[요지] ∘ 이 건 부칙 제17조에서 2014.12.31. 이전에 합병한 금융기관에 대해서는 2015.12.31.까지 종전규정을 따른다고 규정하고 있는데 청구법인은 2015.9.1. 이 건 합병을 하였으므로 이 건 부칙 제17조의 적용대상이 아니라고 판단됨∘이 건 등기를 한 부동산의 등기사항전부증명서를 보면, 그 등기목적이 근저당권이전인 것으로 나타나는 이상 이 건 등기에 대하여는지방세법제28조 제1항 제1호 다목 2)에서 규정하고 있는 세율(1천분의 2)을 적용하여야 함
[참조결정] 조심2018지0867
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청들 의견
(1) 구지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제57조 제1항(이하 “종전규정”이라 한다)에서 법인의 합병으로 양수받은 재산의 등기에 대하여는 등록면허세를 2014.12.31.까지 면제한다고 규정하고 있고,지방세특례제한법부칙(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것, 이하 “이 건 부칙”이라 한다) 제14조에서 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다.
(2) 또한, 조세심판원도 이러한 취지에서 취득세의 과세요건 사실인 건축물 취득의 중요한 원인행위를 ‘건축물의 착공’으로 보고 있는바(조심 2018지867, 2019.6.24. 외 다수), 이 건 등기의 경우에는 ‘합병계약의 체결’을 그 원인행위로 보는 것이 타당하다.
(3) 법인합병에 따른 등기에 대한 등록면허세 면제규정은 40여년간 유지되던 규정으로 청구법인은 종전규정이 향후에도 계속 유지될 것을 예상하고, 2012.1.27.부터 이 건 합병을 위한 준비작업을 시작하여 2014.10.29. 이 건 합병계약을 체결하였고, 이 건 부칙 제14조에서 ‘종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 지방세’에는 그 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우도 포함하여야 할 것인바, 청구법인은 종전규정이 시행 중인 2014.10.29. 이 건 등기의 원인행위라 할 수 있는 이 건 합병계약을 체결한 후, 합병과 관련된 통합작업 등 중요한 행위를 수행하였으므로 이 건 합병에 따른 등록면허세 등은 이 건 부칙 제14조에서 규정하고 있는 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 해당된다 할 것으로, 이 건 등기에 대한 등록면허세는지방세특례제한법제57조의2 제2항 제4호에 따른 100분의 75 감면 대상이 아니라 종전규정에 따라 전액 면제되어야 한다.
(4) 설령, 이 건 등기에 대하여 종전규정을 적용하여 등록면허세를 면제할 수 없다고 하더라도 청구법인은 구 OOO채권자의 지위에서 등기한 근저당권에 대하여 별도의 근저당권 이전 절차를 거치지 아니하고 이 건 합병을 원인으로 근저당권을 취득한 것으로 이 건 등기는 지방세법제28조 제1항 제1호 다목에서 규정하고 있는 ‘소유권 외의 물권과 임차권의 설정 및 이전을 위한 등기’에 해당되지 않는다. 위에서 보듯 이 건 등기는 근저당권이전등기에 해당되지 아니하나, 채무자가 그 채무를 변제하는 경우 근저당권말소등기를 하여야 하는데, 합병의 경우 채권자를 존속법인으로 변경하지 아니하면 근저당권말소등기를 할 수 없으므로 청구법인은 채무자의 이익을 보호하기 위하여 근저당권이전을 등기목적으로 하여 이 건 등기를 한 것일 뿐 그 실질은 단순한 명의변경에 불과하다.
(5) 또한, 대법원 2012.2.9. 선고 2010두6731 판결에서 법인의 조직 변경으로 해산등기와 설립등기를 하는 경우 설립에 따른 등록면허세율을 적용할 수 없다고 판시하였는바, 이 건 등기의 그 실질은 이미 합병으로 인하여 포괄승계된 근저당권에 대한 명의자 변경만을 하는 것이므로 이 건 등기는지방세법제28조 제1항 제1호 마목에서 규정하고 있는 ‘그 밖의 등기’로서 그 등록면허세 등은 OOO이라 할 것이고, 이 건 등기는지방세특례제한법제57조의2 제2항 제4호에 따라 100분의 75 감면 대상이므로 이 건 등록면허세 등은 등기 1건 당 등록면허세 등을 OOO으로 하여 산출한 세액으로 경정되어야 한다.
(1) 대법원은 2009.9.10. 선고 2008두9324 판결에서 계속 적용을 전제로 만들어지는 일반 법령 규정과 달리 한시적 세액 감면제도에 대한 납세자의 기대와 신뢰는 본래부터 영구적인 것이 아니라 법령의 개정에 따라 신축적·잠정적·일시적인 것에 불과하다는 취지로 판결하였는바, 청구법인이 이 건 합병에 따른 등기에 대한 등록면허세가 면제될 것이라고 신뢰하였다고 하더라도, 이는 잠정적·일시적인 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없는바, 개정된 감면조항을 특별히 명시한 조항 없이 일반적 경과조치에 대한 부칙만으로 이 건 등기에 대한 등록면허세를 면제할 수는 없다고 할 것이다.
(2) 또한, 개정된 법령에서 경과조치에 관한 적용은 특별한 경과규정을 두지 않는 경우에 한하여 일반적 경과조치를 적용해야할 것으로이 건 부칙 제17조에서 2014.12.31.까지 합병한 금융기관에 대해 종전의 감면규정을 적용한다고 규정하고 있는바, 여기에서 ‘합병’이란 합병 후의 존속법인 등이 합병등기를 한 때를 말하는 것이므로 2015.9.1. 합병한 청구법인은 이 건 부칙 제17조의 적용 대상이 아니라 할 것이므로 처분청들이 건 등록면허세 등의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.
(3) 등록면허세는 실질적인 권리귀속 여부와는 아무런 관계가 없고, 등기 또는 등록이라는 단순한 사실의 존재를 과세물건으로 하여 부과하는 조세로서 청구법인과 같이 합병으로 인하여 소멸된 회사의 권리의무를 포괄승계하여 합병을 원인으로 근저당권이전등기를 한 경우에는 새로운 근저당권등기라 할 것인바, 이 건 등기는지방세법제28조 제1항 제1호 다목 2)에서 규정한 저당권 등기에 해당된다고 보는 것이 타당하므로 처분청들이 이 건 등록면허세 등의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
① 법인합병에 따른 근저당권이전등기에 대해 이 건 부칙 제14조에 따라 종전규정인 구지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제57조 제1항을 적용하여 등록면허세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부
② 법인합병에 따른 근저당권이전등기를지방세법제28조 제1항 제1호 마목에서 규정하고 있는 ‘그 밖의 등기’로 보아야 한다는 청구주장의 당부
(1) 청구법인과 처분청들이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인이 제출한 자료에 의하면, 청구법인과 구 OOO의 이 건 합병 관련 일자별 주요 추진 내용은 아래와 같다. (나) 청구법인과 구 OOO2014.10.29. 체결한 이 건 합병계약서의 주요 내용은 아래와 같다. (다) 청구법인은 2015.9.1. 구 OOO합병한 후, ＜별지1＞과 같이 구 OOO금전을 대출하고 채무자의 부동산에 설정한 근저당권 164,627건을 청구법인의 명의로 이전하기 위하여 처분청들에게 이 건 등록면허세 등 OOO신고ㆍ납부하였다. (라) 이 건 등기 물건 중 OOO등기사항전부증명서를 보면, 청구법인은 2015.9.10. 위의 부동산에 대한 구 OOO근저당권을 이전등기하였고, 그 등기목적은 ‘근저당권이전’으로 등재되어 있다. (마) 한편, 수원지방법원은 청구법인이 쟁점②의 청구주장과 같은 취지로 한 등록면허세 등 경정청구 소송에서 해당 등기는지방세법제28조 제1항 제1호 마목에서 규정한 ‘그 밖의 등기’에 해당되지 않는다고 보아 원고를 청구를 기각(수원지방법원 2021.2.10. 선고 2020구합63598 판결)하였고, 해당 판결은 그대로 확정되었다.
(2) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 구지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제57조 제1항 및 같은 법 시행령 제28조 제1항 제1호에서 금융위원회의 인가를 받은 금융회사 간의 합병으로 양수받은 재산의 등기에 대하여는 등록면허세를 2014.12.31.까지 면제한다고 규정하였으나 2014.12.31. 법률 제12955호로지방세특례제한법제57조를 삭제하고, 제57조의2 제2항을 신설하여 금융회사 간의 합병으로 양수받은 재산을 합병한 날부터 3년 이내에 등기하는 경우에만 2015.12.31.까지 등록면허세의 100분의 75를 경감하도록 규정하였다. 또한, 같은 날 개정한 이 건 부칙 제14조에서 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있고, 같은 부칙 제17조에서 이 법 시행 전에 종전의 제57조 제1항에 따라 합병한 금융기관에 대해서는 제57조의2 제2항의 개정규정에도 불구하고 2015.12.31.까지 종전의 제57조 제1항에 따른다고 규정하고 있다. (나) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인이 이 건 등기를 할 당시 시행중인지방세특례제한법제57조의2 제2항 본문에서 법인의 합병으로 양수받은 재산의 등기에 대하여만 등록면허세의 100분의 75를 경감한다고 규정하고 있고 법인등기에 대하여는 별도로 감면 규정을 두고 있지 않은 점, 이 건 부칙 제17조에서 2014.12.31. 이전에 합병한 금융기관에 대해서는 2015.12.31.까지 종전규정을 따른다고 규정하고 있는데, 청구법인은 2015.9.1. 이 건 합병을 하였으므로 이 건 부칙 제17조의 적용대상이 아닌 점, 이 건 부칙 제17조에서 금융기관 등의 합병에 관하여 특별히 경과조치를 규정하고 있으므로 여기에 일반적 경과조치인 이 건 부칙 제14조를 적용할 여지는 없다고 보아야 하는 점, 설령, 청구법인의 주장과 같이 이 건 등기에 대하여 일반적 경과조치를 적용할 수 있다고 하더라도 등록면허세는 등기ㆍ등록 당시의 법률과 현황에 따라 부과하는 세목으로 등기ㆍ등록 자체를 원인행위로 하여 납세의무가 성립하는 것이고, 이 건 등기의 원인행위일은 그 등기일인 2015.1.1. 이후라 할 것인바, 이 건 등기에 대하여 종전규정을 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 하겠다.
(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가)지방세법제27조 제4항에서 채권금액으로 과세액을 정하는 경우에 일정한 채권금액이 없을 때에는 채권의 목적이 된 것의 가액 또는 처분의 제한의 목적이 된 금액을 그 채권금액으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 제28조 제1항 제1호 다목 2)에서 저당권의 설정 및 이전은 그 채권금액의 1천분의 2를 등록면허세 세율로 한다고 규정하고 있고, 같은 호 마목에서 가목부터 라목까지 외의 등기에 대하여는 건당 OOO등록면허세의 세율로 한다고 규정하고 있다. (나) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 등록면허세는 취득세와 달리 그 등기나 등록에 담세력을 인정하여 부과하는 행위세적 조세로서 내부의 실질적인 권리자의 유무 또는 정당성․합법성을 따지지 않고, 등기ㆍ등록의 외형적 요건만을 과세객체로 하는 것인 점, 지방세법제28조 제1항 제1호 다목 2)에서 저당권의 설정 및 이전의 경우 그 세율을 1천분의 2로 규정하고 있는 점, 이 건 등기를 한 부동산의 등기사항전부증명서를 보면, 그 등기목적이 근저당권이전인 것으로 나타나는 이상 이 건 등기에 대하여는지방세법제28조 제1항 제1호 다목 2)에서 규정하고 있는 세율(1천분의 2)을 적용하여야 하는 점 등에 비추어 이 건 등기를지방세법제28조 제1항 제1호 마목에서 규정한 ‘그 밖의 등기’로 보아야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.
(4) 따라서, 이 건 등기에 대하여 구지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제57조 제1항을 적용하여야 한다는 청구법인의 주장은 이유 없고, 이 건 등기는지방세법제28조 제1항 제1호 마목에서 규정한 ‘그 밖의 등기’에 해당되지 아니하므로 처분청들이 이 건 등록면허세 등의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로지방세 기본법제96조 제6항,국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지1＞ 심판청구 내역 ＜별지2＞ 관련 법령
(1) 구 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제57조(기업구조조정 등 지원을 위한 감면) ① 다음 각 호에서 정하는 법인의 합병으로 양수(讓受)받은 재산의 취득에 대하여는 취득세를, 양수받은 재산의 등기 및 법인등기에 대하여는 등록면허세를 각각 2014년 12월 31일까지 면제한다.
4. 제1호부터 제3호까지와 유사한 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병
(2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제57조의2(기업합병·분할 등에 대한 감면) ② 다음 각 호에서 정하는 법인의 합병으로 양수받은 재산의 취득에 대해서는 취득세를 2015년 12월 31일까지 면제하고, 합병한 날부터 3년 이내에 양수받은 재산의 등기에 대해서는 2015년 12월 31일까지 등록면허세의 100분의 75을 경감한다.
4. 제1호부터 제3호까지와 유사한 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병
(3) 지방세특례제한법 부칙(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 제14조(일반적 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다. 제17조(금융기관 등의 합병에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 종전의 제57조 제1항에 따라 합병한 금융기관에 대해서는 제57조의2 제2항의 개정규정에도 불구하고 2015년 12월 31일까지 종전의 제57조 제1항에 따른다.
(4) 지방세특례제한법 시행령(2014.12.31. 대통령령 제25958호로 개정되기 전의 것) 제28조(법인 합병의 범위 등) ① 법 제57조 제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 합병”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 합병을 말한다. 1.금융산업의 구조개선에 관한 법률제4조에 따라 금융위원회의 인가를 받은 금융회사 간의 합병
(5) 지방세특례제한법 시행령(2014.12.31. 대통령령 제25958호로 개정된 것) 제28조의2(법인 합병의 범위 등) ② 법 제57조의2 제2항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 합병”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 합병을 말한다. 1.금융산업의 구조개선에 관한 법률제4조에 따라 금융위원회의 인가를 받은 금융회사 간의 합병
(6) 지방세법 제27조(과세표준) ④ 채권금액으로 과세액을 정하는 경우에 일정한 채권금액이 없을 때에는 채권의 목적이 된 것의 가액 또는 처분의 제한의 목적이 된 금액을 그 채권금액으로 본다. 제28조(세율) ① 등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에 다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.
1. 부동산 등기
2. 저당권(지상권·전세권을 목적으로 등기하는 경우를 포함한다): 채권금액의 1천분의 2
3. 지역권: 요역지(要役地) 가액의 1천분의 2
4. 전세권: 전세금액의 1천분의 2
5. 임차권: 월 임대차금액의 1천분의 2.