개정 지방세법의 일반적 경과조치에 따라 그 개정 이후 사업연도분 법인지방소득세 산정시 ｢조세특례제한법｣상 외국인투자감면을 적용하여야 하는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 외국인투자기업으로 등록된 사업자로, 2013사업연도 이전에는 조세특례제한법 제121조의2 제1항 제1호에 따른 외국인투자감면(이하 “쟁점감면”이라 한다)을 적용한 법인세액의 10%를 법인지방소득세로 신고하였고, 2014사업연도 이후에는 외국인투자감면을 적용하지 아니하여 계산한 법인지방소득세를 신고하였다.
• 나. 이후 청구법인은 2014.1.1. 개정된 지방세법(법률 제12153호로, 이하 “개정 지방세법”이라 한다) 부칙 제15조(이하 “일반적 경과조치”이라 한다) 등에 따라 2014사업연도 이후에도 쟁점감면이 계속 적용된다고 보아 쟁점감면을 적용하여 아래 ＜표＞와 같이 2015․2016사업연도 법인지방소득세 합계 원의 경정청구를 제기하였으나, 처분청들은 이를 거부하거나 경정청구 결과를 통지하지 아니하였다.

○○○

• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.12.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 2014.1.1. 법률 제12153호로 지방세법이 개정되기 전까지는 청구법인이 신고․납부한 법인세가 법인지방소득세의 과세표준이 됨에 따라 청구법인과 같이 조세특례제한법에 따라 법인세를 감면받은 경우는 감면받은 법인세만큼 법인지방소득세도 감면 효과를 보았으나, 2014.1.1. 지방세법이 개정되어 지방소득세를 법인세액에 연동되지 아니하고 독립하여 계산하는 방식으로 전환된 후로는 법인지방소득세에 대해 조세특례제한법에 따른 세액감면을 적용할 수 없게 되었다. 청구법인은 조세특례제한법 제121조의2 규정에 따라 외국인투자에 대한 조세감면결정을 받았고 이를 근거로 청구법인은 승인된 투자금액에 대하여 유상증자를 하였는바, 이 건 외국인투자를 결정ㆍ이행함에 있어 법인세 이외에도 이에 부가되는 법인지방소득세도 감면을 받을 수 있다는 신뢰를 가지고 있었고 이러한 신뢰는 개정 전 위 조세감면결정에 기인한 정당한 것이었다. 따라서 개정 지방세법 부칙 제15조에서 경과규정대로 “종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세”에 대하여는 종전의 규정을 적용하도록 하였으므로 이 건과 같이 종전 규정에서 세액감면을 받을 것으로 정해져 있었고, 적어도 기획재정부 장관으로부터 조세감면결정을 받은 이 건에 대해서까지 개정된 지방세법을 소급 적용하는 것으로 해석한다면 이는 부당하므로 종전 규정대로 세액감면을 계속 적용함이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 납세의무가 성립하기 전 원인행위 시 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 감면한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설령 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세 감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 마땅히 보호되어야 할 것이 아니므로 2014.1.1.이전에는 지방세법상 법인세분 지방소득세가 법인세 납부세액을 과세표준으로 하고 10%의 세율을 적용하여 산출되었으므로, 각종 감면이 적용된 법인세 납부세액을 기준으로 법인세분 지방소득세를 산출하는 결과 지방소득세에서도 법인세 감면의 반사적 효과를 보았던 것이며, 지방세법령상 지방소득세 관련 규정에 따른 법률효과가 아니므로, 이를 개정 지방세법 부칙 제15조에서 종전 규정의 적용대상으로 정한 ‘종전의 법령에 따라 감면 또는 부과되어야 할 지방세’에 해당한다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 개정 지방세법의 일반적 경과조치에 따라 그 개정 이후 사업연도분 법인지방소득세 산정시 조세특례제한법상 외국인투자감면을 적용하여야 하는지 여부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 OOO국 법인 AAA이 100% 투자하여 2003.1.28. 설립된 법인으로 OOO 및 OOO 재료 등 화학공업제품의 제조, 가공 수출입 및 판매를 주요영업으로 하고 있다. (나) 청구법인은 법인지방소득세가 독립세로 전환된 후인 2014사업연도 이후에는 외국인투자감면을 적용하지 아니하여 계산한 법인지방소득세를 신고하였다가 이후 쟁점감면을 적용하여 2015․2016사업연도 법인지방소득세 합계 OOO원의 경정청구를 제기한 것으로 나타난다. (다) 개정 지방세법의 개정이유에는 “소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계”하기 위한 것으로 기재되어 있다. (라) 개정 지방세법에 대한 국회 행정안전위원회 전문위원의 검토보고서에는 “구 지방세법 하에서 법인세 세액공제 및 감면에 연동하여 부가적으로 법인지방소득세도 세액공제․감면을 받았으나, 지방세법의 개정으로 더 이상 이와 같은 혜택이 유지되지 않는다. 법률 개정안이 지방소득세를 부가세에서 독립세 방식으로 전환하였으므로, 지방소득세에 대한 특례조항을 별도로 규정할 필요가 있어 개정안은 개인지방소득세에 관한 세액공제 등에 대하여는 새로이 지방세특례제한법 등에 옮겨 규정하였던 반면, 법인지방소득세에 관한 특례조항은 배제함으로써 법인에 대한 지방소득세의 과세를 강화하였다.”는 내용이 기재하고 있다. (마) 2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 지방세특례제한법에서는 개인지방소득세에 대한 감면 규정은 두고 있으나, 법인지방소득세에 대하여는 외국인 투자에 대한 감면규정을 두고 있지 아니한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 청구법인은 개정 지방세법의 일반적 경과조치에 따라 그 개정 이후 사업연도의 법인지방소득세액을 산정함에 있어 조세특례제한법상 외국인투자감면을 적용하여야 한다고 주장한다. (나) 살피건대, 아래의 내용에 비추어 볼 때, 2014사업연도 이후분 법인지방소득세를 산정함에 있어 조세특례제한법상 외국인투자감면을 적용하지 아니하는 것이 타당하다 할 것이므로, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

1. 법인에 부과되는 지방소득세는 과거에는 법인세 납부세액의 10%로 계산하여 납부하는 부가세 방식으로 징수되었으나, 지방세법이 2014.1.1. 개정되면서 국세와는 별도의 독립세 방식으로 전환됨에 따라 2014사업연도 이후의 소득에 대한 법인지방소득세는 개정된 지방세법령에서 정한 산출방식에 따르게 되었다.

2. 개정 지방세법 제103조의22에서 법인지방소득세의 세액공제 및 감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정하도록 하였으나, 지방세특례제한법에서는 개인지방소득세의 경우와 달리 법인지방소득세에 대한 세액감면에 대한 규정을 별도로 두고 있지 아니한바, 2014사업연도 이후분 법인지방소득세 산정시 조세특례제한법상 외국인투자감면을 적용할 여지가 없어 보인다.

3. 한편 일반적 경과조치는 지방세법령에 명시적으로 규정한 내용에 한하여 그 효력이 미친다 할 것인데, 조세특례제한법상 외국인투자감면 규정은 지방세법령에 명시되어 있지 아니한 것이어서 신뢰보호의 원칙이나 일반적 경과조치의 적용대상에 해당하지 아니한다 할 것이다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법 (가) 2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것 제89조(세율) ① 소득분의 표준세율은 다음과 같다. 구분 세율 소득세분 법인세분 소득세액의 100분의 10 법인세액의 100분의 10 제94조(소득분의 계산방법) ① 소득분은 소득세법과 법인세법에 따라 신고하거나 결정ㆍ경정된 소득세 및 법인세(원천징수된 소득세 및 법인세를 포함한다)로서 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액에 제89조 제1항의 세율을 적용하여 계산한다. 다만, 제87조 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 부과된 세액은 공제한다. (나) 2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정과 관련된 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다. 제103조의20(세율) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 표준세율은 다음 표와 같다. 과세표준 세율 2억원 이하 과세표준의 1000분의 10 2억원 초과 200억원 이하 2백만원 + (2억원을 초과하는 금액의 1000분의 20) 200억원 초과 3억9천8백만원+(200억원을초과하는금액의1000분의22) 제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지등 양도소득, 조세특례제한법 제100조의32 제2항에 따른 미환류소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다. 부 칙 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(2) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제121조의2(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(외국인투자촉진법 제2조 제1항 제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세를 각각 감면한다. 1.국내산업의 국제경쟁력 강화에 긴요한 사업으로서 외국인투자 촉진법 제27조에 따른 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업 (이하 각 목 생략)