2014.1.1. 개정된 「지방세법」의 일반적 경과조치에 따라 그 개정 이후 사업연도분 법인지방소득세 산정시 「조세특례제한법」상 외국인투자감면을 적용하여야 하는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2009.8.11. 외국인투자 촉진법에 따른 외국인투자기업으로 등록된 사업자로, 2013사업연도 이전에는 조세특례제한법 제121조의2 제1항 제1호에 따른 외국인투자감면(이하 “쟁점감면”이라 한다)을 적용한 법인세액의 10%를 법인지방소득세로 신고하였고, 2014사업연도 이후에는 외국인투자감면을 적용하지 아니하여 계산한 법인지방소득세를 신고하였다.
• 나. 이후 청구법인은 2014.1.1. 개정된 지방세법(법률 제12153호로, 이하 “개정 지방세법”이라 한다) 부칙 제15조(이하 “일반적 경과조치”이라 한다) 등에 따라 2014사업연도 이후에도 쟁점감면이 계속 적용된다고 보아 쟁점감면을 적용하여 2020.4.28. 2014〜2017사업연도 법인지방소득세 합계 OOO원의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2020.6.25. 위 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.9.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 일반적 경과조치는 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위한 것이고, 그 내용 중 “종전의 규정”에는 지방세법뿐만이 아니라 조세특례제한법의 제반규정도 포함된다고 해석하는 것이 타당하므로, 외국인투자감면도 2014사업연도 이후의 법인지방소득세 산정에 반영되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 개정 지방세법에는 법인지방소득세에 대한 세액공제 및 세액감면에 관한 규정이 없고, 일반적 경과조치에서 언급한 종전 규정은 개정 지방세법이 시행될 당시에 이미 부과되었거나 감면이 종료된 경우 또는 감면의 요건이 완성된 경우를 가리키는 것으로 해석하는 것이 타당하다. 따라서 2014사업연도 이후에 법인지방소득세를 산정할 때에는 조세특례제한법상의 외국인투자감면을 적용하지 아니하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 2014.1.1. 개정된 지방세법의 일반적 경과조치에 따라 그 개정 이후 사업연도분 법인지방소득세 산정시 조세특례제한법상 외국인투자감면을 적용하여야 하는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제89조(세율) ① 소득분의 표준세율은 다음과 같다. 구분 세율 소득세분 법인세분 소득세액의 100분의 10 법인세액의 100분의 10

(2) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액(조세특례제한법 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 법인세의 과세표준)과 동일한 금액으로 한다. 제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 지방세특례제한법에서 정한다.(후문 생략) 부칙 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(3) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것) 제6조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

(4) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제121조의2(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(외국인투자촉진법 제2조 제1항 제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세를 각각 감면한다.

1. 국내산업의 국제경쟁력 강화에 긴요한 사업으로서 외국인투자 촉진법 제27조에 따른 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업(각 목 이하 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료의 내용은 아래와 같다. (가) 법인지방소득세 신고서 및 경정청구서 등에 따르면, 청구법인은 법인지방소득세가 독립세로 전환된 후인 2014사업연도 이후에는 외국인투자감면을 적용하지 아니하여 계산한 법인지방소득세를 신고하였다가 이후 쟁점감면을 적용하여 2014〜2017사업연도 법인지방소득세 합계 OOO원의 경정청구를 제기한 것으로 나타난다. (나) 2014.1.1. 개정된 지방세법의 개정이유에는 “소득세 및 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수하고 있는 지방소득세를 독립세 방식으로 전환함으로써 지방자치단체의 자주재원을 확충하고 지역경제의 발전을 지방세수의 신장과 연계”하기 위한 것으로 기재되어 있다. (다) 개정 지방세법에 대한 OOO전문위원의 검토보고서에는 “구 지방세법 하에서 법인세 세액공제 및 감면에 연동하여 부가적으로 법인지방소득세도 세액공제․감면을 받았으나, 지방세법의 개정으로 더 이상 이와 같은 혜택이 유지되지 않는다. 법률 개정안이 지방소득세를 부가세에서 독립세 방식으로 전환하였으므로, 지방소득세에 대한 특례조항을 별도로 규정할 필요가 있어 개정안은 개인지방소득세에 관한 세액공제 등에 대하여는 새로이 지방세특례제한법 등에 옮겨 규정하였던 반면, 법인지방소득세에 관한 특례조항은 배제함으로써 법인에 대한 지방소득세의 과세를 강화하였다.”는 내용이 기재하고 있다. (라) 2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 지방세특례제한법에서는 개인지방소득세에 대한 감면 규정은 두고 있으나, 법인지방소득세에 대하여는 외국인 투자에 대한 감면규정을 두고 있지 아니한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. 청구법인은 2014.1.1. 개정된 지방세법의 일반적 경과조치에 따라 그 개정 이후 사업연도의 법인지방소득세액을 산정함에 있어 조세특례제한법상 외국인투자감면을 적용하여야 한다고 주장한다. 살피건대, 아래의 내용에 비추어 볼 때, 2014사업연도 이후분 법인지방소득세를 산정함에 있어 조세특례제한법상 외국인투자감면을 적용하지 아니하는 것이 타당하다 할 것이므로, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 법인에 부과되는 지방소득세는 과거에는 법인세 납부세액의 10%로 계산하여 납부하는 부가세 방식으로 징수되었으나, 지방세법이 2014.1.1. 개정되면서 국세와는 별도의 독립세 방식으로 전환됨에 따라 2014사업연도 이후의 소득에 대한 법인지방소득세는 개정된 지방세법령에서 정한 산출방식에 따르게 되었다. 2014.1.1. 개정된 지방세법제103조의22에서 법인지방소득세의 세액공제 및 감면에 관한 사항은지방세특례제한법에서 정하도록 하였으나, 지방세특례제한법에서는 개인지방소득세의 경우와 달리 법인지방소득세에 대한 세액감면에 대한 규정을 별도로 두고 있지 아니한바, 2014사업연도 이후분 법인지방소득세 산정시 조세특례제한법상 외국인투자감면을 적용할 여지가 없어 보인다. 한편 일반적 경과조치는 지방세법령에 명시적으로 규정한 내용에 한하여 그 효력이 미친다 할 것인데, 조세특례제한법상 외국인투자감면 규정은 지방세법령에 명시되어 있지 아니한 것이어서 신뢰보호의 원칙이나 일반적 경과조치의 적용대상에 해당하지 아니한다 할 것이다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제96조 제6항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.