조세심판원 심판청구 법인세

쟁점수정세금계산서가 반품거래 없는 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부 등

사건번호 조심-2021-중-6051 선고일 2022.11.02

청구법인이 특수관계가 없는 쟁점법인에 대한 매출채권을 특별한 사유 없이 물품을 반환받지 않고 포기하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점수정세금계산서는 청구법인이 쟁점법인으로부터 물품을 반환받고 교부한 것으로 보는 것이 타당하다고 판단됨

주 문

OOO서장이 2021.9.7. 청구법인에게 한 2015사업연도 법인세 OOO원 및 2016년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 1997.3.26. 개업하여 경기도 OOO에서 내비게이션, 블랙박스 등을 제조 및 판매하는 법인으로서 2016.4.15. 거래처인 AAA 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)에게 반품에 따른 공급가액 OOO원의 수정세금계산서(이하 “쟁점수정세금계산서”라 한다)를 발급하였다.
  • 나. OOO서장은 2019.6.2.부터 2019.8.23.까지 쟁점법인에 대한 세목별 세무조사를 실시한 결과, 쟁점법인의 2015사업연도 장부상 기말재고(OOO원)를 폐업 시 잔존재화로 보아 쟁점법인에게 부가가치세 등을 부과하고 쟁점수정세금계산서를 반품거래 없이 발급한 수정세금계산서로 보아 해당 과세자료를 통보하자, 처분청은 쟁점수정세금계산서를 채권의 임의포기로 보아 2021.9.7. 청구법인에게 2015사업연도 법인세 OOO원 및 2016년 제1기 부가가치세 OOO원을 각각 경정․고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.10.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점수정세금계산서는 제품을 회수하고 발급한 정당한 수정세금계산서로 2016년 반품내역 및 관련 회계처리는 아래와 같다. ◯◯◯ 쟁점법인은 청구법인의 OOO 및 OOO 지역의 판매를 책임지는 총판대리점으로서 중요 거래처이고, 그 동안 매출채권 미수액이 약 OOO원에 달하였다. 청구법인은 거래처의 유지 및 매출채권 회수차원에서 쟁점법인과 거래를 중단하기 보다는 회생시키는 편이 유리하다 판단하여 쟁점법인을 지원하기로 결정하였다. 따라서, 쟁점법인이 보유하고 있는 구모델로는 영업이 불가능하여 신제품으로 교환하였다. 이러한 과정에서 담당자의 실수로 세금계산서를 교환차액(공급가액 OOO원)에 대해서만 세금계산서를 교부한 것으로 분식회계나 사실과 다른 장부를 작성하지 않았다. 설령, 교환차액에 대해서만 세금계산서를 교부하였고 그 교부행위에 대해서는 별론으로 할지라도 조세에 미치는 결과는 동일하므로 조세를 포탈하기 위한 분식이나 다른 장부를 조작하여 작성하였다고 볼 수 없다. 2015년 12월 장부상 반품처리에 대해 청구법인은 신제품으로 교환하면서 추가적인 손해가 발생하지 않도록 쟁점법인이 정상적으로 영업하는지 면밀히 주시하던 중 2016년 2월 쟁점법인이 사업을 계속할 의지가 없음을 확인하고, 교환제품의 반품을 추진 중이었다. 이는 당시 회계감사 과정에서 감사인이 이를 확인하고 반품처리하는 것이 회계처리 기준에 부합한다고 지적하여 청구법인은 장부상 반품처리를 하게 되었다. 그리고, 2016년 4월 실제 반품이 완료되어 청구법인은 쟁점수정세금계산서를 발급하고 쟁점법인과 거래를 중단하였으며, 이후 쟁점법인은 폐업하였다. 청구법인과 쟁점법인 간에 진행된 채무부존재 확인소송에서도 쟁점법인이 쟁점수정세금계산서에 대하여 허위거래라 주장하며 쌍방의 주장이 첨예하게 대립하였으나, 법원은 쟁점법인의 허위거래라는 주장을 인정하지 않고 실제 물품거래에 따라 적법하게 채권이 발생한 것으로 판결하였다. 즉, 청구법인이 쟁점법인으로부터 수취할 채권에서 2016년 4월 반품금액을 제외한 채권을 보유한 것으로 인정하여 반품을 포함한 당사자 간의 거래관계가 실제 존재하였다는 사실을 확정하였다. 통상적으로 사인 간의 거래에서 물품대금의 탕감은 잔여금액의 변제를 조건으로 이루어지거나 쟁점법인은 쟁점수정세금계산서를 발급받은 이후 채권을 전혀 변제하지 않았다. 또한, 쟁점법인은 청구법인이 유일하게 확보한 근저당권이 설정된 아파트도 2021.4.20. 타인에게 양도하고 OOO원의 근저당을 추가로 설정하는 등 고의적으로 채무변제를 회피하였는바, 이러한 채무자에게 채권을 탕감해주는 채권자는 없다 할 것이다. 쟁점법인의 대표 bbb도 실제 반품거래가 있었음을 확인하였다. 쟁점법인 bbb의 확인서에 의하면, 쟁점법인은 개인 ccc으로부터 대리점 사업을 포괄적으로 양수도하였고, 이에 따라 청구법인에 대한 매입채무도 인수하였다. bbb은 쟁점수정세금계산서에 대하여 채무변제의 어려움으로 인하여 청구법인에게 재고자산을 반품하고 쟁점수정세금계산서를 수취하였으며 이에 따른 반품거래를 한 것을 확인하였다. 청구법인은 코스닥 상장법인으로서 전산프로그램을 통하여 한번 입력된 수불내역은 임의적인 수정이 불가능하게 하는 등 제품의 수불관리를 엄격하게 관리하여 왔다. 특히, 내비게이션의 경우 이를 등록하고 사용하기 위해서는 제품일련번호가 반드시 필요하므로 제품별로 철저하게 관리되고 있는 상황이다. 청구법인은 외부감사대상 법인으로서 회계감사 시 재고자산, 매출채권 잔액 등 회계 전반의 내용에 대하여 엄격한 감사를 받고 있고, 감사결과는 공표되어 회사경영에 중대한 영향을 미치므로 회계기준에 따라 엄격하게 처리하여 왔다. 2016.3.28. 작성된 청구법인의 내부 품의서에 따르면 매출채권 미회수로 인하여 반품을 진행한 사실이 확인된다. 반품된 수량은 전량 창고로 입고된 사실이 전산수불부(일별재고현황)에 의해 확인되고, 이를 재고자산에 반영하여 재고자산이 증가(재고자산증가내역 분개장)된 것으로 나타난다. 그리고, 반품된 수량이 전량 다른 대리점 등으로 재판매되었음이 매출장(매출마감 현황 등)에 의거 확인된다. 이와는 달리 처분청은 실제 반품이 없었다는 명확한 증거를 제시하지 못하였다. 또한, 쟁점수정세금계산서가 발급될 당시 쟁점법인은 반품된 제품재고를 보유하고 있었다. 청구법인은 쟁점법인의 영업을 지원하기 위해 2015년 12월 쟁점법인이 보유하고 있었던 구품을 신품으로 교환하였고, 이후 쟁점법인이 별다른 영업활동을 하지 않아 매출이 없었으므로 교환해 준 제품을 그대로 보유하고 있었으므로 청구법인은 채권회수 차원에서 해당 제품을 반품받았다. 쟁점법인의 장부상에도 2015년 말 기말재고자산이 OOO원 있는 것으로 나타나므로 OOO서장은 이를 잔존재화로 보아 간주매출로 하여 과세하였다. 이는 2016년 4월 반품 당시 재고가 있었다는 합리적인 증거로서 2016년 4월 당시 쟁점법인에 반품할 제품재고가 없어 반품이 전혀 이루어지지 않았다는 처분청 의견과는 배치된다. AAA ccc 및 쟁점법인의 회계장부는 신뢰하기 어렵다. 쟁점법인은 청구법인에 대한 채무액 OOO원을 양도·양수하는 계약을 체결하였는바, 쟁점법인이 거액의 채무를 부담하려면 반드시 재고자산 양수 또는 대금수취 등 반대급부가 있어야 하나, 쟁점법인의 장부상에는 전혀 기록이 없다. 또한, 청구법인의 대리점 계약서에 따르면, 물품대금을 미지급할 경우 연 22%의 연체이자를 부담하도록 기재되어 있다. 2013년말 ccc의 장부상 재고는 OOO원에 불과하고, 제품을 전량 판매한 것으로 기재되어 있으나, 쟁점법인에 인계한 채무는 OOO원에 달하여 ccc이 물품매입대금을 지불하지 아니하고, 고율을 지연이자를 부담하였다는 결론에 이르게 되는바, 이는 상식적으로 이해하기 어려우므로 ccc과 쟁점법인이 고의로 장부를 조작하였다는 합리적인 의심을 하게 된다. 반품된 물품은 전량 창고로 입고되어 전산수불부에 기록 및 관리되어 제품수불부 등에 의해 확인되고, 이와 같이 전산에 입력하는 것 자체가 결재를 받는 행위이다. 청구법인은 2016년 제품 운송관련 업무를 BBB와 계약하여 전국 거래처에 제품 배송 및 반품 운송 업무를 진행(운임은 매월 정산하여 지급)하였으며, 제품의 반품 관련 운송도 BBB를 통하여 진행하였다. 반품된 물량 가운데 일부의 폐기 및 AS출고 외에는 전량 재판매되었음이 매출장 등 관련 증빙에 의해 확인된다. 청구법인의 운송은 대부분 BBB를 통하여 배송 및 반품이 이루어졌으므로 물류비용은 매월 총괄정산하여 지급하고 있다. 청구법인이 판매하는 제품은 고가의 소형제품이므로 반품거래로 인한 물류비는 소액에 불과하다. 그러므로, 월별 물류비용 차액도 소액의 미미한 것이므로 이 건 관련하여 과다하게 발생한 차액이라 볼 수 없는바, 이에 대한 명확한 근거 없이 막연하게 차이가 발생한다는 것은 일방적인 주장에 불과하다.

(2) 이 건은 국세의 부과제척기간 5년을 경과하여 이루어진 과세처분이므로 취소되어야 한다. 조세 법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세의 부과제척기간은 5년으로 규정하고 있다. 다만, 국세에 관한 과세요건 사실의 발견을 현저히 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등 부정한 행위가 있는 경우에는 과세관청이 탈루신고임을 발견하기 쉽지 아니한바, 국세 부과권의 행사를 기대하기 어려우므로 이러한 경우에는 국세의 부과제척기간을 10년으로 규정하고 있다. 따라서, 국세의 부과제척기간 10년을 적용하기 위해서는 적극적인 부정행위가 존재하여야 한다. ‘부정행위’라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 및 기타 부정한 적극적 행위를 의미하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않는다. 청구법인은 쟁점법인의 자금사정이 악화되자 채권을 확보할 목적으로 단순히 재고자산을 반품받은 것에 불과하고 조세포탈을 염두한 조작 등의 의도나 인식은 전혀 없었다. 청구법인은 적극적인 부정행위의 요건인 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장, 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취 등 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 만드는 등 어떠한 적극적인 부정행위를 하지 않았다. 오히려, 쟁점수정세금계산서의 발급으로 반품금액 등 과세자료를 노출시키는 등 조세행정에 적극적으로 협조하였다. 또한, 앞서 언급한 바와 같이 청구법인은 쟁점법인에 대해 OOO원에 달하는 미회수채권이 존재하였고, 법원 판결에서도 이러한 사실이 확인되는바, 이 건 반품거래는 쟁점법인으로부터 채권회수가 불가능하게 됨에 따라 채권확보 차원에서 진행된 것이므로 이는 조세포탈 목적에 해당하지 않는다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 법원의 판결에서 쟁점수정세금계산서에 대해 정당하게 발급한 수정세금계산서로 확정하였다고 주장하나, 해당 법원의 판결은 채무부존재확인 및 물품대금 관련 판결로 채권․채무액 확인 등을 위해 쟁점수정세금계산서 발급사실을 확인한 것일 뿐 쟁점수정세금계산서의 적정여부를 판단한 것은 아니다. 청구법인은 반품행위 없이 매출채권을 임의로 탕감할 이유가 없다고 주장하나, 위의 판결에서 쟁점수정세금계산서 발급행위를 소멸시효 중단사유로 인정받지 못하여 1심에서 패소하였으며, 청구법인은 쟁점수정세금계산서를 발급함으로써 OOO원의 수입금액을 차감하여 법인세 OOO원 및 부가가치세 OOO원 총 OOO원의 세금을 감액하는 효과를 보았으므로 청구법인이 쟁점수정세금계산서를 발급하여 얻는 이익이 없다고 볼 수 없다. 청구법인은 쟁점법인의 bbb도 실제 반품거래가 있었다고 확인서에 의해 주장한다고 하나, 이는 쟁점법인의 세무조사 및 청구법인의 과세자료 해명기간 및 과세전적부심사까지 제출되지 않은 확인서로서 이처럼 장기간 제출되지 않았던 확인서만으로 해당 반품 거래가 실제 거래라 볼 수 없다. 청구법인은 코스닥상장법인으로 제품수불관리를 엄격하게 하고 있고, 회수된 제품은 판매 등을 위해 사용되었다고 주장하나, 쟁점법인의 조사기간 및 청구법인의 과세자료 소명기간 동안 청구법인이 제출한 증빙 가운데 반품 관련 내부결재서류, 운송서류, 현장 및 반품재고 사진, 직원 확인서 등 쟁점수정세금계산서와 관련된 반품을 증명할만한 증빙은 없었다. 이 건 반품거래 관련 품의서의 경우, 쟁점법인의 세무조사 및 청구법인의 과세자료 해명기간에 그간의 기간이 오래되어 존재하지 않는 것으로 제출되지 않았고, 담당자 및 팀장의 서명이 없는 상태로 과세전적부심사청구 당시 사본이 제출되지 않았다. 또한, 청구법인의 쟁점법인에 대한 매출은 2014년 6월 이후 거의 발생하지 않았으나, 청구법인이 제출한 반품 목록에는 2014년 12월 이후 출시한 제품이 대부분으로 이는 반품이 불가능한 상품이라는 점을 밝히자 청구법인은 세금계산서와 교환물품내역을 제시하며 2015.12.31. ccc 및 쟁점법인에 공급하였던 내비게이션 등 OOO원의 구제품을 반품하고 새롭게 OOO원의 신제품을 공급한 것으로 주장하였다. 쟁점법인은 2015년 신고매출이 전혀 없었고 사업능력이 없는 사실상 폐업법인임에도 불구하고 구제품을 신제품으로 교환하였다는 청구주장은 신뢰하기 어렵다. 이와 관련하여 구제품의 반품 관련 내부결재서류, 운송내역, 현장 및 반품재고 사진, 직원 확인서 등 반품을 증명할만한 증빙은 없었으며, 해당 구제품이 전량창고로 입고된 사실, 입고 후 처리과정을 알 수 있는 판매, 폐기서류 등 구제품에 대한 반품과 관련한 증빙을 제출하지 않았다. 그리고, 교환해 주었다는 OOO원의 신제품에 대한 공급 관련 내부결재서류, 운송내역, 현장사진, 거래명세서 등 증빙도 전혀 없었고, 과세관청의 부과를 현저히 곤란하게 하기 위한 해당 반품과 재공급에 대한 세금계산서를 총액이 아닌 순액(OOO원)으로 발급한 것이 확인된다. 또한, 2016년 4월에 신제품을 반품 받았다는 청구주장과는 달리 2015.12.31. 공급가액 OOO원의 매출을 취소하고 2016.4.30. 부가가치세예수금 OOO원을 취소하였는바, 반품행위가 있기 4개월 전에 반품금액을 확정하였다. 신제품 공급가액(OOO원)을 취소하는 회계처리일자 (2015.12.31.)는 구제품을 신제품으로 교환한 일자와 같은 일자인 것으로 보아 청구법인은 구제품을 신제품으로 교환한 후 동일일자에 바로 신제품의 매출을 취소하는 비정상적인 회계처리를 하였다. 청구법인은 반품한 제품의 운송은 모두 BBB를 통하여 하였다고 하나, 청구법인이 제출한 증빙은 반품 관련 운송내역서가 아닌 2016년 4월 총 운송비 합계액이다. 또한, OOO원의 대량의 반품운송이 발생하였다면, 2016년 4월의 운송비가 다른 월(月)의 운송비 보다 높아야 하지만 높지 않은 점으로 보아 해당 운송이 있었다고 보기 어렵다. 청구법인은 2016년 4월 쟁점법인에 반품 가능한 재고자산이 있었다고 주장하나, 쟁점법인의 2015년 기말재고자산은 OOO원이고, 2016년에 당기 매입액이 없으므로 청구법인이 2016년 4월 OOO원 상당의 재고자산을 회수하기에는 쟁점법인의 재고자산이 현저히 부족하며, 2015년 기말 재고자산 OOO원이 2016년 4월 청구법인에게 인도되었다는 사실은 확인되지 않는다. 따라서, 청구법인은 반품 사실의 합리적인 근거를 제시하지 못하였으므로 쟁점수정세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보는 처분청 의견은 타당하다.

(2) 청구법인은 시제 재고자산을 반품하지 아니하고 음(-)의 수정세금계산서를 발급하여 매출 및 매출세액을 포탈하였고, 이는 고의적으로 세금계산서를 조작하여 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위로 볼 수 있다. 또한, 2015.12.31. 실제 반품 및 교환도 없이 OOO원의 구제품을 반품하고 새로 OOO원의 신제품을 공급하면서 부가가치세법을 위반하고 OOO원의 순액 세금계산서를 발급하였으며, 사실과 다른 장부를 작성하였다. 청구법인은 반품에 대하여 수정세금계산서를 발급하지 않았더라면 반품금액에 상당하는 쟁점법인에 대한 미회수 채권을 대손처리하고, 대손세액 공제신청을 하여 처리하면 되는 것이므로 이는 반품세금계산서를 발급한 것과 동일한 세금효과가 발생한 것인바, 조세포탈은 없다고 주장한다. 그러나, 대손세액공제 및 대손금을 인정받기 위해서는 각 채권에 대한 존재 및 발생시기, 대손사유 등 법적인 대손사유 및 신청절차 등을 거쳐야 하지만 수정세금계산서를 발급할 경우 아무런 신청 없이 법인세 및 부가가치세 신고 시 반영되므로 과세관청은 이를 포착하기 어렵다. 또한, 청구법인은 쟁점수정세금계산서를 쟁점법인과의 재판 시 채권의 소멸시효의 중단을 주장하는 용도로 사용하였다. OOO서장의 세무조사 결과 쟁점수정세금계산서에 대해 정상적인 수정세금계산서가 아니라고 결정함에 따라 쟁점수정세금계산서가 허위가 아니라는 사실에 대해 청구법인이 입증하여야 한다. 청구주장과 같다면 청구법인은 2015년 12월 구제품을 회수하고 신제품을 공급하였고, 2016년 4월 신제품을 회수하여 총 2번의 반품 및 1번의 교환목적의 공급이 있었으나, 이에 따른 반품 및 교환공급 때 사진 및 동영상, 반품에 참여한 직원 인적사항, 반품 및 교환계획서 및 결과보고서(재고내역 및 평가금액) 등 내부결재서류와 쟁점법인에 실시 및 반품, 교환 등을 위해 연락한 내역 및 재고실사 후 쟁점법인에 송부한 내용증명서, 반품 관련 개별 운송주문서 등 반품사실을 증명할만한 증빙을 제출하지 못하였고, 각 거래마다 비정상적인 회계처리를 하였다. 또한, 실제 물품 등의 공급이 없는 가공세금계산서의 수수의 경우 조세의 부과징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 하는 위계 및 기타 부정한 적극적인 행위로써 10년의 부과제척기간을 적용하여야 한다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 쟁점수정세금계산서가 반품거래 없는 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부

② 부과제척기간(5년)이 경과하되었다는 청구주장의 당부

  • 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제16조【근거과세】① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다. 제26조의2【국세의 부과제척기간】① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다.(중략)

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우: 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년

2. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우: 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년(역외거래에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년). 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 또한 같다. 제47조의3【과소신고ㆍ초과한급신고가산세】① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 제9조 에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 농어촌특별세법에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액

  • 가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액 등의 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액
  • 나. 과소신고납부세액 등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액 등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액 등의 100분의 10에 상당하는 금액 (2) 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 “수정세금계산서”라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 “수정전자세금계산서”라 한다)를 발급할 수 있다.

⑧ 세금계산서, 전자세금계산서, 수정세금계산서 및 수정전자세금계산서의 작성과 발급에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제57조【결정과 경정】① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 “납세지 관할 세무서장 등”이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 예정신고 또는 확정신고를 하지 아니한 경우

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표에 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우 (3) 부가가치세법 시행령 제23조【재화의 공급으로 보지 아니하는 사업 양도】법 제10조 제8항 제2호 본문에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 사업장별(상법에 따라 분할하거나 분할합병하는 경우에는 같은 사업장 안에서 사업부문별로 구분하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(법인세법 제46조 제2항 또는 제47조 제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우, 조세특례제한법 제37조제1항 각 호의 요건을 갖춘 자산의 포괄적 양도의 경우 및 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 그 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.

2. 미지급금에 관한 것

3. 해당 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령으로 정하는 것 제70조【수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차】① 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

1. 처음 공급한 재화가 환입(還入)된 경우: 재화가 환입된 날을 작성일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급

2. 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우: 계약이 해제된 때에 그 작성일은 계약해제일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급(중략) (4) 법인세법 제66조【결정 및 경정】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

(5) 조세범 처벌법 제3조【조세 포탈 등】⑥ 제1항에서 “사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

3. 장부와 기록의 파기

4. 재산의 은닉, 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작

6. 조세특례제한법 제5조의2 제1호 에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7. 그 밖에 위계에 의한 행위 또는 부정한 행위

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 심리자료는 아래와 같다. (가) 처분청이 제출한 청구법인과 AAA 및 쟁점법인 간의 거래구조는 아래와 같다. ◯◯◯ (나) ccc은 2011.8.22., 상호인 AAA로 OOO에서 개인사업자등록을 하여 개업하였고, 2012년 4월부터 청구법인과 인천지역 대리점에 대한 계약을 체결한 것으로 나타난다. (다) 이 건 과세전적부심사결정서에 따르면, 청구법인과 쟁점법인간의 반품거래 관련하여 아래의 내용이 나타난다.

(2) 청구법인이 제출한 증빙 등의 주요 내용은 아래와 같다. ◯◯◯ (가) 청구법인과 ccc(AAA)이 2013.12.17. 체결한 채권채무양수확인서의 주요 내용은 아래와 같다. ◯◯◯ (나) 쟁점법인은 2013.12.26. 당초 ccc이 청구법인에 제공하였던 근저당권의 채무자를 ccc에서 쟁점법인 대표자 bbb으로 변경등기 하였고 이는 아래와 같이 근저당권 변경계약서 및 등기사항전부증명서로 확인된다. ◯◯◯ (다) 청구법인과 쟁점법인은 2014.7.9. 청구법인이 2014년 1월∼2014년 6월 쟁점법인에게 공급한 물품에 대한 결제계획에 대한 협의 확인서를 아래와 같이 작성하였다. ◯◯◯ (라) 청구법인은 2017년부터 2019년까지 총 9회에 걸쳐 채권상환을 독촉하는 내용증명을 아래와 같이 쟁점법인에게 발송하였다. ◯◯◯ (마) 청구법인과 쟁점법인, 쟁점법인의 대표자 bbb은 물품대금과 채무존재에 대하여 소송 결과, 쟁점법인이 청구법인에게 지급해야할 물품대금 채권이 존재한다는 것은 인정되었으나 상법상 소멸시효 완성으로 패소하여 항소 진행 중이며 주요 내용은 아래와 같다. ◯◯◯ (바) 쟁점법인의 2015사업연도 법인세 신고서에 따르면, 쟁점법인은 아래 <표1>과 같이 재무상태표를 신고하였고, 2016사업연도는 법인세 신고내역은 없다. <표1> 쟁점법인의 2015사업연도 재무상태표 ◯◯◯ (사) 쟁점법인의 2013년부터 2015년까지의 사업연도 손익계산서에 따르면 상품매출원가는 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점법인의 매출원가(2013년~2015년) ◯◯◯ (아) 청구법인이 제출한 2012년부터 2017년까지의 매출채권 관리내역에 따르면, ccc 및 쟁점법인과의 거래에서 발생한 매출채권 및 회수내역이 기재되어 있는바, 쟁점수정세금계산서와 관련하여 2015년 12월의 공급가액 OOO원, 2016.4. 세액 OOO원으로 하여 반품처리된 것으로 나타난다. (자) 청구법인이 제출한 분개장에 따르면, 청구법인은 2015.12.31. 공급가액 OOO원, 2016.4.30. 세액 OOO원을 각각 감액처리한 것으로 나타난다. (차) 청구법인이 제출한 일별재고현황 및 반품현황에 따르면, 2015.12.31. 입고된 품목명 및 입고량과 2016.4.29. 반품된 품목명 및 수량이 같은 것으로 확인된다. ◯◯◯ (카) 청구법인은 2016년 BBB와 계약하여 제품 배송 및 반품운송 업무를 진행하였고 쟁점수정세금계산서의 반품도 해당 업체를 통하여 진행하였다고 주장하면서 아래와 같이 세금계산서 수수내역을 제출하였다. ◯◯◯ (타) 청구법인은 반품받은 재고자산 중 48개는 폐기하고 5개는 A/S출고하였고 나머지 재고자산은 전량 판매되었다고 주장하면서 A/S출고 리스트, 폐기대상리스트, 폐기물업체와 맺은 계약서 및 폐기완료사진, 매출마감현황 등을 제출하였고 서류 일부내용은 아래와 같다. ◯◯◯ (파) 청구법인은 2012년부터 2014년까지 ccc을 공급받는 자로 하여 아래 <표3>과 같이 세금계산서를 발급하였다. <표3> 세금계산서 발급내역(공급받는 자: ccc) ◯◯◯ (하) 청구법인은 2014년부터 2016년까지 쟁점법인을 공급받는 자로 하여 아래 <표4>와 같이 세금계산서를 발급하였고, 총 공급가액에서 쟁점수정세금계산서의 공급가액을 제외한 총 공급가액은 OOO원이다. <표4> 세금계산서 발급내역(공급받는 자: 쟁점법인) ◯◯◯ (거) 청구법인이 제출한 품의서(2016.3.28.)를 살펴보면, 쟁점법인이 2016년 3월 구두 상으로 약속한 물품대금의 상환마저 이행되지 않았으므로 쟁점법인이 보유 중인 물품재고(OOO원)의 반품을 진행(2016.4.6. 쟁점법인에 방문하여 회수 진행, 2톤 화물차 섭외완료)하여 불량채권에 대한 위험을 줄이기로 내부적으로 결의한 것으로 나타난다. (너) 쟁점법인 대표 bbb이 제출한 사실확인서의 주요 내용은 아래와 같다. ◯◯◯ (더) 청구법인이 제출한 전자세금계산서 등에 따르면 청구법인은 2015.12.31. OOO 제품 명목으로 공급가액 OOO원, 부가가치세 OOO원의 전자세금계산서를 발급하였고, 출하번호별 출하현황을 살펴보면 2015.12.31. OOO 완제품 등이 반품, OOO 완제품 등이 출하되어 순액으로 총 공급가액 OOO원이 발생된 것으로 나타난다. (러) 청구법인과 BBB 간의 2016년 세금계산서 수수내역은 아래의 <표5>와 같다. <표5> 청구법인과 BBB의 세금계산서 수수내역 ◯◯◯

(3) 처분청과 청구법인의 대리인 세무사 ddd는 2022.9.8. 개최된 조세심판관회의에 출석하여 청구법인과 쟁점법인은 특수관계가 없다는 것을 진술하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비에 관한 증명책임도 과세관청이 부담함이 원칙이고, 다만 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우와 같은 특별한 사정이 있는 때에 한하여, 예외적으로 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 할 것(대법원 2009.5.14. 선고 2008두17134 판결, 같은 뜻임)인바, 처분청은 청구법인이 쟁점법인으로부터 물품의 반환 없이 사실과 다른 쟁점수정세금계산서를 교부하였다는 의견이나, 청구법인이 제출한 채무부존재확인 및 물품대금 소송 판결문(OOO)에 의하면, 쟁점법인이 청구법인의 외부감사인에게 2015.12.31. 기준 청구법인에 대한 채무액이 OOO원임을 확인하는 확인서를 회신하였고, 청구법인이 2016.4.30. 쟁점법인에게 OOO원(공급대가)의 쟁점수정세금계산서를 발급하여 쟁점법인의 청구법인에 대한 물품채무는 OOO원으로 판결하여 쟁점수정세금계산서상 금액만큼 채무가 차감된 것으로 볼 수 있는 점, 청구법인이 특수관계가 없는 쟁점법인에 대한 매출채권을 특별한 사유 없이 물품을 반환받지 않고 포기하였다고 보기 어려운 점, 청구법인이 쟁점법인과 2014년∼2016년 세금계산서 발급내역을 보면 쟁점수정세금계산서 외에 (-)수정세금계산서를 교부한 사례가 나타나는 점, 청구법인이 제시한 반품거래에 대한 증빙으로 쟁점법인의 대표이사 bbb의 확인서, 분개장, 일별재고 및 반품현황, 운송내역, 반환받은 재고재산 판매 및 폐기리스트, 품의서 등으로 볼 때 물품을 반환받았다는 청구주장에 일응 신빙성이 있다고 보이는 점 등에 비추어 쟁점수정세금계산서는 청구법인이 쟁점법인으로부터 물품을 반환받고 교부한 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점수정세금계산서를 물품의 반환 없이 교부한 것으로 보아 법인세 및 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다. (나) 쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리할 실익이 없으므로 심리를 생략하기로 한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)