3. 심리 및 판단
① 처분청의 수정신고 권장행위 및 1차경정에 따른 세액보다 증액하여 경정한 2차경정이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부
② 쟁점가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 조세특례제한법 제69조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대괄호 생략] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.<단서 생략> (2) 조세특례제한법 시행령 제66조[자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(괄호 생략) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. <각 호 생략>
⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령제162조에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다.<단서 생략> (3) 조세특례제한법 시행규칙 제27조[농지의 범위 등] ① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전·답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소·농도·수로 등을 포함하는 것으로 한다.
(4) 국세기본법 제15조[신의·성실] 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제48조[가산세 감면 등] ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우
(1) 감면부인면적을 제외한 나머지 쟁점토지 면적이조세특례제한법제69조에 따른 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건을 충족한다는 사실에 대하여는 청구인과 처분청 간 이견이 없다.
(2) 이 사건의 주요경과는 아래 OOO과 같다.
(3) 쟁점토지 양도에 대한 양도소득세 (수정)신고 및 경정내역은 아래 OOO, OOO과 같다.
(3) 1·2차감사에 따른 감사관서의 처분청에 대한 처분지시사항은 다음과 같다.
(4) 감사관서는 우리 원의 조사과정에서 “처분청은 감사관서의 1차감사지적사항에 따라 청구인에게 수정신고안내를 하면서 감면부인면적을 특정하지 아니하고 쟁점토지 중 농지에 해당하지 아니하는 부분을 제외하여 신고하라고 안내하였고, 이에 따라 청구인은 시인면적을 감면대상에서 제외하여 처분청에 수정신고 하였으며, 감사관서는 청구인이 감면부인면적 중 시인면적만을 감면대상에서 제외하여 수정신고한 내용을 확인하고, 처분청에 감면부인면적 전부를 감면배제하라는 내용의 1차감사 처분지시를 하게 된 것이며, 1차감사 처분지시를 불이행한 처분청의 담당공무원은 경고처분을 받았는바, 처분청에 귀책사유가 있는 점 등을 고려하여 쟁점가산세 중 수정신고 이후부터 2차경정 시까지의 납부불성실가산세를 감면할 여지는 있다.”라고 진술하였다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 처분청의 수정신고 권장행위 및 2차경정이 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하나, 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는 것(대법원 2001.11.27. 선고 99두10131 판결, 같은 뜻임)인바, 과세관청의 수정신고 권장행위는 납세지도 목적의 사실행위에 불과할 뿐, 과세관청이 당초의 공적 견해표명에 반하여 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래된 것이 아니므로 수정신고 권장행위가 신의성실의 원칙에 위배된다고 보기 어려운 점, 처분청이 1차경정보다 증액된 세액으로 2차경정을 하였다 하더라도 경정내역에 탈루 또는 오류가 발견된 때에는 국세부과제척기간이 만료되기 전까지 정당한 세액에 대하여 다시 과세가 가능하다고 보는 것이 타당해 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 감사관서의 1차감사 처분지시사항 이행지시에 따라 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인에게 쟁점가산세를 가산한 처분은 정당하다는 의견이나, 청구인이 2차경정에 따른 세액을 신고·납부하지 아니하게 된 원인은 처분청에서 감사관서의 1차감사처분지시를 불이행(청구인의 수정신고를 시인하여 1차경정·고지)한 것에 기인한 것으로서 처분청에 귀책사유가 있는 것으로 보이는 점, 위 처분지시를 이행하지 아니한 처분청의 담당공무원이 경고처분을 받은 점, 처분청도 쟁점가산세 중 청구인의 수정신고(2018.10.30.) 이후분에 대한 납부불성실가산세는 감면할 여지가 있다는 의견인 점 등에 비추어, 청구인에게 쟁점가산세(다만, 납부불성실가산세는 2018.10.30. 다음 날부터의 가산세)를 감면할 정당한 사유가 있는 것으로 판단된다.