조세심판원 심판청구 취득세

지식산업센터 설립자가 사업시설용으로 분양하였으나, 수분양자가 사업시설용 이외의 용도로 사용한 경우 기 감면받은 취득세 등을 추징하는 것이 타당한지 여부

사건번호 조심 2021지0744 선고일 2022-01-25 조세심판원

[요지] 청구법인이 쟁점지식산업센터를 사업시설용이 아닌 다른 용도로 분양‧임대한 것으로 보아 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단됨

[주 문] OOO구청장이 2020.8.25. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 2016.11.10. 처분청으로부터 지식산업센터 설립승인을 받고, 2016.12.16. OOO소재 토지 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO원에 취득한 후, 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 일부 개정된 것) 제58조의2 제1항 제1호에 따라 취득세의 100분의 50을 경감하여 취득세 등 OOO원을 신고‧납부하였다.
  • 나. 청구법인은 2017.4.13. 주식회사 OOO(이하 “수탁자”라 한다)과 관리형토지신탁 계약을 체결하여 쟁점토지를 신탁하였고, 수탁자는 2019.5.14. 쟁점토지 지상에 지식산업센터 OOO㎡(이하 “이 건 지식산업센터”라 한다) 및 근린생활시설 OOO㎡를 신축한 후, 지방세특례제한법(2019.4.30. 법률 제16413호로 일부 개정된 것) 제58조의2 제1항 제1호에 따라 취득세의 100분의 35를 경감하여 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.
  • 다. 처분청은 청구법인에 대한 세무조사 결과, 이 건 지식산업센터 중 제OOO호 외 OOO호실 OOO㎡(이하 “쟁점지식산업센터”라 한다)의 수분양자가 입주 후 입주가능업종을 영위하지 아니한 것을 확인하고, 이 건 지식산업센터 중 쟁점지식산업센터가 차지하는 비율만큼은 쟁점토지에 대해 이미 경감해주었던 취득세를 추징하여야 한다고 보아, 2020.8.25. 청구법인에게 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과‧고지하였다.
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.11.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인으로부터 이 건 지식산업센터의 신축‧분양 업무를 위탁받은 수탁자는 쟁점지식산업센터를 분양받은 자들(이하 “수분양자들”이라 한다)과 쟁점지식산업센터를 사업시설용으로 사용하는 내용으로 계약하였고, 그 용도대로 사용하겠다는 계약자 확인서, 사전입주조사서 및 확인사항 등(이하 “계약자 확인서 등”이라 한다)을 받고 분양하였으므로, 청구법인으로서는 쟁점지식산업센터를 사업시설용으로 분양하기 위한 의무를 다한 것이다.

(2) 수분양자들이 쟁점지식산업센터를 다른 용도로 사용한 것은 이 건 취득세 등 추징사유인 ‘다른 용도로 분양하는 것’에 해당하지 않으며, 지식산업센터 설립자는 지방세특례제한법제58조의2 제1항에 따라 취득세를 감면받고, 지식산업센터의 수분양자들은 같은 조 제2항에 따라 취득세를 감면받는 것으로 규정하고 있어, 그 감면에 적용되는 조항이 서로 다름에도 이를 연관지어 취득세의 감면 여부를 판단하는 것은 부당하다.

(3) 특히, 쟁점지식산업센터 중 제OOO호는 수분양자가 지식산업센터를 사업시설용으로 사용 중에 있다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 지방세특례제한법제58조의2 제1항의 감면취지는 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 사업시설용으로 직접 사용하거나 사업시설용으로 분양하거나 임대하고자 하는 자에게 세제 혜택을 주어 산업의 집적을 활성화하고 지식산업센터를 원활하게 설립할 수 있도록 지원하려는 것으로서, 지식산업센터를 신축하였으나 이를 사업시설용이 아닌 다른 용도로 분양하거나 임대하는 경우에도 그 혜택을 주려는 것은 아니다.

(2) 청구법인이 분양계약을 체결하면서 쟁점지식산업센터를 사업시설용으로 사용할 것이라는 계약자 확인서 등을 받았다고 하더라도, 그것은 청구법인과 수분양자들 간의 사법상 계약에 불과한 것이어서 언제든 위배될 여지가 있으며, 수분양자들이 쟁점지식산업센터를 의무 사용기간내 임대, 매각 등을 하여 사업시설용 이외의 용도로 사용하였다면 지방세특례제한법제58조의2 제1항 제1호 나목에 따라 감면된 취득세 등을 추징하는 것이 타당하다.

(3) 다만, 쟁점지식산업센터 중 제704호는 수분양자가 지식산업센터를 사업시설용으로 사용 중인 것으로 확인된다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점 지식산업센터 설립자가 사업시설용으로 분양하였으나, 수분양자가 사업시설용 이외의 용도로 사용한 경우 기 감면받은 취득세 등을 추징하는 것이 타당한지 여부
  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 2016.11.10. 처분청으로부터 다음과 같은 지식산업센터 설립승인을 받은 것으로 나타난다.

○○○ (나) 청구법인은 2016.12.16. 쟁점토지를 OOO원에 취득한 후, 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 일부 개정된 것) 제58조의2 제1항 제1호에 따라 취득세의 100분의 50을 경감하여 취득세 등 OOO원을 신고‧납부하였다. (다) 청구법인은 2017.4.13. 수탁자와 관리형토지신탁 계약을 체결하여 쟁점토지를 신탁하였고, 수탁자는 2019.5.14. 쟁점토지 지상에 이 건 지식산업센터 및 근린생활시설 OOO㎡를 신축한 후, 이 중 이 건 지식산업센터에 대하여는 지방세특례제한법제58조의2 제1항에 따라 취득하는 부동산으로 감면을 신청하여 취득세의 100분의 35를 경감받았다. (라) 쟁점지식산업센터의 수분양자들은 2019.6.21. 등에 쟁점지식산업센터를 수탁자로부터 분양‧취득하였으나, 처분청에 지방세특례제한법 제58조의2 제2항에 따른 지식산업센터 입주자 감면은 신청하지 않은 것으로 확인된다. (마) 처분청은 수분양자들이 수탁자로부터 쟁점지식산업센터를 최초로 분양받은 후 사업시설용으로 직접 사용하지 않고 임대‧매각 등을 하였다고 주장하며 그 사용현황을 아래와 같이 제출하였다.

○○○ (바) 청구법인은 수탁자가 쟁점지식산업센터 분양시 수분양자들로부터 계약자 확인서 등을 수령하였다고 주장하며, 수분양자들 중 주식회사 OOO가 2017.6.5. 수탁자에게 제출한 다음과 같은 계약자 확인서 등을 제출하였다. <계약자 확인서>

○○○ <사전입주조사서 및 확인사항>

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 일부 개정된 것) 제58조의2 제1항에서산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 경감한다고 규정하면서, 그 제1호에서 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 “사업시설용”이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다고 규정하고 있고, 그 나목에서 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 분양ㆍ임대하는 경우를 규정하고 있다. 처분청은 수분양자들이 쟁점지식산업센터를 사업시설용으로 사용하지 않았다면 청구법인이 다른 용도로 이를 분양‧임대한 것으로 보아 당초 감면해준 취득세 등을 추징하는 것이 타당하다는 의견이다. 그러나, 청구법인은 2016.11.10. 처분청으로부터 이 건 지식산업센터 설립승인을 득한 후, 2016.12.16. 사업시행자의 지위에서 쟁점토지를 취득하였던바, 청구법인은 지방세특례제한법제58조의2 제1항에서 말하는 지식산업센터 설립자에 해당하는 한편, 청구법인은 2017.4.13. 수탁자와 관리형토지신탁 계약을 체결하여 쟁점토지를 신탁한 후 이 건 지식산업센터 신축‧분양 업무를 위탁하였고, 수탁자는 쟁점토지 지상에 이 건 지식산업센터를 신축하여 수분양자들에게 분양하면서 수분양자들이 이를 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용으로 사용하는 것을 조건으로 하여 분양한 것으로 확인되는바, 지식산업센터 설립자인 청구법인이 사업시설용이 아닌 다른 용도로 분양‧임대했다고 보기 어려운 점, 지방세특례제한법제58조의2 제2항 제1호 나목에서 ‘다른 용도로 사용하는 경우’를 규정하고 있으나, 이는 지식산업센터 설립자가 아닌 수분양자에게 적용하는 규정이므로 설립자까지 확장하여 적용할 수 없고, 분양 후 사후적으로 발생하는 사유로 인하여 지식산업센터 설립자에게 부여했던 감면혜택까지 추징하는 것은 그 설립자의 관리‧의무의 범위를 벗어나는 것이라서 불합리해 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점지식산업센터를 사업시설용이 아닌 다른 용도로 분양‧임대한 것으로 보아 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제6항, 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등

(1) 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 일부 개정된 것) 제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의2에 따라 지식산업센터의 설립승인을 받은 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.

1. 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5제1항제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 “사업시설용”이라 한다)으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 취득하는 부동산과 신축 또는 증축한 지식산업센터에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

  • 가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우
  • 나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 분양ㆍ임대하는 경우

2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하거나 분양 또는 임대 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 1,000분의 375를 경감한다.

산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자(중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업을 영위하는 자로 한정한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.

1. 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

  • 가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
  • 나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 1,000분의 375를 경감한다.

(2) 지방세특례제한법(2019.4.30. 법률 제16413호로 개정된 것) 제58조의2(지식산업센터 등에 대한 감면) ① 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의2에 따라 지식산업센터를 설립하는 자에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2019년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.

1. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호에 따른 시설용(이하 이 조에서 “사업시설용”이라 한다)으로 직접 사용하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업시설용으로 분양 또는 임대(중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업을 대상으로 분양 또는 임대하는 경우로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

  • 가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우
  • 나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 분양ㆍ임대하는 경우

2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하거나 그 사업시설용으로 분양 또는 임대 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 1,000분의 375를 경감한다.

산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의4에 따라 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 입주자(중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업을 영위하는 자로 한정한다)에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.

1. 2019년 12월 31일까지 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다.

  • 가. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
  • 나. 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

2. 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 1,000분의 375를 2019년 12월 31일까지 경감한다.

(3) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “공장”이란 건축물 또는 공작물, 물품제조공정을 형성하는 기계·장치 등 제조시설과 그 부대시설(이하 "제조시설등"이라 한다)을 갖추고 대통령령으로 정하는 제조업을 하기 위한 사업장으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

13. “지식산업센터”란 동일 건축물에 제조업, 지식산업 및 정보통신산업을 영위하는 자와 지원시설이 복합적으로 입주할 수 있는 다층형 집합건축물로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다. 제28조의4(지식산업센터의 분양) ① 지식산업센터를 설립한 자가 지식산업센터를 분양 또는 임대하려는 경우에는 공장건축물 착공 후 산업통상자원부령으로 정하는 바에 따라 모집공고안을 작성하여 시장·군수 또는 구청장의 승인을 받아 공개로 입주자(지식산업센터를 분양 또는 임대받아 제조업이나 그 밖의 사업을 하는 자를 말한다. 이하 같다)를 모집하여야 한다. 승인을 받은 사항 중 산업통상자원부령으로 정하는 중요사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지식산업센터를 분양 또는 임대하는 경 우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

1. 공공사업에 의하여 철거되는 공장의 유치나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 설립된 지식산업센터

2. 대통령령으로 정하는 규모 미만의 지식산업센터 제28조의5(지식산업센터에의 입주) ① 지식산업센터에 입주할 수 있는 시설은 다음 각 호의 시설로 한다.

1. 제조업, 지식기반산업, 정보통신산업, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사업을 운영하기 위한 시설

2. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업을 운영하기 위한 시설

3. 그 밖에 입주업체의 생산 활동을 지원하기 위한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설

② 제1항 제1호에 따라 지식산업센터에 입주할 수 있는 시설의 범위 및 규모는 대통령령으로 정한다. 제28조의7(입주자 등의 의무) ① 지식산업센터의 입주자 또는 관리자는 다음 각 호의 행위를 하여서는 아니 된다.

3. 제28조의5 제1항에 따른 입주대상시설이 아닌 용도로 지식산업센터를 활용하거나 입주대상시설이 아닌 용도로 활용하려는 자에게 지식산업센터의 전부 또는 일부를 양도·임대하는 행위

(4) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령 제4조의6(지식산업센터) 법 제2조 제13호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 건축물을 말한다.

1. 지상 3층 이상의 집합건축물일 것

2. 공장, 제6조 제2항에 따른 지식산업의 사업장 또는 같은 조 제3항에 따른 정보통신산업의 사업장이 6개 이상 입주할 수 있을 것

3. 건축법 시행령 제119조제1항 제3호에 따른 바닥면적(지상층만 해당한다)의 합계가 같은 항 제2호에 따른 건축면적의 300퍼센트 이상일 것. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하여 바닥면적의 합계가 건축면적의 300퍼센트 이상이 되기 어려운 경우에는 해당 법령이 허용하는 최대 비율로 한다.

  • 가. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제78조에 따라 용적률을 특별시ㆍ광 역시ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도ㆍ시 또는 군의 조례로 따로 정한 경우
  • 나. 산업기술단지 지원에 관한 특례법 제8조에 따른 면적을 준수하기 위한 경우 제6조(산업단지의 입주자격) ③ 법 제2조 제18호에서 “정보통신산업”이란 정보의 수집ㆍ가공ㆍ저장ㆍ검색ㆍ송신ㆍ수신 및 그 활용과 이에 관련되는 기기ㆍ기술ㆍ역무, 그 밖에 정보화를 촉진하기 위한 산업으로서 다음 각 호의 산업을 말한다.

1. 컴퓨터 프로그래밍, 시스템 통합 및 관리업

2. 소프트웨어 개발 및 공급업

3. 자료처리, 호스팅(서버 대여, 운영 등의 서비스를 말한다) 및 관련 서비스업

4. 데이터베이스 및 온라인 정보제공업

5. 전기 통신업 제36조의4(지식산업센터에의 입주) ① 법 제28조의5 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 사업"이란 다음 각 호의 사업을 말한다.

1. 제6조 제2항 및 같은 조 제3항에 따른 지식산업 및 정보통신산업

2. 그 밖에 특정 산업의 집단화와 지역경제의 발전을 위하여 다음 각 목의 구분에 따라 지식산업센터에의 입주가 필요하다고 인정하는 사업

  • 가. 산업단지 안의 지식산업센터의 경우: 법 제2조 제18호에 따른 산업에 해당하는 사업으로서 관리기관이 인정하는 사업
  • 나. 산업단지 밖의 지식산업센터의 경우: 시장ㆍ군수 또는 구청장이 인정 하는 사업
원본 출처 (국세법령정보시스템)