청구법인은 근로자의 능력과 업무 적성 등을 평가하기 위하여 일정 기간 동안 근로자를 기간제 근로계약의 형식을 빌려 시험적으로 고용한 뒤 해당 기간 동안 당해 근로자의 업무능력, 자질 등 업무적격성을 관찰․판단하여 최종 채용 여부를 결정하고 있는 정규직 전환형 인턴제도를 운영하고 있고, 세액공제신청 근로자의 경우 인턴기간(3개월) 종료 후 100% 정규직으로 전환된바, 당초부터 정규직 채용이 전제되었다고 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 2019사업연도 법인세 신고시 정규직전환세액공제 적용 대상에 해당한다. (가) 구 조특법 제30조의2(법률 제16009호, 2018.12.24. 시행)에 따르면, 조특법상 중견기업이 2018년 11월 30일 당시 고용하고 있는 기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률에 따른 기간제근로자(이하 “기간제근로자”라 한다)를 2019년 12월 31일까지 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결한 근로자로 전환하는 경우에는 정규직 근로자로의 전환에 해당하는 인원(이하 “정규직근로자”라 한다)에 OOO원을 곱한 금액을 해당 과세연도의 법인세에서 공제하는 것으로 규정하고 있고, 해당 법률 부칙 제1조 및 제15조에 따르면 개정 규정은 2019년 1월 1일에 시행하며, 정규직전환세액공제는 개정규정 시행 이후 정규직근로자로 전환하는 경우부터 적용하는 것으로 규정하고 있다. (나) 청구법인이 2019사업연도 법인세 신고시 정규직전환세액공제 적용대상에 해당하는지 검토하면 아래 OOO과 같은바, 청구법인의 인턴직원은 기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률에 따른 기간제근로자에 해당하므로 청구법인은 2018년 11월 말 기준으 로 기간제근로자 20명을 고용하였고, 해당인원을 2019년 1월 이후 정규직 고용계약으로 전환하여 정규직전환세액공제 요건을 충족하고 있다. (다) 한편, 조특법 제30조의2 제2항에 따르면, 정규직전환세액공제를 적용받은 자가 정규직 전환을 한 날부터 2년이 지나기 전에 해당 정규직근로자와의 근로관계를 종료하는 경우에는 근로관계가 종료한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 공제받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다고 규정하고 있는바, 청구법인의 정규직근로자 전환 대상인원은 현재 모두 청구법인에 재직 중으로 경정청구 시점까지의 사후관리요건을 충족하고 있으므로 청구법인은 2019사업연도 법인세 신고시 정규직전환세액공제 적용대상에 해당한다.
(2) 조세법률주의에 따라 세액공제 적용 여부는 법에서 규정하고 있는 요건의 충족 여부에 따라 판단되어야 하며, 법에서 규정하는 내용에 의해서 세액공제 적용 여부가 결정되어야 한다. (가) 헌법 제38조에서 “모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의 의무를 진다”고 규정하고 있고, 제59조에서 “조세의 종목과 세율은 법률로 정한다”고 규정함으로써 조세법률주의를 선언하고 있다. (나) 또한 다수의 대법원 판례에서 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석 하는 것은 허용되지 아니한다고 판시하고 있다(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결, 대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 등). (다) 그러나 처분청은 청구법인이 조특법 제30조의2 정규직전환세액공제의 적용요건을 모두 만족하고 있음에도 불구하고 세액공제의 입법취지 및 목적, 인턴직원의 임금수준, 인턴직원의 정규직 전환비율 등 법에서 규정하고 있지 않은 내용들을 근거하여 정규직전환세액공제 적용대상이 아니라고 판단하였는데, 이러한 처분청의 판단은 법문을 합리적 이유 없이 확장해석한 것으로서 조세법률주의에 반하는 위법한 해석에 해당한다. (라) 결과적으로, 청구법인은 법에서 규정하고 있는 적용요건을 모두 충족하고 있는바, 조세법률주의에 따라 정규직전환세액공제 적용대상에 해당한다.
(1) 정규직전환형 인턴제도에 따라 근로자를 채용한 기업에 정규직전환세액공제 혜택을 부여하는 것은 제도의 입법취지를 몰각시키는 것이다. (가) 청구법인은 이 건 세액공제대상 근로자에 관하여 근로계약기간을 3개월로 정한 인턴약정서를 작성하였고, 인턴약정서상 근로계약기간이 종료된 후 근로계약기간을 정하지 않은 근로계약서를 다시 작성하였으므로 이는 비정규직 근로자를 정규직으로 전환한 것이라고 주장하나, 법률개정안심사보고서에 따르면 비정규직 근로자를 정규직으로 전환하는 경우에 세액공제 혜택을 부여하는 것은 비정규직 근로자를 정규직으로 전환함에 따라 인건비 부담이 증가하는 기업의 부담을 완화시켜 줌과 동시에 비정규직 근로자의 정규직 전환을 촉진하여 비정규직과 정규직 사이의 임금격차를 감소시키며, 근로기간 연장 등의 고용안정을 도모하는 데에 그 취지가 있는 것이다. (나) 이와 관련하여 청구법인은 경정청구서에서 스스로 인정한 것과 같이 2017년도부터 현재까지 정기 채용절차에 있어서 3개월의 인턴기간을 의무적으로 거친 후 일정한 평가를 실시하여 최종 채용여부를 결정하는 정규직전환형 인턴제도를 채택하여 적용해 오고 있는바, 청구법인은 근로자의 능력과 업무 적성 등을 평가해 보기 위하여 일정 기간 동안 근로자를 기간제 근로계약의 형식을 빌려 시험적으로 고용한 뒤, 해당 기간 동안 당해 근로자의 업무 능력, 자질, 인품 등 업무 적격성을 관찰․판단하여 최종 채용 여부를 결정하고 있는 채용제도를 운용하고 있는 것이다. (다) 이는 직무능력이 검증된 우수한 인력을 채용하기 위해 청구법인 스스로의 필요목적에 따라 채택한 것에 불과하고, 이에 따라 이 건 세액공제대상 근로자도 인턴기간 3개월이 종료된 후에는 최종적으로 채용 결정되어 비정규직 근로자가 정규직으로 전환하는 외견상 형태를 보인 것에 불과하다. (라) 오히려 이러한 정규직전환형 인턴제도에 따라 채용되는 피고용자의 입장으로서는 정규직으로 곧바로 채용되는 것과 비교하여 인턴기간 중에는 불안정한 고용상태에 놓이게 될 것인데, 이처럼 일정기간 고용불안정을 심화시키는 정규직전환형 인턴제도에까지 세액공제 혜택을 부여하는 것은 제도의 입법취지를 몰각시키는 것이다.
(2) 청구법인은 비정규직 채용이 아닌 정규직 채용을 전제로 채용절차를 진행했다고 봄이 타당하다. (가) 청구법인이 게시했던 채용공고문에 따르면, “인턴 3개월의 임금은 정규직 급여와 차등 없음”, “2020년도 정규직전환률 90% 이상”, “2019년도 상반기 정규직 전환률 97%”, “2017년도 정규직 전환률 95% 이상”이라는 내용이 포함되어 있으며, 이 건 세액공제대상 근로자의 정규직 전환률은 100%에 이르는바, 결과적으로도 청구법인은 인턴기간을 마친 근로자 대부분을 최종 채용한 것이지만 비정규직을 정규직으로 전환시키는 과정에서 인건비 부담의 증가는 전혀 발생하지 않았다(실제로도 청구법인의 제시한 인턴약정서와 근로계약서상의 근로자별 임금을 비교하면 그 차이가 미미함)는 점에 비추어 보아도 사실상 청구법인으로서도 비정규직 채용이 아닌 정규직 채용을 전제로 신규직원 채용절차를 진행했다고 봄이 타당할 것이다. (나) 특히 청구법인의 취업규칙 제7조의1에 따르면, “인턴십 과정은 단기 기간제근로자의 신분으로 채용됨을 원칙으로 한다”라고 정하면서도 “인턴십 평가에 따라 부적격으로 판단된 자의 근로계약은 계약기간만료에 따라 근로관계는 당연종료된다”라고 규정하고 있는바, 최종평가에서 부적격으로 판단된 자에 한해서만 계약기간이 만료되는 것이고 부적격으로 판단되지 않은 자는 그 계약이 만료되지 않고 계속된다는 것이므로 청구법인이 최종 채용결정된 자에 대하여 근로기간 정함이 없는 근로계약을 체결하는 것은 종전의 인턴계약을 갱신․연장한 것으로 봄이 마땅하다.
(3) 청구법인은 기간제근로자를 별도 채용한 사실이 있다. (가) 청구법인은 2017년도부터 정규직전환형 인턴제도를 채택하여 정기채용 절차를 진행해 온바, 만약 청구법인의 진정한 의사가 이 건 세액공제대상 근로자를 비정규직의 신분으로 채용한 것에 있는 것이라면 청구법인은 같은 기간에 기간제근로자를 채용한 사실이 없어야 하는 것이 당연할 것이다. (나) 그러나, 청구법인이 2021년 1월경 게시한 안전관리팀 현장안전관리자 채용공고문에 따르면, 근무형태를 ‘계약직(3개월 근무 후 평가기준에 따라 최대 2년)’으로 정한 것으로 확인되는바, 청구법인은 그 필요목적에 따라 별도의 절차를 통해 기간제근로자도 채용하고 있는 것으로서 정규직전환형 인턴제도에 따라 작성된 인턴약정서는 진정한 의미의 비정규직 근로계약이 아님이 더욱이 분명하다.
(4) 정규직전환형 인턴제도에 따라 체결한 인턴약정은 사실상 시용계약에 해당한다. (가) 시용(試用)이란 사용자가 근로자와 확정적인 근로관계를 맺기 전에 근로자의 능력과 업무 적성 등을 평가해 보기 위하여 일정 기간 동안 근로자를 시험적으로 고용하는 행위를 말하는 것이고, 시용계약은 일종의 해약권 유보부 근로계약으로서 사용자는 시용 기간 동안 당해 근로자의 업무 능력, 자질, 인품, 성실성 등 업무 적격성을 관찰․판단하여 시용 기간이 만료할 때 유보된 해약권을 행사하여 본 계약의 체결을 거부할 수 있으며, 어떤 근로계약이 시용계약에 해당하기 위해서는 ‘특정한 기간 동안 근로자가 시험적으로 근로를 제공하고, 그 기간이 만료한 후 사용자가 그 동안의 근로 내용을 바탕으로 당해 근로자의 업무능력, 자질, 인품, 성실성 등을 평가하여 본 계약 체결 여부를 결정하는 절차를 필수적으로 거친다’는 점에 관하여 당사자 사이에 합의가 있어야 하고, 아울러 시용근로자는 기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률에 따른 기간제근로자에 해당하지 않는다(대법원 2005.7.15. 선고 2005다50580 판결 등 참조). (나) 청구법인의 경우, 채용공고에서 3개월의 인턴기간을 거친 후 평가를 거쳐 최종채용 여부를 결정한다고 명시하고 있는 점, 실제 청구법인은 인턴기간을 거친 근로자 중 90～100% 이상을 최종 채용 결정한 사실이 있는 점 등을 종합하면, 정규직전환형 인턴제도에 따라 체결한 인턴약정의 그 실질은 시용계약에 해당하고, 이는 기간제 근로계약이라고 볼 수 없다.
(5) 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 아니하는 범위에서 입법 취지 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다. (가) 청구법인은 이 건 세액공제대상 근로자는 조특법 제30조의2 제1항의 형식적 요건을 모두 충족하므로 세액공제대상에 해당하는 것으로 해석해야 한다고 주장하나, 대법원은 “조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 아니하는 범위에서 입법 취지 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결, 대법원 2014.1.29. 선고 2011두17295 판결 등 참조)”고 판시하고 있는바, 조특법 제30조의2 제1항 본문의 “기간제근로자”는 채용 당시에 정규직으로 전환됨이 예정되어 있지 않고 근로계약기간이 만료되면 고용관계가 종료되는 기간제근로자로 해석함이 마땅하다. (나) 정규직전환세액공제 제도는 2008년도에 도입되어 폐지되었다가 2014년도에 재도입된 것으로서 2014년도부터 2018년까지는 “전년도 6월말 현재 비정규직 근로자”를 공제대상으로 삼아 비정규직으로의 최소 근무기간을 6개월로 정하고 있었으나, 2019년도는 “전년도 11월말 현재 비정규직 근로자”를 공제대상으로 개정되어 비정규직으로서의 최소 근무기간이 1개월로 축소(이후 다시 6개월로 개정됨)되었는바, 최소 근무기간을 축소한 법률 개정취지, 이유가 명확하게 확인되지 않으나, 최소 근무기간이 1개월로 줄어 세액공제 대상이 요건이 완화되었다고 하더라도, 종전부터 유지되어 왔던 법 취지를 고려할 때 조특법 제30조의2 제1항 본문의 “기간제근로자”는 채용 당시에 정규직으로 전환됨이 예정되어 있지 않은 기간제근로자로 해석함이 타당하다. (다) 만약 법 규정의 입법취지는 철저히 무시한 채 형식적 요건을 충족한다고 하여 세액공제 혜택을 부여하게 된다면, 정규직전환형 인턴제도를 채용한 기업에 대해서는 이유 불문하고 언제나 정규직전환 세액공제가 적용된다는 결과가 도출되고, 세액공제 요건을 충족하기 위해 형식적 요건만을 갖춰 악용할 가능성도 매우 높은바, 이는 조세공평 이념을 해치는 불합리한 결과를 초래할 뿐만 아니라 법적 안정성 및 예측가능성을 중대하게 훼손하게 되는 것이다.
(1) 조세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16009호로 개정된 것) 제30조의2(정규직 근로자로의 전환에 따른 세액공제) ① 중소기업 또는 대통령령으로 정하는 중견기업이 2018년 11월 30일 당시 고용하고 있는 기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률에 따른 기간제근로자 및 단시간근로자(이하 이 조에서 "기간제근로자 및 단시간근로자"라 한다), 파견근로자보호 등에 관한 법률에 따른 파견근로자, 하도급거래 공정화에 관한 법률에 따른 수급사업자에게 고용된 기간제근로자 및 단시간근로자를 2019년 12월 31일까지 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결한 근로자로 전환하거나 파견근로자보호 등에 관한 법률에 따라 사용사업주가 직접 고용하거나 하도급거래 공정화에 관한 법률 제2조 제2항 제2호 에 따른 원사업자가 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결하여 직접 고용하는 경우(이하 이 조에서 "정규직 근로자로의 전환"이라 한다)에는 정규직 근로자로의 전환에 해당하는 인원에 1천만원(대통령령으로 정하는 중견기업의 경우에는 700만원)을 곱한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.
② 제1항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받은 자가 정규직 근로자로의 전환을 한 날부터 2년이 지나기 전에 해당 정규직 근로자와의 근로관계를 끝내는 경우에는 근로관계가 끝나는 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 공제받은 세액상당액에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.
③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 해당 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서를 제출하여야 한다. 부칙 제1조(시행일) 이 법은 2019년 1월 1일부터 시행한다. (단서 생략) 제15조(정규직 근로자로의 전환에 따른 세액공제에 관한 적용례) 제30조의2 제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 정규직 근로자로 전환하는 경우부터 적용한다.
(2) 기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
1. “기간제근로자”라 함은 기간의 정함이 있는 근로계약(이하 “기간제 근로계약”이라 한다)을 체결한 근로자를 말한다.
(1) 청구법인은 2019사업연도에 조특법상 중견기업에 해당한다며 아래 OOO와 같은 자료를 제시하였는바, 청구법인이 조특법 제30조의2의 “중소기업 또는 대통령령으로 정하는 중견기업”에 해당하는지 여부와 관련하여 처분청의 이견은 없다.
(2) 경정청구 처리결과 통지서에 따르면, 처분청은 “ 정규직전환세액공제 제도의 입법취지 및 목적, 청구법인의 채용절차, 인턴기간 중의 임금수준 및 인턴기간 종료 후의 채용결정 비율, 청구법인의 취업규칙 내용 등을 종합할 때, 청구법인이 세액공제 대상이라고 본 이 건 세액공제대상 근로자는 정규직으로 전환된 것이라고 볼 수 없는 것”으로 보아 2021.7.23. 청구법인의 경정청구를 거부한 것으로 나타난다.
(3) 처분청이 제시한 청구법인의 정규직전환형 인턴제도 관련 채용공고문 중 일부내용은 아래 OOO과 같다.
(4) 처분청이 제시한 청구법인의 기간제 채용공고문 중 일부내용은 아래 OOO와 같다.
(5) 청구법인이 제시한 청구법인의 취업규칙의 일부내용은 아래 OOO와 같다.
(6) 청구법인이 제시한 청구법인의 표준인턴약정서의 일부내용은 아래 OOO과 같다.
(7) 청구법인은 인턴 및 평가과정을 거쳐 정규직으로 채용되는 인원은 별도의 근로계약을 체결하고 있다고 주장하며, 청구법인의 근로계약서를 제시한바, 그 일부내용은 아래 OOO과 같다.
(8) 청구법인은 이 건 세액공제대상 근로자 리스트를 제시한바, 그 대상인원은 총 20명이고, 인턴계약체결일은 2018.10.15.～2018.11.22., 정규직전환일은 2019.1.15.～2019.2.22.인 것으로 나타난다.
(9) 청구법인은 처분청의 답변서에 대해 항변서를 제출한바, 그 주요내용은 아래 OOO과 같다.
(10) 청구법인은 상기와 같은 항변서를 제출하면서 정규직, 인턴직, 계약직 등의 근무형태를 서로 다른 의미로 사용하고 있다는 증거자료로 채용공고문을 제시한바, 그 일부내용은 아래 OOO와 같다.
(11) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 인턴직원의 경우 약정서상 근로계약기간이 3개월로 기간이 명시되어 있어 기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률에 따른 기간제근로자이고, 청구법인은 동 직원에 대해 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결한 근로자로 전환한 것이므로 조세특례제한법 제30조의2 에 따른 정규직 근로자로의 전환에 따른 세액공제 대상에 해당한다고 주장하나, 청구법인은 근로자의 능력과 업무 적성 등을 평가해 보기 위하여 일정 기간 동안 근로자를 기간제 근로계약의 형식을 빌려 시험적으로 고용한 뒤, 해당 기간 동안 당해 근로자의 업무 능력, 자질, 인품 등 업무 적격성을 관찰․판단하여 최종 채용 여부를 결정하고 있는 정규직전환형 인턴제도를 운용하고 있고, 이 건 세액공제대상 근로자의 경우 인턴기간(3개월) 종료 후 100% 정규직으로 전환된바, 당초부터 정규직 채용이 전제되었다고 보이는 점, 청구법인은 기간제근로자(계약직)의 경우 이 건 정규직전환형 인턴직원과 달리 별도로 채용한 사실이 있는 것으로 나타나는 점, 청구법인의 취업규칙 제2조(적용범위)는 “본 규칙은 회사에 근무하는 모든 사원에게 적용한다. 다만, 계약직(일용직, 임시직 포함)에 대하여는 별도로 정하는 바에 따른다”고 규정하고 있는데, 이 건 세액공제대상 근로자는 동 취업규칙을 따르는 반면, 기간제근로자 등은 별도의 규정을 따르는 것으로 보이는 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
심판청구를 기각한다.