2014.1.1. 개정된 「지방세법」 부칙 제15조에 따라 법인세 세액공제액을 법인지방소득세 계산시에도 공제할 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2014.1.1. 조세특례제한법제10조 및 제144조 제1항(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것)에 따라 그 이전에 발생한 연구․인력개발비 세액공제액 등 OOO원(이하 “쟁점공제액”)을 차감하여 산출한 금액을 2014사업연도 법인세로 신고․납부한 후, 2015.4.30. 처분청에 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액을 과세표준으로 하고 지방세법 제103조의20에 따른 세율을 적용하여 산출한 OOO원(이하 “이 건 법인지방소득세”라 한다)을 2014사업연도 법인지방소득세로 신고․납부하였다.
• 나. 청구법인은 이 건 법인지방소득세를 신고․납부하면서 2014.1.1. 이전에 발생한 쟁점공제액을 차감하지 않고 이 건 법인지방소득세를 신고․납부하였으므로, 2020.4.29. 처분청에 쟁점공제액에 해당하는 법인지방소득세를 환급하여야 한다는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2020.6.28. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.9.17. 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 2014.1.1. 법률 제12153호로 지방세법이 개정되기 전까지는 청구법인이 신고․납부한 법인세가 법인지방소득세의 과세표준이 되므로 청구법인과 같이 조세특례제한법 제144조 제1항에 따라 법인세를 감면받은 경우 감면받은 법인세만큼 법인지방소득세의 과세표준이 감소하여 이에 따른 법인지방소득세도 감면의 효과를 보게 되는 것이다. 2014.1.1. 개정된지방세법 부칙 제15조(이하 “이 건 부칙”이라 한다)에서 “종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”고 규정하고 있는바, 청구법인이 이 건 사업연도 중 신고․납부한 법인지방소득세 중 쟁점공제액을 감면받음에 따라 감소하게 되는 이 건 법인지방소득세를 환급하는 것이 타당함에도 처분청은 지방세법령에 관련 규정이 없다는 이유만으로 이건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 2014.1.1. 이전에는 지방세법상 법인지방소득세가 법인세액을 과세표준으로 하고 10%의 세율을 적용하여 산출되었으므로, 세액감면이 적용된 법인세액을 과세표준으로 하여 법인지방소득세가 산출되어 법인지방소득세에서도 세액감면의 보았으나, 이는 반사적 효과에 불과할 뿐, 지방세법령상 법인지방소득세 세액감면 관련 규정에 따른 법률효과는 아니었으므로 이 건 부칙에서 종전규정의 적용대상으로 규정한 ‘종전의 법령에 따라 감면 또는 부과되어야 할 지방세’에 해당한다고 보기 어려우므로 처분청이 이 건 법인지방소득세에 대한 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 2014.1.1. 개정된 지방세법 부칙 제15조에 따라 법인세 세액공제액을 법인지방소득세 계산시에도 공제할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령: ＜별지＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 투자사업을 영위하는 지주회사로서 2015.1.1. AAA 주식회사로부터 분할하여 설립되었고, 이후 상호를 청구법인으로 변경하였다. (나) 청구법인은 2014사업연도분 법인세로 쟁점공제액을 공제받았으나, 이 건 법인지방소득세 신고시에는 동 세액공제를 적용하지 아니하였다. (다) 청구법인은 2020.4.29. 2014사업연도에 공제가능한 쟁점공제액의 10%에 대하여 이 건 법인지방소득세 세액공제액으로 적용하여 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 이 건 경정청구 거부처분이 부당하다고 주장하나, 법인에 부과되는 법인지방소득세는 과거에는 법인세 납부세액의 10%로 계산하여 납부하는 부가세 방식으로 징수되었으나, 지방세법이 2014.1.1. 개정되면서 국세와는 별도의 독립세 방식으로 전환됨에 따라 2014사업연도 이후의 소득에 대한 법인지방소득세는 개정된 지방세법령에서 정한 과세체계를 적용하게 된 점, 2014.1.1. 개정된 지방세법 제103조의22에서 법인지방소득세의 세액공제 및 감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정하도록 하였으나, 현행지방세특례제한법에서는 개인지방소득세의 경우와는 달리 법인지방소득세에 대하여는 세액공제나 감면을 인정하는 규정을 두고 있지 아니한 점, 일반적 경과조치는 지방세법령에 명시적으로 규정한 내용에 한하여 그 효력이 미치는 것인데, 2014.1.1. 개정 전 지방세법령에서 조세특례제한법의 적용에 따른 법인세 감면 등에 관하여 별도로 규정한 바가 없는바, 조세특례제한법에 따른 법인세 감면효과를 법인지방소득세에 계속 적용하는 것은 지방세법상의 일반적 경과조치의 적용범위를 벗어난다고 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 2014.1.1. 지방세법 개정 전에 조세특례제한법 규정에 따른 법인세 감면 등으로 인하여 법인지방소득세가 경감되었다 하더라도 이를 그 개정 후의 일반적 경과조치의 적용대상이라고 보기 어렵다 할 것이므로, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다. 제103조의20(세율) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 표준세율은 다음 표와 같다. 과세표준 세 율 2억원 이하 과세표준의 1000분의 10 2억원 초과 200억원 이하 2백만원 + (2억원을 초과하는 금액의 1000분의 20) 200억원 초과 3억9천8백만원 + (200억원을 초과하는 금액의 1000분의 22) 제103조의21(세액계산) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세는 제103조의19에 따라 계산한 과세표준에 제103조의20에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액(제103조의31에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인지방소득세 세액이 있으면 이를 합한 금액으로 한다. 이하 "법인지방소득세 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다.

② 제1항에도 불구하고, 사업연도가 1년 미만인 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세는 그 사업연도의 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액을 그 사업연도의 월수로 나눈 금액에 12를 곱하여 산출한 금액을 과세표준으로 하여 제103조의20 제1항 및 제2항에 따라 계산한 세액에 그 사업연도의 월수를 12로 나눈 수를 곱하여 산출한 세액을 그 세액으로 한다. 이 경우 월수의 계산은 대통령령으로 정하는 방법으로 한다. 제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지 등 양도소득, 조세특례제한법 제100조의32 제2항에 따른 미환류소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다. 부 칙 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(3) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 “신성장동력연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 “원천기술연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구ㆍ인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1. 중소기업인 경우: 100분의 25

2. 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율

• 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15
• 나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10

3. 대통령령으로 정하는 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8

4. 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 4를 한도로 한다) 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

④ 제1항 제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 일반연구ㆍ인력개발비와 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리(區分經理)하여야 한다. 제144조(세액공제액의 이월공제) ①제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조제2항, 제12조의3, 제12조의4, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제126조의6, 제126조의7제8항 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년(제5조에 따라 공제할 세액으로서 중소기업이 설립일로부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 7년) 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는 소득세법 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.