청구인이 이 건 토지를 취득한 후 3년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것에 정당한 사유가 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 2017.3.15. OOO 토지 13,532.3㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 매매로 취득한 후, 같은 날 지방세특례제한법제78조 제4항 제2호 가목에 따른 산업단지에서 산업용 건축물 등을 건축하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 처분청으로부터 취득세 등을 면제 받았다.
• 나. 처분청은 2020.4.17. 청구인이 지방세특례제한법제78조 제5항 제1호에 따라 이 건 토지를 취득한 후 3년(이하 “감면유예기간”이라한다) 이내에 정당한 사유없이 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 기 감면받은 취득세 등에 대한 자진신고·납부를 안내하였고, 청구인은 2020.6.18. 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 처분청에 신고·납부하였다.
• 다. 청구인은 2020.7.1. 감면유예기간 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 것에는 정당한 사유가 있다는 취지로 이 건 취득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.7.15. 이를 거부하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2020.7.23. 이의신청을 거쳐 2020.12.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 이 건 토지를 취득하기 전부터 지반조사 및 건축설계를 의뢰하였고, 취득한 후 감면유예기간 이내에 산업용 건축물 등을 건축하기 위해 지속적인 노력을 하였으나, 건축설계 사무소의 업무지연 등으로 산업용 건축물 등을 건축하지 못한 것으로 단순히 건축설계계약을 체결하지 않거나 건축허가를 받기 위하여 노력을 하지 않은 상태로 오랜 기간 동안 이 건 토지를 나대지 상태로 방치한 것은 아닌 점, 2017년에 주식회사 AAA(이하 “주-AAA”이라 한다)이 이 건 토지 옆에 공장을 건축하였으나 청구인 및 건축설계사는 그 공장의 생산공정에 초정밀라인이 있다는 사실을 알지 못하여 예상치 못한 옹벽 구조물의 설계를 변경하는 문제가 발생한 점, 2019년 당시 코로나19 사태가 매우 심각한 상황이었고 OOO지역이 특별재난지역으로 지정되는 등의 사정으로 정상적인 시공이 불가능한 상황이었던 점 등으로 불가피하게 이 건 토지를 취득한 후 감면유예기간 이내에 산업용 건축물 등을 건축하지 못하였다. 결과적으로 청구인은 감면유예기간 이내에 그 해당 용도에 직접 사용하기 위하여 지속적이고, 정상적인 노력을 다하였지만, 예상치 못한 사건들(건축사의 설계지연, 코로나 사태로 인한 설계작업 및 건축공사 지연, 설계 당시 예측치 못한 설계변경)로 인한 것으로 감면유예기간을 넘기게 된 것에는 정당한 사유가 있다고 볼 수 있으므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 감면유예기간 이내에 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 지속적이고, 정상적인 노력을 다하였다고 주장하나, 청구인은 설계사무소의 내부사정이 있었다고 한다면, 이를 극복하기 위하여 설계사무소의 내부 사정을 파악한 후 설계사무소 변경 등을 위하여 노력을 다하였어야 하나, 취득 후 2년 11개월이 지난 시점에서야 설계를 위한 본 계약을 체결하고 약 2년여 동안 설계를 하지 않은 점으로 볼 때 진지한 노력을 다하지 않은 것으로 보이는 점, 청구인은 인접공장의 생산공정에 초정밀라인이 설치되어 있어 산업용 건축물 등 건축공사를 진행하기 위하여 옹벽구조물의 설계변경이 불가피하였으므로 감면유예기간을 넘긴 것에는 정당한 사유가 있다고 주장하지만, 청구인이 이 건 토지를 취득한 후 인접공장에 초정밀라인이 설치되어 옹벽구조물의 설계변경이 필요하였다면 감면유예기간 이내에 검토하여 옹벽설치를 할 수 있는 시간적 여유는 충분했던 것으로 보이는 점, 청구인은 코로나19로 인하여 예측하지 못한 공사지연의 정당한 사유가 있다는 취지로 주장을 하나 이러한 사정은 감면유예기간이 경과하기 직전에 발생한 것으로 이 건 토지를 취득한 다음 건축설계계약을 체결하거나 건축허가를 받지 않은 채 위와 같이 오랜 기간 동안 이 건 토지를 그대로 방치할 수밖에 없었던 불가피한 사정이나 정당한 사유가 청구인에게 있었다고 보기는 어려운 점, 청구인은 감면유예기간이 경과하기 직전인 2020.3.10. 착공신고를 하고, 착공신고 이후에도 별다른 시공을 하지 않은 점 등에 비추어 청구인은 감면유예기간 이내에 그 해당 용도에 직접 사용하지 못한 것에는 정당한 사유가 있었다고 볼 수 없으므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 청구인이 이 건 토지를 취득한 후 3년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것에 정당한 사유가 있는지 여부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 2015.4.29. OOO와 이 건 토지에 대한 분양계약을 체결하고, 2017.3.15. 취득하였다. (나) 청구인은 2016.5.21. BBB 주식회사에 이 건 토지에 대한 지반조사(사면부분, 부지레벨, 지반체크)를 의뢰하였다. (다) 청구인은 2020.2.13. OOO AAA(이하 “AAA”이라 한다)과 건축물 설계계약을 하고, 2020.3.5. CCC 주식회사(이하 “주-CCC”이라 한다)와 도급계약을 체결하였으며, 그 도급계약서에는 착공예정일이 2020.3.13.로, 준공예정일이 2020.9.30.로 기재되어 있다. (라) 청구인은 AAA이 2016년 봄부터 이 건 토지 지상에 신축 예정인 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 설계업무를 하였다고 주장하고 있고, 그 증빙자료로 청구인이 2016.6.29. 설계업무에 대한 선금으로 AAA에게 OOO원을 송금한 거래내역서를 제출하였으며, AAA이 설계업무가 지연된 사유 등을 확인하여 주는 아래 진술서를 제출하였다. OOO (마) 주-AAA은 2017.3.16. 이 건 토지와 연접한 OOO에 공장용 건축물을 신축한 것으로 확인되고, 청구인은 주-AAA에 초정밀 부품생산시설이 설치되어 공사시 진동이 발생하면 물품 생산에 불량이 발생하거나 기계가 파손되어 손해배상을 청구할 수 있어 옹벽을 보강하기 위하여 건축설계를 변경하였다고 주장하며, 그 옹벽보강 설계 반영 전·후의 도면을 제출하였다. (바) 청구인은 이 건 토지 지상에 산업용 건축물 등 신축을 위하여 처분청으로부터 2020.3.10. 건축허가를 받고, 2020.3.11. 착공신고 수리통지를 받았으나, 처분청이 2020.5.27. 이 건 토지의 현장에 출장한 후 작성한 결과보고서에는 그 때까지 사실상 착공이 되지 않은 나대지 상태라고 기재되어 있다. (사) OOO 전 지역은 2020.3.15. 코로나19로 인해 특별재난지역으로 지정되었다. (아) 이 건 토지 지상에 산업용 건축물 등을 시공중인 주-CCC은 2020.6.12. 이 건 토지 지상에서 산업용 건축물 등을 신축 공사중에 있다고 주장하며 아래 공사관계자 확인서를 제출하였다. OOO (자) 청구인은 2020.6.19. AAA과 주-CCC에게 설계와 공사지연 등으로 이 건 취득세 등을 부담하게 되었으므로 그에 따른 배상을 요청하는 취지의 문서를 송달한 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 지방세특례제한법제78조 제4항에서 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다고 규정하면서 제1호 가목에서 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지를, 제2호 가목에서 산업용 건축물등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다고 규정한다고 규정하고 있고, 같은 조 제5항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다고 규정하면서 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있다. “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지 제한 등 그 법인 등이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함되고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 부동산의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 취득자가 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 고려하여 판단하여야 할 것이다(대법원 2009.1.15. 선고, 2006두14926 판결, 같은 뜻임). 청구인은 이 건 토지를 취득한 후 3년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것에 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구인이 주장하는 설계사무소의 내부사정으로 인한 설계지연, 이 건 토지 인접 공장의 초정밀부품 생산공정 라인배치에 따라 공사시 발생하는 공사 진동문제로 옹벽구조물의 설계변경이 불가피했던 점 등은 청구인 내부사정으로 보이는 점, 청구인은 코로나19로 인한 특별재난지역 지정으로 인한 인력의 수급 등의 차질 등으로 공사가 지연되었다고 주장하나, 그 시점은 감면유예기간이 종료되기 직전이었던 점, 청구인이 이 건 토지를 취득한 다음 건축설계계약을 체결하거나 건축허가를 받지 않은 채 그대로 두었다가, 감면유예기간 종료되기 직전에서야 이 건 토지 지상에 산업용 건축물 등의 건축을 위한 건축허가(2020.3. 10.), 착공신고(2020.3.11.) 등을 받은 점 등에 비추어 청구인이 이 건 토지 지상에 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 정상적인 노력을 다하였다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 볼 때 청구인이 이 건 토지를 취득한 후 3년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것에는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 (1)지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 감면한다.

1. 대상 지역

• 가. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지
• 나. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역
• 다. 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지

2. 감면 내용

• 가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(건축법제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.
• 나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 2014년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감한다.
• 다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 (2)지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 대상 지역

• 가. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지
• 나. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역
• 다. 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지

2. 경감 내용

• 가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(건축법제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감한다.
• 나. 산업단지등에서 산업용 건축물등을 대수선하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 25를 2016년 12월 31일까지 경감한다.
• 다. 가목의 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다.

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

⑧ 제1항부터 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(제4항 제2호 나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조 제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다. 부 칙 제25조(산업단지 입주기업 등에 대한 경감세율 특례) 제78조 제1항에 따른 사업시행자와 2015년 12월 31일까지 분양계약을 체결하고 제78조 제4항 제1호의 대상지역에서 산업용 건축물등을 건축［공장용 건축물(건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다］ 또는 대수선 하려는 자가 제78조 제4항에 따라 취득하는 부동산에 대해서는 이 법 개정 법률에도 불구하고 2017년 12월 31일까지 종전의 법률을 적용한다.