3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 쟁점이의신청결정이국세기본법제45조의2 제2항 제1호에 따른 후발적 경정청구의 대상이 되는지 여부
- 나. 관련 법령
(1) 국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때
② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.
1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때
2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때
3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때
4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때
③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. 다만, 청구를 한 자가 2개월 이내에 아무런 통지를 받지 못한 경우에는 통지를 받기 전이라도 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 감사원법에 따른 심사청구를 할 수 있다. 제55조(불복) ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 처분에 대해서는 그러하지 아니하다.
1. 조세범 처벌절차법 에 따른 통고처분
2. 감사원법에 따라 심사청구를 한 처분이나 그 심사청구에 대한 처분
3. 이 법 및 세법에 따른 과태료 부과처분 (2) 국세기본법 시행령 제25조의2(후발적 사유) 법 제45조의2 제2항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우
2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우
3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우
4. 제1호부터 제3호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우
(1) 쟁점거래와 관련한 처분청의 부가가치세 과세처분에 대하여 청구법인은 2020.4.17. 국세청에 심사청구를 제기하였으나, 국세청은 2020.8.26. 기각결정을 하였고, 2020.11.9. 다시 우리 원에 심판청구를 제기하였으나 2021.3.31. 각하결정을 하였다.
(2) 쟁점거래와 관련한 처분청의 법인세 부과처분에 대하여 청구인이 처분청에게 이의신청을 제기하였고, 처분청은 2021.5.13. 다음과 같이 쟁점이의신청결정을 하였다. 처분청은 쟁점매입처로부터 매입한 쟁점금액을 가공매입으로 보아 쟁점세금계산서와 관련한 매입세액을 필요경비 부인한 당초처분이 정당하다고 주장하는바 이에 대하여 살펴보면, 청구법인이 제출한 증빙자료(매매계약서, 전자세금계산서, 현장사진, 차량운송확인서, 금융거래 증빙, 운송거래확인서 등)에서 쟁점거래와 관련하여 운송한 차량번호, 운전자명, 운전자 연락처, 계근일, 입고시간, 계량사실 등이 주매출처 전산에서 출력된 고철 계근내역과 운송사실확인서에서 확인이 되고, 청구법인이 작성한 수기장부와 주매출처의 입고관리 전산시스템에 의한 검수내역을 통해 자료상 매입분 상당량이 주매출처에 납품된 사실이 객관적으로 확인되며, 청구법인이 쟁점매입처로부터 지급한 대금이 다시 청구법인에게 돌려받았다는 사실이 나타나지 아니하는 점, 청구법인의 업종 특성상 매출이 발생하기 위해서는 매입이 발생하여야 가능함에도 매입처인 쟁점매입처가 자료상이라는 이유로 쟁점거래를 가공거래로 본 처분청의 처분은 거래처에 대한 파생자료만을 근거로 과세한 점, 쟁점거래에 대한 물품운송차량 운전자가 운송사실을 확인하고 있는 점 등에 비추어, 청구법인이 쟁점거래처와 실지거래를 하였다는 청구주장이 신빙성이 있고, 청구법인은 쟁점거래처와의 거래가 공급자가 사실과 다른 거래라는 사실을 알지 못하였으며, 그러한 사정을 알지 못한 데에 청구법인에게 과실이 있다고 인정하기 어려워 보이므로 청구법인은 쟁점거래에 있어 선의의 거래당사자에 해당하는 것으로 보이는 점 등을 고려할 때, 청구법인의 쟁점금액을 필요경비 부인한 당초 처분은 부당하다고 판단된다.
(3) 청구법인은 2021.7.21. 쟁점이의신청결정이국세기본법제45조의2 제2항 제1호에 따른 후발적 경정청구의 사유에 해당한다고 보아 2014년 제2기 부가가치세 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2021.9.6. ‘경정청구기간은 법정신고기한이 지난 후 5년으로, 본 경정청구의 귀속시기가 2014년 제2기 부가가치세 과세기간이므로 경정청구기간이 도과하였고, 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니하여 경정청구를 각하한다’는 내용으로 이를 거부하였다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구법인은 쟁점이의신청결정이 후발적 경정청구사유에 해당한다고 주장하나, 이의신청결정은국세기본법제45조의2 제2항 제1호에 따른 ‘과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 경우’에 해당한다고 보기 어려운 점, 청구법인은 쟁점거래에 대한 부가가치세 과세처분에 대하여 불복을 제기하였으나 이미 기각 또는 각하결정된 점, 이 건 경정청구는 쟁점거래의 부가가치세 법정신고기한(2015.1.26.)의 다음 날부터 기산한다고 할지라도 그 청구기간(5년)이 경과된 이후에 제기된 점 등에 비추어, 이 건 심판청구는 부적법하다고 판단된다.