[요지]
① 청구법인은 쟁점건축물을 취득하기 위하여 쟁점법인에게 인수대금을 지급한 사실이 확인될 뿐 추가비용을 지출한 사실이 나타나지 아니한바, 동 금액이 취득세 등의 과세표준이 된다고 보는 것이 타당함. ② 쟁점건축물의 취득일부터 3년이 경과할 때까지 공실 상태라서 직접 사용되고 있다고 보기 어렵고, 그 부속토지도 같은 사유로 직접 사용되고 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점건축물에 대한 사용승인만으로 쟁점토지가 직접 사용되고 있다고 보아야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단됨.
[주 문] OOO시장이 2020.8.13. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 청구법인이 2016.11.7. 취득한 OOO소재 건물의 취득세 과세표준을 OOO원으로 하여 이를 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 지방세법제7조, 제10조 및 같은 법 시행령 제18조에 따르면 취득세의 과세표준은 취득자가 신고한 취득 당시의 가액으로 하며, 신고가액이 부동산 등의 시가표준액보다 적을 때는 그 시가표준액으로 하되, 법인장부 등에 의하여 사실상의 취득가격이 입증되는 취득의 경우에는 법인의 장부가액을 취득세 과세표준으로 하도록 규정하고 있는바, 특별한 사정이 없는 한 청구법인이 쟁점건축물을 취득하면서 지급한 그 취득가격을 취득세 과세표준으로 보아야 하며, 쟁점법인의 장부상 건설비 가액을 과세표준으로 보는 것은 법령상 근거가 없어 위법한 것이다. 대법원 2003.9.26. 선고 2002두0240 판결에서 ‘취득당시의 가액’은 원칙적으로 부동산 등 과세물건을 취득함에 소요된 사실상의 취득가액을 의미하는 것이라고 하였고, 조세심판원 결정례에서도 공동사업자들이 쟁점공동주택을 신축하기 위하여 투입된 비용이 시공사의 법인장부에 의하여 입증된다면 이를 쟁점주택의 취득세 과세표준으로 하는 것이 타당하다고 결정한 바 있으므로, 청구법인이 쟁점감정평가액을 근거로 쟁점건축물의 매매가액을 정하여 취득하였다면 이를 과세표준으로 하는 것이 타당하다.
(2) 쟁점토지의 용도는지방세특례제한법상 산업용 건축물 등을 신축하기 위한 것으로, 산업용 건축물에는산업입지 및 개발에 관한 법률제2조에 따른 ‘공장’이 포함되며, 공장의 범위에는 ‘제조업을 하기 위하여 필요한 제조시설’이 포함되는바, 청구법인이 쟁점토지에 공장을 신축하여 제조시설을 갖추었으므로 쟁점토지는 해당 용도로 직접 사용하였다고 볼 수 있다. OOO법원 2014.9.9. 선고 2014누4499 판결에서 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건물에 대하여 사용승인을 받은 시점에는 그 토지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 것으로 보아야 한다고 판시하고 있는바, 쟁점토지는 그 용도가 공장용 건축물 부속토지이고 청구법인은 유예기간 내에 쟁점토지 지상에 공장용 건축물을 신축하여 2016.11.7. 쟁점건축물에 대한 사용승인을 받았으므로, 쟁점토지는 산업용 용도에 직접 사용한 것으로 보아야 한다.
(1) 청구법인은 쟁점건축물 취득시 쟁점법인이 건축 중이던 쟁점건축물의 감정평가액 OOO원을 매매대금으로 산정하고, 해당 금액을 취득세 과세표준으로 보아 취득세 등을 신고‧납부하였으나, 감가상각이 적용된 감정평가액을 신축으로 취득한 쟁점건축물의 과세표준으로 보는 것은 부적정하며, 쟁점법인의 장부상 실제로 쟁점건축물 신축을 위하여 지출한 공사비용이 확인되므로지방세법제10조 제5항 제3호에 따라 이를 쟁점건축물의 과세표준으로 보는 것이 타당하다.
(2) 취득한 토지를 당해 업종의 용도에 직접 사용한다고 보려면 그 토지에 건축물을 건축하였다는 것만으로는 부족하고, 취득 이후에도 당해 업종의 영업을 개시하여 사업을 지속적으로 영위하여야 할 것인바, 처분청의 현장확인 결과 쟁점면적은 취득 이후 3년이 경과하도록 공실 상태로 방치한 사실이 확인되므로, 지방세특례제한법제78조 제5항에 따라 쟁점토지에 대하여 감면된 취득세를 추징한 처분은 잘못이 없다할 것이다.
3. 심리 및 판단
① 쟁점건축물의 과세표준을 사실상의 거래가격이 아닌 쟁점법인의 장부상 가액으로 하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부
② 취득일부터 3년 이내에 쟁점토지 지상에 쟁점건축물을 신축하였으므로 쟁점건축물 중 일부가 공실 상태라 하더라도 쟁점토지는 해당 용도에 직접 사용한 것으로 보아야 한다는 청구주장의 당부
(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 2016.8.24. 쟁점법인과 다음과 같은 자산양수도계약을 체결하여 쟁점토지 및 건축 중이던 쟁점건축물을 인수하였다.
○○○ (나) 쟁점법인은 2016.8.9. 등 주식회사 AAA(이하 “AAA”이라 한다)과 BBB OOO지사(이하 “BBB”이라 한다)에 쟁점토지 및 쟁점건축물에 대한 감정평가를 각각 의뢰하였고, 이에 해당 감정평가법인들은 쟁점법인에 다음과 같은 감정평가액을 회신하였다.
○○○ (다) 청구법인은 2016.10.31. 쟁점법인으로부터 쟁점토지를 OOO원에 취득하고 같은 날 취득세 등 OOO원을 신고‧납부하는 한편, 쟁점건축물을 인수하여 2016.11.7. 사용승인을 득한 후, 2016.12.12. 쟁점건축물의 취득가액을 OOO원으로 하여 취득세 등 OOO원을 신고‧납부하였다. (라) 처분청이 쟁점법인의 장부상으로 확인한 쟁점건축물에 투입된 공사비는 다음과 같이 확인된다.
○○○ (마) 쟁점건축물의 일반건축물대장에 따르면 쟁점건축물의 주용도는 공장으로, 연면적은 OOO㎡로 나타나며, 2016.11.7. 사용승인된 것으로 나타난다. (바) 처분청은 청구법인에 대한 세무조사 과정에서 쟁점건축물에 대한 현장확인을 실시하였고, 쟁점건축물 중 다음과 같은 쟁점면적이 공실상태인 것을 확인한 후, 해당 면적 비율만큼 쟁점토지에 대한 기 감면세액을 추징하였다.
○○○
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 지방세법제10조 제5항에서 다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및 소득세법 제101조 제1항 또는 법인세법 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다고 규정하고 있고, 그 제3호에서 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득을 규정하고 있다. 또한, 지방세법 시행령제18조 제3항에서 법 제10조 제5항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다고 규정하면서, 그 제2호에서 법인장부: 금융회사의 금융거래 내역 또는 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서라고 규정하고 있다. (나) 처분청은 쟁점법인의 장부상 쟁점건축물의 신축비용이 약 OOO원으로 확인되고, 청구법인이 이를 2016.11.7. 그대로 인수한 것이므로 쟁점건축물의 취득세 과세표준은 매매계약상 취득가액이 아닌 쟁점건축물의 신축비용으로 보아야 한다는 의견이다. 그러나, 지방세법제10조 제5항 및 같은 법 시행령 제18조 제3항 제2호에서 법인의 장부상으로 확인되는 가액이 있을 경우에는 그 시가표준액에도 불구하고 그 장부상 확인되는 사실상의 취득가격을 과세표준으로 삼도록 규정하고 있는 점, 청구법인은 2016.8.24. 쟁점법인과 자산양수도계약을 체결하여 건설 중이던 쟁점건축물을 인수하기로 약정하였고, 2016.11.7. 이를 인수한 후 곧바로 사용승인을 득하면서 원시취득한 것인바, 취득자인 청구법인이 쟁점건축물을 취득함에 있어 소요된 장부상 취득가격은 쟁점법인의 신축비용이 아닌 청구법인의 장부상 확인되는 실제 거래가격으로 보는 것이 타당한 점, 청구법인이 쟁점법인으로부터 쟁점건축물을 인수하는 거래가 지방세법제10조 제5항 괄호 부분의 법인세법제52조 제1항에 따른 거래로서 부당행위부인대상이라고 볼 여지도 있으나, 이에 대한 처분청의 입증이 없을 뿐만 아니라, 청구법인과 쟁점법인은 건설 중이던 쟁점건축물의 시가가 불분명하여 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인 2곳의 감정평가액을 평균하여 그 가액을 상호간에 거래가액으로 정한 것이므로 이를 두고 시가에 부합하지 않는 부당한 거래라고 보기도 어려운 점 등에 비추어 청구법인은 쟁점건축물을 취득하기 위하여 쟁점법인에게 OOO원을 지급한 사실이 장부상 확인될 뿐 추가비용을 지출한 사실은 나타나지 아니하여 그 금액이 곧바로 취득세 등의 과세표준이 된다고 보는 것이 타당하므로, 처분청이 쟁점법인의 장부상 확인되는 쟁점건축물의 실제 공사비용 OOO원을 쟁점건축물의 취득세 과세표준으로 보아 취득세 등을 추가로 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 지방세특례제한법제78조 제4항에서 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다고 규정하고 있고, 그 제1호 가목에서 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지를 규정하고 있으며, 그 제2호 가목에서 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감한다고 규정하고 있다. 또한, 같은 조 제5항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다고 규정하면서, 그 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있다. (나) 청구법인은 쟁점토지 지상에 쟁점건축물을 신축한 이상 신축 후 쟁점건축물 중 일부인 쟁점면적이 공실 상태라고 하더라도 쟁점토지는 그 취득일부터 3년 이내에 직접 사용한 것으로 보아야 한다고 주장한다. 그러나, 건축물에 대한 사용승인만으로 그 부속토지가 해당 용도로 직접 사용되고 있다고 본다면 사업주가 사용승인만 받은 후 실제로 사업을 영위하지 아니하는 경우에 감면된 취득세 등을 추징할 수 없어 산업단지 활성화라는 감면취지에 반하게 되는바, 쟁점토지의 직접 사용 여부를 판단함에 있어 쟁점건축물에 대한 사용승인이 있었다는 것만으로는 부족하고, 사용승인된 쟁점건축물을 해당 용도에 맞게 사업을 개시하여 지속적으로 그 사업을 영위하여야 비로소 직접 사용하고 있다고 볼 수 있는 점, 쟁점면적은 쟁점건축물의 취득일부터 3년이 경과할 때까지 공실 상태라서 직접 사용되고 있다고 보기 어렵고, 그 부속토지도 같은 사유로 직접 사용되고 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점건축물에 대한 사용승인만으로 쟁점토지가 직접 사용되고 있다고 보아야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제6항, 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등
(1) 지방세법 제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.
1. “취득”이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득(수용재결로 취득한 경우 등 과세대상이 이미 존재하는 상태에서 취득하는 경우는 제외한다), 승계취득 또는 유상ㆍ무상의 모든 취득을 말한다.
2. “부동산”이란 토지 및 건축물을 말한다.
3. “토지”란 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)의 등록대상이 되는 토지와 그 밖에 사용되고 있는 사실상의 토지를 말한다.
4. “건축물”이란 건축법 제2조제1항제2호에 따른 건축물(이와 유사한 형태의 건축물을 포함한다)과 토지에 정착하거나 지하 또는 다른 구조물에 설치하는 레저시설, 저장시설, 도크(dock)시설, 접안시설, 도관시설, 급수ㆍ배수시설, 에너지 공급시설 및 그 밖에 이와 유사한 시설(이에 딸린 시설을 포함한다)로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다. 제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.
② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.
③ 건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박, 차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.
⑤ 다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및 소득세법 제101조제1항 또는 법인세법 제52조제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.
1. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득
2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득
3. 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득
4. 공매방법에 의한 취득
5. 부동산 거래신고 등에 관한 법률 제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제5조에 따라 검증이 이루어진 취득
⑥ 법인이 아닌 자가 건축물을 건축하거나 대수선하여 취득하는 경우로서 취득가격 중 100분의 90을 넘는 가격이 법인장부에 따라 입증되는 경우에는 제2항 단서, 제3항 및 제5항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 취득가격을 과세표준으로 한다.
(2) 지방세법 시행령 제18조(취득가격의 범위 등) ③ 법 제10조 제5항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.
1. 판결문: 민사소송 및 행정소송에 의하여 확정된 판결문(화해·포기·인낙 또는 자백간주에 의한 것은 제외한다)
2. 법인장부: 금융회사의 금융거래 내역 또는 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서. 다만, 법인장부의 기재사항 중 중고자동차 또는 중고기계장비의 취득가액이 법 제4조제2항에서 정하는 시가표준액보다 낮은 경우에는 그 취득 가액 부분(중고자동차 또는 중고기계장비가 천재지변, 화재, 교통사고 등으로 그 가액이 시가표준액보다 하락한 것으로 시장·군수가 인정한 경우는 제외한다)은 객관적 증거서류에 의하여 취득가액이 증명되는 법인장부에서 제외한다.
⑤ 법 제10조 제6항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 취득가격"이란 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 말한다.
1. 제3항 제2호에 따른 법인장부로 증명된 금액
2. 제3항 제2호에 따른 법인장부로 증명되지 아니하는 금액 중 소득세법 제163조에 따른 계산서 또는 부가가치세법 제32조에 따른 세금계산서로 증명된 금액
3. 부동산을 취득하는 경우 주택도시기금법 제8조에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손. 이 경우 금융회사등 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.
(3) 지방세특례제한법 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.
② 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 특별한 규정이 없으면 지방세기본법, 지방세징수법 및 지방세법에서 정하는 바에 따른다. 다만, “제3장 지방소득세 특례”에서 사용하는 용어의 뜻은 지방세기본법, 지방세징수법 및 지방세법에서 정하는 경우를 제외하고 조세특례제한법 제2조에서 정하는 바에 따른다. 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.
1. 대상 지역
- 가. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 지정된 산업단지
- 나. 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 따른 유치지역
- 다. 산업기술단지 지원에 관한 특례법에 따라 조성된 산업기술단지
2. 경감 내용
- 가. 산업용 건축물등을 건축하려는 자[공장용 건축물(건축법 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감한다.
⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.
1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우
⑧ 제1항부터 제4항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25(제4항 제2호 나목에 따라 취득세를 경감하는 경우에는 100분의 15)의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다. 이 경우 제4조 제1항 각 호 외의 부분, 같은 조 제6항 및 제7항을 적용하지 아니한다.
(4) OOO도 도세 감면 조례 제8조(산업단지 등에 대한 감면) 법 제78조 제8항에 따라 추가로 경감하는 율은 다음 각 호의 구분에 따른다.
1. 법 제78조 제1항·제2항, 제3항 제1호 및 제4항 제2호 가목의 경감률에 추가하는 경감률: 100분의 25