[요지]
① 쟁점건축물의 사용승인일 이후에 발급된 세금계산서상 금액이 사용승인일 이후 공사비 청구금액 등과 일치하는지 여부가 불명확하므로 전체 도급공사비, 결산서상 쟁점건축물과 관련된 취득가액, 취득 이후 발생한 비용의 구체적인 내역 등을 재조사하여 그 중 사용승인일 이후에 지급원인이 발생한 도급공사비를 취득세 과세표준에서 제외하는 것이 타당하다고 판단됨. ② 처분청이 이 건 부과처분을 하면서 근거로 삼은 과세자료가 새로이 세무조사를 통하여 확보한 자료를 근거로 한 것이 아닌 이상, 처분청이 청구법인에게 중복 세무조사를 한 것으로 볼 수 없으므로 중복 세무조사가 이루어졌음을 근거로 이 건 부과처분이 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단됨.
[주 문] OOO구청장이 2020.7.1. 청구법인에게 한 취득세 등 OOO원의 부과처분은 청구법인이 2015.8.3. OOO토지상에 신축한 건축물에 대하여 사용승인 이후에 공사한 부분에 대한 공사비를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
○○○
- 라. 청구법인은 이에 불복하여 2020.9.28. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장
(1) 처분청은 쟁점건축물의 과세표준을 대차대조표 상 특정 계정과목을 근거로 계산하였으나, 특정 계정과목 금액 전부가 취득세 과세표준에 포함될 가능성이 희박하고 그 과세표준 결정의 입증책임이 처분청에 있으므로, 이 건 부과처분은 지방세기본법제19조에서 규정한 근거과세 원칙을 위배하여 위법하며, 쟁점건축물의 취득세 과세표준에는 총 공사비 중 취득일까지 공사가 완료된 기성고 금액만을 포함하여야 할 것인데, 쟁점건축물 취득일 현재 기성고가 83.5%이었음에도 청구법인이 당초 신고한 취득세 과세표준에는 도급공사비 계약금액 전부를 포함하여 과세표준 OOO원이 과다신고되었으므로, 취득세 과세표준에서 위 금액 상당액은 제외되어야 할 것이다.
(2) 처분청은 2016년 3월〜4월경 청구법인에게 질문검사권을 행사하여 쟁점건축물 취득에 관한 자료를 제출받고 청구법인 사업장을 방문하였음에도 2020년 4월에 다시 청구법인에게 과세자료 제출을 요구하여 쟁점건축물 취득에 대한 취득세를 조사하였으므로, 지방세기본법제80조 제2항에서 규정한 재조사 금지 원칙에 위배되어 이 건 부과처분은 위법하다.
- 나. 처분청 의견
(1) 법인장부상 취득가액을 근거로 과세표준을 산정한 것이 근거과세 원칙을 위배하였는지 여부와 취득일 이후에 발생한 비용이 포함되었다는 청구주장에 대하여 살펴본다. 관계 법령을 살펴보면, 지방세기본법제19조 제1항에서 납세의무자가 지방세관계법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있을 때에는 해당 지방세의 과세표준 조사 및 결정은 기록한 장부와 이에 관계되는 증거자료에 따라야 한다고 규정하고 있다. 대법원 판례에서는 “과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비나 손금에 관하여도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담한다. 그렇지만 필요경비나 손금에 관한 사항은 일반적으로 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있어 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로, 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명하게 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요를 납세의무자에게 돌릴 수 있다고 할 것이다”라고 판시하고 있다. 이 건 부과처분은 청구법인이 기록하여 갖추고 있는 건물계정 등을 기초로 작성된 재무상태표를 근거로 그 과세표준을 산정하였음이 입증되고 있으므로, 이 건 부과처분의 과세표준을 계산함에 있어 건물, 건물부속설비 계정별원장 등 쟁점건축물 취득원가가 기록된 청구법인의 장부에서 어떤 지출이 쟁점건축물 취득과 무관한 비용인지에 관한 사항은 납세의무자인 청구법인에게 유리한 것일 뿐만 아니라 그 기초가 되는 사실관계도 청구법인의 지배영역 안에 있어 처분청이 취득무관비용을 증명하기 곤란하다 할 것이므로, 그 과세표준이 부당하다는 주장에 관한 입증책임은 청구인에게 있다 할 것이므로, 아무런 입증 자료의 제출 없이 이 건 부과처분이 근거과세 원칙을 위배하였다는 청구법인 주장은 인정할 수 없다 하겠다. 또한, 청구법인은 쟁점건축물에 대한 당초 취득세 신고 당시 신고한 과세표준에는 취득 이후에 지급원인이 발생한 비용 OOO원이 제외되어야 한다고 주장하고 있지만, 청구법인은 그 입증자료로서 쟁점건축물 시공사가 발행한 전자세금계산서만을 제출하였을 뿐이므로 취득일 이후 세금계산서 발행이 이루어졌다는 사실만으로 그 지급원인이 취득일 후에 발생했다고 볼 수는 없고, 2015년 9월에 발행된 세금계산서의 품목란에 “OOO도급정산기성(직불)”등으로 기재되어 있음에 비추어 볼 때 해당 세금계산서는 도급가액 정산분에 대한 것으로 보일 뿐, 쟁점건축물 취득일 후에 이루어진 건축공사에 대한 공사비용으로 보이지 않는다 하겠다. 오히려, 청구법인과 시공사가 체결한 쟁점건축물 신축공사 도급계약서상 준공예정연월일이 2015.6.30.이고, 건축법령에 따라 건축물의 건축공사가 완료되어야 사용승인신청을 할 수 있음에 비추어, 청구법인이 당초 신고한 취득세 과세표준 중 도급공사비는 계약금액 전액이 쟁점건축물 취득일 이전 발생한 비용이라 할 것이므로, 쟁점건축물 취득일인 2015.8.3. 현재 쟁점건축물의 기성고가 83.5%라며, 구체적인 입증 없이 취득세 과세표준에서 OOO원을 제외하여야 한다는 청구법인 주장은 인정할 수 없다 하겠다.
(2) 이 건 부과처분이 재조사 금지 원칙을 위배하여 위법하다는 주장에 대하여 살펴본다. 관계 법령을 살펴보면, 지방세기본법제80조 제2항에서 지방자치단체의 장은 지방세 탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우 등의 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세연도에 대하여 재조사를 할 수 없다고 규정하고 있습니다. 재조사 금지 원칙에 관하여 대법원 판결에서는 “세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부·서류 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말하며, 부과처분을 위한 과세관청의 질문조사권이 행하여지는 세무조사의 경우 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담한다”고 세무조사를 정의하고서 “ 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니다”라고 판시하고 있다. 위 대법원 판례에 비추어 볼 때, 이 건에서 처분청은 청구법인의 쟁점건축물 취득비용에 관하여 청구법인이 작성한 재무상태표를 근거로 취득세 과세표준을 산정한 후 당초 취득세 신고의 정확성을 검증하기 위하여 청구법인에게 관련 법인장부 제출을 요구한 것이므로, 처분청의 과세자료 제출 요구가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’라고 볼 수 없다 하겠다. 설령, 위 과세자료 제출 요구가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다 하더라도 청구법인은 처분청의 위 과세자료 제출 요구에 응하지 아니함으로써 세무조사가 이루어지지 않았고, 이 건 부과처분의 기초가 되는 과세표준의 산정이 청구법인에 대한 처분청의 재조사를 통하여 이루어진 것이 아니므로, 이 건 부과처분이 지방세기본법 제80조 제2항에서 규정하고 있는 재조사 금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수는 없다 하겠다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁 점
① 결산서상 가액을 취득세 과세표준으로 한 것이 근거과세의 원칙에 위배되는지 여부 및 취득 이후 발생한 비용이 취득세 과세표준에 포함되었다는 청구주장의 당부
② 재조사금지의 원칙에 위배되는 처분에 해당하는지 여부
- 나. 관련 법령
(1) 쟁점① 관련 (가) 지방세기본법(2019.12.31. 법률 제16854호로 개정된 것) 제19조(근거과세) ① 납세의무자가 지방세관계법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있을 때에는 해당 지방세의 과세표준 조사 및 결정은 기록한 장부와 이에 관계되는 증거자료에 따라야 한다. (나) 지방세법 제10조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.
② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다. ➄ 다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및 소득세법제101조 제1항 또는법인세법제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.
3. 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득 (다) 지방세법 시행령 제18조(취득가격의 범위 등) ① 법 제15조 제5항 각 호에 따른 취득가격 또는 연부금액은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 간접비용의 합계액으로 한다. 다만, 취득비용을 일시급 등으로 지급하여 일정액을 할인받은 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.
③ 법 제10조 제5항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.
2. 법인장부: 금융회사의 금융거래 내역 또는 감정평가 및 감정 평가사에 관한 법률 제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서.
(2) 쟁점② 관련 (가) 지방세기본법 제80조(조사권의 남용금지) ① 지방자치단체의 장은 적절하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.
② 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세연도에 대하여 재조사를 할 수 없다.
1. 지방세 탈루의 협의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우
3. 둘 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우
4. 제88조 제5항 제2호 단서, 제96조 제1항 제3호 단서 또는 제100조에 따라 심판청구에 관하여 준용하는 국세기본법 제65조 제1항 제3호 단서에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우
5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우
6. 제84조의3 제3항에 따른 조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우
7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지의 경우와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 이 건 건축물 신축관련 자료는 아래와 같다.
1. 청구법인의 대표이사인 aaa은 2013.10.1. 쟁점토지를 대상으로 처분청으로부터 관광호텔업 사업계획승인을 받았고, 청구법인은 2013.11.7. 당초 사업계획내용의 전부 승계를 조건으로 처분청으로부터 사업계획 양도양수를 승인을 받은 것으로 나타난다.
2. 청구법인은 2013.12.19. AAA 주식회사와 ‘OOO’ 신축공사에 대하여 도급금액을 OOO원으로 하여 도급계약을 체결하였다가, 2015.3.31. 공사도급금액을 OOO원으로 변경하는 계약(준공예정일: 2015.7.31.)을 체결하였고, 2014.1.2. 건축공사에 착공하여 2015.8.3. 사용승인을 받은 사실이 도급계약서 등에서 확인된다.
3. 청구법인이 2015.12.31. 현재 소유한 부동산은 쟁점토지와 쟁점 건축물뿐이며, 청구법인의 재무상태표상 유형자산 내역은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 청구법인의 유형자산 내역 (단위: 원)
○○○ (나) 청구법인이 이 건 건축물 사용승인 후 추가로 공사를 시행하였다는 증빙으로 제시한 자료는 다음과 같다.
1. 청구법인은 쟁점건축물에 대하여 공사비를 지급한 증빙으로 2014.1.28.〜2015.9.30. 매 2개월마다 17회에 걸쳐 공사기성금을 지급하였다는 증빙으로 관련 세금계산서를 제시하고 있으며, 당해 세금계산서상 세금계산서 발생일자가 취득일 이후인 것으로 기재된 16회 및 17회 공사기성금에 대한 세금계산서 내역은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 사용승인일 이후 발행된 세금계산서 내역
○○○
2. 이 건 건축물의 시공사인 AAA 주식회사가 하도급 공사기간 연장을 이유로 건설공사정보시스템에 등재한 내역을 제시하고 있으며, 그 내역은 다음과 같다.
○○○
3. AAA 주식회사가 2015.9.16. 청구법인에게 제출한 제16회 기성금 지급요청 내용은 다음과 같다.
○○○
4. 시공사가 2015.7.27. 청구법인에게 제출한 제15회 기성금 청구내역서의 기성현황은 아래 ＜표4＞와 같다. ＜표4＞ 제15회 기성금 청구 당시 공사진행율 (단위: 원)
○○○ (다) 이 건 건축물 관련한 세무조사 내역은 다음과 같다.
1. 처분청은 2016.3.17. 청구인에게 지방세 과세자료(토지 및 쟁점건축물에 대한 사용현황, 취득연도의 결산서, 계정별 원장, 임대차계약서의 제출을 요구하였고, 청구법인은 2016.4.8. 관련 자료를 제출하였다.
2. 처분청은 2020.4.6. 청구법인에게 쟁점건축물 신축취득에 대하여 재무상태표를 근거로 당초 취득세 신고 과세표준의 누락을 확인하기 위해 “2014〜2015년 시설장치 계정별원장”의 제출을 요구하였으나, 청구법인은 위 요구에 불응하여 요구받은 법인장부를 제출하지 아니하였다.
(2) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 이 건 부과처분이 근거과세원칙에 위배되고, 취득 이후에 발생한 비용이 포함되어 있으므로 이를 과세표준에서 제외하여야 한다고 주장하고 있다. 지방세기본법제19조 제1항에서는 납세의무자가 지방세관계법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있을 때에는 해당 지방세의 과세표준 조사 및 결정은 기록한 장부와 이에 관계되는 증거자료에 따라야 한다고 규정하고 있고, 지방세법제10조 제5항 제3호 및 같은 법 시행령 제18조 제1항 및 제3항의 규정을 종합하면, 취득가격은 취득시기를 기준으로 그 이전에 해당 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용과 간접비용의 합계액으로 하며, 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서.법인장부에 의하여 사실상의 취득가격이 입증되는 취득의 경우에는 법인장부가액을 취득가격으로 하도록 규정하고 있다. 이와 같이 법인장부에 의하여 취득가액이 입증되는 경우에 그 장부상 가액을 사실상의 취득가격으로 보고 이를 과세표준으로 한 취지는 객관화된 조직체로서 거래가액을 조작할 염려가 적은 법인의 장부가액은 특별히 취득가액을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 하는 것으로서, 이 건의 경우 청구법인은 2015.12.31. 현재 결산서상 쟁점토지와 건축물 및 그 부대설비 이외에 다른 부동산을 소유하고 있지 아니하므로, 처분청은 이러한 결산서를 기준으로 쟁점건축물의 취득가액을 산정한 이상 이를 근거과세의 원칙에 위배되어 부당하다고 할 수는 없다고 할 것이다. 이러한 결산서상 취득가액에 취득 이후에 발생한 비용이 포함되었는지 여부를 살펴보면, 청구법인은 2012.12.19. ㈜AAA과 호텔신축공사와 관련하여 도급공사계약을 체결하였는데 이러한 도급공사와 관련하여 시공사는 건설공사정보시스템에 등재한 자료에서 공사기간을 2015.9.30.로 연장하는 것으로 등재한 사실이 확인되고 있는 점, 시공사가 청구법인에게 사용승인(2015.8.3.) 이후인 2015.9.16.과 2015.9.30.에서야 제16회 및 제17회 공사비를 청구하였던 점, 시공사가 쟁점건축물 사용승인 직전인 2015.7.30. 청구법인에게 제출한 제15회 기성금청구내역서상 전체적인 공정율이 83.24%로 기재되어 있는 점 등을 종합하면, 쟁점건축물의 사용승인 당시 도급공사가 완료되지 아니하였으므로 사용승인일 이후에도 계속 일부 공사를 시행하였고, 이러한 취득일 이후에 발생한 공사비를 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다는 청구주장은 상당히 신빙성이 있다고 보여진다. 그러나, 처분청은 결산서를 기준으로 산정한 쟁점건축물의 취득가액이 OOO원인데, 청구법인은 시공사인 ㈜AAA과 체결한 도급공사비는 OOO원이고, 법인장부상 건물 및 부대설비 가액은 OOO원으로 서로 일치하지 아니하며, 쟁점건축물의 사용승인일 이후에 발급된 세금계산서상 금액이 사용승인일 이후 공사비 청구금액 등과 일치하는지 여부가 불명확하므로 전체 도급공사비, 결산서상 쟁점건축물과 관련된 취득가액, 취득 이후 발생한 비용의 구체적인 내역 등을 재조사하여 그 중 사용승인일 이후에 지급원인이 발생한 도급공사비를 취득세 과세표준에서 제외하는 것이 타당하다고 판단된다.
(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. 청구법인은 2016년 4월경 처분청이 세무조사를 실시하고서 다시 재조사를 통하여 이 건 부과처분을 한 것이 중복세무조사에 해당되어 부당하다고 주장하나, 처분청이 2016년 4월에 청구법인에게 법인장부 등 각종 지방세 과세자료의 제출을 요구하였고, 현지 확인을 거친 후 쟁점건축물 중 임대용 건축물의 부속토지에 대하여 중과세납세의무를 누락한 것으로 보아 추징처분을 하였으며, 처분청이 2020.4.6. 청구법인에게 쟁점건축물의 신축과 관련한 자료제출을 요청을 하였으나, 처분청은 청구법인이 관련 자료의 제출을 거부함에 따라 기존의 결산서 등을 근거로 이 건 부과처분을 하였다. 처분청이 이 건 부과처분을 하면서 근거로 삼은 과세자료가 새로이 세무조사를 통하여 확보한 자료를 근거로 한 것이 아닌 이상, 처분청이 청구법인에게 중복 세무조사를 한 것으로 볼 수 없으므로 중복 세무조사가 이루어졌음을 근거로 이 건 부과처분이 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호․제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.