쟁점부동산 등의 양도시기를 수용재결 보상금 공탁일로 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 처분의 당부

[주 문]

1. OOO서장이 2021.8.17. 청구인 AAA에게 한 2018년 귀속 양도소득세 경정청구 거부처분은 OOO 소재 토지 2,800㎡ 및 건물 356.66㎡의 양도시기를 2019.1.2.로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

2. OOO서장이 2021.8.24. 청구인 BBB에게 한 2018년 귀속 양도소득세 경정청구 거부처분은 OOO 소재 토지 1,201㎡의 양도시기를 2019.1.2.로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다. [이 유]

• 가. 청구인들이 OOO과 같이 소유한 토지 등(이하 “수용토지 등” 이라 한다)은 OOO가 시행하는 OOO에 편입되어 2018.11.8. OOO의 수용재결을 거쳐 OOO에 수용되었다.
• 나. 청구인들은 쟁점부동산 및 쟁점토지(이하 “쟁점부동산 등”이라 한다)에 대한 수용재결 보상금을 수령하지 않았고, 이에 OOO는 2018.12.27., 2018.12.31. OOO법원에 쟁점부동산 등에 대한 수용재결 보상금을 각 공탁하였으며, 위 보상금은 이후 이의재결 및 소송을 거쳐 확정되었다.
• 다. 청구인들은 당초 수용토지 등의 양도시기를 2018년으로 하고, 수용토지 등에 대해 조세특례제한법 제69조 및 제133조에 따라 양도소득세 감면한도액 OOO원을 적용하여 양도소득세를 2018.12.28., 2019.2.25. 각 신고하였다가, 이의재결 또는 소송에 의하여 보상금이 증액되는 경우에 양도시기는 보상금 공탁일이 아닌 변동보상금 확정일과 소유권이전등기접수일 중 빠른 날이라고 보아, (1) 청구인 AAA는 2021.3.31. 당초 환산취득가액으로 신고한 쟁점부동산 및 별도토지①의 취득가액을 실지취득가액으로 경정하고, 쟁점부동산의 양도시기를 2019년으로 보아, 조세특례제한법 제69조 및 제133조에 따른 2018～2019년 귀속 양도소득세 감면 한도액 OOO원을 적용하여 쟁점부동산 및 별도토지①에 대한 양도소득세를 경정하여 줄 것을 청구하였으나, 처분청은 청구인 AAA가 제출한 실지취득가액 증빙 중 일부만을 인정하고, 쟁점부동산 및 별도토지①에 대해 증액된 보상금을 반영하였으며, 쟁점부동산의 양도시기를 여전히 2018년으로 보아 2021.8.17. 청구인 AAA에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급하고 나머지 경정청구는 거부하였다. (2) 청구인 BBB는 2021.3.31. 쟁점토지의 양도시기를 2019년으로 보아 조세특례제한법 제69조 및 제133조에 따른 2018～2019년 귀속 양도소득세 감면 한도액 OOO원을 적용하여 쟁점토지 및 별도토지②에 대한 양도소득세를 경정하여 줄 것을 청구하였으나, 처분청은 2021.8.24. 이를 거부하였다.
• 라. 청구인들은 이에 불복하여 2021.10.25. 심판청구를 각 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장 (1) 청구인들이 쟁점부동산등의 양도시기와 관련하여 경정청구를 하게 된 경위는 아래와 같다. (가) OOO 공공주택사업이 사업인정됨에 따라 청구인들을 포함한 수용 대상 토지 등 소유주들의 반발이 있었고, 이에 토지 등 소유주들의 대표인 대책위원회와 OOO간에 협상이 있었다. 이 협상과정에서 대책위원회와 OOO는 소유주들의 양도소득세 절세를 위해 수용재결 보상금을 2018년과 2019년으로 나누어 수령하는 것으로 합의하였다. (나) 위 합의에 따라 청구인들은 별도토지① 및 별도토지②(이하 “별도토지들”이라 한다)에 대한 보상금을 2018년 12월에 수령하면서 쟁점부동산 등에 대한 보상금은 2019년에 수령하기 위해 수령하지 않았다. 그러나 2019년 1월 청구인들이 쟁점부동산 등에 대한 보상금을 수령하고자 하였을 때, 합의내용과는 다르게 OOO가 쟁점부동산 등에 대한 보상금을 이미 2018년 12월에 법원에 공탁한 사실을 알게 되었다. (다) 청구인들은 위 문제를 해결하기 위해 국민권익위원회에 방문상담하는 등 다각도로 검토한 결과, 이의신청 또는 행정소송을 제기하여 보상금이 변동될 경우에 양도시기는 변동보상금확정일과 소유권이전등기접수일 중 빠른 날이 되는 것이라는 OOO의 유권해석에 따라 수용개시일(2019.1.2.)과 소유권이전등기접수일(2019.2.22.)중 빠른 날인 2019.1.2.을 쟁점부동산 등의 양도일로 판단하였으나, 보상금의 증액이 없을 경우에는 공탁일이 양도일이 될 수도 있다는 해석이 있다고 하여, 보상금의 증액유무를 알 수 없던 신고시점에는 일단 양도시기를 공탁일로 하여 신고하였고, 소송이 종결되어 보상금이 증액되었으므로 경정청구를 하게 된 것이다. (2) 이 건 경정청구 거부처분은 조세평등주의에 위배된다. (가) 조세평등주의란 모든 국민은 조세와 관련하여 평등하게 취급되어야 하고, 조세부담은 국민의 조세부담능력에 따라 공평하게 배분되어야 한다는 원칙으로서 합리적 이유 없이 특정의 납세의무자를 과세 상 불리하게 차별하거나 우대하여서는 아니되며, 개인의 경제적 급부능력에 상응하여 공정하고 평등하게 조세부담이 배분될 것을 요구하는 원칙이다. (나) 청구인들에게는 조세감면의 혜택을 받을 수 있도록 합법적으로 양도시기를 결정할 수 있는 권리가 있고, 이를 부인한다면 동일한 소득에 대하여 차등과세가 이루어져 조세평등주의에 반하고, 과세관청이 납세자의 소득귀속시기를 임의로 결정하여 과세하는 결과를 초래하므로 납세자의 권익을 부당히 침해하는 것이다. (3) 이 건 경정청구 거부처분은 신의칙에 반한다. (가) 국세기본법 제18조 제3항 은 “세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”라고 규정하고 있는바, 이 때 위 규정의 ‘해석’이나 ‘관행’은 납세자에게 유리한 내용의 해석 또는 관행을 의미한다. (나) 즉 국세기본법 제18조 제3항 은 법령에 부합하지 않는다 하더라도 납세자에게 유리한 해석이나 관행에 대한 신뢰가 형성되면 그에 반하는 처분을 할 수 없다는 원칙인 바, 국세청에서는 일관되게 재결에 불복하여 이의신청 또는 행정소송을 제기한 경우에 양도시기는 보상금 확정일과 소유권이전 등기접수일 중 빠른 날이라고 해석하여 왔음에도 청구인들의 경정청구를 거부한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 (1) 쟁점부동산 등의 양도시기는 보상금 공탁일이므로 쟁점부동산 등의 양도소득은 2018년 귀속 양도소득에 해당한다. (가) 소득세법 제162조 제1항 제7호 는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에 양도시기는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전 등기접수일 중 빠른 날이라고 규정하고 있고, 판례는 수용재결 보상금을 공탁한 경우에는 잔금을 청산한 것으로 보고 있다. (나) 쟁점부동산 등의 경우, 청구인들이 수용재결 보상금을 수령하지 않자 OOO에서 2018년 12월경 법원에 공탁을 하였는바, 양도시기는 공탁일․수용개시일․소유권이전 등기접수일 중 빠른 날인 공탁일이 되므로, 쟁점부동산 등의 양도소득은 2018년 귀속이 된다. (2) 만약 청구주장대로 이의신청 또는 행정소송을 제기한 경우의 양도시기가 수용개시일(또는 변동보상금 확정일)과 소유권이전 등기접수일 중 빠른 날이라고 한다면, 별도토지들 또한 이의신청과 행정소송을 거쳐 보상금이 변동되었으므로 양도시기가 쟁점부동산 등과 같이 2019년이 되어 귀속시기 변동에 따른 감면액과 누진세율 차이로 인한 세액차이가 발생하지 않는 바, 실익이 없다.

쟁점부동산 등의 양도시기를 수용재결 보상금 공탁일로 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 처분의 당부

(1) 국세기본법 제18조 [세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지] ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. (2) 소득세법 제98조 [양도 또는 취득의 시기] 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. (3) 소득세법 시행령 제162조 [양도 또는 취득의 시기] ①법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

7. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날. 다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다. (4) 조세특례제한법 제69조 [자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2023년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 제77조 [공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2023년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 15로 하되, 공공주택 특별법 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)]에 상당하는 세액을 감면한다.

3. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따른 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득 제133조 [양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도] ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 해당 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.

• 나. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조 또는 제77조의2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액 (5) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제40조 [보상금의 지급 또는 공탁] ① 사업시행자는 제38조 또는 제39조에 따른 사용의 경우를 제외하고는 수용 또는 사용의 개시일(토지수용위원회가 재결로써 결정한 수용 또는 사용을 시작하는 날을 말한다. 이하 같다)까지 관할 토지수용위원회가 재결한 보상금을 지급하여야 한다.

② 사업시행자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 수용 또는 사용의 개시일까지 수용하거나 사용하려는 토지등의 소재지의 공탁소에 보상금을 공탁(供託)할 수 있다.

1. 보상금을 받을 자가 그 수령을 거부하거나 보상금을 수령할 수 없을 때

2. 사업시행자의 과실 없이 보상금을 받을 자를 알 수 없을 때

3. 관할 토지수용위원회가 재결한 보상금에 대하여 사업시행자가 불복할 때

4. 압류나 가압류에 의하여 보상금의 지급이 금지되었을 때

③ 사업인정고시가 된 후 권리의 변동이 있을 때에는 그 권리를 승계한 자가 제1항에 따른 보상금 또는 제2항에 따른 공탁금을 받는다.

④ 사업시행자는 제2항 제3호의 경우 보상금을 받을 자에게 자기가 산정한 보상금을 지급하고 그 금액과 토지수용위원회가 재결한 보상금과의 차액(差額)을 공탁하여야 한다. 이 경우 보상금을 받을 자는 그 불복의 절차가 종결될 때까지 공탁된 보상금을 수령할 수 없다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 수용토지 등의 수용재결 보상금 공탁일, 수용개시일, 소유권이전등기접수일 및 행정소송판결확정일은 아래 OOO와 같다. (2) 청구인들의 경정청구내역은 아래 OOO와 같다. (3) 청구인들이 제시한 국세청의 예규 및 법령해석사례는 토지 등이 법률에 따라 공익사업에 수용되는 경우, 이의없이 보상금을 수령한 경우에는 보상금 수령일 또는 공탁일이 양도시기가 되나, 수용재결에 불복하여 이의신청 또는 행정소송을 제기한 경우에는 변동보상금확정일과 소유권이전등기접수일 중 빠른 날이 되는 것이라는 내용으로 나타난다. (4) 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우의 양도시기를 규정한 소득세법 시행령 제162조 제1항 제7호 는 2010.2.18. 대통령령 제22034호로 처음 도입되었고, 2015.2.3. 대통령령 제26067호로 개정되면서 단서규정이 신설된 것으로 나타나며, 그 개정이유는 OOO과 같다. (5) 청구인들이 제기한 행정소송은 보상금증액청구소송으로 위 소송 결과, 수용토지 등에 대한 보상금은 아래 OOO과 같이 변화된 것으로 나타난다OOO. (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 소득세법 시행령제162조 제1항 각 호의 규정은 납세자의 자의를 배제하고 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기할 목적으로 소득세법령의 체계 내에서 여러 기준이 되는 자산의 취득시기 및 양도시기를 통일적으로 파악하고 관계 규정들을 모순 없이 해석·적용하기 위하여 세무계산상 자산의 취득시기 및 양도시기를 의제한 규정이라고 할 것이다. 그리고 쟁점부동산 등은 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따라 공익사업인 ‘의왕고천지구 공공주택사업<1차>’를 위하여 수용된 것이므로 그 양도시기는 소득세법 시행령제162조 제1항 제7호에 따라 정해져야 할 것이고, 소득세법 시행령제162조 제1항 제7호는 “공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날. 다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다”고 규정하고 있다. (나) 대금 청산이라 함은 대금의 지급이 완료되어 더 이상 지급하여야 할 대금이 없는 상태를 의미하고, 쟁점부동산 등에 대한 보상금은 이의재결․행정소송을 거쳐 보상금이 증액된 것으로 나타나는바OOO, 쟁점부동산 등의 대금을 청산한 날은 최초 수용재결 보상금 공탁일이 아닌 보상금이 확정된 행정소송판결확정일이라 하겠다OOO. (다) 따라서 쟁점부동산 등의 양도시기는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날인 수용의 개시일(2019.1.2.)이 되므로 처분청이 쟁점부동산 등의 양도시기를 2018년으로 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (라) 다만, 청구인들은 쟁점부동산 등 뿐만 아니라 별도토지들의 보상금에 대해서도 이의를 제기하여 그 보상금이 증액된 것으로 나타나는바OOO, 수용토지 등의 양도시기는 모두 수용의 개시일인 2019.1.2.로 봄이 타당하다 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.