[참조결정] 조심2019지2574
[주 문] OOO시장이 2020.5.12. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은, OOO외 6필지 OOO㎡ 지상의 창고시설(청구법인이 AAA에게 임대한 면적) 및 물류센터(청구법인이 BBB에게 임대한 면적)를 OOO에 소재하고 있는 청구법인의 본점이 직접 관리하고 있는지 여부를 재조사하여, 그 결과에 따라 청구법인의 본점이 직접 관리하고 있는 경우에는 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
- 가. 청구법인은 2014.1.2. BBB의 기계공구 유통사업을 물적분할하여 설립한 법인으로, 공구유통사업에 사용할 목적으로 2014.6.10.∼ 2017.2.20. OOO외 6필지 OOO㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득한 후, 이 건 토지 지상에 2017.3.30. 창고시설(연면적이 OOO㎡로, 이하 “쟁점창고”라 한다)을, 2017.4.6. 지하 1층～지상 5층 규모의 물류센터(연면적이 OOO㎡로, 이하 “이 건 물류센터”라 한다)를 각 신축․취득하였다.
- 나. 청구법인은 2015.5.11.∼2017.4.20. 지방세법(2016.12.27. 법률 제14475호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제2항에 따라 수도권정비계획법상 과밀억제권역 내에 소재한 이 건 토지, 이 건 물류센터 및 쟁점창고의 취득에 대하여, 중과세율을 적용하여 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고․납부하였다.
- 다. 청구법인은 2020.3.26. 이 건 토지, 이 건 물류센터 및 쟁점창고를 지방세법 시행령(2016.12.30. 대통령령 제27710호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조 제1항 제6호에서 규정한 대도시 내 중과세 예외 업종인 유통산업발전법상 유통산업에 직접 사용하였다고 보아, 기신고․납부한 취득세 등 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
- 라. 처분청은 2020.5.12. 아래 ＜표＞와 같이 이 건 토지 및 이 건 물류센터 중 청구법인이 유통산업발전법상 유통산업에 직접 사용하는 부분에 관하여는 취득세 등 합계 OOO원을 환급하였으나, 청구법인이 BBB(청구법인과 특수관계법인으로, 이하 “BBB”이라 한다)에게 임대한 물류센터 연면적(OOO㎡)과 그 부속토지(이하 “쟁점물류센터”라 한다) 및 AAA(이하 “AAA”이라 한다)에게 임대한 쟁점창고와 그 부속토지에 대하여는 청구법인의 경정청구를 거부하였다. ＜표＞ 취득세 신고, 경정청구 및 환급내역 (단위: 천원)
- 마. 청구법인은 이에 불복하여 2020.7.6. 이의신청을 거쳐 2020.12.27. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 분할존속법인인 BBB가 2009년경 OOO(이 건 토지 인근) 지상에 취득한 건물(이하 “군포사업장”이라 한다)을 분할 이후에도 사용하여 왔는데, 군포사업장을 물품 보관창고 혹은 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장으로 이용하였는바, 이는 지방세법 시행규칙 제6조 단서에 따른 사무소 또는 사업장을 설치한 것이 아니므로, 쟁점물류센터 및 쟁점창고는 중과대상인 지방세법 시행령 제27조 제3항이 정한 “사무소 등 설치 이후 5년 이내에 취득하는 부동산”에 해당하지 아니한다. (가) 청구법인은 BBB 온라인 주문시스템(CTX 시스템)을 운영하고 있는데, 고객이 기계공구 물품을 주문하면 군포사업장 등 수도권 내 각 보관창고에서 물품을 배송하는 유통업무를 수행하고 있는바, 군포사업장은 보관하고 있던 물품 중 주문한 물품에 대해 검수를 완료하여 반출하는 장소에 불과하다. 지방세법 제13조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제27조 제3항에 따라, 대도시에서의 지점․분사무소 설치에 따른 부동산 취득에 해당하려면, “사무소 등”이 설치된 후 5년 이내 취득한 모든 부동산이어야 하는바, 여기서 “사무소 등”이라 함은 지방세법 시행규칙 제6조에 따라 법인세법․부가가치세법․소득세법에 따른 등록대상 사업장으로서, 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말하나, 같은 조 단서에서 물품의 보관만을 하는 보관장소 또는 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장은 제외하고 있다. 청구법인의 “물류인원관리 효율화 개선 계획” 자료에 의하면, 군포사업장 운영프로세스는 피킹지시, 피킹, 검수포장 세 단계로 나누어 운영된 것으로 확인되는바, 오로지 온라인으로 주문된 물품의 적재와 반출 과정만을 운영하였음을 알 수 있고, 일부 전산자료(전산화요청서)에서도 청구법인과 계열회사의 출고현황을 창고별로 파악하면서 군포사업장도 “창고”로 기재하고 있음을 확인할 수 있다. 또한, 군포사업장 내 시설들에 관한 “교체 요청서”들을 살펴보면, 군포사업장 내 시설들은 물류의 검수 및 출하를 위한 시설인 물류 검수 컨베이어, 검수장비와 밴딩기 등으로 확인되며, 군포사업장 내 집기, 시설은 모두 심판청구일 현재 이 건 물류센터로 이전하였는데 이 건 물류센터 현황 역시 물품의 적재․출하만을 위한 하치장으로 이용되는 시설임을 확인할 수 있는바, 이러한 점에 비추어 보아도 군포사업장을 물류반출 장소로 사용하였음을 확인할 수 있다. 이와 같이 군포사업장을 물품의 보관 또는 적재와 반출하는 장소로 사용하였음이 확인되므로, 이는 청구법인이 대도시에 “사무소 등”을 설치한 것으로 볼 수 없고, 결국 쟁점물류센터 및 쟁점창고는 대도시 내에 “사무소 등”을 설치한 후 5년 이내에 취득한 부동산으로 볼 수 없다. (나) 처분청은 청구법인이 군포사업장을 사업자 단위 과세를 적용한 종된 사업장으로 등록하여 부가가치세를 신고․납부하여 오고 있고, 군포사업장 2층에는 사무실, 3층에는 대표이사실 등이 설치된 것으로 보아 이 건 처분이 적법하다고 주장하나, 지방세법 시행규칙 제6조가 정한 “사무소 등”에 해당하려면, 관련 세법상 등록대상 사업장(종된 사업장 포함)으로서 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 의미하나, 이에 해당하더라도 물품의 보관만을 하는 “보관창고”나 물품의 적재와 반출만을 하는 “하치장”은 제외한다고 규정하고 있으므로, 단지 “종된 사업장”으로 등록한 점 만으로 “사무소 등”에 해당하지 아니하며, 처분청의 출장복명서는 청구법인에 대한 세무조사대상 시점인 2020년을 기준으로 확인된 사실에 불과하고, 실제 취득 당시인 2014년도부터 2017년도까지 확인된 이용현황이 아니므로 이를 취득 시로 소급하여 적용할 수 없다.
(2) 설령, 군포사업장을 청구법인의 “사무소 등”으로 보더라도, 쟁점물류센터 및 쟁점창고는 군포사업장이 이용하는 부동산이 아니며, 이는 대구광역시에 소재한 청구법인의 본점이 직접 취득하여 BBB과 AAA에 각 임대하여 직접 관리하는 부동산이므로, 쟁점물류센터 및 쟁점창고를 군포사업장이 이용하기 위하여 취득한 부동산으로 볼 수 없다. (가) 법원은 지방세법 제13조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제27조 제3항에 대하여 “지점 등 설치 후 5년 이내 취득하는 부동산”일지라도 대도시의 지점 등과 관계된 부동산인 경우에 한하여 취득세 중과대상이라고 판단하면서, 부동산이 본점과 지점에 모두 관련된 경우 대도시 내 지점과 관련된 부분에 한하여 중과세를 적용한 바 있으며, 조세심판원도 같은 뜻으로 판단하고 있다(대법원 2006.4.27. 선고 2003두7620 판결, 조심 2019지2574, 2020.7.21.) (나) 청구법인이 취득한 쟁점물류센터 및 쟁점창고와 지점과의 관련성 판단에 있어서, 법원은 본․지점의 인원수 배치 여부를 떠나 본점 소속 인원이 임대료 및 관리비 부과․징수업무를 수행하였고, 실제 임대부동산의 관리 업무가 특별히 많이 있는 것으로 보이지 않는다는 사실에 비추어 판단하였고(대법원 2009.4.9. 선고 2009두607판결), 과세관청도 대도시 밖 본점을 둔 법인이 대도시에 부동산을 취득하고 해당 부동산을 임대업에 사용하는 경우에 임대업을 영위하면서 임대 관련 업무를 본점에서 처리하여 지점과의 관련성이 없는 경우라면 중과세 대상에서 배제한다고 본바 있다(서울세제-7452, 2019.5.23.). (다) 청구법인은 쟁점창고를 처음부터 AAA에게 임대하여 줄 목적으로 취득한 것으로, 군포사업장이 이용할 목적이 아님이 청구법인과 AAA간 임대차계약상 명확하게 나타나며, 쟁점창고를 취득한 이후 해당 임대차계약 업무는 청구법인의 본점에서 직접 수행․관리하고 있는 것이지, 군포사업장의 직원들이 관여하지 않으므로 군포사업장과 쟁점창고는 관련성이 있지 아니하다. 청구법인은 쟁점창고를 취득하기 전인 2017.1.2. AAA에게 쟁점창고를 임대할 목적으로 임대차계약을 체결하였는바, 해당 임대차계약에서 청구법인은 쟁점창고를 취득하여 그 토지에 펜스를 설치하고, 창고시설로 77평의 건축물을 신축하여 임대할 것을 정하였다. 청구법인의 본점 소속 직원인 AAA 이사가 주도하여 직접 임대차계약을 체결하였고, 결국 청구법인은 상기 임대차계약에 따라 그 의무이행으로 쟁점창고를 신축하여 임대하였으며, 쟁점창고 주위에 펜스를 설치하고 별도의 출입문을 설치하여 군포사업장과 별도로 운영하고 있음을 확인할 수 있으며, 2017.4.20. AAA으로부터 본점 계좌로 임대료를 수취하였다. 청구법인은 본점 총무팀에서 직접 외부 수리업체를 선정하여 수리비를 기안하는 등 쟁점창고를 직접 관리하고 있음이 결재서류를 통하여 확인되며, 군포사업장 근무자가 이를 관리하는 것이 아니므로 군포사업장이 쟁점창고를 직접 이용한다거나 임대업무와 관련성이 있다고 볼 수 없다. (라) 청구법인의 본점이 직접 쟁점물류센터를 BBB에게 임대하여 임대차계약, 임대료 수수 업무를 담당하고, 해당 건물을 본점이 직접 관리하고 있는바, 쟁점창고와 마찬가지로 쟁점물류센터에 수리가 필요한 경우 본점이 직접 외부 수리업체를 선정하여 관리하고 있음을 결재서류 등을 통하여 쉽게 알 수 있다. 따라서 쟁점물류센터는 본점이 취득하여 직접 관리하고 있는 것이지, 군포사업장이 이를 이용하거나 관리하고 있다고 볼 수 없다. (마) 이에 대해 처분청은 2020.5.7. 군포사업장에 청구법인 총무팀 직원 3명이 근무하는 것을 확인하였으며, 이 외에도 청구법인이 제출한 조직도에서 군포사업장에 서울마케팅부 6개팀, 서울상품운영 6개팀, 서울로지스팀, 서울영업부 6개팀이 소속되어 있는바, 이러한 사실을 종합하면, 쟁점창고 관리 인원 등의 인적설비를 갖추고 있다고 볼 수 있다고 주장하나, 처분청이 주장하는 각 팀들은 온라인 주문․배송을 위한 물류 작업을 위한 인원들이지, AAA에 임대한 쟁점창고를 관리하는 인원들이 아님에도 명확한 입증 없이 추측에 근거한 처분을 하였다. 따라서, 청구법인은 군포사업장을 “보관창고 또는 하치장”으로 사용하였으며, 동 사업장을 “사무소 등”으로 활용한 사실이 없으므로, 결국 쟁점물류센터 및 쟁점창고는 지점 설치 후 5년 이내 취득한 부동산에 해당되지 않고, 설령 군포사업장을 청구법인의 지점으로 본다고 하더라도, 쟁점물류센터와 쟁점창고는 군포사업장과 관련성이 없으므로, 결국 쟁점물류센터 및 쟁점창고에 대하여 취득세 중과대상으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.
(1) 군포사업장은 2014.1.1.부터 부가가치세법 시행령 제11조 제2항에 따라 등록된 “사업자 단위 과세 적용 사업장의 종된 사업장”이며, 인적 및 물적 시설을 갖추어 계속하여 사업이 행하여지는 장소로서, 지방세법 시행규칙 제6조에 따라 청구법인의 “사무소 등”에 해당하므로, 쟁점물류센터 및 쟁점창고는 지방세법 제13조 제2항 제2호 및 같은 법 시행령 제27조 제3항의 규정에 의하여 “지점 설치 후 5년 이내에 취득한 부동산”에 해당하므로 이 건 거부처분은 정당하다. (가) 지방세법 시행령 제27조 제3항에 따라 대도시에 지점 설치 후 5년 이내에 부동산을 취득하였다면 그 용도를 불문하고 취득세 중과대상이 된다고 할 것인바(대법원 2015.3.26. 선고 2012두13511판결), 사업자등록증에 따르면 군포사업장은 청구법인의 사업자 단위 과세 적용 종된 사업장에 해당하고, 출장복명서 등에 따르면 군포사업장 2층에는 사무실, 3층에는 대표이사실 등이 확인되어 인적 및 물적 설비를 갖추고 있고, 2015년부터 2018년까지 군포사업장에서 발생한 부가가치세를 신고․납부하여 영업을 해 온 사실이 인정되므로 지방세법 시행규칙 제6조에 따른 “사무소 등”에 해당한다. (나) 따라서, 군포사업장은 지방세법 시행규칙 제6조가 정한 “사무소 등”에 해당하여 청구법인이 대도시에 지점을 설치한 것이므로, 쟁점물류센터 및 쟁점창고는 지방세법 시행령 제27조 제3항 후단에 따라 지점을 설치한 후 5년 이내에 부동산 취득에 해당하여 취득세 중과세율을 적용하는 것이 타당하다.
(2) 청구법인은 쟁점물류센터 및 쟁점창고를 본점이 직접 취득하여 관리하는 부동산으로 군포사업장과는 무관하다고 주장하나, 쟁점물류센터 및 쟁점창고는 청구법인의 지점인 군포사업장에 상주하는 인원들이 직접 관리하여 사용하는 부동산이다. (가) 청구법인은 쟁점물류센터 및 쟁점창고가 군포사업장과 관련성이 없으므로 중과대상 부동산이 아니라고 주장하나, 군포사업장에 청구법인의 총무팀 직원 3명이 근무하고 있는 것이 확인되었고, 청구법인이 제출한 조직도에 의하면 서울마케팅부 6개팀, 서울상품운영 6개팀, 서울로지스팀, 서울영업부 6개팀이 군포사업장에 소속되어 있음이 확인되므로, 이러한 사실에 비추어 보면 군포사업장에 쟁점물류센터 및 쟁점창고 관리 인원 등 인적설비를 갖추고 있는 것이므로 쟁점물류센터 및 쟁점창고는 군포사업장이 관리․사용하는 부동산이다. (나) 따라서, 쟁점물류센터 및 쟁점창고는 지방세법 시행령 제27조 제3항에 따라 청구법인의 지점인 군포사업장이 직접 사용하기 위해 취득한 부동산이거나, 지점 설치 후 5년 이내 취득한 부동산에 해당하므로 중과대상으로 보아 경정청구를 거부한 이 건 거부처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
① (주위적 청구) 군포사업장을 청구법인의 지점으로 보아, 쟁점물류센터 및 쟁점창고를 지점 설치 이후 5년 이내 취득한 대도시의 부동산으로서 취득세 중과대상으로 볼 것인지 여부
② (예비적 청구) 쟁점물류센터 및 쟁점창고의 관리․사용주체를 청구법인의 지점이 아닌 대도시 밖에 있는 본점으로 보아, 쟁점물류센터 및 쟁점창고의 취득에 대하여 중과적용을 배제할 수 있는지 여부
(1) 지방세법(2016.12.27. 법률 제14475호로 개정되기 전의 것) 제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용한다. 다만, 제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우의 취득세는 같은 조 제1항의 표준세율과 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용하고, 수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하거나, 법인이 사원에 대한 분양 또는 임대용으로 직접 사용할 목적으로 대통령령으로 정하는 주거용 부동산(이하 이 조에서 “사원주거용 목적 부동산”이라 한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.
1. 대도시에서 법인을 설립(괄호 생략)하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(괄호 생략)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우
(2) 지방세법 시행령(2016.12.30. 대통령령 제27710호로 개정되기 전의 것) 제27조(대도시 부동산 취득의 중과세 범위와 적용기준) ③ 법 제13조 제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점․분사무소 설치 및 법인의 본점․주사무소․지점․분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정자치부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 항에서 “사무소 등”이라 한다)이 그 설립․설치․전입(괄호 생략) 이전에 법인의 본점․주사무소․지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득(괄호 생략)으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립․설치․전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소 등이 설립․설치․전입 이후 5년 이내에 하는 업무용․비업무용 또는 사업용․비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다. 이 경우 부동산 취득에는 공장의 신설․증설, 공장의 승계취득, 해당 대도시에서의 공장 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산 취득을 포함한다.
(3) 지방세법 시행규칙(2017.7.26. 행정안전부령 제1호로 개정되기 전의 것) 제6조(사무소 등의 범위) 영 제27조 제3항 전단에서 “행정자치부령으로 정하는 사무소 또는 사업장”이란 법인세법 제111조․부가가치세법 제8조 또는 소득세법 제168조에 따른 등록대상 사업장(법인세법․부가가치세법 또는 소득세법에 따른 비과세 또는 과세면제 대상 사업장과 부가가치세법 시행령 제11조 제2항에 따라 등록된 사업자단위 과세 적용 사업장의 종된 사업장을 포함한다)으로서 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다. 다만, 다음 각 호의 장소는 제외한다.
1. 영업행위가 없는 단순한 제조․가공장소
2. 물품의 보관만을 하는 보관창고
3. 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장
(4) 부가가치세법 제6조(납세지) ① 사업자의 부가가치세 납세지는 각 사업장의 소재지로 한다.
④ 제1항에도 불구하고 제8조 제3항 후단에 따른 사업자 단위 과세 사업자는 각 사업장을 대신하여 그 사업자의 본점 또는 주사무소의 소재지를 부가가치세 납세지로 한다. 제8조(사업자등록) ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.
③ 제1항에도 불구하고 사업장이 둘 이상인 사업자(사업장이 하나이나 추가로 사업장을 개설하려는 사업자를 포함한다)는 사업자 단위로 해당 사업자의 본점 또는 주사무소 관할 세무서장에게 등록을 신청할 수 있다. 이 경우 등록한 사업자를 사업자 단위 과세 사업자라 한다.
(5) 부가가치세법 시행령 제11조(사업자등록 신청과 사업자등록증 발급) ② 제1항에도 불구하고 법 제8조 제3항부터 제5항까지의 규정에 따라 사업자 단위 과세 사업자로 등록을 신청하려는 사업자는 본점 또는 주사무소(이하 “사업자 단위 과세 적용 사업장”이라 한다)에 대하여 제1항 각 호의 사항을 적은 사업자 등록신청서를 사업자 단위 과세 적용 사업장 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2014.1.2. BBB의 공구유통사업 부문을 물적분할하여 설립되었으며, 등기부상 본점은 OOO으로, 수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역 외에 소재하고 있다. (나) 청구법인의 사업자등록증(등록번호: OOO)에는 개업연월일이 2014.1.1., 사업장 및 본점 소재지가 OOO으로, 업태가 도․소매, 제조, 서비스로, 종목이 기계공구, 산업용품, 무역, 출판, 기계공구, 공고물제작 및 업무대행으로 각 기재되어 있고, 사업자 단위 과세 적용사업자로 지정되었으며, 군포사업장이 종된사업장으로 지정되었다. (다) 심리일 현재 청구법인 홈페이지OOO의 “사업장 안내”에는 대구 본점 외에 군포사업장이 서울본사(마케팅부, 영업부)로 게시되어 있다. (라) 분할존속법인인 BBB는 2009년 OOO에 소재한 공장을 취득하여 군포사업장으로 사용하기 시작하였고, 군포사업장과 쟁점물류센터 및 쟁점창고는 모두 과밀억제권역 내에 소재하고 있다. (마) 청구법인은 2017.1.3. 쟁점창고(연면적 OOO㎡)에 대하여 AAA과 임대차계약을 체결(임대차기간: 2017.3.20.～2020.3.19.)하였고, 2017.3.30. 처분청으로부터 창고시설로 사용승인OOO을 받았다. (바) 청구법인은 2017.4.6. 이 건 물류센터에 대하여 처분청으로부터 공장으로 사용승인OOO을 받았고, 2017.5.12. 이 건 물류센터 중 일부인 쟁점물류센터에 대하여 특수관계법인인 BBB과 임대차계약을 체결(임대기간: 2017.5.30.～2020.5.31.)하였다. (사) 청구법인은 2014.1.1. 군포사업장을 종된 사업장으로 사업자 단위 과세를 적용하여 사업자등록OOO을 하였고, 2015년부터 2018년까지 군포사업장에서 발생한 부가가치세를 신고․납부하였다. (아) 청구법인은 군포사업장을 “물류창고”, “하치장”으로만 이용하였다고 주장하면서 증빙자료를 제출하였는데, 내부결재자료인 “전산화요청서”에는 “출고현황(창고별)” 또는 “피킹창고”라고 기재되어 있고, “물류인원 관리 효율화 계획안”에 의하면 군포사업장에서 업무가 크게 ① 물류 피킹, ② 물류 검수․포장․분류로 나뉘어 물류 입고․출하 업무를 수행하는 것으로 나타난다. (자) 청구법인은 군포사업장이 “창고시설”로 구성되어 있다고 주장하면서, 물류 검수 컨베이어를 교체를 기안하거나 컨베이어벨트와 검수장비 등의 추가 구매를 기안하는 내부결재 서류를 제출하였다. (차) 청구법인은 2017년 5월경 이후에야 군포사업장에 대표이사실과 사무실을 설치한 것이라고 주장하면서, 2017.5.19.에 기안한 군포사업장 리모델링을 위한 내부결재 서류를 제출하였는데, 동 서류의 제목은 “서울본사 리모델링”으로 되어 있고, 공사대상은 1층 마케팅 사무실, 2층 웰딩 사무실, 3층 사무동(대표이사실 등) 등으로 기재되어 있다. (카) 청구법인의 계좌별 거래내역조회에 따르면, 2020.4.21. 청구법인이 본점 계좌OOO로 AAA의 임대료 OOO원이 이체된 것으로 나타난다. (타) 청구법인은 쟁점창고에 대한 수선 등 관리를 본점에서 담당하는 것이라고 주장하며, AAA 남서울사업팀 소속 BBB 상무가 2021.4.20.자로 작성한 확인서를 제출하였는데, 동 확인서에는 청구법인의 본점이 쟁점창고를 직접 관리하고 있다는 취지로 기재되어 있다. (파) 청구법인은 본점이 직접 쟁점물류센터를 관리하는 입증자료로, 청구법인 본점 소속 직원이 직접 외부 수리업체를 선정하여 쟁점물류센터 수리를 진행한 결재서류와 그 서류 기안자가 본점 소속임이 기재된 신상기록카드를 제출하였다. (하) 처분청은 2020.5.7. 군포사업장과 쟁점물류센터 및 쟁점창고에 출장하여, 군포사업장에 청구법인 총무팀 직원 3명이 근무하고 있고, 2층에는 사무실, 3층에는 대표회의실 등이 설치되어 있다는 취지의 출장복명서를 작성하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 군포사업장을 물품 보관창고 또는 하치장으로 사용하였고, 지점 또는 사무소 등으로 활용한 사실이 없으므로 쟁점물류센터 및 쟁점창고(이하 “쟁점부동산”이라 한다)가 대도시에서의 지점 설치 후 5년 이내 취득한 부동산이 아니라고 주장하나, 대도시 내 부동산 취득의 중과세 범위와 적용기준을 규정한 지방세법 시행규칙(2017.7.26. 행정안전부령 제1호로 개정되기 전의 것) 제6조에서, “행정자치부령으로 정하는 사무소 또는 사업장”이란 법인세법 제111조․부가가치세법 제8조 또는 소득세법 제168조에 따른 등록대상 사업장(법인세법․부가가치세법 또는 소득세법에 따른 비과세 또는 과세면제 대상 사업장과 부가가치세법 시행령 제11조 제2항에 따라 등록된 사업자단위 과세 적용 사업장의 종된 사업장을 포함한다)으로서 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다고 규정하고 있고, 위 조항 단서 및 제2호 및 제3호에서 물품의 보관만을 하는 보관창고, 물품의 적재와 반출만을 하는 하치장은 사무소 등의 범위에서 제외하는 것으로 규정되어 있는바, 청구법인이 제출한 전산화 요청서, 결재 서류 등 내부자료만으로는 청구주장과 같이 군포사업장을 지점 또는 사무소 등이 아닌 보관창고 또는 하치장으로만 사용하였다고 인정하기에 부족한 반면, 청구법인이 물적분할하여 설립될 당시부터 스스로 개업일을 2014.1.1.로 하여 군포사업장을 사업자 단위 과세를 적용한 종된 사업장으로 사업자등록을 하였고, 이에 따라 부가가치세를 신고․납부한 사실, 청구법인 홈페이지OOO의 “사업장 안내”에 군포사업장을 “서울본사(마케팅부, 영업부)”로 게시하여 대외에 홍보해 온 사실, 청구법인의 내부 업무보고 자료(리모델링을 위한 내부결재 서류)에도 군포사업장을 “서울본사”로 지칭한 사실, 군포사업장 2층에 청구법인 사무실과 3층에 대표이사실이 설치된 것으로 조사된 사실(이에 대해 청구법인은 2017년 5월 이후 설치하였다고 주장하며 “리모델링 관련 내부결재 서류”를 제출하였으나, “신규 설치”가 아닌 “리모델링 내역”만으로 2017년 5월 이후 설치하였다는 청구주장을 인정하기 어려워 보인다.), 군포사업장에 청구법인의 총무과 직원이 근무하고 있는 것으로 조사된 사실 등에 비추어 청구법인은 물적분할하여 설립될 당시부터 군포사업장을 지방세법 시행규칙 제6조에서 규정한 인적 및 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 지점 또는 사무소 등으로 사용한 것으로 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 예비적 청구로서, 설령 군포사업장을 지점으로 보더라도 청구법인의 본점이 제3자에게 직접 임대하여 관리하고 있는 쟁점부동산은 지점과 관련이 없는 부동산이므로 취득세 중과대상이 아니라고 주장한다. 이에 대해 보면, 지방세법 제13조 제2항 본문 및 그 제1호에서 대도시 내에서의 법인을 설립하거나 지점 등의 설립․설치․전입 이후의 부동산 취득을 취득세 중과대상의 하나로 규정하고, 같은 법 시행령 제27조 제3항에서 “그 설립․설치․전입 이후의 부동산 취득”은 법인 또는 사무소 등이 설립․설치․전입 이후 5년 이내에 하는 업무용․비업무용 또는 사업용․비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다고 규정하고 있는데, 여기서 취득세 중과대상이 되는 “모든 부동산 취득”이라 함은 당해 법인(본점) 또는 당해 지점 등과 관계되어 그 설립․설치․전입 이후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산을 의미하는 것이므로, 당해 법인(본점) 또는 당해 지점 등과 관계없이 취득한 부동산까지 포함하는 것은 아니라 할 것(대법원 2006.4.27. 선고 2003두7620 판결, 같은 뜻임)이다. 이 건의 경우, 청구법인의 지점을 기준으로 보면, 쟁점①에서 살펴본 바와 같이 군포사업장을 청구법인의 지점으로 판단한 이상, 쟁점부동산은 청구법인이 지점 설치 이후 대도시에서 5년 이내 취득한 부동산으로서 동 부동산은 취득세 중과대상에 해당할 것이나, 청구법인의 본점을 기준으로 볼 경우에는, 비록 쟁점부동산이 대도시 내 지점설치 이후 5년 이내 취득한 부동산에 해당한다 하더라도, 청구주장과 같이 쟁점부동산을 청구법인의 본점이 직접 임대하여 관리하는 경우라면, 동 부동산은 대도시 밖에 소재하는 청구법인의 본점과 관계되어 취득한 부동산이고, 청구법인의 지점과 관계되어 취득한 부동산이 아니어서 쟁점부동산의 취득에 대하여 지방세법령상 대도시 내 부동산 취득의 중과규정을 적용하기는 어려워 보인다. 이에 따라 쟁점부동산을 임대하고 관리하는 주체가 청구법인의 본점인지, 아니면 지점인지에 대하여 보면, 대도시 내 부동산 취득의 중과규정을 적용하기 위해서는 그 과세요건 사실에 관한 입증책임이 과세권자에게 있는바(대법원 2004.4.27. 선고 2003두14284 판결, 같은 뜻임), 처분청은 지점(군포사업장)에 청구법인의 총무팀 직원 3명 등 다수의 인원이 근무하고 있는 것으로 보아, 청구법인의 지점에 상주하고 있는 인원들이 쟁점부동산을 관리하고 있다는 의견을 제시하였을 뿐, 해당 인원들이 쟁점부동산의 관리업무를 담당하고 있다는 것을 확인할 수 있는 입증자료를 달리 제시하지 아니하였다. 한편, 청구법인은 쟁점부동산에 대하여 처분청으로부터 창고시설 또는 공장으로 사용승인을 받은 후, 청구법인의 본점 명의로 쟁점부동산에 대한 임대차계약을 체결하고, 이에 대한 임대료를 본점 계좌로 수취한 사실이 나타나며, 쟁점부동산에 대한 수선 등 관리업무를 청구법인의 본점에서 수행하고 있다며 AAA 소속 간부의 확인서, 쟁점물류센터 수리를 진행한 결재서류와 그 서류 기안자가 본점 소속임이 기재된 신상기록카드 등을 제출한 점 등에 비추어 일응 쟁점부동산의 관리주체가 청구법인의 본점이라는 청구주장에 수긍이 가는 측면이 있다 하겠다. (다) 따라서, 처분청이 “쟁점부동산을 청구법인의 본점이 직접 관리하고 있는지, 아니면 군포사업장이(지점)이 관리하고 있는지”를 재조사하여, 그 결과에 따라 청구법인의 본점이 직접 관리하고 있는 경우에 한하여, 처분청이 청구법인에게 한 경정청구 거부처분을 취소하는 것이 타당하다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조, 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.