2014.1.1. 개정된 「지방세법」의 일반적 경과조치에 따라 그 개정이후 사업연도의 법인지방소득세 산정시 「조세특례제한법」상 외국인투자감면을 적용할 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. OOO의 제조 및 판매를 주업으로 하는 청구법인은 2004.9.9. 설립되어 일본법인인 OOO가 지분전부를 소유하고 있는 외국인투자기업으로, 2010.7.14.까지 네 차례에 걸쳐 조세특례제한법 제121조의2 제1항 제2호에 따른 외국인투자세액감면대상으로 승인받았다.
• 나. 청구법인은 2014.4.1.～2015.3.31., 2015.4.1.～2016.3.31., 2016.4.1.～2017.3.31.의 사업연도(이하 “쟁점사업연도”라 한다) 동안 법인세 신고시에는 조세특례제한법제121조의2에 따른 외국인투자감면(이하 “쟁점감면”이라 한다)을 적용하였으나, 법인지방소득세 신고시에는 쟁점감면을 적용하지 아니하였다.
• 다. 이후 청구법인은 2020.7.28. 쟁점감면을 적용하여 쟁점사업연도의 법인지방소득세 합계 OOO원의 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2020.9.16. 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.12.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 일반적 경과조치는 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것이고, 그 내용 중 “종전의 규정”에는 지방세법뿐만이 아니라 조세특례제한법의 제반규정도 포함된다고 해석하는 것이 타당하므로, 외국인투자감면도 쟁점사업연도의 법인지방소득세 산정에 반영되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 개정 지방세법에는 법인지방소득세에 대한 세액공제 및 세액감면에 관한 규정이 없고, 일반적 경과조치에서 언급한 종전 규정은 개정 지방세법이 시행될 당시에 이미 부과되었거나 감면이 종료된 경우 또는 감면의 요건이 완성된 경우를 가리키는 것으로 해석하는 것이 타당하므로, 쟁점사업연도의 법인지방소득세를 산정할 때에는 조세특례제한법상의 외국인투자감면을 적용하지 아니한다고 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 2014.1.1. 개정된 지방세법의 일반적 경과조치에 따라 그 개정 이후 사업연도의 법인지방소득세 산정시 조세특례제한법상 외국인투자감면을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제89조(세율) ① 소득분의 표준세율은 다음과 같다. 구분 세율 소득세분 법인세분 소득세액의 100분의 10 법인세액의 100분의 10

(2) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다. 제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다.(후문 생략) 부칙 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(3) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것) 제6조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(4) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제121조의2(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(외국인투자촉진법 제2조 제1항 제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세를 각각 감면한다.

2. 외국인투자촉진법 제18조 제1항 제2호에 따른 외국인투자지역에 입주하는 외국인투자기업이 경영하는 사업 및 제2호의2, 제121조의8 제1항 또는 제121조의9 제1항 제1호의 사업 중 외국인투자기업이 경영하는 사업으로서 다음 각 목의 위원회의 심의·의결을 거치는 사업

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료의 내용은 아래와 같다. (가) 재정경제부장관이 2010.7.21. 청구법인에게 보낸 조세감면결정 통보 공문에 따르면, 재정경제부장관은 관계기관과의 협의를 거쳐 청구법인이 조세특례제한법제121조의2 제1항 제2호 및 제121조의4 등에 따른 감면대상임을 결정․통보한 것으로 나타난다. (나) 청구법인의 경정청구 세액은 아래 ＜표＞와 같다. ＜표＞ 경정청구 내용 (단위: 원) (다) OOO장의 2020.9.16.자 경정청구 처리결과 통지 공문에 따르면, 처분청은 지방세법령에 법인지방소득세에 대한 세액공제 및 감면의 규정이 없다는 등의 이유로 경정청구를 거부한 것으로 나타난다. (라) 2014.1.1. 개정된 지방세법의 개정이유에는 “소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계”하기 위한 것으로 기재되어 있다. (마) 개정 지방세법에 대한 국회 행정안전위원회 전문위원의 검토보고서에는 “구 지방세법 하에서 법인세 세액공제 및 감면에 연동하여 부가적으로 법인지방소득세도 세액공제․감면을 받았으나, 지방세법의 개정으로 더 이상 이와 같은 혜택이 유지되지 않는다. 법률 개정안이 지방소득세를 부가세에서 독립세 방식으로 전환하였으므로, 지방소득세에 대한 특례조항을 별도로 규정할 필요가 있어 개정안은 개인지방소득세에 관한 세액공제 등에 대하여는 새로이 지방세특례제한법 등에 옮겨 규정하였던 반면, 법인지방소득세에 관한 특례조항은 배제함으로써 법인에 대한 지방소득세의 과세를 강화하였다.”는 내용이 기재하고 있다. (바) 2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 지방세특례제한법에서는 개인지방소득세에 대한 감면 규정은 두고 있으나, 법인지방소득세에 대하여는 외국인 투자에 대한 감면규정을 두고 있지 아니한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 청구법인은 일반적 경과조치 등에 따라 쟁점사업연도의 법인지방소득세를 산정함에 있어 외국인투자감면세액의 10%의 세액감면을 적용하여야 한다고 주장한다. (나) 아래의 내용을 감안하면, 쟁점사업연도의 법인지방소득세는 종전의 규정이 아닌 납세의무 성립당시의 규정에 따라 산정함이 타당하다 할 것이고, 그러한 경우 법인지방소득세액 산정에 조세특례제한법상 외국인투자감면은 적용되지 아니한다 할 것이므로, 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

1. 2014.1.1. 지방세법이 개정되기 전에는 법인지방소득세가 법인세의 부가세목으로서 법인세액에 10%를 곱하여 산정됨에 따라 법인세 감면이 법인지방소득세액의 감소로 이어지는 구조였다가, 2014.1.1. 지방세법의 개정으로 법인지방소득세가 별도의 독립세로 전환되면서 법인세의 세액공제․감면이 더 이상 법인지방소득세에 영향을 미치지 못하게 되었는데, 과거에 청구법인이 법인세 감면을 통해 누렸던 법인지방소득세의 감세효과는 결과적․반사적 이익에 불과하였다.

2. 2014.1.1. 이후에 외국인투자감면 결정의 효과가 법인지방소득세 산정에 영향을 미치지 않게 된 것은 감면규정 그 자체와는 무관하게 법인지방소득세를 독립세로 전환한 데 따른 것인데, 법인지방소득세를 법인세의 부가세목으로 운영할 것인지 아니면 독립세로 전환할 것인지는 입법자의 선택에 따라 언제든지 바뀔 수 있는 입법정책의 문제일 뿐이므로, 법인지방소득세가 법인세의 부가세목으로 장래에 지속될 것이라는 청구법인의 믿음은 일반적 경과조치로 보호하여야 할 정도의 신뢰에 이르지 못한 단순한 기대에 불과해 보인다.

3. 지방세법제103조의22에서 법인지방소득세의 세액공제 및 감면에 관한 사항은지방세특례제한법에서 정하도록 하였으나, 지방세특례제한법에서는 개인지방소득세의 경우와 달리 법인지방소득세에 대한 세액공제 및 감면에 대한 규정을 별도로 두고 있지 아니하다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.