일반적 경과조치를 근거로, 개정 전 ｢지방세법｣을 적용하여 ｢조세특례제한법｣상 법인세 이월세액공제가 반영된 법인지방소득세로 감액경정되어야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2014사업연도 법인세 신고시 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 조특법”이라 한다)상 생산성향상시설 투자비 및 고용창출투자비 등에 대한 이월세액공제를 적용하였으나, 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것, 이하 “개정후 지방세법”이라 한다)의 개정으로 이월세액공제를 적용하지 아니하고 법인지방소득세를 신고‧납부하였다.
• 나. 이후 청구법인은 2020.4.14. 개정후 지방세법 부칙 제15조(이하 “일반적 경과조치”라 한다) 등에 따라 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것, 이하 “개정전 지방세법”이라 한다) 제89조 제1항(이하 “종전 규정”이라 한다)을 적용하여 이월세액공제가 적용된 법인세액으로 법인지방소득세를 산출하여야 한다는 취지로 ＜별지 1＞과 같이 2014사업연도 법인지방소득세에 대한 경정청구를 제기하였고, 처분청들은 2020.4.17.～2020.6.24. 이를 거부하거나, 경정청구 결과를 통지하지 아니하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.7.7.～2020.7.23. 이의신청을 거쳐 2020.11.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 일반적 경과조치는 종전 규정에 의하여 청구법인에게 부여된 신뢰를 보호하기 위한 특별규정이고, 청구법인은 관련 시설 및 연구활동에 대한 투자 및 고용창출 등 국가가 정책목적상 장려하기 위하여 마련한 세액공제 혜택에 대하여 5년간 이월하여 공제받을 수 있다는 신뢰를 가지고 있었다. 따라서 개정전 지방세법 시행 중 고용창출투자비 등을 지출하였고, 이로 인하여 이월공제되는 세액이 확정되었다면, 납세자의 신뢰는 보호되어야 하므로 일반적 경과조치에 따라 이 건 법인지방소득세에 있어서도 이월공제가 적용되어야 한다. 비록, 종전 부가세 방식이었던 지방소득세 법인세분이 독립세 방식인 법인지방소득세로 전환된 취지가 세액공제 규정을 배제하기 위한 것이라 하더라도, 이는 종전의 세액공제 혜택까지 배제하려는 취지로 볼 수는 없다. 따라서 일반적 경과조치의 적용대상에는 종전 규정 및 이월공제 규정도 포함되어야 하므로 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.
• 나. 처분청 의견 종전 규정은 법인세분 지방소득세의 과세표준을 법인세액으로 정하고 있었으나, 법인지방소득세로 전환됨에 따라 그 과세표준을 법인세 과세표준으로 규정하고 있고, 일반적 경과조치 규정으로써 개정법률 시행 당시 종전의 규정에 따라 감면하였거나 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 하였는바, 이에 따르면 위 개정 이후 사업연도에 대하여 개정 전 과세표준을 적용하여 법인지방소득세를 계산하려면 일반적 경과조치의 적용이 가능한 경우라야 한다고 할 것이다. 일반적 경과조치 규정과 관련하여 대법원은 종전 규정이 장래 과세요건을 갖추는 경우에도 일정한 기간 내에는 특별히 비과세 내지 면제 등을 한다는 내용으로 규정하고 있지 않는 한 조세감면 등에 관한 종전 규정은 적용할 수 없다는 취지로 판시하고 있는바, 종전 규정의 경우에도 법인세분 지방소득세의 세율을 법인세액의 100분의 10이라고 하여 그 과세표준이 법인세액임을 정하고 있었다고 하여도, 그 외 당해 종전 규정을 통하여 장래 과세요건을 갖추는 경우에도 일정기간 내에는 특별히 조세를 감면한다는 내용의 정함은 없었던 것으로 위 법률개정으로 법인지방소득세 과세표준 체계가 변경된 이후에도 종전의 과세표준을 적용하여 계산하기 위한 일반적 경과조치 적용기준의 충족이 있었다고 보기는 어렵다고 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 일반적 경과조치를 근거로, 개정 전 지방세법을 적용하여 조세특례제한법상 법인세 이월세액공제가 반영된 법인지방소득세로 감액경정되어야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지 2＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2014사업연도 법인지방소득세 신고시 개정후 지방세법에 따라 생산성 향상 시설 투자 및 고용창출투자세액 공제 이월에 따른 세액공제를 적용하지 아니하였고, 이에 대하여 처분청과의 다툼은 없다. (나) 개정후 지방세법의 개정이유에는 “소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과‧징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계”하기 위한 것으로 기재되어 있다. (다) 개정후 지방세법이 발의되었을 당시 국회 행정안전위원회 전문위원이 작성한 검토보고서에는 “구 지방세법 하에서 법인세 세액공제 및 감면에 연동하여 부가적으로 법인지방소득세도 세액공제‧감면을 받았으나, 지방세법의 개정으로 더 이상 이와 같은 혜택이 유지되지 않는다. 법률 개정안이 지방소득세를 부가세에서 독립세 방식으로 전환하였으므로, 지방소득세에 대한 특례조항을 별도로 규정할 필요가 있어 개정안은 개인지방소득세에 관한 세액공제 등에 대하여는 새로이 지방세특례제한법 등에 옮겨 규정하였던 반면, 법인지방소득세에 관한 특례조항은 배제함으로써 법인에 대한 지방소득세의 과세를 강화하였다”는 취지로 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 2014.1.1. 종전 지방소득세 법인세분을 법인지방소득세로 개정한 취지가 법인세에 대한 세액공제를 배제하여 법인소득에 대한 지방세 과세를 강화하고자 하는데 있는 점, 지방세법이 2014.1.1. 개정됨에 따라 소득세 및 법인세의 부가세 형태로 징수하고 있던 지방소득세가 독립세 방식으로 전환되었으므로 2014사업연도 이후의 소득에 대한 법인지방소득세는 개정후 지방세법에서 규정한 과세체계를 적용하여야 하는 것이고, 2014.1.1. 개정 전 지방세법상 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 법인지방소득세 과세표준으로 삼았던 결과로서 법인지방소득세 산출시 법인세 이월공제에 따른 세액감소 효과를 보았던 것은 일종의 반사이익에 불과한 점, 일반적 경과조치는 지방세법령에 명시적으로 규정한 내용에 한하여 그 효력이 미치는 것인데, 2014.1.1. 개정 전 지방세법령에서 법인세 이월세액공제에 관하여 별도로 규정한 바가 없으므로 법인세 이월세액공제에 따라 지방소득세가 경감되었다 하더라도 이를 일반적 경과 조치의 적용대상이라고 볼 수는 없는 점, 개정후 지방세법 제103조의22에서 법인지방소득세의 세액공제 및 감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정하도록 하였으나, 지방세특례제한법에서는 개인지방소득세의 경우와 달리 법인지방소득세에 대한 세액공제 및 감면에 대한 규정을 별도로 두고 있지 아니한 점 등에 비추어 처분청들이 이 건 지방소득세 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지 1＞ 사건번호별 처분청 및 심판청구 내역

○○○ ＜별지 2＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제89조(세율) ①소득분의 표준세율은 다음과 같다. 구분 세율 소득세분 법인세분 소득세액의 100분의 10 법인세액의 100분의 10

② 지방자치단체의 장은 조례로 정하는 바에 따라 소득분의 세율을 제1항의 표준세율의 100분의 50의 범위에서 가감할 수 있다. 제91조(신고납부) ① 법인세분의 납세의무자(연결집단의 경우에는 연결모법인을 말한다. 이하 같다)는 제89조에 따라 산출한 세액(이하 이 조에서 “산출세액”이라 한다)을 제87조 제2항 및 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 연결법인 또는 법인의 각 사업장 소재지 관할 지방자치단체별로 안분계산하여 해당 사업연도 종료일부터 4개월(연결법인의 경우에는 해당 연결사업연도 종료일부터 5개월, 법인세법 또는 국세기본법에 따라 세액이 결정되거나 경정되는 경우에는 그 고지서의 납부기한, 신고기한을 연장하는 경우에는 그 연장된 신고기간의 만료일, 수정신고를 하는 경우에는 그 신고일부터 각각 1개월) 내에 관할 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다. 다만, 경정 또는 수정신고로 인하여 사업연도별로 추가납부 또는 환급되는 총세액이 당초에 결정 또는 신고한 세액의 100분의 10에 미달할 때에는 귀속사업연도에도 불구하고 경정고지일 또는 수정신고일이 속하는 사업연도분 법인세분에 가감하여 신고하고 납부할 수 있으며, 이 경우에는 지방세기본법 제77조를 적용하지 아니한다. 제94조(소득분의 계산방법) ① 소득분은 소득세법과 법인세법에 따라 신고하거나 결정ㆍ경정된 소득세 및 법인세(원천징수된 소득세 및 법인세를 포함한다)로서 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액에 제89조 제1항의 세율을 적용하여 계산한다. 다만, 제87조 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 부과된 세액은 공제한다.

(2) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정과 관련된 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다. 과세표준 세율 2억원 이하 과세표준의 1000분의 10 2억원 초과 200억원 이하 2백만원 + (2억원을 초과하는 금액의 1000분의 20) 200억원 초과 2억9천8백만원+(200억원을초과하는금액의1000분의22) 제103조의20(세율) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 표준세율은 다음 표와 같다.

② 지방자치단체의 장은 조례로 정하는 바에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세율을 제1항에 따른 표준세율의 100분의 50의 범위에서 가감할 수 있다. 제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지등 양도소득, 조세특례제한법 제100조의32 제2항에 따른 미환류소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다.

② 제1항에 따른 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 법인지방소득세 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다. 부 칙 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(3) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제24조(생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제) ① 내국인이 생산성 향상을 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 2014년 12월 31일까지 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 그 투자금액의 100분의 3(중소기업의 경우에는 100분의 7)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 1.공정(工程) 개선 및 자동화 시설 중 대통령령으로 정하는 시설 2.첨단기술설비 중 대통령령으로 정하는 설비 제26조(고용창출투자세액공제) ① 내국인이 2014년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자와 수도권과밀억제권역 내에 투자하는 경우는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 하는 경우로서 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소하지 아니한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 더한 금액을 해당 투자가 이루어지는 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 중소기업의 경우에는 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에도 제1호를 적용한다. 이 경우 제1호의 금액에서 감소한 상시근로자 1명당 1천만원씩 뺀 금액으로 하며, 해당 금액이 음수(陰數)인 경우에는 영으로 한다. (각 호 생략) 제144조(세액공제액의 이월공제) ① 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제126조의6, 제126조의7 제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(제5조에 따라 공제할 세액으로서 중소기업이 설립일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 7년) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는 소득세법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.

(4) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것) 제174조(세액공제액의 이월공제) ① 제99조, 제102조, 제103조, 제104조제2항, 제109조부터 제115조까지, 제117조, 제118조, 제137조, 제150조, 제151조, 제162조, 제165조 및 제166조에 따라 지방소득세 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제172조에 따른 개인지방소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(제99조에 따라 공제할 세액으로서 중소기업이 설립일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 7년) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 개인지방소득세[사업소득(조세특례제한법 제126조의6을 적용하는 경우에는 소득세법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 개인지방소득세만 해당한다] 에서 공제한다.