합병으로 설립된 청구법인이 합병으로 취득한 환승센터부지를 유예기간 이내에 고유업무에 도시철도사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 경우에 해당하는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 OOO OOO와 OOO공사가 합병하여 설립된 법인으로 지방공기업법과 OOO공사 설립 및 운영에 관한 조례가 정하는 바에 의하여 OOO시 도시철도의 건설 운영 및 부대사업 등을 목적사업으로 하는 법인이다.
• 나. 청구법인은 2018.12.11. 합병을 원인으로 기존 OOO와 OOO공사가 소유하고 있는 OOO시에 소재한 역사, 철도기지, 사업소 건축물 등을 취득한 후 취득신고를 하면서 지방세특례제한법(이하 “지특법”이라 한다) 제63조 제5항에 따른 도시철도사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면신청을 하여 취득세 등을 면제받았다.
• 다. OOO시는 2020.5.25.〜2020.6.2. 청구법인에 대하여 세무조사를 실시한 후 청구법인이 합병으로 취득한 사업용 재산 중 OOO환승센터 예정부지에 포함된 OOO주차장부지인 OOO토지 OOO㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)는 OOO환승센터 개발사업의 착공 전까지는 OOO시 주차계획과가 이 건 토지를 관리하고 시설관리공단에 위탁하여 주차장을 운영하면서 수입금 등을 OOO시에 귀속하도록 하고 있으므로 지특법 제63조 제5항의 감면 대상에 해당하지 아니하지만 지특법 제57조의2의 감면 대상에는 해당되므로, 그 감면차액에 해당하는 취득세 등을 추징하도록 처분청에 통지하였고, 이에 따라 처분청은 2020.11.10. 이 건 토지에 대하여 감면한 세액 중 OOO%에 해당하는 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(가산세 포함)을 청구법인에게 부과고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.12.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 이 건은 합병으로 소멸된 OOO가 현물출자받은 OOO환승센터 개발부지에 속한 이 건 토지를 청구법인이 합병으로 승계취득하여 유예기간 내에 당초 용도로 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 지 여부에 대한 다툼이라 할 것이다. 지특법 제178조 제1항 제1호에서의 “정당한 사유”에 대한 판단기준을 ① 납세의무자가 수행하는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법취지, ② 토지 취득목적에 비추어 이를 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단 ③ 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 그 장애 정도 ④ 법인이 진지한 노력을 다하였는지 여부 ⑤ 취득이전에 장애사유가 존재하였는지 ⑥ 이러한 장애요소를 해소하지 못한 것에 대하여 귀책사유가 취득자에게 존재하는 지 등을 고려하여 판단하여야 할 것이다. 청구법인의 경우 ① 합병 자체가 청구법인의 의사로 이루어진 것이 아니라 OOO시의 정책목적에 따라 추진된 것이며, ② 합병으로 피합병법인의 모든 자산이 동일성을 유지한 채 청구법인에게 이전되어 동일하게 사업을 추진하고 있으며, 2014년 12월경에 합병이 추진되었는데 그 이후에 OOO환승센터개발사업의 재검토지시로 인하여 사업을 정상적으로 추진할 수 없었던 상태에서 합병이 이루어진 것이며, ③ 당해 사업이 현재까지 정상적으로 추진되지 못하고 있는 것도 OOO시의 개발계획 재검토지시에 따른 후속조치로 인하여 사업을 추진할 수 없었던 것으로서 사업추진이 이루어지지 아니한 귀책사유가 청구법인에게 있다고 할 수 없다 할 것이고, OOO환승센터 건축에 따른 사업기간 등을 고려하면, 처분청이 이 건 토지에 대하여 감면한 세액의 일부를 추징한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 이 건 토지 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 지에 관하여 살펴보면, ‘정당한 사유’라 함은 해당 사업에 직접 사용하는 데에 걸리는 준비기간의 장단, 직접 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 목적사업에 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단할 것이고, 법령에 의한 금지·제한 등 부동산을 취득할 당시 유예기간 이내에 목적사업에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였다면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황에서 부동산을 취득하였고, 취득 후 유예기간 이내에 당해 부동산을 목적사업에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 목적사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 당해 부동산을 목적사업에 직접 사용하지 못한 것에 대한 정당한 사유가 될 수 없다고 할 것이다. 이 건의 경우, 청구법인이 이 건 토지를 취득하게 된 경위를 살펴보면 2015.10.3. OOO시는 OOO역세권 교통환승체계 개선 및 균형발전 거점 조성 및 청구법인으로의 합병 전 OOO의 경영 개선을 위한 ‘OOO환승센터 개발사업 추진계획’을 수립하고, 2015.10.29. 이 사건 토지가 포함된 OOO주차장부지 특별계획구역을 신설하는 ‘OOO지구단위계획 결정 및 지형도면’을 고시하고, 2016.4.1. OOO는 이 건 토지를 OOO환승센터 개발부지로 사용할 목적으로 OOO시로부터 현물출자받아 취득하였다. 이후 OOO는 2016년 5월부터 이 건 토지의 무단점유자들을 상대로 철거 요청 및 부동산점유이전금지가처분 및 2016.11.12. 건물철거 및 토지 인도 등의 소송을 제기함과 동시에 2016.5.18. OOO환승센터 민간사업자 선정 공모지침서 수립용역 착수보고회를 개최하고, 2016.12.23. 그간의 사업추진경과와 자체 개발계획 및 공모계획지침을 OOO시에 보고하였으며, 2015.10.3. OOO시의 ‘OOO환승센터 개발사업 추진계획’에 의하면 2016년 10월까지 국가통합교통체계효율화법제45조에 따른 OOO환승센터 승인과 국비 지원을 국토교통부에 요청하고, 2016년 12월까지 복합환승센터 및 사업시행자를 지정하고 이후 실시계획 수립 및 승인 등의 일련의 개발사업을 추진토록 계획하고 있었음이 확인되고 있다. OOO매트로는 2017.2.27. 계획한 공모지침서에 따라 계획한 사업관리 용역을 추진하였으나, 2017.3.6. 민간사업 추진에 따른 공공성 저하 우려로 OOO시 공공개발센터와 협의 후 추진토록 한 OOO시의 방침이 있은 후, 2017.4.3., 2017.4.23., 2017.9.26. 3차례 OOO시 부시장단의 연석회의가 있은 후에 공공성 확보를 위해 OOO가 공동사업시행자로 참여하여 기존의 민간주도 사업방식이 공공주도 사업방식으로 변경되는 등 사업의 전면적인 재검토가 이루어져 2018.4.4.에 이르러서야 청구법인과 OOO의 OOO환승센터 개발사업에 관한 양해각서를 체결하고, OOO환승센터 일대 개발기본구상 및 실행전략 수립용역을 공동으로 수행하게 되었다. 청구법인은 2017.5.31. OOO와 OOO공사가 합병하여 이 건 토지를 취득할 당시에는 해당 개발사업의 공공성 저하 우려로 사업의 전면 재검토가 예견되는 OOO시 부시장단의 연석회의가 진행 중이어서, 이는 청구법인이 유예기간 이내에 목적사업에 직접 사용할 수 없는 장애사유가 있음을 알 수 있었거나 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였다면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황에서 이 건 토지를 취득하였다고 판단되고, 더욱이 이 건 토지 취득일로부터 유예기간이 경과한 2018.12.11. 청구법인이 처분청에 감면 신청을 할 당시에도 같은 장애 사유로 고유업무에 직접 사용하지 못하였으므로, 취득 당시부터 이 건 토지는 위탁 운영되어 청구법인이 직접 사용을 할 수 없을 뿐 아니라 취득일로 부터 1년 이내 사용하지 못하는 사실을 인지한 상태에서 현재까지 직접사용하지 않고 있는 것이기 때문에 이를 정당한 사유가 있는 경우에 해당된다고 볼 수 없다 할 것이므로, 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다 하겠다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 합병으로 설립된 청구법인이 합병으로 취득한 환승센터부지를 유예기간 이내에 고유업무에 도시철도사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 경우에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16041호로 일부 개정되기 전의 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "고유업무"란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다.

8. "직접 사용"이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제57조의2(기업합병·분할 등에 대한 감면) ① 법인세법제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수(讓受)하는 재산을 2018년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 지방세법제15조 제1항에 따라 산출한 취득세를 면제하되, 해당 재산이 지방세법 제15조 제1항 제3호 단서에 해당하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 금액을 빼고 산출한 취득세를 면제한다. 다만, 합병등기일부터 3년 이내에 법인세법 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 외한다)에는 경감된 취득세를 추징한다.

1. 지방세법제13조 제1항에 따른 취득 재산에 대해서는 같은 조에 따른 중과기준세율(이하 "중과기준세율"이라 한다)의 100분의 300을 적용하여 산정한 금액

2. 지방세법 제13조 제5항에 따른 취득 재산에 대해서는 중과기준세율의 100분의 500을 적용하여 산정한 금액 제63조(철도시설 등에 대한 감면) ④ 철도건설사업으로 인하여 철도건설부지로 편입된 토지의 확정ㆍ분할에 따른 토지의 취득에 대해서는 취득세를 면제하고, 분할등기에 대해서는 등록면허세를 면제한다.

⑤ 지방공기업법제49조에 따른 지방공사로서 도시철도법제2조 제4호에 따른 도시철도사업(이하 이 항에서 "도시철도사업"이라 한다)을 수행하는 것을 목적으로 설립된 지방공사(이하 이 조에서 "도시철도공사"라 한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2022년 12월 31일까지 지방세를 감면한다.

1. 도시철도공사가 도시철도사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산 및 철도차량에 대해서는 취득세의 100분의 100(100분의 100의 범위에서 조례로 따로 정하는 경우에는 그 율)에 대통령령으로 정하는 지방자치단체 투자비율(이하 이 조에서 "지방자치단체 투자비율"이라 한다)을 곱한 금액을 감면한다. 제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 지방세법에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(지방세법제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 지방세법에 따라 산출한 취득세 및 재산세의 세액이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 취득세: 200만원 이하
• 나. 재산세: 50만원 이하(지방세법 제122조에 따른 세 부담의 상한을 적용하기 이전의 산출액을 말한다)

2. 제7조부터 제9조까지, 제11조제1항, 제13조제3항, 제14조제3항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제20조제1호, 제29조, 제30조제3항, 제33조제2항, 제35조의2, 제36조, 제41조제1항부터 제6항까지, 제50조, 제55조, 제57조의2 제2항, 제57조의3 제1항, 제62조, 제63조 제2항·제4항, 제66조, 제73조, 제76조 제2항, 제77조 제2항, 제82조, 제84조제1항, 제85조의2 제1항 제4호, 제87조 및 제92조에 따른 감면 제178조(감면된 취득세의 추징) ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(2) 지방세특례제한법 부칙(법률 제[14477호, 2016.12.27.] 제9조(지방세 면제 특례의 제한에 관한 적용례) 제177조의2 제1항의 개정규정은 법률 제12955호 지방세특례제한법 일부개정법률 부칙 제12조 및 법률 제13637호 지방세특례제한법 일부개정법률 부칙 제5조에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른 시기부터 적용한다.

1. 제22조의2, 제42조 제2항, 제43조, 제53조, 제54조 제6항, 제57조의2 제3항 제5호ㆍ제7호, 같은 조 제4항ㆍ제5항ㆍ제6항 제3호, 제60조 제3항 제1호의2, 제70조 제3항, 제73조의2, 제74조 제3항 제4호ㆍ제5호, 제79조, 제80조 및 제83조 제2항: 2019년 1월 1일

2. 제15조 제2항, 제22조 제1항ㆍ제2항, 제63조 제5항, 제72조 제1항ㆍ제2항, 제74조 제1항, 제85조의2 제2항, 제88조 제1항, 제89조 및 제90조: 2020년 1월 1일

3. 제1호 및 제2호에서 규정한 면제 외의 면제: 2017년 1월 1일

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) OOO와 OOO공사는 OOO 서로 합병하는 것으로 합병계약을 체결하였다가, 2017.5.4. 합병기일을 OOO로 변경하는 계약을 체결하였고, 이러한 합병계약에 따라 청구법인은 OOO OOO을 주사무소로, 지방공기업법과 OOO공사 설립 및 운영에 관한 조례가 정하는 바에 의하여 대중교통수단 제공 및 시민의 복리증진에 기여함을 목적으로, OOO와 OOO공사가 합병하여 설립되었으며, 지방공기업법제53조 제1항에 따라 OOO시가 전액을 현금 또는 현물로 출자한 법인인 사실이 합병계약서, 등기사항전부증명서 등에서 확인된다. (나) 이 건 토지는 합병으로 소멸한 OOO가 2016.3.30. OOO시와 현물출자계약을 체결하고 OOO환승센터 개발사업 부지로 OOO시로부터 현물출자 받은 토지이며, 현물출자계약서 내용 중 관련내용은 아래와 같다.

○○○ (다) 합병 전에 OOO가 이 건 토지를 현물출자 받은 후 OOO환승센터 건축을 위하여 합병이전에 추진한 내역은 아래 ＜표1＞과 같다. ＜표1＞ 합병 이전 사업 추진 내역

○○○ (라) 합병 후 청구법인이 사업추진을 한 내역은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 합병 이후 사업 추진 내역

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살펴본다. (가) 지특법 제63조 제5항에서 지방공기업법제49조에 따른 지방공사로서 도시철도법제2조 제4호에 따른 도시철도사업(이하 이 항에서 "도시철도사업"이라 한다)을 수행하는 것을 목적으로 설립된 지방공사(이하 이 조에서 "도시철도공사"라 한다)에 대해서는 도시철도사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산 및 철도차량에 대해서는 취득세의 100분의 100(100분의 100의 범위에서 조례로 따로 정하는 경우에는 그 율)에 대통령령으로 정하는 지방자치단체 투자비율(이하 이 조에서 "지방자치단체 투자비율"이라 한다)을 곱한 금액을 2020.12.31.까지 감면하며, 같은 법 제178조 제1항 본문 및 제1호에서 부동산에 대한 감면을 적용할 때 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세를 추징하도로 규정하고 있는바, 이러한 규정에서의 정당한 사유라 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 용도로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함한다. 그리고 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는 납세의무자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법 취지를 충분히 고려하면서, 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다. (나) 청구법인의 경우 합병으로 소멸된 OOO는 이 건 토지를 현물출자받은 후 무단점유자들의 철거 및 인도요청, 민간사업자 선정을 위한 용역착수, 민원해결, 추가적인 부지확보 등 일련의 과정을 정상적으로 추진하였다고 보이는 측면이 있고, 이와 같이 피합병법인이 정상적으로 사업을 추진하는 과정에서 OOO시의 사업추진방식 등 변경지시가 있었으며, 이러한 사업추진방식의 변경 등으로 사업추진에 상당한 추가적인 시간이 필요하게 되는 등 장애사유가 발생하였다고 보이는 부분이 있지만, 청구법인이 합병으로 이 건 토지를 취득할 당시 이미 이 건 토지를 OOO와 공동으로 개발하도록 하는 등 사업의 전면적인 재검토를 하도록 함에 따라 사업추진이 상당한 추가적인 시간이 필요하게 되었음을 알 수 있었다고 보이고, 이로 인하여 유예기간을 상당기간 경과한 현재까지도 공동사업자와 내부적인 협의를 거치고 있을 뿐 정상적으로 OOO환승센터 개발이 추진되고 있지 아니한 점에 비추어, 합병 이후 청구법인이 이 건 토지를 취득목적대로 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였다고 인정하기는 어렵다 하겠다. (다) 따라서, 처분청이 이 건 토지에 대하여 일부 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 별다른 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.