이 건 건축물(의과대학 부속병원) 증축에 대해서 일반적 경과조치를 적용하여 종전 규정에 따라 취득세를 감면하여 달라는 청구주장의 당부

[참조결정] 조심2020지0405

[주 문] OOO구청장이 2020.10.27. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2015.8.7. OOO 소재 건축물 (OOO, 이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 취득(증축)하고, 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부개정된 것, 이하 “개정 법률”이라 한다) 제41조 제7항에 따른 감면율(75%)을 적용하여 취득세 등 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고·납부하였다.
• 나. 이후, 청구법인은 2020.9.29. 이 건 건축물에 대하여 개정 법률 부칙 제14조(이하 “일반적 경과조치”라 한다)에 따라 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부개정되기 전의 것) 제41조 제7항(감면율 100%, 이하 “종전 규정”이라 한다)을 적용하여야 한다는 취지로 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2020.10.27. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.11.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 종전 규정의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위가 있는 경우에는 일반적 경과조치에 따라 종전 규정이 적용되어야 한다. 따라서 청구법인이 종전 규정의 시행기간 내에 이 건 건축물에 대한 건축허가 및 실제 건축공사를 시작한 이상, 이 건 건축물의 취득에 대해서 종전 규정을 적용하는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않으므로 법률불소급의 원칙상 납세의무가 성립한 당시의 법령에 따라 지방세 감면이 적용되어야 한다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건 건축물(의과대학 부속병원) 증축에 대해서 일반적 경과조치를 적용하여 종전 규정에 따라 취득세를 감면하여 달라는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: 붙임
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 자료에 따르면 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2010.10.22. 이 건 건축물에 대한 착공신고를 하였고, 2015.8.7. 사용승인을 받은 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 2010년도부터 지출한 공사비 등 OOO원을 이 건 취득세 등의 과세표준으로 산정한 것으로 나타난다. (다) 의과대학 부속병원용 부동산 취득에 대한 감면 규정의 개정 이력은 아래와 같다. 적용시기 감면 내용 비고 1977년 ∼2010.12.31. 학술을 목적으로 하는 비영리사업자 비과세(수익사업용 제외)

• 의과대학 부속병원 수익사업에서 제외 건축허가·착공 2011.1.1. ∼2012.12.31. 학교용 부동산 취득세 면제(수익사업용 제외)

• 부속병원용은 수익사업에서 제외 2013.1.1. ∼2013.12.31. 학교용 부동산 취득세 면제(수익사업용 제외)

• 부속병원용은 2013.12.31.까지 면제 2014.1.1. ∼2014.12.31. 학교용 부동산 취득세 면제(수익사업용 제외)

• 부속병원용은 2014.12.31.까지 면제 2015.1.1. ∼2016.12.31. 학교용 부동산 취득세 면제(수익사업용 제외)

• 부속병원용은 2016.12.31.까지 75%감면 사용승인 2017.1.1. ∼2018.12.31. 학교용 부동산 취득세 면제(수익사업용 제외)

• 부속병원용은 2016.12.31.까지 50%감면 2019.1.1. ∼2020.12.31. 학교용 부동산 취득세 면제(수익사업용 제외)

• 부속병원용은 2020.12.31.까지 50%감면

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인이 이 건 건축물의 건축허가를 받아 그 공사를 착공할 당시에는 개정 전 지방세특례제한법에서 의과대학의 부속병원용 부동산에 대한 취득세를 면제하는 것으로 규정하고 있다가, 청구법인이 해당 공사를 완공할 당시에 취득세 감면범위가 75%로 축소되었으나, 부칙에서 일반적 경과조치 규정을 두어 ‘종전 규정에 따라 감면될 취득세’에 대하여는 종전규정에 따르도록 함으로써 종전 규정에 따른 감면을 신뢰한 납세자를 보호하도록 하고 있는 점, 청구법인이 이 건 건축물에 대한 건축허가를 받아 그 공사를 착공할 당시에는 의과대학 부속병원용 부동산에 대한 취득세는 종전 규정에 따라 면제되고 있었으므로 청구법인으로서는 향후 해당 건축물이 완공되더라도 종전 규정에 따라 취득세가 면제될 것으로 신뢰하였을 것으로 보이고, 이러한 의과대학 부속병원에 대한 취득세 면제규정은 1954년 지방세법 제정시 규정된 이후 2014.12.31.까지 지방세법 또는 지방세특례제한법에서 계속하여 그 형식만 바꾸어 비과세 또는 면제대상으로 유지되어 왔으므로 그와 같이 신뢰할 만한 사정이 있었던 것으로 보이는 점, 실제로 청구법인은 종전 규정 시행당시 이 건 건축물에 대한 건축허가, 착공 등 취득과 밀접하게 관련된 원인행위를 한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 지방세특례제한법이 개정되어 의과대학 부속병원용 부동산에 대한 취득세 감면율이 75%로 축소된 이후인 2015.8.7. 이 건 건축물을 취득하였다 하더라도 종전 규정의 시행기간 내에 취득을 위한 원인행위를 하였는바, 일반적 경과규정에 따라 종전 규정을 적용하여 취득세를 면제하는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다(조심 2020지405, 2021.10.8, 같은 뜻임).

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제96조 제6항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 붙임. 관련 법령

(1) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부개정되기 전의 것) 제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ① 초ㆍ중등교육법 및 고등교육법에 따른 학교, 경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법 또는 기업도시개발 특별법에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 "학교등"이라 한다)가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 수익사업에 사용하는 경우

2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고 고등교육법 제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원에 대한 제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 면제는 2014년 12월 31일까지로 한정한다.

(2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부개정된 것) 제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고 고등교육법 제4조에 따라 설립된 의과대학(한의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원에 대해서는 다음 각 호에 따라 취득세 및 재산세를 각각 경감한다.

1. 다음 각 목의 기간에 따라 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세

• 가. 2016년 12월 31일까지: 100분의 75
• 나. 2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지: 100분의 50 부칙 제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.