[요지] 쟁점PEF는 조세특례제한법상 동업과세특례의 적용을 신고하고 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제7조 제1항을 위반하지 아니한 것으로 나타는 점 등에 비추어 이 건 부과처분은 정당하다고 판단됨.
[요지] 쟁점PEF는 조세특례제한법상 동업과세특례의 적용을 신고하고 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제7조 제1항을 위반하지 아니한 것으로 나타는 점 등에 비추어 이 건 부과처분은 정당하다고 판단됨.
[참조결정] 조심2009중3408
[주 문] OOO구청장이 2020.9.1. 청구법인에게 한 2016사업연도 소득에 대한 법인지방소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인과 쟁점AAA 사이에 특수관계가 없으므로 청구법인과 쟁점AAA 간의 쟁점거래에 대해 부당행위계산 부인을 적용할 수 없다. (가) 처분청은 청구법인 및 계열사들이 쟁점AAA의 설립시 출자금의 63.46%를 출자하였으므로 청구법인과 쟁점AAA 간에 특수관계가 있다는 의견이나, 사모집합투자기구인 쟁점AAA의 경우 특수관계인 여부를 일반적인 내국법인과 동일하게 볼 수 없다.
1. EEE와 GGG는 2015.12.22. 당해 법인들을 공동업무집행사원으로 하여 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 “자본시장법”이라 한다)에 따라 경영참여형 사모집합투자기구인 쟁점AAA를 설립하였고, 청구법인은 유한책임사원으로서 쟁점AAA에 자본금을 출자하였다.
2. 유한책임사원(LP)은 자본시장법 제249조의11에 따라 사모집합투자기구 지분의 의결권 행사 및 업무집행사원(GP)의 업무에 관여할 수 없으므로 유한책임사원인 청구법인은 쟁점AAA에 대한 업무집행권한이 전혀 없는 단순한 자금 투자자에 불과하다.
3. 법인세법 시행령에서는 특수관계인의 예시로 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대해 사실상 영향력을 행사할 수 있는 자를 들고 있는데, 유한책임사원은 사모집합투자기구에 대하여 어떠한 영향력도 행사할 수 없으므로 법인세법상 특수관계인의 정의에 부합한다고 보기 어렵다. (나) 청구법인과 쟁점AAA의 관계와 같이 동업자인 경우 특수관계인지 여부에 대해서는 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제100조의19가 우선 적용되어야 하는데, 해당 법령상 청구법인과 쟁점AAA는 원칙적으로 특수관계가 아니다.
1. 쟁점AAA는 조특법상 동업기업과세특례의 적용을 신청하였으므로 동업기업과세특례에 대한 조항들을 적용받는데, 조특법 제100조의19에서 동업자가 동업자의 자격이 아닌 “제3자의 자격”으로 동업기업과 거래를 하는 경우 그 거래에서 발생하는 수익 또는 손비를 익금 또는 손금에 산입하도록 규정(제1항)하고 있고, 예외적으로 동업자가 소득을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되면 부당행위 계산부인을 적용할 수 있도록 규정(제2항)하면서 이 경우에만 동업기업과 동업자를 특수관계인으로 보도록 하고 있다.
2. 따라서, 동업자가 동업기업의 보유지분을 보유하고 있다고 하더라도 원칙적으로 특수관계인이 아니므로 청구법인이 쟁점AAA의 지분을 보유하고 있다는 이유만으로 특수관계인으로 볼 수는 없다. (다) 쟁점AAA는 독점거래 및 공정거래에 관한 법률(이하 “공정거래법”이라 한다)에 따라 AAA의 지분 100분의 20 이상을 취득함에 따라 기업결합신고를 하여야 하는데 이 경우 특수관계인 사이의 주식이동은 신고대상에서 제외하고 있다. 따라서, 쟁점AAA와 청구법인이 특수관계가 있다면 쟁점AAA가 청구법인으로부터 인수한 쟁점주식은 기업결합신고 대상에서 제외해야 하나, 쟁점AAA는 AAA의 지분 100%의 취득에 대해 기업결합신고를 하였는바 이는 청구법인과 쟁점AAA는 특수관계가 없음을 반증하는 것이다.
(2) 청구법인이 쟁점AAA에게 쟁점주식을 양도한 가격(1주당 OOO원)은 시가이므로 쟁점거래를 저가양도 거래로 보아 법인세법상 부당행위계산 부인을 적용할 수 없다. (가) 처분청은 경영권 프리미엄이 포함된 비교대상 거래가격(1주당 OOO원)을 쟁점주식의 시가로 보았으나, CCC은 비교대상 주식의 양도 당시 AAA의 지분을 50% 이상 보유하여 경영권을 보유하고 있었으므로 이에 대한 프리미엄(거래가격의 30%)을 AAA 발행주식의 본래의 가치에 추가하여 지급받았다. CCC과 쟁점AAA는 AAA에 대한 경영권 프리미엄의 가치를 얼마로 할지 협상한 결과, AAA 발행주식의 기본가격 대비 30%를 경영권 프리미엄으로 산정하였고, 이에 따라 CCC이 보유한 비교대상 주식의 1주당 거래가격은 OOO원으로, 청구법인이 보유한 쟁점주식 1주당 가격(OOO원)보다 30%만큼 높게 결정되었다. (나) 청구법인과 쟁점AAA 사이의 거래가격은 적정 가격으로 협상 당사자들 사이에 경제적 합리성이 존재하므로 쟁점거래를 저가 양도로 볼 수 없다.
1. 앞서 살펴본 바와 같이 쟁점AAA는 경영권 프리미엄의 가치를 상속세 및 증여세법(이하 “상증법”이라 한다) 시행령 등을 감안하여 30%로 책정하여 쟁점주식의 본래가치에 30%의 프리미엄을 지급한 것이므로 경영권 프리미엄이 없는 쟁점주식의 1주당 가치는 OOO원이다.
2. EEE 등 금융기관이 쟁점AAA의 지분 36% 이상을 보유하고 있는바 청구법인이 쟁점주식을 저가에 양도함으로써 해당 금융기관들에게 이익을 분여할 이유가 전혀 없다.
3. 청구법인은 AAA의 유동성 위기가 가속화되자 이를 극복하기 위해 투자자를 찾는 것이 절실하였고, CCC 역시 보유하고 있던 AAA 발생주식의 처분을 원하여 매수인을 찾기 위해 노력하였다. 청구법인은 2년이 넘는 기간 동안 2번의 주식 매각시도 실패 후 어렵게 EEE, GGG를 투자자로 찾아 주식매각거래를 진행하였고, EEE와 GGG가 주식 양도거래 협상을 주도하여 회계법인 및 외부기관의 검증된 자료에 근거하여 거래금액을 산정하는 등 쟁점거래는 거래당사자들 간의 경영상 이익을 고려하여 이루어졌으므로 경제적 합리성을 결여한 것으로 볼 수 없다. (다) 청구법인이 보유한 쟁점주식의 경우 경영권 프리미엄이 없기 때문에 쟁점주식과 비교대상 주식의 가치를 동일하게 산정할 수 없다.
1. 처분청은 “청구법인 및 계열사들이 보유한 AAA의 지분비율(49.8%)과 “CCC이 보유한 지분비율(50.2%)에 별다른 차이가 없으므로 주식들의 거래가격이 동일해야 함”을 주장하나, 보유 지분비율이 50%를 초과하여 경영권 프리미엄 존재하는지에 따른 주식의 가치 차이는 엄연히 존재한다. 만일, 쟁점주식과 비교대상 주식의 거래가격이 동일했다면, 처분청은 경영권 프리미엄이 없는 쟁점주식을 특수관계인에게 고가에 양도하였다고 보아 과세처분할 가능성을 배제할 수 없다.
2. 처분청은 상증법 시행령상 “최대주주 및 특수관계인이 보유하고 있는 주식의 할증평가 규정”을 근거로 청구법인이 보유한 쟁점주식 역시 30% 할증평가 대상이라는 의견이나, 해당 조항은 상증법에 의해 주식의 시가를 산정하는 경우에만 적용되는 것으로 이 건과 같이 상증법에 따라 거래가격이 도출되지 않는 경우에는 적용될 여지가 없다. CCC과 쟁점AAA는 AAA 발행주식의 거래가격 산정시 “CCC이 AAA의 최대주주이기 때문에 상증법 시행령을 근거로 할증평가를 한 것”이 아니라, “CCC이 AAA의 지분 50% 이상을 보유함에 따라 경영권 프리미엄을 인정받아 거래가격이 다르게 산정된 것”이므로 상증법 시행령상 CCC과 청구법인이 특수관계인에 해당한다는 이유로 청구법인이 보유한 쟁점주식을 CCC의 보유 주식과 같이 할증평가 대상으로 볼 이유가 없다.
(1) 청구법인과 쟁점AAA는 법인세법상 특수관계인에 해당한다. (가) 법인세법 시행령제87조 제1항 제2호에서 법인과 법인의 주주를 특수관계인으로 규정하고 있고, 청구법인 및 계열사들은 쟁점AAA 설립시 63.46%의 지분을 출자하였는바 양 당사자들은 특수관계인에 해당한다. (나) 청구법인은 쟁점AAA의 유한책임사원이어서 해당 집합투자기구에 어떤 영향력도 행사할 수 없으므로 쟁점AAA의 특수관계인이 아니라고 주장하나, 법인세법 시행령에서는 소액주주 외의 주주와 주식발행법인을 특수관계인의 범위에 포함하도록 하고 있을 뿐 유한책임사원을 특수관계인의 범위에서 제외하도록 명시하고 있지 아니하다. 즉, 법인의 소액주주가 아닌 모든 주주는 법인에 영향력을 행사하는지 여부와 관계없이 법인세법에서 정한 요건에 해당하면 특수관계인에 해당한다. (다) 청구법인은 조특법상 동업기업과세특례를 신청하였으므로 조특법을 근거로 청구법인과 쟁점AAA를 특수관계인으로 볼 수 없다고 주장하나, 해당 규정에 의해서도 특수관계인에 해당한다. 조특법 제109조의19에서 동업자와 동업기업의 거래시 조세회피방지를 위하여 부당행위계산 부인을 적용할 때는 거래당사자들을 특수관계인으로 보도록 규정하고 있다.
(2) 청구법인과 CCC은 동일한 주식을 쟁점AAA에 양도하면서 거래가격을 다르게 산정하였는바, 특수관계가 없는 CCC과 쟁점AAA 간의 비교대상 거래가격(1주당 OOO원)을 시가로 보아 청구법인의 거래가액(1주당 OOO원)과 시가와의 차액에 대해 부당행위계산 부인을 적용한 처분은 정당하다. (가) 청구법인 및 계열사들은 AAA의 지분 중 49.8%, CCC은 AAA의 지분 중 50.2%를 같은 날짜에 양도하였는바, 거래의 목적․경위 등을 고려할 때 CCC의 거래가액인 1주당 OOO원이 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격으로서 시가로 보아야 하고, 청구법인이 쟁점거래 주식가액을 차등하여 거래할 특별한 사정이 없다고 보이므로 처분청은 비교대상주식의 거래가액을 법인세법 시행령 제89조제1항의 규정에 의거 시가로 적용하였다. 또한, 부당행위 계산부인 대상여부의 판단기준인 시가의 해당 여부는 법인세 시행령 제89조 제1항에서 특수관계인이 아닌 자 간의 거래된 가격이 있는 경우 “그 가격”에 따르도록 되어 있는데, 이 사건에서 “그 가격”은 오로지 CCC의 거래가격만이 존재하기 때문에 OOO원은 실제 거래된 가격이 아니며, 청구법인은 상증법에 명시된 최대주주 할증평가 규정은 간과한 채 청구법인의 거래가액을 시가보다 적게 평가하였다. (나) 주식회사 AAAOOO재무이사는 세무조사 당시 CCC의 비교대상 주식 1주당 거래가액 OOO원은 OOO원을 할증하여 산정한 가격이 아니라 CCC의 주식 총 매매가격을 OOO원으로 책정한 후 보유주식수로 나눈 금액이고, 청구법인의 쟁점주식 1주당 거래가격 OOO원은 상증법을 참고하여 OOO원을 130%로 나누어 산정하였다고 답변하였다. (다) AAA의 전자공시자료에 의하면 CCC과 계열사들은 모두 AAA의 특수관계인의 범위에 속해 있는 법인들인데, CCC은 2016년까지 물품운송 매출의 2/3 가량이 AAA계열사와의 거래에서 발생한 주 거래처인 반면, 청구법인은 AAA의 계열사로 AAA에게 담보없이 OOO원의 자금을 대여하고 지급보증용역을 제공하여 AAA의 경영에 미치는 영향력이 CCC보다 더 컸다. (라) CCC 뿐만 아니라 청구법인 및 계열사들도 AAA의 최대주주이고, 청구법인이 보유하고 있는 쟁점주식 역시 할증평가 대상이므로 CCC이 보유한 비교대상 주식과 주식가치를 달리 산정할 수 없다.
1. CCC의 최대주주인 AAA은 기획재정부령으로 정한 기업집단에 해당하는 AAA계열사에서 5년 이내 퇴직한 임원으로서 상증법상 청구법인과 특수관계인의 범위에 포함되고, AAA이 30% 이상의 지분을 출자한 CCC 역시 청구법인과 특수관계가 성립한다.
2. 상증법 제63조 제3항 및 같은 법 시행령 제53조 제4항, 제19조 제2항에서는 주주1인과 상증법 시행령 제12조의2의 특수관계인의 지분이 가장 많은 경우에 모두를 주식발행법인의 최대주주로 정의하여 최대주주의 보유지분에 대해 20～30%를 가산하여 평가하도록 하고 있는바, 상증법 시행령상 서로 특수관계가 있는 CCC과 청구법인은 모두 최대주주로서 보유한 주식에 대해 동일하게 할증평가를 적용해야 한다.
3. 개인, 영리법인, 비영리법인으로 구성되는 주식발행법인의 최대주주를 판정함에 있어서 그 주주의 인격에 따라 달리 적용해서는 안 되고, 할증평가하는 최대주주를 정의한 상증법에 따라 특수관계인 여부를 판정하여 할증평가 대상 최대주주인지를 결정해야 한다.
4. 따라서, CCC이 보유하고 있는 비교대상 주식에 대해서 상증법 시행령을 근거로 할증평가를 적용하려면 상증법상 CCC과 특수관계인으로 최대주주에 해당하는 청구법인이 보유한 쟁점주식 역시 할증평가를 해야 한다. (마) 청구법인은 CCC의 거래가격보다 낮은 가격에 쟁점주식을 매도할 이유가 없었는바 쟁점거래는 경제적 합리성을 결여하였다.
1. 청구법인 및 계열사들은 현금유동성 확보를 위해 쟁점주식을 OOO원에 매도하였다고 주장하나, 청구법인 및 계열사들이 쟁점AAA 지분 63.46%를 인수한 가액은 OOO원인바 자금압박으로 인해 쟁점주식을 급하게 처분한 것으로 볼 수 없고, 또한 청구법인이 주장하는 자금난을 겪고 있는 주체는 AAA이므로 AAA의 투자자들인 청구법인이 이를 이유로 쟁점주식을 저가양도한 것이 경제적 합리성이 있다고 보기 어렵다.
2. 청구법인이 쟁점AAA의 출자자가 아니라면 수십년간 보유한 주식을 CCC보다 낮은 가격에 매매하지는 않았을 것이다. (바) 상기와 같이, 쟁점AAA와 특수관계가 없는 CCC의 매매사례가액이 있으므로 법인세법 제89조 제1항의 의거 그 가격인 1주당 OOO원이 시가임이 분명하며, 시가가 불분명한 경우 법인세법 제89조 제2항의 규정에 따라 상증법 제63조 제3항 및 그 위임 시행령을 준용하여 평가하면, 최대주주 CCC의 매매가액을 토대로 최대주주 아닌 주주의 거래가격을 130%로 나누어 산정이 가능하나, 상증법에 따라 청구법인 및 계열사들 모두가 최대주주에 해당하여 130%로 나눌 필요없이 CCC의 거래가격 그 자체가 청구법인의 가격이 되어 결국 CCC의 비교대상 주식 1주당 매매사례가액 OOO원과 서로 일치하게 된다.
3. 심리 및 판단
① 청구법인이 쟁점AAA와 법인세법상 부당행위계산부인의 적용대상인 특수관계인에 해당하는 것으로 보아 법인지방소득세를 과세한 처분의 당부
② 청구법인이 쟁점AAA에게 양도한 쟁점주식들의 시가를 OOO원으로 보아 법인지방소득세를 과세한 처분의 당부
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) AAA은 1953.8.7. 신발, 고무제품 제조업 등을 주된 사업목적으로 하여 설립된 법인으로, 2020년에 회사명을 주식회사 BBB로 변경하였는데, 2015.12.29. 쟁점거래 직전 AAA의 주요 현황은 아래 ＜표2＞와 같고, 청구법인 및 계열사들은 자동차 부품, 소재, 필름, 신발(OEM 부착방식) 등을 생산하고 있다. ＜표2＞ AAA의 주요 현황 (나) CCC은 2003년 8월에 설립된 물류업체로 AAA그룹에서 회장(전문경영인)직을 영위하다가 2014년 2월에 퇴사한 AAA이 그의 아들과 함께 CCC의 발행주식 전부를 보유하고 있고, CCC의 연도별 주요 재무현황은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ CCC의 연도별 주요 재무현황 (단위: 백만원) ※ 2014〜2016년 동안 전체 물류 매출액 중 AAA그룹과의 거래비중은 66.8%임 (다) AAA이 발행한 의결권 있는 주식은 2013년 4월 이전까지 청구법인 및 계열사들이 전부 보유하고 있었으나, 주식회사 HHH가 2013년 4월 AAA의 유상증자 당시 발행된 OOO주 전부를 1주당 OOO원에 인수하여 AAA의 최대주주가 되었고, CCC은 2013년 7월에 주식회사 HHH의 보유주식 전부를 1주당 OOO원에 매수하였으며, CCC과 청구법인 및 계열사들은 2015.12.29. 보유하던 주식 전부를 양도하였는데, AAA 주주들의 보유지분율 변동내역은 아래 ＜표4＞와 같다. ＜표4＞ AAA 주주들의 보유지분율 변동 내역 (단위: %) (라) EEE와 GGG는 AAA의 발행주식 전부를 인수하기 위해 청구법인 및 계열사들과 협의하여 2015.12.22. 쟁점AAA를 설립하였고, 쟁점AAA의 구성 및 출자내역은 아래 ＜표5＞와 같다. ＜표5＞ 쟁점AAA의 구성 및 출자내역 (단위: 억원, %) (마) 청구법인 및 계열사들과 CCC이 2015.12.29. 쟁점AAA에게 AAA의 발행주식 전부를 매도한 거래와 관련하여 주요 내용은 다음과 같다.
1. 청구법인 및 계열사들과 CCC의 AAA의 발행주식 양도내역은 아래 ＜표6＞과 같다. ＜표6＞ 청구법인 및 계열사들과 의 AAA의 발행주식 매도내역 (단위: %, 주, 억원)
2. 계열사들 중 주식회사 AAAOOO(“매도인”)와 쟁점AAA(“매수인”)과 2015.12.24. 체결한 주식매매계약서의 주요 내용은 다음과 같다.
3. 청구법인은 쟁점AAA에 양도한 쟁점주식의 1주당 매매가액을 OOO원으로 산정하게 된 구체적인 평가내역을 제시하지 아니하였다. (바) 조사청은 2020.1.7.〜2020.4.28. 기간 동안 청구법인 및 계열사들에 대한 법인세 통합조사를 실시하였고, 쟁점거래와 관련하여 주요 조사 내용은 다음과 같다.
1. 조사청이 작성한 “청구법인 및 계열사들의 쟁점주식 저가양도 혐의”에 대한 검토조사서의 주요 내용은 다음과 같다.
2. 조사청은 주식회사 AAAOOO에서 재무이사를 맡고 있는 BBB과 2020.4.27. 문답을 실시하였는데, 해당 문답서의 주요 내용은 다음과 같다.
3. 처분청은 “청구법인 및 계열사들이 AAA의 계열사로서 AAA의 경영에 미치는 영향력이 크다”며 청구법인 및 계열사들이 AAA에게 제공한 자금대여 및 지급보증용역 내역을 아래 ＜표7＞과 같이 제시하였다. ＜표7＞ 청구법인 및 계열사들이 AAA에게 제공한 자금대여 및 지급보증액 (단위: 억원)
4. 조사청은 “AAA그룹에서 1996년부터 회장직을 역임하다가 2014.2.7. 퇴직한 AAA이 CCC의 지분 30% 이상을 보유”하였으므로 AAA계열사인 청구법인 및 계열사들과 CCC은 상증법상 특수관계인에 해당한다며 AAA에 대한 주식회사 AAAOOO의 퇴직소득원천징수영수증을 제시하였는데, 해당 원천징수영증상 AAA은 2014.2.7. 주식회사 AAAOOO에서 퇴사하고 OOO원의 퇴직급여를 지급받은 것으로 나타난다. (사) 청구법인 및 계열사들이 제출한 이 건 심판청구에 대한 주요 증빙은 다음과 같다.
1. 청구법인 및 계열사들이 제시한 2013년 10월 이후 “청구법인 및 계열사들 및 CCC이 보유하고 있는 AAA 발행주식의 매각과정”은 아래 ＜표8＞과 같다. ＜표8＞ AAA 발행주식의 매각과정
2. 청구법인 및 계열사들은 “당해 법인들이 쟁점AAA의 출자자이기는 하나, 사모집합투자기구의 유한책임사원으로서 쟁점AAA의 의사결정에 관여하지 않는다고 주장”하며 아래와 같이 근거자료를 제시하였다.
1. 처분청이 추가로 제출한 의견은 다음과 같다.
2. 청구법인이 추가로 제출한 주장 내용은 다음과 같다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 법인세법 시행령 제87조 제1항 제2호에서 법인과 소액주주 등을 제외한 주주의 관계에 있는 자를 특수관계인으로 규정하고 있다. 청구법인 및 계열사들은 쟁점AAA의 설립 당시 63.46%의 지분을 출자한 쟁점AAA의 주주이므로 법인세법 시행령 제87조 제1항 제2호에서 따라 특수관계가 성립하는 점, 법인세법에서 주주가 회사의 경영에 참여하고 책임을 지는 정도에 따라 주주와 법인과의 특수관계 여부를 달리 보도록 규정하고 있지 아니한바, 청구법인이 쟁점AAA의 유한책임사원이라고 하여 달리 볼 수는 없는 점 등에 비추어 청구법인과 쟁점AAA 간에 특수관계가 없다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 어떠한 거래가 그 거래대상의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하는 일반적이고 정상적인 것인지 여부는 거래당사자들이 각자 경제적 이익의 극대화를 추구하는 대등한 관계에 있는지, 거래당사자들이 거래 관련 사실에 관하여 합리적인 지식이 있으며 강요에 의하지 아니하고 자유로운 상태에서 거래를 하였는지 등 거래를 둘러싼 제반 사정을 종합적으로 검토하여 결정하여야 하므로 특수관계에 있는 자와의 거래라 하더라도 위와 같은 제반 사정을 고려하여 객관적 교환가치가 적정하게 반영된 정상적인 거래라고 판단되면 그 거래가격을 시가로 보아 그 거래가격으로 평가하여야 할 것(조심 2009중3408, 2010.6.4., 같은 뜻임)이다. 또한, 경영권 프리미엄 가치는 통상 회사의 현재 및 미래가치, 경영권 획득으로 인한 파급효과, 경영권 확보에 필요한 주식을 공개시장에서 매수할 경우의 필요비용 등을 고려하여 결정되는 것이지만 궁극적으로는 거래상대방과의 교섭조건, 교섭능력 등에 따라 구체화될 수밖에 없는 것인바(대법원 2009.10.29. 선고 2008더11036 판결, 참조), 처분청은 쟁점주식의 1주당 거래가액 OOO원을 인정하지 아니하고 CCC이 AAA의 발행주식을 쟁점AAA에게 양도하면서 산정한 1주당 거래가액 OOO원을 쟁점주식의 1주당 시가로 보았으나, 비교대상 주식의 양도 당시 CCC은 AAA이 발행한 총 주식의 50% 이상을 보유하고 있어 CCC이 보유하고 있는 주식은 AAA의 경영권 내지 지배권을 행사할 수 있는 가치, 이른바 경영권 프리미엄을 갖고 있다고 볼 수 있는 점, 청구법인 및 계열사들은 AAA의 유동성 위기를 극복하기 위한 기업 구조조정차원에서 AAA 발행 보유주식의 일괄매각을 추진하면서, 2013년 8월 경에는 OOO을 매각 주간사로 선정하여 추진한 매각가액이 쟁점주식의 거래가액보다 낮게 평가되었음에도 1차 매각에 실패하였으며, 2차 매각 협상시에는 거래가격을 쟁점주식가액과 동일하게 평가하였으나 무산되어 EEE, GGG와 3차 매각협상을 진행하면서 1차 매각협상시보다 높게 제시된 쟁점주식의 거래가액이 CCC의 보유주식보다 낮게 평가되었다고 하여 청구법인 입장에서 반대할 이유가 없다고 보이는 점, 청구법인 및 계열사들은 쟁점AAA의 63%의 지분을 보유하고 있음에도 청구법인의 투자금 중 80% 가량이 후순위투자에 해당하고 자본시장법에서 유한책임사원으로서 의결권행사 등을 할 수 없으며 업무에 관여할 수 없도록 규정하고 있는 점, 쟁점AAA는 조세특례제한법상 동업기업과세특례의 적용을 신고하고 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제7조 제1항을 위반하지 아니한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점AAA와 매각협상을 통하여 쟁점주식을 1주당 OOO원에 양도한 것에 대하여 저가양도에 해당하거나 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 행위로 보기 어렵다 하겠다. 따라서, 처분청이 쟁점주식의 거래가액에 대하여 부당행위계산 부인하여 청구법인에게 법인지방소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제6항, 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 지방세법(2015.12.29. 법률 제13636호로 개정되기 전의 것) 제85조(정의) ① 지방소득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
2. “법인지방소득”이란 법인세법 제3조에 따른 내국법인 또는 외국법인의 소득을 말한다. 제86조(납세의무자 등) ① 소득세법에 따른 소득세 또는 법인세법에 따른 법인세의 납세의무가 있는 자는 지방소득세를 납부할 의무가 있다. 제88조(과세기간 및 사업연도) ② 법인지방소득에 대한 지방소득세(이하 “법인지방소득세”라 한다)의 각 사업연도는 법인세법 제6조부터 제8조까지에 따른 기간으로 한다. 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다. 제103조의25(결정과 경정) ① 납세지 관할 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 사업연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한다.
1. 내국법인이 제103조의23에 따른 신고를 하지 아니한 경우
(2) 법인세법(2018.12.24. 법률 16008호로 개정되기 전의 것) 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.
④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(3) 법인세법 시행령(2016.2.12. 대통령령 제269813호로 개정되기 전의 것) 제87조(특수관계인의 범위) ① 법 제52조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 특수관계인"이란 법인과 다음 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자(이하 "특수관계인"이라 한다)를 말한다. 이 경우 본인도 국세기본법 제2조 제20호 각 목 외의 부분 후단에 따라 특수관계인의 특수관계인으로 본다.
1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(상법 제401조의2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족
2. 주주등(소액주주등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족
3. 법인의 임원·사용인 또는 주주등의 사용인(주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인외의 자로서 법인 또는 주주등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족
4. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인
5. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제4호까지의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인
6. 당해 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인이나 개인
7. 당해 법인이 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 기업집단에 속하는 법인인 경우 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원
② 제1항 제4호 및 제5호에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는지 여부는 국세기본법 시행령 제1조의2 제4항에 따른다. 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제20조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다. 제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.
② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.
1. 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.
2. 상속세 및 증여세법 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 조세특례제한법 제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조제1항 제1호 다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.
⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. (단서 생략)
(4) 상속세 및 증여세법(2015.12.15. 법률 제13557호로 일부개정되기 전의 것) 제63조(유가증권 등의 평가) ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.
1. 주식 및 출자지분의 평가
2. 제1호 외에 국채ㆍ공채 등 그 밖의 유가증권의 평가는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(이하 이 항 및 제3항에서 "주식등"이라 한다)에 대해서는 제1항 제1호에도 불구하고 해당 법인의 사업성, 거래 상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.
1. 기업 공개를 목적으로 금융위원회에 대통령령으로 정하는 기간에 유가증권 신고를 한 법인의 주식등
2. 제1항 제1호 다목에 규정된 주식등 중 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 주식등을 거래하기 위하여 대통령령으로 정하는 기간에 거래소에 상장신청을 한 법인의 주식등
3. 거래소에 상장되어 있는 법인의 주식 중 그 법인의 증자로 인하여 취득한 새로운 주식으로서 평가기준일 현재 상장되지 아니한 주식
③ 제1항 제1호, 제2항 및 제60조 제2항을 적용할 때 대통령령으로 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그의 대통령령으로 정하는 특수관계인에 해당하는 주주 또는 출자자(이하 이 항에서 "최대주주등"이라 한다)의 주식등(평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 법인세법 제14조 제2항에 따른 결손금이 있는 법인의 주식등 대통령령으로 정하는 주식등은 제외한다)에 대해서는 제1항 제1호 및 제2항에 따라 평가한 가액 또는 제60조 제2항에 따라 인정되는 가액에 그 가액의 100분의 20(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 10으로 한다)을 가산하되, 최대주주등이 해당 법인의 발행주식총수등의 100분의 50을 초과하여 보유하는 경우에는 100분의 30(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 15로 한다)을 가산한다. 이 경우 최대주주등이 보유하는 주식등의 계산방법은 대통령령으로 정한다.
(5) 상속세 및 증여세법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26960호로 개정되기 전의 것) 제12조의2(특수관계인의 범위) ① 법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 특수관계인"이란 본인과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 본인도 국세기본법 제2조 제20호 각 목 외의 부분 후단에 따라 특수관계인의 특수관계인으로 본다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자
6. 본인, 제1호부터 제5호까지의 자 또는 본인과 제1호부터 제5호까지의 자가 공동으로 발행주식총수 또는 출자총액(이하 "발행주식총수등"이라 한다)의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인 제19조(금융재산 상속공제) ② 법 제22조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 최대주주 또는 최대출자자"란 주주등 1인과 그의 특수관계인의 보유주식등을 합하여 그 보유주식등의 합계가 가장 많은 경우의 해당 주주등 1인과 그의 특수관계인 모두를 말한다. 제53조(코스닥시장상장법인의 주식등의 평가 등) ④ 법 제63조 제3항 전단에서 "대통령령으로 정하는 최대주주 또는 최대출자자"란 제19조 제2항에 따른 주주등 1인을 말하며, "대통령령으로 정하는 특수관계인"이란 해당 주주등 1인과 제12조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 제54조(비상장주식의 평가) ① 법 제63조 제1항 제1호 다목에 따른 거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분(이하 이 조 및 제56조의2에서 "비상장주식"이라 한다)은 다음의 산식에 따라 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 한다. (단서 생략)
(6) 상속세 및 증여세법 시행규칙(2016.3.21. 기획재정부령 제557호로 개정되기 전의 것) 제9조(특수관계인의 범위) ① 영 제12조의2 제1항 제3호 및 영 제38조 제12항 제1호에서 "기획재정부령으로 정하는 기업집단의 소속기업"이란 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제3조 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업집단에 속하는 계열회사를 말한다.
(7) 조세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것) 제100조의14(용어의 뜻) 이 절에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "동업기업"이란 2명 이상이 금전이나 그 밖의 재산 또는 노무 등을 출자하여 공동사업을 경영하면서 발생한 이익 또는 손실을 배분받기 위하여 설립한 단체를 말한다.
2. "동업자"란 동업기업의 출자자인 거주자, 비거주자, 내국법인 및 외국법인을 말한다. 제100조의15(적용범위) ① 이 절에서 규정하는 과세특례(이 절에서 "동업기업과세특례"라 한다)는 동업기업으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 단체가 제100조의17에 따라 적용신청을 한 경우 해당 동업기업 및 그 동업자에 대하여 적용한다. 제100조의16(동업기업 및 동업자의 납세의무) ① 동업기업에 대해서는 소득세법 제2조 제1항 및 법인세법 제3조 제1항에도 불구하고 소득세법 제3조 및 법인세법 제4조 제1항 각 호의 소득에 대한 소득세 또는 법인세를 부과하지 아니한다.
② 동업자는 제100조의18에 따라 배분받은 동업기업의 소득에 대하여 소득세 또는 법인세를 납부할 의무를 진다. 제100조의18(동업기업 소득금액 등의 계산 및 배분) ① 동업자군별 배분대상 소득금액 또는 결손금은 각 과세연도의 종료일에 해당 동업자군에 속하는 동업자들에게 동업자 간의 손익배분비율에 따라 배분한다. 다만, 동업기업의 경영에 참여하지 아니하고 출자만 하는 자로서 대통령령으로 정하는 동업자(이하 이 절에서 "수동적동업자"라 한다)에게는 결손금을 배분하지 아니하되, 해당 과세연도의 종료일부터 10년 이내에 끝나는 각 과세연도에 그 수동적동업자에게 소득금액을 배분할 때 배분되지 않은 결손금을 그 배분대상 소득금액에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 공제하고 배분한다. 제100조의19(동업기업과 동업자 간의 거래) ① 동업자가 동업자의 자격이 아닌 제3자의 자격으로 동업기업과 거래를 하는 경우 동업기업과 동업자는 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 거래에서 발생하는 수익 또는 손비를 익금 또는 손금에 산입한다.
② 제1항을 적용하는 경우 납세지 관할 세무서장은 동업기업 또는 동업자가 소득을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되면 법인세법 제52조를 준용하여 해당 소득금액을 계산할 수 있다. 이 경우 동업기업과 동업자는 같은 조 제1항에 따른 특수관계인으로 본다.
(8) 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(2016.3.29 법률 제14137호로 개정되기 전의 것) 제7조(기업결합의 제한) ①누구든지 직접 또는 대통령령이 정하는 특수한 관계에 있는 자를 통하여 다음 각 호의 1에 해당하는 행위로서 일정한 거래분야에서 경쟁을 실질적으로 제한하는 행위를 하여서는 아니된다. 다만, 자산총액 또는 매출액의 규모가 대통령령이 정하는 규모에 해당하는 회사 외의 자가 제2호에 해당하는 행위를 하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 다른 회사의 주식의 취득 또는 소유
2. 임원 또는 종업원(계속하여 회사의 업무에 종사하는 자로서 임원외의 자를 말한다. 이하 같다)에 의한 다른 회사의 임원지위의 겸임
3. 다른 회사와의 합병
4. 다른 회사의 영업의 전부 또는 주요부분의 양수ㆍ임차 또는 경영의 수임이나 다른 회사의 영업용고정자산의 전부 또는 주요부분의 양수
5. 새로운 회사설립에의 참여. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 경우는 제외한다.
1. 다른 회사의 발행주식총수[상법 제370조(의결권 없는 주식)의 규정에 의한 의결권없는 주식을 제외한다. 이하 같다]의 100분의 20(상장법인의 경우에는 100분의 15) 이상을 소유하게 되는 경우
2. 다른 회사의 발행주식을 제1호에 따른 비율 이상으로 소유한 자가 당해 회사의 주식을 추가로 취득하여 최다출자자가 되는 경우
5. 새로운 회사설립에 참여하여 그 회사의 최다출자자가 되는 경우