 없다. 또한, 구 지방세기본법 제47조(2013.5.28. 법률 제11845호로 개정되기 전의 것)에서는 과점주주 제외대상을 구 자본시장법(2013.5.28. 법률 제11845호로 일부개정되기 전의 것)에 따른 ‘유가증권시장 상장 법인’만으로 한정하여 규정하고 있었고, 자본시장법이 개정됨에 따라 지방세기본법도 개정되어 과점주주 제외대상의 범위를 대통령령으로 위임하고, 그 위임을 받은 같은 법 시행령에서 ‘자본시장법 시행령 제176조의9 제1항에 따른 유가증권시장’을 그 대상으로 정함으로써 지방세법령에서 과점주주 과세제외 대상을 ‘유가증권시장’으로 그 범위를 한정하는 것으로 규정하게 되었다. 따라서 유가증권시장 이외의 시장인 코스닥시장 및 코넥스시장을 통해 법인의 주식을 취득하여 지방세기본법제47조 제2호에 따른 과점주주가 된 경우는 위 법령 개정전후를 불문하고 여전히 취득세 납세의무가 있다 할 것이다.
③ 지방세특례제한법 제57조의2 제5항 제8호 및 같은 법 시행령 제28조의2 제4항 제1호 및 제2호에 따라 유가증권시장 및 코스닥시장에 상장된 법인의 주식을 기업합병 등으로 취득하여 과점주주가 되는 경우 그 납세의무를 면제하고 있다고 하여, 이것이 곧 지방세기본법제47조에 따라 과점주주에서 제외되는 것으로 유추하여 확장 적용할 수 없는 것은 지방세기본법 제47조 및 자본시장법 제393조 제1항, 자본시장법 제165조의7 제1항, 자본시장법 시행령 제176조의9, 증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정제5-15조의3에서 규정하는 “금융위원회가 정하여 고시하는 증권시장” 중 그 어디에서도 유가증권시장과 코스닥시장을 동일하게 취급하고 있지 아니함은 물론, 지방세기본법에서는 설립 당시 주식 취득 이외의 유가증권시장에서의 일반적인 주식 취득에 따른 과점주주 제외 대상을 규정하고 있는 반면, 지방세특례제한법에서는 기업의 합병과 분할 과정에서 발생하는 주식취득에 따른 과점주주의 취득세를 면제하는 대상을 각각 별도로 규정하고 있기 때문이다. 그러므로 청구법인의 주장과도 같이 쟁점주식 취득 당시 시행 중인 지방세특례제한법에서 유가증권시장 상장법인의 주식과 코스닥시장 상장법인의 주식을 동일하게 취급하고 있어 유가증권 및 코스닥시장 상장법인의 주식 모두를 과세대상에서 제외하는 것이 합리적이라는 청구법인의 주장은 그 근거와 이유가 없다.
(6) 취득세가 면제된다 하더라도 그에 따른 신고의무까지 당연히 면제되는 것은 아니고, 청구법인이 취득세 신고(면제 신청)을 하지 아니한 이상 처분청이 취득세 무신고가산세를 부과한 처분은 정당하다. 일부 처분청이 무신고가산세에 관한 지방세법의 개정연혁 등을 참작하여 무신고가산세를 부과하지 아니하였다 하여 청구법인이 취득세를 신고하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 것으로 인정되는 것은 아니며, 무신고가산세 부과처분의 당부는 관련 법령에 따라 판단하여야 할 것이다.
3. 심리 및 판단
① 부과제척기간 도과여부
② 코스닥시장 상장법인의 주식을 취득하여 과점주주가 된 경우 취득세 납세의무가 성립하는지 여부
③ 청구법인에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 청구법인이 제출한 증빙서류와 처분청이 제시한 심리자료에서 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 코스닥 상장 법인인 OOO 주식회사의 주식 OOO%를 소유하던 중 2015.6.9. 동 법인 발행 나머지 주식 OOO%을 포괄적 주식교환을 통해 취득하여 동 법인 발행 주식 OOO%를 보유하게 되었다. (나) 쟁점주식의 포괄적 주식교환으로 인한 주식의 이전일인 2015.6.9.부터 60일 후인 2015.8.8.이 토요일이므로 그 다음 월요일인 2015.8.10.이 취득세 신고기한이다. (다) 위 신고기한 다음날부터 5년 후인 2020.8.10.이 쟁점주식에 대한 취득세 부과제척기간의 종료일이 된다. (라) 처분청이 송부한 결정결의서, 납세고지서 발급내역, 등기우편 종적조회, 취득세 고지서 송달부(교부) 등에 따르면 각 처분청은 이 건 납세고지서를 청구법인의 본점 소재지로 아래와 같이 송달한 것으로 확인되며, OOO군수는 1차 납세고지서 송달 후 감액하여 2차 납세고지서 송달한 것으로 확인된다.
○○○
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 본다. 청구법인은 OOO시장 외 3곳의 처분청이 이 건 납세고지서를 부과제척기간을 도과하여 송달하였다고 주장하나, 이 건 취득세 등의 부과제척기간은 2020.8.10.임은 위에서 본 바와 같고, OOO구청장과 OOO군수는 각 그 납세고지서를 부과제척기간인 2020.8.10.에 송달하였으나, OOO시장과 OOO시장은 각 그 납세고지서를 2020.8.10.을 지나 송달한 사실이 우편물종적조회 등에 의하여 확인되므로 이 건 부과처분 중 OOO시장과 OOO시장이 한 취득세 등의 부과처분은 부과제척기간을 도과하여 위법한 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 본다. 지방세법 제7조 제5항은 “법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법제47조 제2호에 따른 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 본다”고 규정하고 있고, 지방세기본법 제47조 제1호에서 “주주 또는 유한책임사원 1명과 그 특수관계인 중 대통령령이 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들”을 과점주주라고 규정하면서 같은 조 각호 외의 부분 본문에서 “주식을 자본시장법에 따른 증권시장으로서 대통령령이 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다”고 규정하고 있으며, 지방세기본법 시행령제24조 제1항에서 “법 제47조 각 호 외의 부분 본문에서 ‘대통령령으로 정하는 증권시장’이란 자본시장법 시행령 제176조의9 제1항에 따른 유가증권시장을 말한다”고 규정하고 있다. 한편, 자본시장법 시행령 제176조의9 제1항에서는 “대통령령으로 정하는 증권시장”이란 “한국거래소가 법 제4조 제2항 각 호의 증권의 매매를 위하여 개설한 증권시장으로서 금융위원회가 정하여 고시하는 증권시장(이하 “유가증권시장”이라 한다)”을 말한다고 규정하고 있고, 그에 따른 금융위원회 고시 증권의 발행 및 공시등에 관한 규정 제5-15조의3에서는 “영 제176조의9 제1항에서 ‘금융위원회가 정하여 고시하는 증권시장’이란 영 제11조 제2항에 따른 한국거래소의 유가증권시장 업무규정 제1조에 따른 유가증권시장을 말한다”고 규정하고 있다. 이에 따르면 청구법인은 2015.6.9. 코스닥시장 상장주식인 쟁점주식을 취득함으로써 쟁점법인 발행주식의 OOO%를 소유하게 되어 지방세법 제7조 제5항 및 지방세기본법제47조에 따라 과점주주의 취득세 납세의무가 성립하는 것으로 판단된다(다만, 지방세특례제한법 제57조의2 제5항 제7호에 따라 포괄적 교환으로 취득한 코스닥 상장 주식으로서 취득세는 면제되며, 농어촌특별세법 제3조 제1호에 따라 감면받은 세액에 대하여 농어촌특별세를 납부하여야 한다) 청구법인은 코스닥시장 상장 법인의 주식인 쟁점주식은 과점주주 취득세 과세 대상이 아니라고 주장하나, 과점주주의 취득세 부과에 관한 지방세법 제7조 제5항에서 과점주주의 범위에 관하여 지방세기본법 제47조를 준용하고 있고, 동 법률에서 과점주주 과세 제외대상을 대통령령으로 위임함에 따라 그 위임을 받아 동법 시행령 제24조, 자본시장법 시행령 제176조의9 및 증권의 발행 및 공시등에 관한 규정에서 ‘유가증권시장에 주권이 상장된 법인’의 주식만 과점주주 과세 제외 대상으로 한정하고 있는 것으로 보이므로 코스닥시장 상장 법인의 주식인 쟁점주식이 과점주주 취득세 과세 대상이 아니라는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (다) 쟁점③에 대하여 본다. 지방세법 제20조 제1항에서 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 60일 이내에 그 과세표준과 세액을 신고·납부하여야 한다고 규정하고 있고, 지방세기본법 제53조의2 제1항에서 납세의무자가 법정신고기한까지 지방세법에 따라 산출한 세액을 신고하지 아니한 경우에는 산출세액의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다고 규정하고 있다. 이에 의하면 청구법인은 2015.6.9. 쟁점주식을 취득함으로써 지방세법 제7조 제5항에 따라 과점주주에 대한 취득세의 납세의무가 성립하였는바, 그 주식을 취득한 날부터 60일 이내에 취득세 과세표준과 세액을 신고·납부하였어야 함에도 이를 신고하지 아니하였으므로 지방세법상 산출세액의 100분의 20에 상당하는 금액의 가산세를 납부하여야 하는 것이며, 지방세특례제한법에 따라 그 취득세가 면제되었다 하여 해당 취득세에 대한 과세표준과 세액의 신고의무까지 면제되는 것은 아니다. 또한 과점주주 취득세 납세의무 성립과 그 면제에 관한 법령 및 취득세 무신고 가산세에 관한 법령이 개정되는 등으로 인해 청구법인이 과점주주 취득세 납세의무의 범위 등에 대하여 오인하였던 사정이 있었던 것으로 보이나, 이는 법률의 부지에 해당하므로 이를 가산세를 면할 정당한 사유로 보기는 어려운 것으로 판단된다. (라) 따라서 OOO시장과 OOO시장이 청구법인에게 한 이 건 부과처분은 부과제척기간을 도과하여 위법하나, 나머지 처분청들이 청구법인에게 한 이 건 취득세 무신고가산세 등의 부과처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제6항, 국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지1＞ 심판청구내역
○○○ ＜별지2＞ 관련 법령
(1) 지방세법(2015.12.29. 법률 제13636호로 개정되기 전의 것) 제7조(납세의무자 등) ⑤ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법 제47조 제2호에 따른 과점주주(이하 "과점주주"라 한다)가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득(법인설립 시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 취득으로 보지 아니한다)한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 지방세기본법 제44조를 준용한다. 제20조(신고 및 납부) ① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날(괄호안 생략)부터 60일[괄호안 생략] 이내에 그 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.
(2) 지방세기본법(2015.5.18. 법률 제13293호로 개정된 것) 제34조(납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 시기에 성립한다.
1. 취득세: 취득세 과세물건을 취득하는 때 제38조(부과의 제척기간) ① 지방세는 대통령령으로 정하는 바에 따라 부과할 수 있는 날부터 다음 각 호에서 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니한 경우에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)에 따라 상호합의절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조에서 정하는 바에 따른다.
1. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 지방세를 포탈하거나 환급 또는 경감받은 경우에는 10년 1의2. 상속을 원인으로 취득하는 경우에는 10년
2. 납세자가 법정신고기한까지 소득세, 법인세 또는 지방소비세의 과세표준신고서를 제출하지 아니하여 해당 지방소득세 또는 지방소비세를 부과할 수 없는 경우에는 7년
3. 그 밖의 경우에는 5년 제47조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목에 있어서는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 소유주식수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.
1. 무한책임사원
2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다) 제53조의2(무신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 지방세법에 따라 산출한 세액(이하 "산출세액"이라 한다)을 신고하지 아니한 경우에는 산출세액의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.
③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 세목에 대하여 가산세를 부과하지 아니한다.
1. 지방세특례제한법 제6조 제3항, 제9조 제3항, 제22조 제3항 본문, 제29조 제2항 제2호 나목, 제41조 제3항 본문, 제43조 제3항 본문, 제50조 제3항 본문, 제62조제1항, 제89조 제3항 본문 및 제92조 제2항에 따라 등록면허세가 면제되는 경우
2. 지방세특례제한법 제7조 제1항ㆍ제2항 및 제9조 제2항ㆍ제3항에 따라 취득세가 면제되는 경우
④ 제1항 및 제2항에 따른 가산세의 계산 및 그 밖에 가산세 부과 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제53조의4(납부불성실가산세) 납세의무자가 지방세관계법에 따른 납부기한까지 지방세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)한 경우에는 다음의 계산식에 따라 산출한 금액을 가산세로 부과한다. 이 경우 가산세는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분(납부하여야 할 금액에 미달하는 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 75에 해당하는 금액을 한도로 한다.
(3) 지방세기본법 시행령(2015.1.6. 대통령령 제25985호로 개정된 것) 제18조(제척기간의 기산일) ① 법 제38조 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따른 지방세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호에 해당하는 날로 한다.
1. 법 또는 지방세관계법에서 신고납부하도록 규정된 지방세의 경우에는 해당 지방세에 대한 신고기한의 다음 날. 이 경우 예정신고기한, 중간예납기한 및 수정신고기한은 신고기한에 포함되지 아니한다.
2. 제1호에 따른 지방세 외의 지방세의 경우에는 해당 지방세의 납세의무성립일 제24조(2차 납세의무를 지는 특수관계인의 범위) ① 법 제47조 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 증권시장"이란 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제176조의9 제1항에 따른 유가증권시장을 말한다.
(4) 지방세특례제한법(2015.5.18. 법률 제13288호로 개정된 것) 제57조의2(기업합병·분할 등에 대한 감면) ⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 2015년 12월 31일까지 지방세법 제7조 제5항에 따라 과점주주가 해당 법인의 부동산을 취득한 것으로 보아 부과하는 취득세를 면제한다. 다만, 제8호의 경우에는 2016년 12월 31일까지 해당 취득세를 면제한다.
1. ∼ 6. (생략)
7. 조세특례제한법 제38조 제1항 각 호의 요건을 모두 갖춘 주식의 포괄적 교환·이전으로 완전자회사의 주식을 취득하는 경우. 다만, 같은 법 제38조 제2항에 해당하는 경우(같은 조 제3항에 해당하는 경우는 제외한다)에는 면제받은 취득세를 추징한다.
8. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인의 주식을 취득한 경우
(5) 지방세특레제한법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정된 것) 제28조의2(법인 합병의 범위 등) ④ 법 제57조의2 제5항 제8호에서 "대통령령으로 정하는 증권시장"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시장을 말한다.
1. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제176조의9 제1항에 따른 유가증권시장
2. 대통령령 제24697호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 일부개정령 부칙 제8조에 따른 코스닥시장
(6) 농어촌특별세법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제3조(납세의무자) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.
1. 제2조 제1항 각 호 외의 부분에 규정된 법률에 따라 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면을 받는 자 제5조(과세표준과 세율) ① 농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 제7조(신고·납부 등) ① 제5조 제1항 제1호에 따른 농어촌특별세는 해당 본세를 신고·납부(중간예납은 제외한다)하는 때에 그에 대한 농어촌특별세도 함께 신고·납부하여야 하며, 신고·납부할 본세가 없는 경우에는 해당 본세의 신고·납부의 예에 따라 신고·납부하여야 한다. (단서생략)
(7) 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(2013.5.28. 법률 제11845호로 개정된 것) 제8조의2(금융투자상품시장 등) ① 이 법에서 "금융투자상품시장"이란 증권 또는 장내파생상품의 매매를 하는 시장을 말한다.
② 이 법에서 "거래소"란 증권 및 장내파생상품의 공정한 가격 형성과 그 매매, 그 밖의 거래의 안정성 및 효율성을 도모하기 위하여 제373조의2에 따른 금융위원회의 허가를 받아 금융투자상품시장을 개설하는 자를 말한다.
③ 이 법에서 "거래소시장"이란 거래소가 개설하는 금융투자상품시장을 말한다.
④ 거래소시장은 다음 각 호와 같이 구분한다.
1. 증권시장: 증권의 매매를 위하여 거래소가 개설하는 시장
2. 파생상품시장: 장내파생상품의 매매를 위하여 거래소가 개설하는 시장 제393조(업무규정) ① 증권시장에서의 매매거래에 관하여 다음 각 호의 사항은 거래소의 증권시장업무규정으로 정한다. 이 경우 거래소가 개설ㆍ운영하는 둘 이상의 증권시장에 대하여 별도의 증권시장업무규정으로 정할 수 있다.
1. 매매거래의 종류 및 수탁에 관한 사항
2. 증권시장의 개폐ㆍ정지 또는 휴장에 관한 사항
3. 매매거래계약의 체결 및 결제의 방법. 다만, 증권인도와 대금지급에 관한 것을 제외한다.
4. 증거금(證據金)의 납부 등 매매거래의 규제에 관한 사항
5. 그 밖에 매매거래에 관하여 필요한 사항
(8) 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령(2015.4.29. 대통령령 제26205호로 개정된 것) 제176조의9(우리사주조합원에 대한 주식의 배정 등에 관한 특례의 예외 등) ① 법 제165조의7 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 주권상장법인"이란 한국거래소가 법 제4조 제2항 각 호의 증권의 매매를 위하여 개설한 증권시장으로서 금융위원회가 정하여 고시하는 증권시장(이하 "유가증권시장"이라 한다)에 주권이 상장된 법인을 말한다.
(9) 증권의 발행 및 공시등에 관한 규정(2014.11.4. 금융위원회 고시 제2014-34호로 개정된 것) 제5-15조의3(우리사주조합원에 대한 우선배정 등의 특례가 적용되는 증권시장) 영 제176조의9 제1항에서 “금융위원회가 정하여 고시하는 증권시장”이란 영 제11조 제2항에 따른 한국거래소의 유가증권시장 업무규정 제1조에 따른 유가증권시장을 말한다.
(10) 유가증권시장 업무규정(2013.12.11. 규정 제977호로 개정된 것) 제1조(목적) 이 규정은 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 “법”이라 한다) 제393조에 따라 한국거래소(이하 “거래소”라 한다)가 개설한 유가증권시장(이하 “시장”이라 한다)에서의 증권의 매매거래에 관하여 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다.
(11) 코스닥시장 업무규정(2013.12.11. 규정 제978호로 개정된 것) 제1조(목적) 이 규정은 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 “법”이라 한다) 제393조에 따라 한국거래소(이하 “거래소”라 한다)가 개설한 코스닥시장(이하 “시장”이라 한다)에서의 증권의 매매거래에 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다. 자본시장법이 한국거래소가 증권의 거래를 위하여 개설하여 관리하는 증권시장을 “유가증권시장”과 “코스닥시장”으로 나누어 규정(제9조, 제393조)하여 오다가 2013.5.28. 유가증권시장과 코스닥시장으로 나누지 아니하고 모두 “증권시장”(제8조의2) 또는 “거래소가 개설ㆍ운영하는 둘 이상의 증권시장”(제393조)으로 규정하는 것으로 개정되었다. 이에 따라 이에 따라 과점주주의 범위에 관한 지방세기본법 제47조도 2013.5.28. 과점주주 제외 대상을 “주식을 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제9조 제13항 제1호에 따른 유가증권시장에 상장한 법인”에서 “주식을 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에 상장한 법인”으로 개정되었고, 2013.8.27. 지방세기본법 시행령에 제24조 제1항이 신설되어 “법 제47조 각 호 외의 부분 본문에서 ‘대통령령으로 정하는 증권시장’이란 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제176조의9 제1항에 따른 유가증권시장을 말한다”고 규정하였다. 한편, 위 자본시장법 개정에 따라 2013.8.27. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령제176조의9 제1항도 “대통령령으로 정하는 증권시장”이란 “한국거래소가 법 제4조 제2항 각 호의 증권의 매매를 위하여 개설한 증권시장으로서 금융위원회가 정하여 고시하는 증권시장(이하 “유가증권시장”이라 한다)에 주권이 상장된 법인”을 말한다는 내용으로 개정되었고, 그에 따른 금융위원회 고시 증권의 발행 및 공시등에 관한 규정 제5-15조의3에서는 “영 제176조의9 제1항에서 ‘금융위원회가 정하여 고시하는 증권시장’이란 영 제11조 제2항에 따른 한국거래소의 유가증권시장 업무규정 제1조에 따른 유가증권시장을 말한다”고 규정하였다.