[요지]
① 청구법인이 쟁점건물에 대한 경감세율이 축소되지 않고 지속될 것을 예상하여 쟁점건물의 착공에 이르렀다는 청구주장이 수긍이 가는 점 등에 비추어 처분청이 이와 다른 전제에서 쟁점건물의 취득에 대하여 종전특례규정을 적용할 수 없다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨. ② 청구법인은 2015.11.30. 쟁점건물의 취득에 대한 과세표준 신고를 마친 후 추가공사비 950백만원이 발생함에 따라 2018.2.12. 수정신고를 한 것이므로 이에 대해서는 무신고가산세가 아닌 과소신고가산세를 부과하는 것이 타당하다고 판단됨.
[주 문] OOO구청장이 2020.9.7. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 의료법인이 취득하는 부동산에 대하여 취득세를 경감하는 규정은 1994.12.22. 지방세법제290조로 신설되었다가 2010.3.31. 새롭게 제정된 지방세특례제한법제38조로 이관되었고, 2014.12.31. 개정 전까지는 면제 또는 1천분의 20의 세율을 경감하는 내용이 20년간 변함없이 유지되어 왔던바, 청구법인은 이와 같은 세율 경감 규정이 유지될 것을 기대하고 쟁점건물에 대한 건축허가를 득하여 2014.9.15. 착공하였으므로 개정후법률 시행 전에 취득과 관련한 가장 중요한 원인행위를 했다고 보아야 하며, 따라서 개정후법률 부칙 제14조에 따라 종전특례규정을 적용하여 1천분의 20의 세율을 경감하여야 한다.
(2) 청구법인이 2018.2.12. 쟁점건물과 관련한 수정신고를 하였으나, 이는 새로운 취득에 대한 것이 아니라 쟁점건물의 공사설계가 변경된 것을 이유로 증액된 공사금액이 뒤늦게 확정됨에 따른 것이므로, 무신고가산세가 아닌 과소신고가산세가 적용되는 것이 타당하다.
(1) 이 건 지방세 감면규정은 2014.9.15.지방세특례제한법일부개정법률(안) 입법예고에서 감면을 종료시킬 예정임을 밝히고 있고, 쟁점건물의 착공 시점 등에 적용되던 종전특례규정에서 이미 2014.12.31.까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있으므로 2015.1.1. 이후에는 감면이 종료되거나 감면율이 축소될 수 있음을 예상할 수 있었던 점, 취득의 원인행위로 ‘착공’하는 행위 자체만으로 과세요건의 충족과 밀접하게 관련되어 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하였다고 보기는 어려운 점 등을 종합해 볼 때 2015.11.30. 사용승인 받은 쟁점건물은 개정후법률에 따라 1천분의 15의 세율을 경감하는 것이 타당하므로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 할 것이다.
(2) 설계변경으로 인한 수정신고분에 대하여 무신고가산세(20%)를 적용한 것은 잘못이 있으므로 과소신고가산세(10%)를 적용하는 것이 타당하다.
3. 심리 및 판단
① 일반적 경과조치 부칙규정에 따라 종전특례규정을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
② 2018.2.12. 취득세 수정신고분에 대하여 무신고가산세가 아닌 과소신고가산세가 적용되어야 한다는 청구주장의 당부
(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 OOO 토지 지상에 쟁점건물을 신축한 후 2015.11.30. OOO구청장으로부터 사용승인을 받아 이를 취득하고, 2015.12.7. 쟁점건물의 과세표준을 OOO원으로 하고 지방세법제11조 제1항 제3호에 따른 세율에서 개정후법률 제38조 제1항에 따라 1천분의 15를 경감한 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고‧납부하였다. (나) OOO구청장이 2014.8.11. 청구법인을 수신자로 하여 보낸 ‘건축허가 처리’ 공문을 보면, 청구법인에게 쟁점건물에 대한 건축을 허가한다는 내용이 나타난다. (다) 청구법인의 2014년 계정별원장을 보면, 2014.9.17. 쟁점건물 신축공사와 관련하여 선급금 OOO원이 시공사인 주식회사 AAA에 지급된 것으로 나타난다. (라) 쟁점건물 관련 건설공사 도급계약서를 보면, 2014.9.11. 청구법인과 시공사인 주식회사 AAA 간에 작성된 것으로, 쟁점건물 건설공사의 착공년월일이 2014.9.15.로, 준공년월일이 2015.11.30.로 작성되어 있고, 계약금액은 OOO원인 것으로 나타난다. (마) 청구법인은 2018.2.12. 쟁점건물에서 추가 발생한 공사비에 대하여 OOO원을 과세표준으로 하고 지방세법제11조 제1항 제3호에 따른 세율에서 개정후법률 제38조 제1항에 따라 세율(1천분의 15)를 경감하여 산출세액을 구한 후 일반무신고가산세(20%)를 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 수정신고‧납부하였다. (바) 청구법인이 제출한 건설공사 준공정산 합의서를 보면, 청구법인과 주식회사 AAA 간에 2016.4.14. 체결한 것으로, 쟁점건물에 대한 설계변경으로 인하여 추가공사분을 정산한다는 내용이 나타나며, 정산금액은 부가가치세를 포함하여 OOO원으로 나타난다. (사) 2014.12.31. 개정시 개정후법률 제38조 등에 대한 개정내용 및 적용요령(출처: 행정자치부)의 주요내용은 다음 ＜표＞와 같이 나타난다. ＜표＞ 개정후법률에 대한 개정내용 및 적용요령 OOO (아) 행정안전부가 2014.9.15. 공고한 2015년도지방세특례제한법일부 개정 법률(안) 입법예고의 주요 내용은 다음과 같다.
2. 제안이유 2014년 12월 31일자로 일몰이 도래하는 지방세 감면사항들이 일괄종료됨에 따라, 지방세 감면 지원이 계속 필요한 분야에 대하여 감면을 재설계하기 위한 것임. 취약계층 등 저소득층 및 민생경제와 관련된 분야는 가급적 기존 수준으로 감면을 재설계하고, 그 외의 경우에는 노인·장애인 등 새로운 복지수요에 대응해야 하는 등 지방재정 여건과 지방세 감면의 비정상적 문제들(100% 면제규정 과다, 관행적 감면 연장 등)을 정상화하는 방향으로 새롭게 재설계함으로써 지방세 감면제도의 효율성을 제고하며,... (후략) (자) 이 건 감면규정인 지방특례제한법제38조는 1994.12.22. 지방세법제290조 제1항 제17호로 신설된 후, 2010.3.31. 지방세법전부 개정시 취득세와 등록세가 통합되면서 지방세특례제한법제38조 제1항으로 이관되어 일반세율에서 1천분의 20의 세율을 경감한다는 내용으로 변경된 바 있으며(실질적인 내용은 변경되지 아니하였다), 그 경감내용은 2014.12.31. 지방세특례제한법개정으로 경감률 축소시까지 유지되었다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부 개정되기 전의 것) 제38조 제1항에서 의료법 제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2014년 12월 31일까지 면제(특별시ㆍ광역시 및 도청소재지인 시 지역에서 취득하는 부동산에 대해서는 지방세법 제11조 제1항의 세율에서 1천분의 20을 경감하는 것을 말한다)한다고 규정하고 있는 한편, 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 일부 개정된 것) 부칙 제14조에서 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다. (나) 위 부칙 규정에 따른 ‘종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세’에 해당하여 개정 전 법령이 적용되기 위해서는 개정 전 법령의 시행 당시 과세요건이 모두 충족되어 납세의무가 성립하였거나, 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우여야 하고, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 개정 전 법령이 아니라 납세의무성립 당시의 법령이 적용되어야 할 것이다. (다) 처분청은 종전특례규정에서 일몰기한을 2014.12.31.까지로 명시하고 있음에도 불구하고 청구법인이 그 규정의 존속을 신뢰한 것은 단순한 기대에 불과할 뿐, 그 신뢰 수준이 마땅히 보호되어야 할 정도에 이르렀다고 보기 어려우므로 쟁점건물의 취득일(2015.11.30.) 당시에 적용되던 개정후법률에 따라 1천분의 15의 세율을 경감하는 것이 타당하다는 의견이다. 그러나, 의료법인이 취득하는 부동산에 대한 취득세 등의 감면은 1994.12.22. 지방세법제290조로 신설된 후 2010.3.31. 지방세법전부 개정시 지방세특례제한법제38조로 이관되었고, 2014.12.31. 지방세특례제한법 개정으로 그 경감세율을 일부 축소할 때까지 약 20년 이상 그 내용이 동일하게 유지되어 온 것으로 보이는바, 청구법인이 그 규정이 지속될 것을 믿고 착공에 이르른 것이라면 개정후법률의 일반적 경과조치 규정에 따라 그 신뢰이익을 보호할 필요성이 있다고 보이는 점, 청구법인은 의료법제48조에 따라 설립된 의료법인으로서 의료업에 직접 사용할 목적으로 2014.8.11. OOO구청장으로부터 쟁점건물에 대한 건축허가를 득한 후, 2014.9.11. 주식회사 AAA과 쟁점건물의 건설공사 도급계약을 체결하였으며, 2014.9.17. 그 신축공사와 관련하여 선급금 OOO원을 시공사인 주식회사 AAA에 지급하는 등 청구법인이 2014.12.31. 지방세특례제한법개정이 있기 전에 쟁점건물의 신축공사를 이미 착공한 것으로 보이는 점, 청구법인이 쟁점건물에 대한 경감세율이 축소되지 않고 지속될 것을 예상하여 쟁점건물의 착공에 이르렀다는 청구주장이 수긍이 가는 점 등에 비추어 처분청이 이와 다른 전제에서 쟁점건물의 취득에 대하여 종전특례규정을 적용할 수 없다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. 지방세기본법제54조 제1항에서 납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준 신고를 한 경우로서 신고하여야 할 납부세액보다 납부세액을 적게 신고(이하 “과소신고”라 한다)하거나 지방소득세 과세표준 신고를 하면서 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 “초과환급신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과환급신고한 환급세액을 합한 금액(이 법과 지방세관계법에 따른 가산세와 가산하여 납부하여야 할 이자상당액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다고 규정하고 있는바, 청구법인은 2015.11.30. 쟁점건물의 취득에 대한 과세표준 신고를 마친 후 추가공사비 OOO원이 발생함에 따라 2018.2.12. 수정신고를 한 것이므로 이에 대해서는 무신고가산세가 아닌 과소신고가산세를 부과하는 것이 타당한 점 등에 비추어 처분청이 이와 다른 전제에서 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제6항, 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등
(1) 지방세특례제한법(2010.3.31. 법률 제10220호로 제정된 것) 제38조(의료법인 등에 대한 과세특례) ① 의료법 제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2012년 12월 31일까지 면제(특별시·광역시 및 도청소재지인 시 지역에서 취득하는 부동산에 대하여는 지방세법 제11조제1항의 세율에서 1천분의 20을 경감하는 것을 말한다)하고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 지방세법 제146조제2항에 따른 지역자원시설세를 2012년 12월 31일까지 면제한다.
(2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제38조(의료법인 등에 대한 과세특례) ① 의료법 제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2014년 12월 31일까지 면제(특별시ㆍ광역시 및 도청소재지인 시 지역에서 취득하는 부동산에 대해서는 지방세법 제11조제1항의 세율에서 1천분의 20을 경감하는 것을 말한다)하고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다)를 2014년 12월 31일까지 면제한다.
(3) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제38조(의료법인 등에 대한 과세특례) ① 의료법 제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지 취득세의 100분의 75(2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는 100분의 50)를 경감[특별시ㆍ광역시 및 도청소재지인 시 지역에서 취득하는 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지 지방세법 제11조제1항의 세율에서 1천분의 15(2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는 지방세법 제11조제1항의 세율에서 1천분의 10)를 경감하는 것을 말한다]하고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 75(2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는 100분의 50)를 경감한다. 부 칙 ＜법률 제12955호, 2014.12.31.＞ 제1조(시행일) 이 법은 2015년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제126조제2항부터 제4항까지 및 제7항, 제127조제2항부터 제4항까지, 제128조제1항 및 제173조의 개정규정은 2015년 7월 1일부터 시행하고, 제67조제2항의 개정규정은 2016년 1월 1일부터 시행한다. 제3조(일반적 적용례) ① 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.
(4) 지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정된 것) 제290조(공공법인에 대한 과세면제) ① 다음 각 호의 법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(第112條第2項의 規定에 의한 課稅對象을 제외한다. 이하 이 條에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세ㆍ종합토지세ㆍ도시계획세 및 공동시설세를 면제한다. 다만, 취득일부터 1년이내에 정당한 사유 없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.
17. 의료법에 의하여 설립된 의료법인. 다만, 서울특별시ㆍ직할시 및 도청소재지 시지역에서 부동산에 관한 등기를 하는 경우에는 등록세를 과세한다.
(5) 지방세법 제7조(납세의무자 등) ② 부동산등의 취득은 민법, 자동차관리법, 건설기계관리법, 항공법, 선박법, 입목에 관한 법률, 광업법 또는 수산업법 등 관계 법령에 따른 등기ㆍ등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비, 항공기 및 주문을 받아 건조하는 선박은 승계취득인 경우에만 해당한다.
(6) 지방세법 시행령 제20조(취득의 시기 등) ⑥ 건축물을 건축 또는 개수하여 취득하는 경우에는 사용승인서를 내주는 날(사용승인서를 내주기 전에 임시사용승인을 받은 경우에는 그 임시사용승인일을 말하고, 사용승인서 또는 임시사용승인서를 받을 수 없는 건축물의 경우에는 사실상 사용이 가능한 날을 말한다)과 사실상의 사용일 중 빠른 날을 취득일로 본다. 다만, 도시개발법에 따른 도시개발사업이나 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업만 해당한다)으로 건축한 주택을 도시개발법 제40조에 따른 환지처분 또는 도시 및 주거환경정비법 제54조에 따른 소유권 이전으로 취득하는 경우에는 환지처분 공고일의 다음 날 또는 소유권 이전 고시일의 다음 날과 사실상의 사용일 중 빠른 날을 취득일로 본다.
(7) 지방세기본법 제53조(무신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준 신고를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법과 지방세관계법에 따른 가산세와 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “납부세액”이라 한다)의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다. 제54조(과소신고가산세ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준 신고를 한 경우로서 신고하여야 할 납부세액보다 납부세액을 적게 신고(이하 “과소신고”라 한다)하거나 지방소득세 과세표준 신고를 하면서 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 “초과환급신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과환급신고한 환급세액을 합한 금액(이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.