조세심판원 심판청구 법인세

청구법인이 대도시 내 중과세 예외업종인 소프트개발업을 영위하였으므로 이 건 부과처분이 취소되어야 한다는 청구주장의 당부

사건번호 조심 2021지0566 선고일 2021-07-22 조세심판원

[요지] 처분청은 청구법인이 소프트웨어 도소매업을 일부 영위한 것으로 보아 지방세법 시행령 제45조 제5항의 계산식에 따라 직전 사업연도의 매출액 비율로 안분하여 그 부분을 중과세 대상에서 제외하여 이 건 부과처분을 하였고, 처분청이 지방세 부과제척기간(5년) 내에 대도시 내 등록면허세 중과대상 부분에 대하여 이 건 부과처분을 한 것은 달리 잘못이 없다고 하겠음.

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 2013.10.7. 소프트웨어개발, 유지보수 및 판매업 등을 목적사업으로 하여 설립되었고, 2017.8.2. 본점 주소지를 산업단지 내인 OOO에서 대도시 내인 OOO으로 변경하기 위하여 주사무소의 이전에 해당하는 등록면허세(등록분) OOO원을 신고․납부하였다.
  • 나. 처분청은 등록면허세 적정신고 여부 조사를 실시한 결과, 청구법인이 본점을 대도시의 범위에서 제외되는 수도권 과밀억제권역 내의 산업단지에서 대도시 내로 전입함에 따라 지방세법제28조 제2항 제2호에 따른 중과세율 적용대상인 것으로 보아 2020.10.7. 청구법인에게 등록면허세(등록분) OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 등록면허세 등”라 한다)에 대한 과세예고통지를 하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.10.28. 심판청구를 제기하였다.
  • 라. 처분청은 위 과세예고 통지 금액에서 소프트웨어개발 사업을 대도시 내 중과제외 업종으로 보아 일부를 감액한 후 2020.11.12. 청구법인에게 등록면허세(등록분) OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 부과ㆍ고지(이하 “이 건 부과처분”이라 한다)하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2017.8.2. 이 건 등록면허세 등을 적법한 절차대로 신고․납부하고, 2017.8.11. 본점 주소지 전입에 대한 등기를 이행을 하였는데, 처분청이 이후 별도의 시정조치나 사전고지가 없다가 3년이 지난 시점에 와서야 이 건 부과처분을 한 것은 청구법인으로서는 납득하기 어렵다.

(2) 청구법인은 업종코드를 인력공급 및 고용알선업으로 하여 부가가치세 등을 신고하였으나, 실질적으로 소프트웨어 개발업에 인력파견을 하여 고객사의 프로젝트를 진행하였고, 소프트웨어 개발업은 대도시 중과세 예외 업종이므로 이 건 부과처분은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 본점을 OOO 소재의 수도권 과밀억제권역에 소재한 산업단지에서 대도시 내인 OOO 소재로 전입한 것은 대도시 밖에 있는 법인이 대도시로 전입한 것에 해당하므로 이 건 부과처분은 정당하다.

(2) 처분청은 이 건 등록면허세 등의 과세예고 통지 이후 청구법인이 소명자료로 제출한 손익계산서 등을 통하여 청구법인의 일부 매출이 컴퓨터 소매업에서 발생하였음을 확인하여 이 건 등록면허세 등에서 지방세법 시행령 제45조 제5항에 따라 직전 사업연도의 매출액 비율로 안분 계산하여 컴퓨터 소매업에 해당하는 부분만큼을 감액하여 이 건 부과처분을 하였는바, 이 건 부과처분은 청구법인의 컴퓨터 소매업과 관련된 부분을 제외한 나머지 부분에 대한 것이므로 청구주장은 이유가 없다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점 청구법인이 대도시 내 중과세 예외업종인 소프트개발업을 영위하였으므로 이 건 부과처분이 취소되어야 한다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2013.10.7. OOO에서 소프트웨어 개발, 유지보수 및 판매업 등을 영위할 목적으로 자본금 OOO원(발행주식 총 OOO주, 1주당 OOO원)에 설립되었다. (나) 청구법인의 법인 등기사항일부증명서(말소사항 포함)에서는 2017.8.1. 본점 소재지를 OOO에서 대도시 내인 OOO으로 이전한 사실이 확인된다. (다) 청구법인은 2017.8.2. 본점 주소지 이전에 대하여 지방세법 제28조 제1항 제6호에 따라 등록면허세(등록분) OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다. (라) 처분청은 등록면허세 적정 신고 여부에 대한 조사 결과, 위 본점 주소지 이전에 대하여 ‘대도시 밖에서 대도시 내로의 이전’에 해당하여 등록면허세(등록분) 중과 대상으로 보아 2020.10.7. 청구법인에게 이 건 등록면허세 등에 대한 과세예고를 통지하였고, 청구법인은 이에 불복하여 2020.10.28. 이 건 심판청구를 제기하였으며, 2020.11.12. 처분청은 청구법인에게 당초 과세예고통지 금액(OOO원)에서 OOO원을 감액하여 이 건 부과처분을 하였다. (마) 청구법인이 제출한 매출(전자)세금계산서 발급 내역(2018.1.3. ~ 2018.3.30. 기간 작성)에서는 ‘총 공급가액 OOO원, 총 세액 OOO원 합계 OOO원’이 확인되고, 2018.3.30. 작성된 전자세금계산서에서는 청구법인의 업종이 인력아웃소싱 서비스업으로 확인된다. (바) 청구법인의 2016 ~ 2019사업연도 기간의 손익계산서에서는 아래 <표>과 같이 매출액이 상품매출(소프트웨어 도소매업)과 용역매출(고용알선업)로 구분되어 있다. <표> 손익계산서 매출내역 (단위: 원) OOO ※ 처분청은 2016사업연도 매출액 중 대도시 내 중과예외업종인 소프트웨어 산업과 관련한 업종에 해당하는 상품매출 부분(OOO%)을 제외하여 이 건 부과처분을 하였음

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 지방세법 제28조 제2항 제2호는 대도시 밖에 있는 법인의 본점이 대도시로 전입하는 경우 등록면허세(등록분)를 중과하는 것으로 규정하고 있다. (나) 청구법인은 실질적으로 대도시 중과세 예외 업종인 소프트웨어 개발업을 영위하였고, 처분청이 별도의 사전고지 없이 3년이 지난 시점에 이 건 부과처분을 하였으므로 부당하다고 주장하나, 아래와 같은 이유 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

1. 청구법인은 2017.8.1. 본점 주소지를 OOO 소재(산업단지지역, 중과세 제외 대상)에서 OOO 소재의 대도시로 전입한 사실이 법인등기부등본 등에서 확인되고 있어 지방세법 제28조 제2항 제2호에 따른 등록면허세(등록분) 중과세 대상에 해당한다.

2. 청구법인이 소프트웨어 도소매업 외 고용알선업도 영위한 사실이 매출(전자)세금계산서와 손익계산서 등에서 확인되고 있으므로 지방세법 시행령 제26조 제1항 제12호의 대도시 법인 중과세 예외 업종인 소프트웨어 사업만을 영위하였다는 주장을 인정하기 어렵다.

3. 한편, 처분청은 청구법인이 소프트웨어 도소매업을 일부 영위한 것으로 보아 지방세법 시행령 제45조 제5항의 계산식에 따라 직전 사업연도의 매출액 비율로 안분하여 그 부분을 중과세 대상에서 제외하여 이 건 부과처분을 하였고, 처분청이 지방세 부과제척기간(5년) 내에 대도시 내 등록면허세 중과대상 부분에 대하여 이 건 부과처분을 한 것은 달리 잘못이 없다고 하겠다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등

(1) 지방세기본법(2020.12.29. 법률 제17768호로 일부 개정된 것) 제34조(납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 구분에 따른 시기에 성립한다.

2. 등록면허세

  • 가. 등록에 대한 등록면허세: 재산권과 그 밖의 권리를 등기하거나 등록하는 때 제89조(청구대상) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 처분으로서 위법ㆍ부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못하여 권리 또는 이익을 침해당한 자는 이 장에 따른 이의신청, 심사청구 또는 심판청구를 할 수 있다.

(2) 지방세법(2020.12.29. 법률 제17769호로 일부 개정된 것) 제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산(신탁법에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산을 포함한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율(제11조 제1항 제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우에는 같은 조 제1항의 표준세율과 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율)을 적용한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 “대도시”라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하거나, 법인이 사원에 대한 분양 또는 임대용으로 직접 사용할 목적으로 대통령령으로 정하는 주거용 부동산(이하 이 조에서 “사원주거용 목적 부동산”이라 한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다.

1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 “휴면법인”이라 한다)을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 전입(수도권정비계획법 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조 제2항에서 같다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우 제23조(정의) 등록면허세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “등록”이란 재산권과 그 밖의 권리의 설정ㆍ변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기하거나 등록하는 것을 말한다. (단서 생략) 제24조(납세의무자) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 등록면허세를 납부할 의무를 진다.

1. 등록을 하는 자 제25조(납세지) ① 등기 또는 등록에 대한 등록면허세의 납세지는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.

6. 법인 등기: 등기에 관련되는 본점ㆍ지점 또는 주사무소ㆍ분사무소 등의 소재지 제28조(세율) ① 등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에 다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 제1호부터 제5호까지 및 제5호의2의 규정에 따라 산출한 세액이 해당 각 호의 그 밖의 등기 또는 등록 세율보다 적을 때에는 그 밖의 등기 또는 등록 세율을 적용한다.

6. 법인 등기

  • 가. 상사회사, 그 밖의 영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인

1. 설립과 납입: 납입한 주식금액이나 출자금액 또는 현금 외의 출자가액의 1천분의 4 (생략)

  • 라. 본점 또는 주사무소의 이전: 건당 11만2천5백원

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기를 할 때에는 그 세율을 제1항 제1호 및 제6호에 규정한 해당 세율(제1항 제1호 가목부터 라목까지의 세율을 적용하여 산정된 세액이 6천원 미만일 때에는 6천원을, 제1항 제6호 가목부터 다목까지의 세율을 적용하여 산정된 세액이 11만2천500원 미만일 때에는 11만2천500원으로 한다)의 100분의 300으로 한다. 다만, 대도시에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)에 대해서는 그러하지 아니하다.

2. 대도시 밖에 있는 법인의 본점이나 주사무소를 대도시로 전입(전입 후 5년 이내에 자본 또는 출자액이 증가하는 경우를 포함한다)함에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다. 제150조(납세의무자) 지방교육세의 납세의무자는 다음 각 호와 같다.

2. 등록에 대한 등록면허세(제124조에 해당하는 자동차에 대한 등록면허세는 제외한다)의 납세의무자 제151조(과세표준과 세율) ① 지방교육세는 다음 각 호에 따라 산출한 금액을 그 세액으로 한다.

2. 이 법 및 지방세감면법령에 따라 납부하여야 할 등록에 대한 등록면허세액의 100분의 20

(3) 지방세법 시행령(2020.12.31. 대통령령 제31343호로 일부 개정된 것) 제26조(대도시 법인 중과세의 예외) ① 법 제13조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 업종”이란 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.

12. 소프트웨어산업 진흥법 제2조 제3호에 따른 소프트웨어사업 및 같은 법 제27조에 따라 설립된 소프트웨어공제조합이 소프트웨어산업을 위하여 수행하는 사업 제44조(대도시 법인 중과세의 예외) 법 제28조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 업종”이란 제26조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 업종을 말한다. 제45조(대도시 법인 중과세의 범위와 적용기준) ⑤ 법 제28조 제2항을 적용할 때 법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로서 법 제28조 제2항 각 호의 등기에 대한 등록면허세의 과세표준이 구분되지 아니한 경우 해당 법인에 대한 등록면허세는 직전 사업연도(직전 사업연도의 매출액이 없는 경우에는 해당 사업연도, 해당 사업연도에도 매출액이 없는 경우에는 그 다음 사업연도)의 총 매출액에서 제26조 제1항 각 호에 따른 업종(이하 이 항에서 “대도시 중과 제외 업종”이라 한다)과 그 외의 업종(이하 이 항에서 “대도시 중과 대상 업종”이라 한다)의 매출액이 차지하는 비율을 다음 계산식에 따라 가목 및 나목과 같이 산출한 후 그에 따라 안분하여 과세한다. 다만, 그 다음 사업연도에도 매출액이 없는 경우에는 유형고정자산가액의 비율에 따른다.

1. 대도시 중과 제외 업종과 대도시 중과 대상 업종을 겸업하는 경우

2. 대도시 중과 제외 업종을 대도시 중과 대상 업종으로 변경하는 경우

3. 대도시 중과 제외 업종에 대도시 중과 대상 업종을 추가하는 경우 <대도시 중과 제외 업종과 대도시 중과 대상 업종의 매출액이 차지하는 비율의 계산식>

  • 가. 해당 법인 중과 대상 업종 매출비율(퍼센트) 해당 법인 중과 대상 업종 매출비율(퍼센트) = 해당법인 중과 대상 업종 산정 매출액 × 100 (해당 법인 중과 제외 업종 산정 매출액 + 해당 법인 중과 대상 업종 산정 매출액) * 해당 법인 중과 대상 업종 산정 매출액 = (해당 법인 중과 대상 업종 매출액 × 365일) / 해당 법인 중과 대상 업종 운영일수 해당 법인 중과 제외 업종 산정 매출액 = (해당 법인 중과 제외 업종 매출액 × 365일) / 해당 법인 중과 제외 업종 운영일수
  • 나. 해당 법인 중과 제외 업종 매출비율(퍼센트) 해당 법인 중과 제외 업종 매출비율(퍼센트) = 100 - 해당 법인 중과대상 업종 매출비율(퍼센트)

(4) 소프트웨어산업 진흥법(2018.2.21. 법률 제15371호로 일부 개정된 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “소프트웨어산업”이란 소프트웨어의 개발, 제작, 생산, 유통 등과 이에 관련된 서비스 및 전자정부법 제2조 제13호에 따른 정보시스템의 구축ㆍ운영 등과 관련된 산업을 말한다.

3. “소프트웨어사업”이란 소프트웨어산업과 관련된 경제활동을 말한다. 제27조(소프트웨어공제조합의 설립) ① 소프트웨어사업자는 상호협동과 자율적인 경제활동을 도모하고 소프트웨어산업의 건전한 발전을 위하여 과학기술정보통신부장관의 인가를 받아 각종 자금대여와 보증 등의 사업을 하는 소프트웨어공제조합(이하 “공제조합”이라 한다)을 설립할 수 있다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)