2014.1.1. 개정된 「지방세법」 부칙 제15조에 따라 법인세 세액공제액을 법인지방소득세 계산시에도 공제할 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2014.1.1. 조세특례제한법제63조 제1항(2014.1.1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것)에 따라 그 이전에 수도권 외의 지역으로 공장을 이전하면서 감면받은 법인세액인 OOO원(이하 “쟁점공제액”)을 차감하여 산출한 금액을 2014사업연도 법인세로 신고․납부한 후, 2015.4.30. OOO구청장․OOO시장․OOO시장․OOO구청장․OOO시장․OOO시장․OOO시장․OOO구청장․OOO시장[OOO구청장], OOO구청장․OOO구청장․OOO시장[OOO구청장](이하 “처분청들”이라 한다)에게, 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액인 OOO원을 과세표준으로 하고 지방세법 제103조의20에 따른 세율을 적용하여 산출한 2014사업연도 법인지방소득세에 같은 법 제89조 제2항에 따른 안분율을 적용한 각각의 금액을 신고․납부하였다.
• 나. 청구법인은 이 건 법인지방소득세를 신고․납부하면서 2014.1.1. 이전에 발생한 쟁점공제액을 차감하지 않고 이 건 법인지방소득세를 신고․납부하였으므로, 2020.4.29. 처분청들에게 쟁점공제액의 10%에 해당하는 법인지방소득세를 환급하여야 한다는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.6.24. 등에 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.8.27. 등에 이의신청을 거쳐, 2020.12.15. 심판청구(경정청구 등의 세부내역은 별지1 기재와 같다)를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 2014.1.1. 법률 제12153호로 지방세법이 개정되기 전까지는 청구법인이 신고․납부한 법인세가 법인지방소득세의 과세표준이 되므로 청구법인과 같이 조세특례제한법 제144조 제1항에 따라 법인세를 감면받은 경우 감면받은 법인세만큼 법인지방소득세의 과세표준이 감소하여 이에 따른 법인지방소득세도 감면의 효과를 보게 되는 것이다. 2014.1.1. 개정된지방세법 부칙 제15조(이하 “이 건 부칙”이라 한다)에서 “종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”고 규정하고 있는바, 청구법인이 이 건 사업연도 중 신고․납부한 법인지방소득세 중 쟁점공제액을 감면받음에 따라 감소하게 되는 이 건 법인지방소득세를 환급하는 것이 타당함에도 처분청은 지방세법령에 관련 규정이 없다는 이유만으로 이건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청들 의견 2014.1.1. 이전에는 지방세법상 법인지방소득세가 법인세액을 과세표준으로 하고 10%의 세율을 적용하여 산출되었으므로, 세액감면이 적용된 법인세액을 과세표준으로 하여 법인지방소득세가 산출되어 법인지방소득세에서도 세액감면의 효과를 보았으나, 이는 반사적 효과에 불과할 뿐, 지방세법령상 법인지방소득세 세액감면 관련 규정에 따른 법률효과는 아니었으므로 이 건 부칙에서 종전규정의 적용대상으로 규정한 ‘종전의 법령에 따라 감면 또는 부과되어야 할 지방세’에 해당한다고 보기 어려우므로 처분청이 이 건 법인지방소득세에 대한 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 2014.1.1. 개정된 지방세법 부칙 제15조에 따라 법인세 세액감면을 법인지방소득세 계산시에도 공제할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령: ＜별지2＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청들이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 건강위생용품 등의 제조․판매업 등을 영위하기 위하여 설립된 법인으로서, 2010년~2011년에 OOO에 소재하는 관련 제조용 공장을 OOO 및 OOO로 이전을 하였다. (나) 청구법인은 2014사업연도분 법인세 산출액서 2014년에 발생한 수도권 외의 지역으로 이전한 공장에 대한 쟁점공제액 차감한 금액을 2014사업연도분 법인세로 신고ㆍ납부하였다. (다) 청구법인은 2014사업연도분 법인세로 쟁점공제액을 감면받았으나, 이 건 법인지방소득세 신고시에는 동 세액감면을 적용하지 아니하였다. (라) 청구법인은 2020.4.29. 등에 처분청들에게 2014사업연도에 공제가능한 쟁점공제액의 10%에 대하여 이 건 법인지방소득세 세액감면액으로 적용하여 환급(OOO원)하여 달라는 취지로 경정청구를 하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 이 건 경정청구 거부처분이 부당하다고 주장하나, 법인에 부과되는 법인지방소득세는 과거에는 법인세 납부세액의 10%로 계산하여 납부하는 부가세 방식으로 징수되었으나, 지방세법이 2014.1.1. 개정되면서 국세와는 별도의 독립세 방식으로 전환됨에 따라 2014사업연도 이후의 소득에 대한 법인지방소득세는 개정된 지방세법령에서 정한 과세체계를 적용하게 된 점, 2014.1.1. 개정된 지방세법 제103조의22에서 법인지방소득세의 세액공제 및 감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정하도록 하였으나, 현행 지방세특례제한법에서는 개인지방소득세의 경우와는 달리 법인지방소득세에 대하여는 세액공제나 감면을 인정하는 규정을 두고 있지 아니한 점, 일반적 경과조치는 지방세법령에 명시적으로 규정한 내용에 한하여 그 효력이 미치는 것인데, 2014.1.1. 개정 전 지방세법령에서 조세특례제한법의 적용에 따른 법인세 감면에 관하여 별도로 규정한 바가 없는바, 조세특례제한법에 따른 법인세 감면효과를 법인지방소득세에 계속 적용하는 것은 지방세법상의 일반적 경과조치의 적용범위를 벗어난다고 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 2014.1.1. 지방세법 개정 전에 조세특례제한법 규정에 따른 법인세 감면으로 인하여 법인지방소득세가 경감되었다 하더라도 이를 그 개정 후의 일반적 경과조치의 적용대상이라고 보기 어렵다 할 것이므로, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지1＞ 이 건 법인지방소득세 신고납부 및 경정청구 현황 (단위: 원) OOO ＜별지2＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다. 제103조의20(세율) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 표준세율은 다음 표와 같다. 과세표준 세 율 2억원 이하 과세표준의 1000분의 10 2억원 초과 200억원 이하 2백만원 + (2억원을 초과하는 금액의 1000분의 20) 200억원 초과 3억9천8백만원 + (200억원을 초과하는 금액의 1000분의 22) 제103조의21(세액계산) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세는 제103조의19에 따라 계산한 과세표준에 제103조의20에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액(제103조의31에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인지방소득세 세액이 있으면 이를 합한 금액으로 한다. 이하 "법인지방소득세 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다.

② 제1항에도 불구하고, 사업연도가 1년 미만인 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세는 그 사업연도의 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액을 그 사업연도의 월수로 나눈 금액에 12를 곱하여 산출한 금액을 과세표준으로 하여 제103조의20 제1항 및 제2항에 따라 계산한 세액에 그 사업연도의 월수를 12로 나눈 수를 곱하여 산출한 세액을 그 세액으로 한다. 이 경우 월수의 계산은 대통령령으로 정하는 방법으로 한다. 제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지 등 양도소득, 조세특례제한법 제100조의32 제2항에 따른 미환류소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다. 부 칙 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(3) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제63조(수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면) ① 수도권과밀억제권역에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하는 중소기업(내국인만 해당한다)이 대통령령으로 정하는 바에 따라 수도권과밀억제권역 밖으로 그 공장시설을 전부 이전(본점이나 주사무소가 수도권과밀억제권역에 있는 경우에는 해당 본점이나 주사무소도 함께 이전하는 경우만 해당한다)하여 2014년 12월 31일까지 사업을 개시한 경우에는 이전 후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 6년(수도권정비계획법 제6조 제1항 제2호의 성장관리권역, 같은 항 제3호의 자연보전권역, 수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 3년(수도권정비계획법 제6조 제1항 제2호의 성장관리권역, 같은 항 제3호의 자연보전권역, 수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

② 제1항에 따라 감면을 적용받은 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

1. 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 그 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우. 다만, 합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 공장을 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하여 사업을 개시한 경우에 해당하지 아니하는 경우

3. 제1항에 따라 감면을 받는 기간에 수도권과밀억제권역에 제1항에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 같은 제품을 생산하는 공장을 설치하거나 본사를 설치한 경우

③ 제1항에 따라 감면받은 소득세액 또는 법인세액을 제2항에 따라 납부하는 경우에는 제33조의2 제4항의 이자 상당 가산액에 관한 규정을 준용한다.

④ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액감면신청을 하여야 한다.

⑤ 제1항을 적용받으려는 중소기업은 대통령령으로 정하는 분류를 기준으로 이전 전의 공장에서 영위하던 업종과 이전 후의 공장에서 영위하는 업종이 같아야 한다.