조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점토지의 취득일은 2007.11.6.이므로 8년 자경농지 감면요건에 해당된다는 청구주장의 당부

사건번호 조심-2021-중-6800 선고일 2022.09.01

처분청이 쟁점토지의 등기접수일(2017.8.21.)을 취득일로 하여 청구인이 8년 자경감면 요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 양도소득세 경정을 거부한 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 OOO 전 1,517㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)가 2019.12.31. OOO와 OOO(이하 “공사 등”이라 한다)에 OOO원에 수용되자 2020.2.27. 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고․납부하였고, 2021.3.11. 쟁점토지에 대한 1세대 1주택 주택부수토지 비과세 및 8년 자경농지 감면을 사유로 기 납부한 양도소득세 OOO원에 대한 환급을 요청하는 경정청구를 제기하였다.
  • 나. 처분청은 2021.5.12. 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하는 주택부수토지 382.06㎡에 대한 양도소득세 OOO원을 환급결정하고, 8년 자경농지감면에 대해서는 보유기간 요건을 충족하지 않는다고 보아 관련된 경정청구를 거부하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2021.6.23. 이의신청을 거쳐 2021.10.26. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장 쟁점토지의 취득일자는 잔금청산일인 2007.11.6.로 보아야 하고, 취득금액은 OOO원이며, 2010.9.14.부터 쟁점토지에 거주하면서 농사를 지었으므로 쟁점토지는 8년 자경 감면대상 농지에 해당된다.

(1) 청구인은 쟁점토지를 전 소유자인 AAA로부터 OOO원에 매수하면서 2007.10.8. OOO원을 AAA 계좌에 입금하였고, 2007.10.23. 중도금 OOO원을 수표로 지급하였으며, 2007.11.6. 잔금으로 OOO원을 지급하고 매매대금에 대한 영수증을 받았으나 당시 AAA는 양도소득세 부과를 핑계로 등기 이전을 해주지 않아 소유권 이전등기를 못하였고, 2017년 쟁점토지가 소재한 OOO 일원이 공공주택 사업지구로 지정됨에 따라 2017.8.21. AAA에게 소유권 이전등기를 요구하여 그때 소유권 이전등기를 하게 되었을 뿐이므로 쟁점토지에 대한 취득자금 OOO원에 대한 잔금청산일은 2007.11.6.이고 위 날짜를 소유권 이전일로 보아야 한다.

(2) 쟁점토지 취득시 구입자금은 청구인의 동생인 BBB로부터 OOO원을 차용하여 지급하였고, 차용증에 기재된 바와 같이 OOO원은 이자를 주기로 하고 차용하였으며, 나머지 OOO원은 BBB가 쟁점토지 구입자금을 부담한 것으로 2012년도에 쟁점토지 중 일부가 도로로 편입되면서 OOO로부터 2013.2.20. 보상금 OOO원이 입금되어 그 중 절반인 OOO원을 BBB에게 지급하였고, 2019.12.31. 쟁점토지가 공사 등에 수용되면서 지급받은 보상금 OOO원 중 양도소득세 등을 납부하고 남은 돈 OOO원 중 절반인 OOO원을 계좌로 송금하여 청구인이 쟁점토지 구입시 BBB로부터 차용한 자금을 모두 변제하였다.

(3) 청구인은 2008.6.30. 쟁점토지의 지목을 임야에서 전으로 변경하였고, 2008년부터 쟁점토지에 대한 재산세를 청구인의 배우자인 CCC가 납부해왔으며, AAA가 청구인에게 등기이전을 해주지 않아 2009.7.21. 쟁점토지에 근저당권 OOO원을 설정하면서 채무자를 AAA, 채권자를 청구인으로 설정하였으며, 청구인과 배우자 CCC는 2010.9.14. 쟁점토지에 농사용 비닐하우스와 주거용 비닐하우스를 짓고 거주하면서 쟁점토지 중 주택부수토지 면적 382.06㎡를 제외한 1,134.94㎡에서 화훼작물을 재배하여 왔으므로 이는 8년 자경농지 감면대상에 해당되어 청구인이 납부한 양도소득세 1억원은 환급하는 것이 타당하다.

  • 나. 처분청 의견 청구인이 쟁점토지의 잔금청산일을 입증하지 못하고 있으므로 쟁점토지의 취득일은 등기접수일(2017.8.21.)이 되고, 취득계약서상 금액은 OOO원이며, 쟁점토지 보유기간은 2년에 불과하여 8년 자경감면 요건을 충족하지 못하므로 이 건 처분은 타당하다.

(1) 청구인은 쟁점토지의 취득일이 잔금청산일이 2007.11.6.이라면서아래의 서류를 제출하였고, 위 서류에 대한 처분청의 검토결과는 아래와 같다. (가) 청구인은 경정청구시 영수증 발행일이 공란인 수기영수증을 제출하면서 전체 취득가액이 OOO원이라고 주장하였다가, 이의신청시에는 동일한 수기영수증에 영수증 발행일이 2007.11.6.로 기재되어 있었을 뿐 아니라 쟁점토지의 전체 취득가액 OOO원 중 수기영수증은 잔금 OOO원에 대한 영수증이라고 주장하였고, 심판청구시 제출한 수기영수증 발행일이 다시 공란으로 변경되었고, 쟁점토지 전체 취득가액 OOO원 중 수기영수증은 잔금 OOO원에 대한 영수증이라고 주장하나, 청구인이 전 소유자인 AAA에게 양도대금을 지급한 사실을 입증하는 금융기관이 발행한 영수증 등을 제출하지 아니하였다. (나) 쟁점토지 취득가액을 OOO원에서 OOO원으로 변경한 것에 대한 청구인의 주장을 검토한 결과, 청구인은 2007.10.8. AAA의 계좌로 OOO원을 입금한 사실이 있어 이를 계약금이라고 주장하고 있으나, 2007년 쟁점토지 취득시 작성된 매매계약서는 존재하지 아니하여 OOO원을 쟁점토지 매매에 대한 계약금이라고 볼 수 없고, 2007.10.23. 중도금 OOO원을 수표로 지급하였다고 하나 위 수표가 AAA에게 지급되었는지가 확인되지 않아 청구주장을 인정하기는 어려우며, 불복과정에서 잔금 OOO원에 대한 증빙으로 제출된 수기영수증은 2007.11.6. OOO원을 AAA에게 수표로 지급하고 받은 것이라고 주장하나 이 역시 위 수표가 AAA에게 지급되었는지는 확인되지 아니한다. 또한 청구인이 동생인 BBB와 작성한 차용증서와 BBB가 청구인의 배우자 CCC의 계좌에 입금한 OOO원은 가족간 금전거래로 보여지고, BBB가 입금한 OOO원이 인쇄되어 있는 통장지면에 수기로 ‘AAA’이라고 기재된 메모만으로는 BBB가 입급한 OOO원이 쟁점토지 대금으로 AAA에게 지급되었다고 입증하는 증거라고 인정하기도 어려우며, 2020년도에 BBB에게 지급한 합계 OOO원은 형제간의 자금거래로 볼 수 있어 쟁점토지와 무관하여 쟁점토지의 취득시기를 특정하는 증빙자료가 될 수 없다.

(2) 청구인과 AAA는 쟁점토지에 대한 예정신고시 매매대금 OOO원이 기재된 동일한 매매계약서로 양도가액과 취득가액을 입증한바 있고, AAA는 1964년 12월부터 2017년 8월까지 쟁점토지를 보유해왔으며, 2008.6.20. 쟁점토지 지목을 임야에서 전으로 변경한 후 2008년 6월부터 2017년 8월까지 8년 자경을 사유로 100% 감면으로 양도소득세 예정신고를 하였으나, 자신의 양도소득세 부과제척기간이 경과한 이후인 2021.7.28. 쟁점토지를 OOO원에 매매하였다는 확인서를 제출하였고, 청구인이 쟁점토지에 대한 지방세 부과 및 납부한 내역은 2017년 8월 이후부터 확인되며, OOO에 신고한 쟁점토지의 취득세 과세표준 OOO원에 대하여 취득세 등 OOO원을 납부하였고, OOO가 쟁점토지의 일부를 도로로 수용함에 따라 청구인에게 지급한 OOO원은 청구인이 쟁점토지의 근저당권자이므로 등기부상 근저당권자가 있는 경우 근저당권을 말소하기 위하여 근저당권자에게 보상액을 지급한 것이므로 2007.11.6. 이후 청구인이 쟁점토지를 소유하고 있었다는 주장을 인정하기는 어렵다. (3) 소득세법 제98조 및 같은 법 시행령 제165조는 자산의 취득시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날을 원칙으로 하되, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 등으로 한다고 규정하고 있고, 부동산 양도거래는 사인들간의 거래로써 당사자들의 이해관계에 따라 자의적으로 양도 또는 취득시기를 조정할 경우 소득세법이 형해화 될 수 있어 이를 방지하기 위하여 양도 또는 취득의 시기를 규정한 것인바, 청구인은 2017.8.16.자 쟁점토지 매매계약서(매매대금 OOO원) 외 OOO원의 매매계약서를 제출하지 못하고 있고, AAA가 작성한 OOO원 수기영수증은 그 작성시기가 객관적으로 확인되지 아니하여 매수대금이 AAA에게 지급되었음이 금융증빙 등으로 입증되지 않는 등 청구인이 쟁점토지의 잔금청산일을 입증하지 못하고 있으므로 쟁점토지의 취득일은 등기접수일인 2017.8.21.으로 보는 것이 타당하며, 이에 청구인이 쟁점토지를 소유한 기간은 2년에 불과하다고 보아 8년이상 자경농지 감면대상에 해당하지 아니하여 환급을 거부한 당초 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점토지의 취득일은 2007.11.6.이므로 8년 자경농지 감면요건에 해당된다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 소득세법 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. (2) 소득세법 시행령 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

(3) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (4) 조세특례제한법 시행령 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자”란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 “한국농어촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.(각 호 생략)

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.(각 호 생략)

(5) 국세기본법 제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[ 국제조세조정에 관한 법률 제2조 제1항 제1호 에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우: 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(역외거래의 경우 10년)

2. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우: 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년(역외거래에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년). 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 또한 같다.

  • 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 2019.12.31. 쟁점토지가 공사 등에 수용되자 2020.2.27. 쟁점토지 취득일은 2017.8.21. 취득가액은 OOO원, 양도가액은 OOO원으로 양도소득세 OOO원을 예정신고ㆍ납부하였고, 청구인의 경정청구서에 의하면, 쟁점토지 취득일은 2007.11.6., 취득가액은 OOO원으로 1세대1주택 비과세 및 8년이상 자경농지 감면대상으로 하여 경정청구를 제기하였으며, 처분청은 쟁점토지 중 주택부수토지 면적(382.06㎡)에 대하여 1세대1주택 비과세를 인정하였으나, 쟁점토지 등기부에 기재된 등기접수일이 쟁점토지의 취득일이라고 보아 8년 자경을 인정하지 아니하여, 기 납부한 양도소득세 중 OOO원을 환급하였고, 심판청구서에 의하면, 청구인은 쟁점토지 취득일은 2007.11.6.로 취득가액은 OOO원으로 수정하고, 8년이상 자경농지 감면대상에 해당한다며 심판청구를 제기하였다. <표1> 쟁점토지 양도소득 관련 취득일, 취득가액 등 현황 OOO (나) 쟁점토지 등기사항 증명서에 의하면 쟁점토지는 2008.6.30. 임야에서 전으로 지목이 변경되었고, 2009.7.21. 설정계약을 원인으로 채권최고액 OOO원, 채무자 AAA, 근저당권자는 청구인으로 하여 2007.9.23. 근저당권이 설정되었으며, 2017.8.16. 매매를 원인으로 2017.8.21. 소유권이전(소유자 청구인, 거래가액 OOO원)되었고, 2019.12.23. 공공용지 협의취득을 원인으로 2019.12.31. 공사 등으로 소유권이 이전된 사실이 나타난다. (다) 국 세청 전산시스템에 의하면, AAA는 2017.10.31. 쟁점토지에 대한 양도소득세 예정신고시 쟁점토지 취득일자는 1985.1.1., 취득가액은 OOO원, 양도가액은 OOO원, 산출세액 OOO원에 대하여 8년 자경감면으로 신고하면서 매매대금 OOO원으로 기재된 쟁점토지 매매계약서를 첨부하였다. (라) 청구인이 취득일과 취득가액을 입증하기 위하여 제출한 서류는 아래와 같다.

1. 쟁점토지 매매대금 수기영수증에 의하면, 발행일은 2007.11.6.이고, 발행인은 AAA, OOO원을 쟁점토지에 대한 매매대금으로 영수하고 이에 대한 증표로 청구인에게 영수증을 발행한다고 기재되어 있고, 2007.11.6.자 차용증(서)에 의하면 차용인은 청구인, 차용주는 BBB, 보증인은 CCC이고, 일금 OOO원 상기 금액을 정히 차용하고, 단 이자는 0.8부, OOO원이라고 기재하고 날인되어 있으며, 청구인의 배우자 CCC의 OOO계좌(221114-56-***242) 통장사본에 의하면, 2007.11.3. BBB이 OOO원을 입금하였고 2007.11.3. OOO원이 대체출금되었으며, 출금된 금액 위에 수기로 AAA라고 기재되어 있다.

2. 청구인은 쟁점토지에 대하여 재산세를 납부하였다는 증빙으로 CCC의 OOO계좌 통장사본을 제출하였고, 통장사본에서 출금된 내역은 아래 <표2>와 같으며, AAA에게 부과된 지방세 세목별 과세증명서에 의하면 부과연월과 세액은 아래 <표3>과 같다. <표2> CCC의 OOO계좌 출금내역 OOO <표3> AAA의 쟁점토지 재산세, 지방교육세 과세증명서 내역 OOO

3. AAA의 OOO계좌(1002-113-****23)에 의하면, 2007.10.8. OOO원이 청구인으로부터 입금된 내역이 확인되고, 2021.7.28.자 AAA의 확인서에 의하면, 쟁점토지를 청구인에게 평당 OOO원으로 하여 OOO원에 매매하기로 하고, 계약금 2007.10.8. OOO원을 받았으며, 중도금으로 OOO원은 계좌로 받지 않았고 잔금은 2007.11.6. OOO원을 받고 청구인에게 영수증을 써주었으며 양도대금으로 수표를 받아 다른 부동산을 취득하는데 사용하였다고 기재하고 인감증명서를 첨부하였다. 4) 청구인은 2009.11.20. 쟁점토지를 주소지로 하여 전입신고를 하였고, OOO의 출하내역 집계자료에 의하면, 청구인의 배우자 CCC는 2009.1.1.부터 2019.12.31.까지 기타 화훼를 출하하여 총 OOO원을 지급받은 것으로 나타나며, 청구인의 농지원부에 의하면 쟁점토지는 2019.5.14.부터 청구인이 화훼를 주재배작물로 하여 자경을 하는 것으로 기재되어 있고, 농지원부상 청구인이 소유한 다른 토지는 2015.11.26.이후 잡곡, 2017.8.18. 이후 벼를 주재배작물로 하여 자경하는 것으로 기재되어 있는 것으로 확인된다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지의 취득일자를 잔금청산일인 2007.11.6.로 보아야 하고, 취득금액은 OOO원이며, 청구인이 2010.9.14.부터 쟁점토지에 거주하면서 농사를 지었으므로 쟁점토지는 8년 자경 감면대상 농지에 해당된다고 주장하나, 소득세법 제87조 및 같은 법 시행령 제165조는 자산의 취득시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날을 원칙으로 하되, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부 등에 기재된 등기․등록접수일 등으로 한다고 규정하고 있고, 청구인이 제출한 매매대금 수기영수증은 경정청구시 일자가 공란으로 제출되었다가 이의신청시 2007.11.6.로 기재된 영수증을 제출하는 등 신빙성이 낮아 2007.11.6. 쟁점토지 잔금을 지급하였다고 보기 어려우며, 청구인이 BBB와 작성한 2007.11.6.자 차용증은 쟁점토지 매매대금 지급을 위한 차용인지 여부가 확인되지 않고, 쟁점토지 매매대금으로 지급되었다는 금융기관이 발행한 서류가 없는 등 청구인이 쟁점토지의 잔금청산일을 객관적인 자료로 입증하지 못하고 있는 점, 쟁점토지 등기사항증명서에 의하면 쟁점토지는 2017.8.16. 매매를 원인으로 2017.8.21. 소유권이전(소유자 청구인, 거래가액 OOO원)된 것으로 확인되고, AAA는 2017.10.31. 양도가액 OOO원으로 양도소득세 예정신고를 하면서 매매대금 OOO원으로 기재된 쟁점토지 매매계약서를 첨부하여 8년 자경감면으로 신고하였으므로 쟁점토지 취득시기는 2017.8.21., 취득가액은 OOO원으로 봄이 타당해 보이는 점, 청구인이 제출한 OOO의 출하내역 집계자료는 화훼를 납품하였다는 증빙이지 쟁점토지에서 자경을 하였음을 입증하는 자료로 볼 수 없고, 농지원부에도 2019.5.14. 이후 쟁점토지에서 청구인이 화훼를 주재배작물로 하여 자경을 한 것으로 기재되어 있는 등 청구인이 쟁점토지를 직접 경작한 것이 확인되지도 않는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지의 등기접수일(2017.8.21.)을 취득일로 하여 청구인이 8년 자경감면 요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 양도소득세 경정을 거부한 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)