조세심판원 심판청구 법인세

쟁점부동산을 비사업용토지로 보아 토지등 양도소득에 대한 법인세를 과세한 처분의 당부 등

사건번호 조심-2021-중-5972 선고일 2022.06.07

법인세법 시행령법인세법 시행규칙에서는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지를 열거하고 있으나 쟁점부동산의 경우 청구법인이 잔금을 지급하고 취득하여 그 취득세와 종합부동산세, 재산세를 모두 납부하였고 쟁점부동산 양도이전에 대출을 위한 담보물로 설정한 사실이 있어 청구법인이 토지 취득 후 토지에 대한 재산권을 행사한 사실이 있어 보이고 열거된 비사업용 토지의 예외 사유에 해당하지 않는 것으로 보이므로 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인(2020.3.30. AAA㈜에서 BBB㈜로 상호변경)은 2001.1.5. 설립되어 OOO에 주소를 두고 건설업을 주업으로 하는 법인으로써 2015.12.1. OOO(이하 “OOO”라 한다)가 입찰공고한 OOO OOOOOO 개발사업 조성공사의 대행개발 사업시행자로 선정되었다. 청구법인은 입찰조건에 따라 OOO와 공사도급계약과 함께 체비지(쟁점부동산 2필지 중 OOO을 “쟁점①부동산”, 같은 곳 6405를 “쟁점②부동산”이라 하고 쟁점①부동산과 쟁점②부동산을 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대한 매매계약을 체결하여 2017.6.20. 쟁점①부동산을, 2017.6.23. 쟁점②부동산를 각각 취득하였다. 이후 청구법인은 쟁점①부동산은 2019.6.2. CCC 주식회사에 OOO원에 양도하고, 쟁점②부동산은 2019.10.15. AAA 외 2명에게 OOO원에 양도한 후 2019사업연도 법인세 신고시 토지등 양도소득은 OOO원으로 신고하였다.
  • 나. OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2020.10.19.부터 2020.11.3.까지 처분청에 대한 정기감사를 실시한 결과 청구법인이 양도한 쟁점부동산이 법인세법상 비사업용 토지에 해당한다고 보아 2019사업연도 법인세와 가산세를 경정․고지하도록 처분청에 지시하였고, 이에 따라 처분청은 2021.8.6. 청구법인에게 2019사업연도 법인세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 경정․고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.9.1. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점부동산은 토지를 취득할 수 있는 권리 또는 채권의 변제를 목적으로 취득한 것이므로 비사업용토지로 볼 수 없다. 설령 비사업용 토지로 보더라도 이를 사업에 사용할 수 없는 부득이한 사유가 있었으므로 사업에 사용한 것으로 간주하여야 한다. (가) 청구법인은 쟁점부동산에 지원시설 등을 신축한 후 분양 할 예정이었으나 여건상 불가피하게 2019년 6월과 10월에 이를 양도하게 되었다. 쟁점부동산은 실질적으로 2020.6.30. 이후에나 사용수익 할 수 있었고 그 이전까지는 단지 토지를 취득할 수 있는 권리에 불과하였으므로 취득 이전에 양도한 쟁점부동산을 비사업용토지로 보아 과세한 처분은 위법․부당하다.

1. 쟁점부동산의 사용가능시기는 취득시 작성한 매매계약서에 2019.9.30.로 되어 있으나 공사지연으로 준공이 지체되어 쟁점부동산의 양도일(쟁점①부동산 2019.6.2., 쟁점②부동산 2019.10.15.)까지 사용수익 할 수 없었고, 매매계약서 제10조(제세공과금의 부담) 제1항의 규정에 따라 최종할부금 납부 후에 청구법인이 제세공과금을 납부한 점과 제3조(대상토지의 사용) 제2항 등에 따라 매도인의 동의하에 담보를 제공하는 행위 등을 하였다는 점은 단순히 쟁점부동산을 유지․관리하는 목적만 있었을 뿐이므로 이를 근거로 청구법인이 쟁점부동산을 사용수익 할 수 있었다고 보는 것은 무리이다.

2. 대법원 또한 ‘사용수익일’과 관련하여 “양수인이 매매목적물인 자산을 현실적으로 사용수익하기 시작한 날은 매매계약의 내용 중 특약으로 정한 사용수익이 가능한 날도 포함된다고 할 것이나, 양수인으로부터 매매목적물인 자산을 이용․관리할 수 있도록 하는 승낙을 받았다고 하더라도 그것이 곧 그 자산을 잠정적으로 보존․유지․관리하거나 제한적인 목적에서 일시적으로 이용하도록 하는 것에 불과한 경우에는 양수인으로 하여금 그 자산을 독자적으로 사용수익할 수 있게 한 것이 아니므로 그와 같은 승낙은 ‘사용수익일’에 해당한다고 할 수 없다”고 판시하고 있다(대법원 2015.12.10. 선고 2015두48266 판결, 같은 뜻임).

3. 만약 쟁점부동산을 장기할부조건으로 취득하였다고 본다면 국세청에서 ‘첫 회 분납금 지급일에 당해 목적물이 완성 또는 확정되지 아니한 경우에는 그 목적물이 완성 또는 확정된 날을 취득시기로 보아야 한다’고 유권해석하고 있으므로 실질적으로 사용수익이 가능하게 되는 날인 2020.6.30. 취득한 것으로 보는 것이 합리적이다.

4. 2020.8.18. 세법개정시 법인세법 제55조의2 (토지등 양도소득에 대한 과세특례) 제1항에 규정하는 추가 법인세 과세대상을 주택, 별장 및 비사업용토지에서 부동산을 취득할 수 있는 권리 중 주택을 취득하기 위한 권리를 추가 과세대상으로 확대하면서도 토지 취득을 위한 권리를 과세대상으로 삼지 않는 점에 비추어 청구법인이 OOO로부터 공사대가로 쟁점부동산을 취득한 것 또한 토지 취득을 위한 권리에 해당하여 과세대상으로 볼 수 없다. (나) 또한 쟁점부동산은 청구법인이 OOO에 공사용역을 제공하고 공사대금으로 지급받은 체비지에 해당하여 채권 변제를 목적으로 취득한 토지로 볼 수 있으므로 비사업용토지에 해당하지 않는다.

1. 국세청은 청구법인과 같이 공사도급계약시 도급금액의 대가로 체비지를 취득하는 경우 법인세시행규칙 제46조의2 제1항 제6호 따른 “저당권의 실행 그 밖에 채권을 변제받기 위하여 취득한 토지: 취득일부터 2년”에 해당한다고 유권해석(국세청 법규법인 2014-83, 2014.4.22., 국세청 서면인터넷방문상담2팀-2011, 2007.11.6.)하고 있다.

2. 처분청은 대법원 판결[OOO OOO, 2020.5.7.(OOO, 2020.9.24. 상고기각)]을 근거로 쟁점부동산과 같이 공사수주 목적으로 취득한 경우 법인세법시행규칙 제46조의2 제1항 제6호 “저당권의 실행 그 밖에 채권을 변제받기 위하여 취득한 토지: 취득일로부터 2년”에 해당하지 않는다는 의견이나 이를 쟁점부동산 거래에 적용하는 것은 쟁점부동산의 양도(2019.6.2., 2019.10.15.)와 법인세신고기간 및 조사청의 정기감사 이후에 나온 판례에 해당하여 신의성실원칙에 위배되는 것이다. (다) 법인세법은 법인 소유 토지와 관련하여 사업용 사용기간 의제규정에 따라 비사업용토지를 규제하고 있으나 쟁점부동산은 부득이한 사유로 사업에 사용하지 못하였으므로 사용기간 의제규정을 적용할 수 없다.

1. 청구법인과 같이 개발사업지구내 토지를 취득하기 위하여 계약조건에 따라 그 대금을 청산하였으나 조성공사가 완료되지 않아 업무용에 사용하지 못하게 된 경우 당해 토지의 조성이 완성 또는 확정된 날부터 비업무용부동산 유예기간을 기산하여야 한다. 이는 다수의 판례와 유권해석[조심 2016중3921(2017.6.27.), 국세청 법인 46012-1626(2000.7.22.), 법인세과46012-1985(1997.7.21), 법인46012-1296(1995.5.12.)]을 통해서도 확인할 수 있다.

2. 쟁점부동산은 청구법인이 필요에 의해 취득한 것이 아니고 공사미수금을 변제받기 위해 불가피하게 취득한 것으로 취득일 현재도 산업단지가 개발 중에 있으므로 쟁점부동산의 취득일부터 사용가능한 시점까지는 법인세법시행규칙 제46조 의 2(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 판정기준 등) 제1항 제13호의 당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니한 토지: 당해 사유가 발생한 기간을 사업에 사용한 것으로 간주하는 사업용 사용기간 의제규정을 적용 비사업용여부를 판단하여야 할 것이다.

3. 이러한 유예기간을 적용하지 않을시 택지를 개발공급하는 공기업(OOO, 지방공기업 등)과 분양계약에 따라 매매잔금을 지급하였으나 공기업의 사정으로 택지개발 등의 준공이 지연되어 택지분양자 또는 대형개발에 참여하는 법인이 공사미수금을 대물로 받을 수 밖에 없는 경우에 매매잔금을 지급하였다는 사유만으로도 잔금지급시점부터 비사업용토지로 보아야 하는 모순이 발생한다. 그러므로 쟁점부동산은 사용의제기간(취득일부터 사용가능일 또는 양도일까지)을 감안하여 비사업용토지 여부를 판단하여야 하고, 이 경우 쟁점부동산은 사업용 부동산으로 보는 것이 합리적이다.

(2) 청구법인은 쟁점부동산 양도차익을 법인세 신고시 각사업연도 소득에 산입하여 신고하였으므로 토지 등의 양도소득 과세특례에 따른 과소신고가산세 부과대상에 해당하지 않는다. (가) 국세기본법 제47조의2 에 따라 법인의 경우 무신고가산세는 법인세법 제60조, 제76조의 17, 제97조에 따른 신고만 무신고가산세의 적용대상에 해당된다고 개정되었으며, 국세기본법 제47의3 는 같은 법 제47조의2에 열거된 법률을 근거로 과소신고가산세를 부과하고 있다. (나) 기획재정부 조세정책과-339(2011.3.18.)에서는 “내국법인이 법정신고기간까지법인세법에 따른 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준신고서는 제출하였으나, 동신고서에 토지등 양도소득과 그에 대한 법인세를 기재하지 아니한 경우에는 국세기본법 제47조 의 2에 따른 무신고가산세와 같은 법 제47조의 3에 따른 과소신고가산세가 적용되지 아니하는 것”으로 유권해석하고 있으므로 청구법인이 쟁점부동산의 양도차익에 대해 2019사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고시 각사업연도 소득에 포함하여 신고하였으므로 처분청이 부과한 과소신고가산세는 취소되어야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점부동산의 매매대금 완납일(2017.6.20., 2017.6.23.) 이후 쟁점부동산을 실질적으로 소유하였고, 채권변제 목적이라고 볼 수도 없으며 법령에서 규정한 사용수익 유예기간도 적용될 수 없으므로 쟁점부동산을 비사업용토지로 보아 과세한 처분은 적법하다. (가) 청구법인은 쟁점부동산을 OOO로부터 취득한 이후 매매계약서 검인을 완료하고 취득세도 납부하였으며, 재산세 및 종합부동산세도 납부하였으므로 실체적인 권리를 확보하였다고 보아야 한다. 이에 따라 매매대금완납일(2017.6.20., 2017.6.23.) 이후 청구법인이 쟁점부동산을 소유하였다고 봄이 타당하다.

1. 청구법인은 매매대금 완납 후 2017년 6월 OOO로부터 토지대금 완납확인서(용도: 취득세 신고 납부용)를 발급받았고 2017.8월 매매계약서 검인 후 취득세를 납부하는 등 토지에 대한 실체적인 권리를 확보하였다.

2. 청구법인은 토지 분양계약시 ‘계약체결 이후 최종 잔금납부 약정일, 토지대금완납일 또는 토지사용승낙일 중 빠른 날 이후에 부과되는 재산세 등을 부담한다’고 약정하여 계약시부터 잔금납부 이후에는 쟁점부동산을 청구법인 소유로 계약하였으며, 2016년부터 취득세 및 재산세를 부담하는 등 청구법인의 소유 토지로 인식하고 제세공과금도 납부하였다. 재산세는 과세기준일 현재 토지를 사실상 소유하고 있는 자가 납세의무자로 하고 있고, 분양받을 권리는 과세대상이 아니므로 함평군수가 쟁점부동산에 대하여 OOO에 잔금완납 확인 후 청구법인을 쟁점부동산의의 소유자로 보아 재산세를 부과한 것은 청구법인이 실제 소유자라고 보았기 때문이다.

3. 또한 청구법인은 쟁점부동산을 양도하는 과정에서 ‘담보신탁대출금을 상환한 후에 주식회사 생보부동산신탁으로부터 신탁을 해지’하기로 약정하는 등 양도이전에 대출을 위한 담보물로 설정한 점에 비추어 매매대금의 완납 이후에 토지의 확정적인 권리로써 재산권도 행사하였다. (나) 쟁점부동산은 채권변제를 목적으로 취득한 것이라고 볼 수는 없다. 쟁점부동산의 취득은 법인세법 시행규칙 제46조의2 (부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) 제1항 제6호 “저당권의 실행 그 밖에 채권을 변제받기 위하여 취득한 토지 및 청산절차에 따라 잔여재산의 분배로 인하여 취득한 토지: 취득일 부터 2년”에 해당하지 않는다. 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하지 않는 것으로 열거된 「법인세법 시행규칙」 제46조의2 제1항 제6호 의 “저당권의 실행 그 밖에 채권을 변제받기 위하여 취득한 토지”라 함은 법인이 이미 발생한 채권에 대해 회수하고자 노력하였으나 채무자의 변제능력 부족으로 현금회수가 불가능하여 부득이하게 채권액 상당의 토지로 대물변제 받는 경우를 의미한다고 봄이 타당하고, 청구법인과 같이 공사수주를 목적으로 OOO가 제안한 입찰조건에 응한 결과로 쟁점부동산 취득가액의 일부를 공사대금과 상계한 것은 채권의 회수를 위하여 부득이하게 토지를 취득한 것으로 보기는 어렵다 하겠다(OOO 판결 등). (다) 청구법인은 쟁점부동산이 ‘당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니한 토지’에 해당하여 토지 조성 중에는 사용이 불가하였으므로 비사업용토지에 해당하지 않는다고 주장하나, 법인세법 시행령 제92조의11 제1항 제3호 에서 ‘그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용 상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간’으로 하여 토지의 사업용 사용 기간 중 부득이한 기간을 제외하고 있으나, 청구법인이 토지 취득 사유는 공사 수주를 위한 것으로 종합 감사시부터 현재에 이르기까지 쟁점부동산을 사업목적에 사용하려 하였다는 근거를 전혀 제시하지 않는 등 쟁점부동산의 당초 분양 목적인 지원시설용지로써 실제 사용할 의사가 있었는지 확인할 수 없어 청구법인의 주장을 수용할 수 없다. (2) 법인세법 시행령 제97조 제1항 에서는 “법 제60조 제1항에 따른 신고를 할 때 그 신고서에는 법 제112조에 따른 기장과 법 제14조부터 제54조까지의 규정에 따라 계산한 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액(법 제55조의2에 따른 토지등양도소득에 대한 법인세를 포함한다) 및 그 밖에 필요한 사항을 적어야 한다”고 규정하고 있으므로 이 건에 과소신고가산세를 부과한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점

① 쟁점부동산을 비사업용토지로 보아 토지등 양도소득에 대한 법인세를 부과한 처분의 당부

② 과소신고가산세를 감면할 만한 정당한 사유가 있는지 여부

  • 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제15조(신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 제9조 에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 농어촌특별세법에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액

  • 가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액
  • 나. 과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액

(2) 법인세법 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 소득세법 제88조 제9호 에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2012년 12월 31일까지 양도한 경우에는 그 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액

  • 가. 소득세법 제104조의2 제2항 에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제2호에 따른 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)
  • 나. 소득세법 제104조의2 제2항 에 따른 지정지역에 있는 부동산으로서 제3호에 따른 비사업용 토지
  • 다. 그 밖에 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있어 부동산가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산

2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 조에서 “별장”이라 한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 20(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액. 다만, 지방자치법 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 있으면서 대통령령으로 정하는 범위 및 기준에 해당하는 농어촌주택(그 부속토지를 포함한다)은 제외한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

  • 가. 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지는 제외한다.
  • 나. 특별시, 광역시(광역시에 있는 군 지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다), 특별자치시(특별자치시에 있는 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다), 특별자치도(제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시 지역[ 지방자치법 제3조 제4항 에 따른 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다] 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제6조 제1호 에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 목에서 같다)에 있는 농지. 다만, 특별시, 광역시, 특별자치시, 특별자치도 및 시 지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

  • 가. 지방세법이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
  • 나. 지방세법 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지
  • 다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

5. 지방세법 제106조 제2항 에 따른 주택 부속토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지

6. 별장의 부속토지. 다만, 별장에 부속된 토지의 경계가 명확하지 아니한 경우에는 그 건축물 바닥면적의 10배에 해당하는 토지를 부속토지로 본다.

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지에 규정된 토지와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지

③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

⑥ 토지등 양도소득은 토지등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다. 다만, 비영리 내국법인이 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지등 양도소득은 양도금액에서 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 상속세 및 증여세법 제60조 와 같은 법 제61조 제1항에 따라 평가한 가액 중 큰 가액을 뺀 금액으로 할 수 있다.

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 농지ㆍ임야ㆍ목장용지의 범위, 주된 사업의 판정기준, 해당 사업연도에 토지등의 양도에 따른 손실이 있는 경우 등의 양도소득 계산방법, 토지등의 양도에 따른 손익의 귀속사업연도 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑧ 토지등을 2012년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제1항 제2호 및 제3호를 적용하지 아니한다. (3) 법인세법 시행령 제92조의11(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등) ① 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 않은 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)에 해당하는지를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후 문화재보호법에 따라 지정된 보호구역 안의 토지: 보호구역으로 지정된 기간

3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간

② 법 제55조의2 제3항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지에 대하여는 해당 각 호에서 규정한 날을 양도일로 보아 제92조의3의 규정을 적용하여 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 민사집행법에 따른 경매에 따라 양도된 토지: 최초의 경매기일

2. 국세징수법에 따른 공매에 따라 양도된 토지: 공매일

3. 그 밖에 토지의 양도에 일정한 기간이 소요되는 경우 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령이 정하는 날

③ 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 않는다.

1. 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 법인의 합병 또는 분할로 인하여 양도되는 토지

2. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

  • 가. 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지
  • 나. 취득일이 사업인정고시일부터 5년 이전인 토지

3. 법 제55조의2 제2항 제1호 나목에 해당하는 농지로서 종중이 소유한 농지(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다)

4. 사립학교법에 따른 학교법인이 기부(출연을 포함한다)받은 토지

5. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 제97조(과세표준의 신고) ① 법 제60조 제1항에 따른 신고를 할 때 그 신고서에는 법 제112조에 따른 기장과 법 제14조부터 제54조까지의 규정에 따라 계산한 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액(법 제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세를 포함한다) 및 그 밖에 필요한 사항을 적어야 한다. 이 경우 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 제4조 에 따른 외부감사 대상 법인이 국세기본법 제2조 제19호 에 따른 전자신고를 통하여 법인세 과세표준과 세액을 신고하는 때에는 그 신고서에 대표자가 서명날인하여 서면으로 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (4) 소득세법 시행령 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

8. 완성 또는 확정되지 아니한 자산을 양도 또는 취득한 경우로서 해당 자산의 대금을 청산한 날까지 그 목적물이 완성 또는 확정되지 아니한 경우에는 그 목적물이 완성 또는 확정된 날. 이 경우 건설 중인 건물의 완성된 날에 관하여는 제4호를 준용한다. (5) 법인세법 시행규칙 제46조의2(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

6. 저당권의 실행 그 밖에 채권을 변제받기 위하여 취득한 토지 및 청산절차에 따라 잔여재산의 분배로 인하여 취득한 토지: 취득일 부터 2년

(6) 지방세법 제7조(납세의무자 등) ② 부동산등의 취득은 민법, 자동차관리법, 건설기계관리법, 항공안전법, 선박법, 입목에 관한 법률, 광업법, 수산업법 또는 양식산업발전법 등 관계 법령에 따른 등기ㆍ등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비, 항공기 및 주문을 받아 건조하는 선박은 승계취득인 경우에만 해당한다. 제107조(납세의무자) ① 재산세 과세기준일 현재 재산을 사실상 소유하고 있는 자는 재산세를 납부할 의무가 있다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호의 자를 납세의무자로 본다.

1. 공유재산인 경우: 그 지분에 해당하는 부분(지분의 표시가 없는 경우에는 지분이 균등한 것으로 본다)에 대해서는 그 지분권자

2. 주택의 건물과 부속토지의 소유자가 다를 경우: 그 주택에 대한 산출세액을 제4조제1항 및 제2항에 따른 건축물과 그 부속토지의 시가표준액 비율로 안분계산(按分計算)한 부분에 대해서는 그 소유자

② 제1항에도 불구하고 재산세 과세기준일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 재산세를 납부할 의무가 있다.

1. 공부상의 소유자가 매매 등의 사유로 소유권이 변동되었는데도 신고하지 아니하여 사실상의 소유자를 알 수 없을 때에는 공부상 소유자

2. 상속이 개시된 재산으로서 상속등기가 이행되지 아니하고 사실상의 소유자를 신고하지 아니하였을 때에는 행정안전부령으로 정하는 주된 상속자

3. 공부상에 개인 등의 명의로 등재되어 있는 사실상의 종중재산으로서 종중소유임을 신고하지 아니하였을 때에는 공부상 소유자

4. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합과 재산세 과세대상 재산을 연부(年賦)로 매매계약을 체결하고 그 재산의 사용권을 무상으로 받은 경우에는 그 매수계약자

③ 재산세 과세기준일 현재 소유권의 귀속이 분명하지 아니하여 사실상의 소유자를 확인할 수 없는 경우에는 그 사용자가 재산세를 납부할 의무가 있다.

  • 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 OOO가 2015.12.1. 공고한 OOO산업단지 입찰에 참가하여 사업대상자로 선정되었고 공고된 낙찰조건에 따라 현물지급 대상(쟁점부동산 매매 대금 중 50%를 도급공사비와 상계)인 쟁점부동산의 매매계약(매매계약서 비고란에 사용가능시기는 2019.9.30.으로 기재)을 체결하여 2017.6.20.과 2017.6.23.에 잔금을 납입한 후 취득하였다. 이후 청구법인은 쟁점①부동산은 2019.6.2. CCC 주식회사에 OOO원에 양도하였고, 쟁점②부동산는 2019.10.15. AAA 외 2명에게 OOO원에 양도하고 2019사업연도 법인세 신고시 토지 등 양도소득을 OOO원으로 신고하였다. (나) OOO가 공고한 OOO산업단지 전자입찰공고문<표1>을 보면 쟁점부동산을 현물로 지급한다고 되어있고 쟁점부동산과 관련한 취득세, 정산, 명의변경, 토지사용 제한, 토지사용승낙 및 소유권 이전에 관한 사항 등이 나와 있다. <표1> OOO산업단지 전자입찰 공고문 OOO (다) 청구법인이 OOO로부터 쟁점부동산을 취득할 당시 매매계약서와 대금완납 확인서는 <표2>, <표3>과 같다. <표2> 취득시 매매계약서 OOO <표3> 취득관련 대금완납 증명서 OOO (라) 처분청이 OOO OOO지역본부 토지판매부 담당자를 통하여 확인한 OOO산업단지 용지조성사업의 준공일은 2020.12.31.로 나타난다. (마) OOO산업단지 개발사업 조성공사와 관련하여 청구법인이 제출한 준공검사원은 <표4>와 같다. <표4> 준공검사원 OOO (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 법인세법 시행령법인세법 시행규칙에서는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지를 열거하고 있으나 쟁점부동산의 경우 청구법인이 잔금을 지급하고 취득하여 그 취득세와 종합부동산세, 재산세를 모두 납부하였고 쟁점부동산을 양도하면서 양도이전을 위한 대출 담보물로 설정한 사실이 있어 열거된 비사업용 토지의 예외 사유에 해당하지 않는 것으로 보이므로 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 국세기본법제47조의3 제1항에서는 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 한 경우 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고하면 과소신고한 금액에 가산세를 부과한다고 규정하고 있는바, 청구법인이 쟁점부동산을 양도한 이후 각사업연도 소득에 대한 법인세 신고시 양도차익을 반영하여 신고하였다고 하나 토지 등 양도소득에 대한 법인세는 신고하지 않아 청구법인이 납부하여야할 세액보다 신고한 세액이 적은 것으로 보이므로 청구법인에게 과소신고가산세를 부과한 이 건 부과 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기 본 법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)