장례식장과 상가용 건축물의 부속토지에 대한 쟁점가산세 부과처분이 부당하다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2015.7.16.부터 2016.7.27.까지 OOO토지 OOO㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 연부로 취득한 후, 이 건 토지를 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 것) 제37조 제1항 제3호에 따라 AAA이 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산으로 신고하여 취득세 등을 감면받았다.
• 나. 청구법인은 이 건 토지상에 의료용 건축물인 BBB(이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 신축하여 2020.3.20. 이 건 건축물 연면적 OOO㎡ 중 OOO㎡에 대하여 임시사용승인을 받아 윈시취득한 후, 2020.5.18. 이 건 건축물 중 OOO고유 업무인 의료업에 직접 사용하는 면적에 해당하는 OOO㎡에 대해서는 지방세특례제한법 제37조 제1항 제3호에 따라 산출된 취득세 등의 100분의 75를 경감받아 취득세 등 OOO원을 신고・납부하였고, 병원의 고유업무에 직접 사용하지 않는 부대시설인 장례식장과 편의시설(이하 “쟁점부대시설”이라 한다) 사용면적 OOO㎡에 대한 취득세 등 OOO원을 신고・납부하면서, 이 건 토지 중 쟁점부대시설의 사용면적 비율에 해당하는 면적(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여 감면받은 취득세 등 OOO원을 수정신고・납부하였다.
• 다. 처분청은 청구법인이 쟁점토지에 대하여 감면받은 취득세 등을 수정신고・납부기한을 경과하여 신고・납부한 것으로 보아, 2020.8.10. 쟁점토지에 대한 취득세(가산세) OOO원을 부과・고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여, 2020.11.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2020.5.8. 이 건 건축물의 사용승인을 받음에 따라 OOO및 상가용 건축물의 사용용도가 최종 확정된 것으로 보고 2020.5.18. 기 감면받은 이들 부속토지에 대한 취득세 등을 적법하게 수정신고․납부하였다. 그러나 처분청은 지방세특례제한법 제178조 제1항 제1호에서 ‘정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우’ 감면된 취득세를 추징하도록 규정하고 있고, 지방세법 제20조 제3항은 취득세 추징사유가 발생하면 그 사유 발생일부터 30일 이내에 신고・납부하도록 규정하고 있다는 점을 근거로, 쟁점토지 취득일부터 1년이 경과한 시점을 추징사유 발생일로 보고, 청구법인이 그로부터 30일 이내인 2017.8.26.까지 취득세 등을 수정신고․납부하지 아니하자 2017.8.27.을 추징기산일로 보아 지방세기본법 제54조 및 제55조 등에 따른 무신고ㆍ납부불성실 가산세를 부과ㆍ고지하였다. 일반적으로 건축물을 신축하여 취득하는 경우에는 준공(사용승인)이 되어야만 그 용도와 면적이 확정되며 이후 건축물대장, 등기부등본이 생성되어 비로소 대외적으로 공신력이 발생하는 것이다. 따라서 건축물이 준공되기 전까지는 아직 공부가 생성되지 않아 해당 건축물이 어떠한 용도대로 사용하는지 미정인 상태이며, 법원 및 심사결정례도 사용승인일 이후 임대용 건축물의 부속토지에 대한 기 감면세액을 추징하는 경우에는 건축물(공장)이 완공되는 시점에 그 사용여부에 따라 추징여부를 판단 하여야 한다고 결정하였다. 청구법인이 이 건 OOO용 건축물을 사용하기 위해서는 위와 같이 사용승인일 이후에 그 면적이 확정되어야 하는 것이며 사용승인일 이전 까지는 청구법인이 이 건 OOO용 건축물을 임대할 목적과 의도만 있는 계획상태일 뿐이고 계획상태는 언제든지 변동이 수반되는 것으로 이러한 계획면적만을 기준으로 과세를 할 경우 계획면적이 확정이 되었을 경우 그 차이가 발생되어 이를 정산하는 제도를 마련하여야 하나 처분청은 위와 같이 면적이 확정되지도 않은 계획상태의 기간을 정당한 신고․납부시점이라고 보아 쟁점가산세를 부과하였다. 따라서, 처분청이 이 건 OOO및 상가용 토지가 감면대상에서 제외된다고 보아 추징처분을 해야 한다면, 이 건 건축물의 공사가 완료되어 OOO과 상가용으로 사용용도와 면적이 확정되는 시점인 임시사용승인일이 추징사유 발생일인 것이다. 청구법인은 이 건 OOO및 상가용 토지에 대한 취득세 등을 2020.3.20.을 기산일로 하여 수정신고․납부하였으므로 쟁점가산세 부과처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 취득시점에서 아직 건축허가 등에 의하여 주택과 판매시설의 면적이 확정되지 아니하여 등록세 중과세 대상인 판매시설을 위한 부지 지분을 특정할 수 없는 때에는 등록세 중과세 대상에서 제외되지만 그 후 건축허가를 받아 그에 따른 착공을 하면 판매시설의 부지 지분이 특정됨과 아울러 그에 관하여 판매시설 부지로의 겸용이 개시되었다고 할 수 있으므로, 건설을 위한 착공시에 판매시설의 부지 지분이 등록세 중과세 대상이 된다 할 것이다. 청구법인은 건축물이 사용승인을 받기 전 까지는 계획 상태인 것으로 계속 변동이 발생하므로 사용승인일 이후에만 취득세 등을 부과하여야 한다고 주장하나, 지방세기본법제49조와 제50조에서 취득세 과세표준이나 세액 및 환급세액의 변동이 있을 때에는 수정신고 또는 경정청구를 할 수 있도록 규정되어 있고 특히 취득세는 신고납세방식의 조세로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 구체적으로 조세채무가 확정되며, 다만 납세의무자가 취득세를 신고함에 있어 부족세액이 발생하는 경우에는 처분청이 보통징수의 방법으로 징수하는 세법체계를 가지고 있다. 청구법인은 이 건 토지의 취득세를 의료용에 사용하다고 신고하여 감면을 받은 후, 이 건 건축물을 신축(사용승인)하면서 감면대상인 의료용과 과세대상인 이 건 OOO및 상가용 건축물에 대한 취득세 등만을 신고․납부하였을 뿐, 이 건 토지를 취득하면서 기 감면 받은 이 건 OOO및 상가용토지에 대한 가산세를 누락하였다. 이에 처분청은 이 건 OOO및 상가용토지에 대해서는 청구법인이 건축허가를 받을 시점부터 OOO내에 OOO을 설치하는 것이 확정되었다고 보아 지방세특례제한법 제178조 제1항 제1호에서 규정하는 ‘정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우’에 해당하는 것으로 보아, 이 건 토지 취득일부터 1년이 경과한 2017.7.27.로부터 30일이 경과한 2017.8.27.을 취득세 등의 추징사유기산일로 판단하여 무신고․납부불성실 가산세를 적용하여 쟁점가산세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 OOO과 상가용 건축물의 부속토지에 대한 쟁점가산세 부과처분이 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료를 보면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 지방세특례제한법 제37조 제1항 제3호에서 규정하는 OOO설치법에 따라 설치된 OOO이다. 청구법인의 법인등기부등본상 목적사업은 ‘OOO의학・간호학・약학 등(이하 “의학계”라 한다)의 학생 임상교육, 전공의 수련 및 의료요원 교육훈련, 의학계 관련 연구, 임상연구, 진료사업, 연구개발업, 공공보건의료에 관한 법률 제2조 제2호에 따른 공공보건의료사업’으로 기재되어 있어, 쟁점부대시설과 관련된 사업은 청구법인의 고유업무는 아닌 것으로 확인된다. (나) 청구법인은 이 건 토지를 연부방식으로 취득하여 2015.7.16.부터 2016.7.27.까지 매매대금 합계 OOO원을 OOO에 지급하였다. (다) 청구법인은 2017.5.8. 처분청으로부터 건축허가, 2017.5.25. 착공신고, 2019.10.15.등에 건축변경 허가, 2020.3.20. 임시사용승인, 2020.5.8. 사용승인을 각각 받았다. (라) 이 건 건축물에 대한 취득세 신고일 기준 사용현황은 다음 ＜표1＞ 기재와 같다. ＜표1＞ 이 건 건축물 사용현황

○○○ (마) 처분청은 2020.3.20. 청구법인에게 이 건 건축물의 임시사용승인을 하였고, 이에 청구법인은 2020.5.18. 처분청에 이 건 건축물의 취득세 중 감면대상과 과세대상으로 구분한 후 ＜표2＞ 기재와 같이 신고․납부하였다. ＜표2＞ 이 건 건축물의 취득세 등의 신고․납부 현황 (단위: 원, ㎡)

○○○ (바) 청구법인은 2020.5.8. 처분청으로부터 이 건 건축물의 사용승인을 받자, 2020.5.18. 처분청에 기 감면받은 이 건 토지의 취득세 중 쟁점부대시설용 토지가 과세대상에 해당한다고 보아, 추징 사유발생일을 임시사용승인일(2020.3.20.)로 하여 ＜표3＞ 기재와 같이 취득세 등을 신고․납부하였다. ＜표3＞ 쟁점부대시설용 토지 등의 취득세 신고․납부 현황 (단위: 원, ㎡)

○○○ (사) 처분청은 청구법인이 ‘정당한 사유 없이 쟁점토지를 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것’으로 보아, 청구법인이 쟁점토지 취득일로부터 1년(+30일)이 경과한 2017.8.27.을 취득세 추징 기산일로 보아, 2020.8.10. 청구법인에게 ＜표4＞ 기재와 같이 취득세 등을 부과․고지하였다. ＜표4＞ 쟁점부대시설용 토지 등의 취득세 부과현황 (단위: 원)

○○○

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 것) 제37조는 OOO설치법에 따라 설치된 OOO이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 100을 감면한다고 규정하고 있고, 같은 법 제178조 제1항은 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있으며 추징사유로 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우(제1호) 및 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우(제2호)를 규정하고 있다. 한편, 지방세법(2016.12.27. 법률 제14475호로 개정된 것) 제20조 제3항에서 이 법 또는 다른 법령에 따라 등록면허세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 등록면허세 부과대상 또는 추징대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 30일 이내에 해당 과세표준에 제28조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액을 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제21조 제1항에서 취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니하면 제10조부터 제15조까지의 규정에 따라 산출한 세액 또는 그 부족세액에 지방세기본법 제53조부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다고 규정하고 있다. (나) 청구법인은 쟁점가산세 부과처분과 관련하여 그 추징사유 발생일은 이 건 건축물의 임시사용승인일이고, 그로부터 30일 이내에 쟁점부대시설에 대한 취득세 등을 신고․납부하였으므로 쟁점가산세부과처분은 부당하다고 주장한다. 그러나 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 처분청에 감면신청을 하면서 이 건 토지의 용도를 OOO용으로 사용하겠다고 밝히고 처분청으로부터 감면을 받은 점, 취득세와 같은 신고·납부 방식의 조세는 원칙적으로 납세의무자 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의해 납세의무가 구체적으로 확정되는 조세로서 청구법인이 이 건 토지 전체를 취득세 감면대상인 OOO용으로 사용할 것이라고 신고하였으므로 처분청으로서는 이 건 토지(쟁점부대시설용 토지 포함) 전부가 향후에도 감면대상인 OOO용 건축물의 부속토지로 사용될 것으로 신뢰하였다고 볼 수 있는 점, 청구법인은 임시․사용승인일 이전부터 이 건 건축물 중 일부가 OOO용 이외의 용도로 건축 중인 사실을 알 수 있었을 것이므로 그 사실을 확인한 때에 지방세기본법 제49조의 규정에 따라 신고를 한 후 건축물이 준공(사용승인)될 때 그 과세면적의 변동사항을 바로잡는 것이 타당해 보이는 점, 지방세특례제한법 제178조에서 취득일부터 1년이 경과할 때까지를 유예기간으로 두고 있어 적어도 이 건 토지 취득일부터 1년이 경과한 날을 쟁점토지의 추징사유발생일로 보는 것이 타당해 보이는 점, 감면요건을 충족하지 못하여 과세대상이 된 경우 지방세법 제20조 제3항에 따라 그 사유발생일부터 30일 이내에 신고납부를 한 경우에만 가산세가 부과되지 않는 것이나, 청구법인은 이로부터 30일이 경과한 쟁점부대시설용 토지의 취득세 등을 신고한 점 등에 비추어, 청구법인은 최소한 이 건 토지의 취득일부터 1년이 경과한 날부터 30일 이내에 쟁점부대시설용 토지의 취득세 등을 신고하였어야 함에도 30일을 경과하여 신고하였으므로 처분청이 청구법인에게 쟁점가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법 제96조 제6항, 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세기본법 제49조(수정신고) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 법정신고기한까지 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 지방자치단체의 장이 지방세관계법에 따라 그 지방세의 과세표준과 세액을 결정하거나 경정하여 통지하기 전까지는 과세표준 수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 지방세관계법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액보다 적을 때

2. 과세표준 신고서에 기재된 환급세액이 지방세관계법에 따라 신고하여야 할 환급세액을 초과할 때

3. 그 밖에 특별징수의무자의 정산과정에서 누락 등이 발생하여 그 과세표준 및 세액이 지방세관계법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액 등보다 적을 때

② 제1항에 따른 수정신고로 인하여 추가납부세액이 발생한 경우에는 그 수정신고를 한 자는 추가납부세액을 납부하여야 한다.

③ 과세표준 수정신고서의 기재사항 및 신고절차에 관한 사항은 대통령령으로 정한다. 제54조(과소신고가산세ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준 신고를 한 경우로서 신고하여야 할 납부세액보다 납부세액을 적게 신고(이하 "과소신고"라 한다)하거나 지방소득세 과세표준 신고를 하면서 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 "초과환급신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과환급신고한 환급세액을 합한 금액(이 법과 지방세관계법에 따른 가산세와 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다. 제55조(납부불성실ㆍ환급불성실가산세) ① 납세의무자가 지방세관계법에 따른 납부기한까지 지방세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)한 경우 또는 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 계산식에 따라 산출한 금액을 합한 금액을 가산세로 부과한다. 이 경우 가산세는 납부하지 아니한 세액, 과소납부분(납부하여야 할 금액에 미달하는 금액을 말한다. 이하 같다) 세액 또는 초과환급분(환급받아야 할 세액을 초과하는 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 75에 해당하는 금액을 한도로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(지방세관계법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액을 더한다)×납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 부과결정일까지의 기간×금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 제57조(가산세의 감면 등) ② 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이 법 또는 지방세관계법에 따른 해당 가산세액에서 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 감면한다.

1. 법정신고기한이 지난 후 2년 이내에 제49조에 따라 수정신고한 경우(제54조에 따른 가산세만 해당하며, 지방자치단체의 장이 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 과세표준 수정신고서를 제출한 경우는 제외한다)에는 다음 각 목의 구분에 따른 금액

• 가. 법정신고기한이 지난 후 6개월 이내에 수정신고한 경우: 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액

(2) 지방세기본법 시행령 제34조(납부불성실가산세ㆍ환급불성실가산세 등에 대한 이자율) 법 제55조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제56조 제2호의 계산식에서 "대통령령으로 정하는 이자율"이란 각각 1일 1십만분의 25를 말한다.

(3) 지방세법(2016.12.27. 법률 제14475호로 개정된 것) 제20조(신고 및 납부) ③ 이 법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 제1항에도 불구하고 그 사유 발생일부터 30일 이내에 해당 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다.

(4) 지방세법 시행령 제20조(취득의 시기 등) ⑥ 건축물을 건축 또는 개수하여 취득하는 경우에는 사용승인서(도시개발법 제51조 제1항에 따른 준공검사 증명서, 도시 및 주거환경정비법 시행령 제74조에 따른 준공인가증 및 그 밖에 건축 관계 법령에 따른 사용승인서에 준하는 서류를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)를 내주는 날(사용승인서를 내주기 전에 임시사용승인을 받은 경우에는 그 임시사용승인일을 말하고, 사용승인서 또는 임시사용승인서를 받을 수 없는 건축물의 경우에는 사실상 사용이 가능한 날을 말한다)과 사실상의 사용일 중 빠른 날을 취득일로 본다.

(5) 지방세특례제한법(2015.12.29. 법률 제13637호로 개정된 것) 제37조(공공의료기관에 대한 감면) 다음 각 호의 법인이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지 취득세의 100분의 100(2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는 100분의 75)을, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 100(2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는 100분의 75)을 각각 경감한다.

3. 국립대학병원 설치법에 따라 설치된 국립대학병원

(6) 지방세특례제한법(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하고 있는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. 고유업무란 법령에서 개별적으로 규정한 업무과 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다. 제37조(국립대병원 등에 대한 감면) ① 다음 각 호의 법인이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세(지방세법 제112조에 따른 부과액을 포함한다)의 100분의 75를 2020년 12월 31일까지 각각 경감한다.

3. 국립대학병원 설치법에 따라 설치된 국립대학병원 제178조[감면된 취득세의 추징] ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

② 이 법에 따라 부동산에 대한 취득세 감면을 받은 자가 제1항 또는 그 밖에 이 법의 각 규정에서 정하는 추징 사유에 해당하여 그 해당 부분에 대해서 감면된 세액을 납부하여야 하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산하여 납부하여야 하며, 해당 세액은 지방세법 제20조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다. 다만, 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 이자상당액을 가산하지 아니한다.