대도시로 전입한 후 기술혁신형 중소기업 확인을 받은 법인이 취득한 부동산이 취득세 중과세대상에서 제외되는 경우에 해당하는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2019.10.28. 경기도 용인시에서 서울특별시 OOO구로 본점을 전입하였고, 2020.3.4. 중소벤처기업부장관으로부터 기술혁신형 중소기업 인증을 받았으며, 2020.3.27. 본점사무소로 사용할 목적으로 서울특별시 OOO소재 부동산 OOO(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득한 후 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고, 지방세법 제11조 제1항 제7호 나목의 세율(1천분의 4)을 적용하여 산정한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 처분청에 신고납부하였다.
• 나. 그 후 청구법인은 2020.4.23. 이 건 부동산이 지방세법 제13조 제2항의 중과세대상에 해당하는 것으로 보아 당해 중과세율을 적용하여 산정한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 취득세 등 OOO(가산세 포함)을 수정신고납부하였다.
• 다. 청구법인은 2020.7.6. 본점을 대도시 내로 전입한 이후 기술혁신형 중소기업 인증을 받았으므로 지방세법 시행령제26조 제1항 34호에 따라 대도시 법인 중과세의 예외에 해당한다는 이유로 처분청에 중과세로 수정신고납부한 취득세 등의 환급을 구하는 내용의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.9.2. 이를 거부하는 통지를 하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.11.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 지방세법 시행령제26조 제1항 제34호에서 기술혁신혁 중소기업으로 선정된 기업이 경영하는 사업을 중과 제외업종으로 규정하면서, 그 단서에서 법인의 본점․주사무소․지점․분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입하는 경우는 제외하도록 규정하고 있는바, 당해 단서의 문언상 전입하는 경우로 규정하고 있을 뿐 전입하는 법인으로 규정하고 있지 아니하며, 대도시내에서 기술혁신형 중소기업 인증을 받은 경우와 대도시 밖에서 인증을 받은 법인을 차별하는 경우 과세형평에 어긋나며, 대도시내 설립 법인을 오히려 우대하는 것은 중과세의 입법취지에도 어긋나므로, 이러한 단서규정은 대도시 밖에서 기술혁신형 중소기업 인증을 받은 법인이 대도시 내로 본점을 전입하면서 취득하는 부동산에 대해서만 취득세 중과세를 적용해야 할 것이고, 청구법인처럼 본점을 이미 대도시 내로 전입한 이후에 기술혁신형 중소기업 인증을 받아 취득하는 부동산에 대해서는 대도시 내 법인 중과세의 예외를 적용하여야 할 것이므로, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 지방세법 시행령제26조 제1항 제34호의 규정에 의하여 법인의 본점 등을 대도시 외에서 대도시로 전입하는 경우 전입 당시에 이미 취득한 부동산에 대해서만 중과세하는 것으로 해석하여야 한다고 주장하나, 2017.12.29. 대통령령 제28524호로 개정된 지방세법 시행령제26조 제1항 제34호(신설)에서 중소기업기술혁신촉진법제15조 및 같은 법 시행령 제13조에 따라 기술혁신형 중소기업으로 선정된 기업이 경영하는 사업을 “대도시 중과 제외 업종”으로 하되, 법인이 본점, 주사무소, 지점, 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입하는 경우는 제외하도록 규정하고 있고, 이러한 규정의 신설 취지를 살펴보면, 기업의 일자리 창출 지원을 위해 수도권 내 기술혁신형 중소기업의 세부담 완화의 필요성에 의해 신설된 조항이며 다만, 수도권 내 취득세 중과제도 및 지역균형발전 취지 등을 감안하여 일정요건으로 한정(대도시로 전입하는 경우는 제외)하고 있는 것으로서, 청구법인의 경우와 같이 대도시 밖에서 대도시내로 전입한 후 5년 이내의 법인인 경우에는 중과세 제외 대상에 해당되지 아니한다 할 것이므로, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 적법하다 하겠다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 대도시로 전입한 후 기술혁신형 중소기업 확인을 받은 법인이 취득한 부동산이 취득세 중과세대상에서 제외되는 경우에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법 제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용한다. 다만, 제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우의 취득세는 같은 조 제1항의 표준세율과 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용하고, 수도권정비계획법제6조에 따른 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 "대도시"라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 "대도시 중과 제외 업종"이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하거나, 법인이 사원에 대한 분양 또는 임대용으로 직접 사용할 목적으로 대통령령으로 정하는 주거용 부동산(이하 이 조에서 "사원주거용 목적 부동산"이라 한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(수도권정비계획법제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조 제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우

2. 대도시(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 유치지역 및 국토의 계획 및 이용에 관한 법률을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설함에 따라 부동산을 취득하는 경우

(2) 지방세법 시행령(2018.12.31. 대통령령 제29437호로 일부 개정된 것) 제26조(대도시 법인 중과세의 예외) ① 법 제13조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 업종”이란 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.

34. 중소기업 기술혁신 촉진법제15조 및 같은 법 시행령 제13조에 따라 기술혁신형 중소기업으로 선정된 기업이 경영하는 사업. 다만, 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점ㆍ분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입하는 경우는 제외한다. 제27조(대도시 부동산 취득의 중과세 범위와 적용기준) ③ 법 제13조 제2항 제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점․분사무소의 설치 및 법인의 본점․주사무소․지점․분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정안전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 조에서 “사무소 등”이라 한다)이 그 설립․설치․전입이전에 법인의 본점․주사무소․지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 취득은 제외한다)으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립․설치․전입 이후의 부동산 취득은 법인 또는 사무소 등이 설립․설치․전입 이후 5년 이내에 하는 업무용․비업무용 또는 사업용․비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다. 이 경우 부동산 취득에는 공장의 신설․증설, 공장의 승계취득, 해당 대도시에서의 공장 이전 및 공장의 업종변겨에 따르는 부동산 취득을 포함한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2015.7.23. 씨씨티비 및 관련주변기기 제조업 등을 목적사업으로 하고, 서울특별시 OOO를 본점소재지로 하여 설립하였다가, 2016.12.20. 경기도 용인시 OOO으로 본점을 이전하였고, 2019.10.2. 서울특별시 OOO로 본점을 다시 이전하였다. (나) 청구법인은 2020.3.4. 중소벤처기업부장관으로부터 기술혁신형 중소기업(Inno-biz) 확인을 받았다. (다) 청구법인은 2020.3.27. 이 건 부동산을 매매로 취득한 후 일반세율을 적용하여 산정한 취득세 등을 신고납부하였다가, 2020.4.23. 중과세율로 산정한 취득세에 해당하는 세액을 수정신고납부하였다. (라) 행정안전부장관이 2018.1.8. 지방자치단체에 통보한 “2018년 시행 지방세 관계법령 적용요령”에서 기술혁신형 중소기업에 대한 적용요령의 내용은 다음과 같다. ＜개정내용＞

○ (이유) 기업의 일자리 창출 지원을 위해 수도권 소재 창업중소기업의 세부담 완화 필요

• 수도권 내 기술혁신형 창업 중소기업이 강소․중견기업으로 성장할 수 있도록 취득세 중과세 제도 개선을 통해 혁신․창업 기업 생태계 조성 지원

○ (개정) 정부의 일자리 창출 정책의 지원 등을 위해 기술혁신형 중소기업(이노비즈, 중소기업 기술혁신 촉진법§15)을 중과 제외 대상에 추가

• 다만, 수도권 내 취득세 중과제도 및 지역균형발전 취득 등을 감안하여 일정 요건으로 한정(수도권으로 전입하는 경우는 제외) * 제조업 등 뛰어난 기술을 바탕으로 경쟁 우위를 확보할 가능성이 높은 3년 이상의 업력을 갖춘 중소기업 ＜적용요령＞

○ 이 영 시행(’18.1.1.) 이후 납세의무가 성립하는 분부터 중과 제외 * 시행일 전에 이노비즈 인증을 받은 중소기업도 적용

○ 중소벤처기업부장관이 발행하는 “기술혁신형 중소기업 확인서” 확인 후 취득세․등록면허세 중과 제외 * 기술혁신형 중소기업 제도 운영규정별지 제1호 서식 참고

• 중과제외 적용기업의 고유목적 사용 여부 사후관리 철저

• 법인의 본․지점을 수도권 내로 이전하는 경우 중과 유지 등 세부 적용요령 붙임 참조

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세법제13조 제2항 및 같은 법 시행령 제27조 제3항의 규정을 종합하면, 법인의 본점 등을 대도시 밖에서 대도시로 전입하는 경우 전입에 따른 부동산의 취득과 전입 이후 5년 이내에 하는 업무용․비업무용을 불문한 모든 부동산 취득에 대하여 취득세를 중과세하되, 중과제외업종에 해당하는 경우에는 중과세를 제외하도록 규정하고 있으나, 지방세법 시행령제26조 제1항 제34호에서 중소기업 기술혁신 촉진법제15조 및 같은 법 시행령 제13조에 따라 기술혁신형 중소기업으로 선정된 기업이 경영하는 사업을 중과제외업종으로 규정하면서 그 단서에서 법인의 본점 등을 대도시 밖에서 대도시로 전입하는 경우는 제외하도록 규정하고 있다. (나) 이러한 지방세법 시행령제26조 제1항 제34호 단서는 이미 대도시 외의 지역에서 설립하여 기술혁신형 중소기업으로 인증받은 법인의 대도시로의 전입을 억제하기 위한 규정에 해당된다고 보아야 할 것이고, 이러한 기술혁신형 중소기업에 해당되지 아니하는 법인이 대도시내로 전입하는 경우에는 일반적인 중과세규정에 따라 중과세 해당여부를 판단하여야 할 것이다. (다) 청구법인의 경우에는 경기도 용인시에서 서울특별시 내로 다시 본점을 전입할 당시에는 기술혁신형 중소기업으로 인증을 받지 못하였으므로 중과제외업종을 영위하는 법인에 해당되지 아니하였기 때문에 중과세대상이 되는 법인의 본점 전입에 해당된다 할 것이며, 이러한 법인이 전입 이후 기술혁신형 중소기업으로 확인을 받았다 하더라도 그 본점 전입에 따른 부동산은 취득세 중과세대상에 해당된다고 해석하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.