처분청은 식육관리프로그램 및 보세창고 시스템상의 재고관리내역, 수입신고필증상의 반입내역, 매입‧매출처들의 거래내역 등을 토대로 쟁점기말재고가 실제기말재고인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단됨
처분청은 식육관리프로그램 및 보세창고 시스템상의 재고관리내역, 수입신고필증상의 반입내역, 매입‧매출처들의 거래내역 등을 토대로 쟁점기말재고가 실제기말재고인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단됨
[주 문] OOO서장이 2021.6.15. 청구법인에게 한 2015사업연도부터 2017사업연도까지의 법인세 경정청구 거부처분은 OOO관리프로그램 및 OOO 시스템상의 재고관리내역, 수입신고필증상의 반입내역, 매입처 및 매출처들의 거래내역 등을 토대로 청구법인이 주장하는 2015〜2017사업연도의 OOO관리프로그램상의 기말재고가 실제기말재고인지 여부를 재조사하여 그 과세표준과 세액을 경정한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 2015〜2018사업연도 법인세 신고시 장부상 기말재고가액이 과다계상(신고시>경정청구시)된 원인은 청구법인 자금사정이 악화되면서 금융기관 대출연장 및 추가 차입 등을 위하여 부득이하게 기말 실재고가액보다 높게 계상한 결과이다. 기말재고 차이내역은 아래 OOO과 같다. (가) 청구법인은 은행에서 요구하는 신용도 등급을 만족시켜야만 대출금 만기일을 연장할 수 있는 등 사업의 지속을 위한 부득이한 사정으로 인하여 회계기준을 따르지 않고 재고가액을 과다계상하게 되었다. (나) 청구법인은 2016년 실시하였던 불균등증자가 증여세 과세대상이라는 OOO세무서의 해명안내 요구에 따라 관련내용을 검토하던 중 과거 2015〜2018사업연도 기간 중 회계기준을 따르지 않은 잘못된 회계처리(기말재고 과다계상)로 인하여 증여세가 과다 부과될 예정이라는 과세예고통지를 2021.8.31. 수령하게 되면서 관련 사실을 인지하게 되었고, 2015년 기말재고를 바로잡아 올바른 주식가치를 평가하기 위하여 당초 경정청구를 제기하였다.
(2) 청구법인이 경정청구시 제시한 실재고 수량 및 가액의 적정성은 청구법인이 작성한 자체 OOO관리프로그램(매입·매출 수량 및 단가 등) 및 냉장·냉동 전문 OOO회사(이하 “OOO”라 한다)의 OOO관리내역(입고, 출고, 보관내역 등) 등을 통하여 확인가능하다. (가) 청구법인의 재고현황 검증과정은 아래 OOO과 같다. (나) 청구법인은 개업일 이후 수기로 관리하던 재고현황의 체계적인 관리를 위하여 동종의 OOO전문 도매업체들이 사용하고 있는 OOO관리프로그램(ERP)인 OOO의 프로그램을 2015년 9월경부터 이용하여 청구법인의 재고상황 등을 관리하였으며, 동 OOO관리프로그램(ERP)은 창고회사별 입고·출고 수량, 해당 거래처명 뿐만 아니라 매입금액·매출금액 등을 상세히 기재하도록 되어 있다. OOO관리프로그램(ERP)상 입력된 현황의 예는 아래 OOO와 같다. (다) OOO관리프로그램(ERP)에 등재된 모든 데이터는 OOO관리프로그램(ERP) 제작회사인 OOO 본사 서버에 청구일 현재까지 보관되어 있으며, 동 데이터의 경우 청구법인이 임의로 위변조, 파손처리 등은 현실적으로 불가능하다. (라) 청구법인은 OOO관리프로그램(ERP)에 매입내역을 등재시 담당자가 착오입력하거나 중복계상 입력한 경우, 해당 물품을 매입내역에서 직접 삭제하지 않고 정상적인 매입과 구분을 위하여 ‘가입고’ 또는 ‘로스분’ 등으로 기재한 후 아래 OOO처럼 ‘재고 로스(LOSS)출고’ 항목에서 출고 처리하여 재고 오류를 수정하였다. 이에 따라 매입내역은 실제매입보다 착오․중복입력분 만큼 과다계상되어 있다. (마) 처분청은 2017사업연도 매입의 경우 ‘가입고’ 또는 ‘로스분’ 매입이 없음에도 계산서 자료금액(OOO원)과 OOO관리프로그램상 매입액(OOO원)의 차이가 확인되는 등 OOO관리프로그램상 금액을 신뢰할 수 없다는 의견이나, 청구법인이 제출한 “ERP매입액과 계산서 비교표”에서 차이 내역이 명확히 확인이 되며, 당초 처분청에 이의신청 청구시 제출한 “2017년 로스출고자료” 또는 “2017매입”에 의하여 2017년 ‘로스분’ 매입 내역이 있음이 명확히 확인된다. 즉 2017사업연도 차이금액인 OOO원은 리스료 등 상품매입과 관련없는 매입액 OOO원, 로스분 매입액 OOO원, 기타 공급시기 차이 등 OOO원의 합계액이다. 로스분 매입액 OOO원과 관련된 상세자료는 아래 OOO 및 OOO와 같다. (바) 청구법인은 수입신고되기 전이라도 OOO에 반입일 기준으로 OOO관리프로그램(ERP)에 입고로 등재하였으나, 회계처리시에는 수입통관이 이루어져 수입계산서를 수취한 연도에 당기 매입으로 처리하였다. 따라서 연도말 OOO에 반입되었으나 수입통관이 이루어지지 않은 일부 품목에 대해서는 OOO관리프로그램(ERP)에 입고로 처리되었으나 회계처리상 다음연도에 상품매입으로 인식하였으므로 OOO관리프로그램(ERP)과 회계처리상 당기매입액의 차이가 발생하였다. 반입일과 수입통관일이 다른 내역은 아래 OOO와 같다. (사) 청구법인의 매입은 직수입과 국내매입으로 구분되는데 직수입하는 OOO은 수입시 OOO로 반입되어 OOO 내에서 검사, 반입 절차를 거쳐 수입신고가 완료(수입신고필증상에 반입되는 OOO명이 기재됨)되며, 매출시까지 해당 OOO에 장치해두고 있으며, 국내매입하는 OOO은 청구법인 외의 수입업체가 수입하여 OOO에 장치한 OOO을 매입하는 것으로 직수입과 마찬가지고 매출할 때까지 동일한 OOO에 장치해두고 있었다. 즉 청구법인의 모든 거래는 OOO를 통하여 거래하고 있으며, OOO는 청구법인 물품의 입·출고 수량, 거래처명, 재고 수량을 별도로 파악·관리하고 있어, 청구법인이 거래한 OOO의 입고, 출고, 보관 내역 등을 해당 OOO에서 관리하는 물류관리시스템에 접속하여 100% 확인 가능하며, OOO회사에서 발행한 재고현황 및 창고회사의 물류관리시스템에 접속할 수 있는 ID와 비밀번호를 경정청구시에도 처분청에 제출한바 있다. (아) 청구법인이 제출한 OOO관리프로그램(ERP)상 재고이동현황은 전일재고, 입고, 출고, 현재고로 구성되어 있으며 이는 전일재고는 전년도 기말재고(당기 기초재고), 입고는 당해연도 매입, 출고는 당해연도 매출, 현재고는 당해연도 기말재고를 나타내는 것으로 청구법인이 제출한 OOO관리프로그램(ERP)상 현재고 내역이 경정청구시 제출한 각 연도별 기말재고 수량이다. (자) 청구법인의 OOO관리프로그램상(ERP)상 모든 수량의 실질여부는 OOO별 웹주소에 로그인하여 조회하면 해당 자료의 실질 여부를 확인할 수 있으며, 이는 이의신청시 조사내용에서도 청구법인의 OOO관리 프로그램상(ERP)상 수량과 OOO회사별 웹주소에서 확인한 수량(중량)은 대부분 일치함이 확인되었다(부도로 인하여 2개 창고는 확인이 되지 않았음). (차) 처분청은 OOO 중 3개 업체는 부도 등의 사유로 재고확인서를 제출할 수 없는 상황이므로 OOO별 재고확인서로 청구법인의 기말수량을 파악할 수 없다는 의견이나, 처분청이 문제를 제기한 3개 창고(OOO, OOO, OOO)를 통하여 청구법인이 거래한 거래금액은 아래 OOO과 같이 2016년 OOO원, 2017년 OOO원, 2018년 OOO원으로 총 거래금액 대비 2%도 되지 않는 소액이며, 부도난 OOO를 통하여 거래한 매입, 매출 내역은 OOO관리프로그램(ERP)을 통하여 아래 OOO과 같이 명확히 확인된다. (카) 처분청은 OOO별 물품별관리번호(LOT_NO)와 OOO관리프로그램(ERP)의 관리번호(LOT_NO)가 상이하며, 재고내역도 상이하여 동일한 물품이라는 청구법인의 주장을 인정할 수 없다는 의견이나, 청구법인은 청구법인의 ERP에 있는 LOT_NO와 OOO의 LOT_NO가 동일한 번호라고 주장한 사실이 없으며, 처분청으로부터 해당 번호가 무엇인지에 대한 확인요청도 받은 사실이 없다. OOO관리프로그램(ERP)에서 생성되는 LOT_NO는 ERP프로그램내에서 자동 생성되는 번호로 해당 LOT_NO의 규칙은 앞 8자리는 입고일자, 뒤 3자리는 전표번호, 마지막 1자리는 해당전표 순번을 나타내는 것이다. OOO의 LOT_NO는 각 OOO별로 부여되는 규칙이 다른데 대부분 입고일자, 입고박스, 콘테이너번호 등의 형식으로 부여된다. 처분청은 ERP프로그램 회사의 LOT_NO와 OOO의 LOT_NO가 어떻게 생성되는지만 확인하였다면, ERP의 LOT_NO와 OOO의 LOT_NO를 비교하면 안 된다는 사실을 알 수 있었다. (타) 처분청은 재고내역이 상이하여 OOO관리시스템상 기말재고가 OOO별 재고내용과 동일한 물품이라는 청구법인의 주장을 인정할 수 없다는 의견이나, 다음과 같은 이유로 처분청 의견은 부당하다. 처분청에서 기말재고가 다르다고 하면서 OOO 및 OOO를 제시하였다. 제시된 자료 중 OOO인 OOO에서 제출한 재고확인서의 기말재고(OOO)는 BOX 단위로 표시된 기말재고이며, OOO관리프로그램에 있는 기말재고(OOO)는 kg 단위로 표시된 기말재고로써 처분청은 다른 단위 기준으로 계산된 기말재고를 비교한 것이며, 청구법인이 경정청구시 제출한 기말재고 자료에는 기말재고에 대한 BOX, Kg이 따로 기재되어 있다. 청구법인이 제출한 ‘연도별 실제기말재고’ 자료를 보면 현재고(BOX), 현재고(중량kg)로 명확히 구분되어 있음을 알 수 있으며, OOO관리프로그램상 2016년 OOO의 재고는 아래 OOO과 같이 OOO에서 제출한 기말재고와 정확히 일치함을 알 수 있다.
(3) 처분청 심리담당자는 청구법인에서 제출한 OOO별 웹주소로 연도별 재고현황을 조회한 결과, 확인이 불가한 몇 곳을 제외하고 청구법인에 제출한 자료와 대부분 일치함을 확인하였으나, 해당자료는 표시단위가 ‘금액’이 아닌 ‘중량’으로만 표기되어 있어 관련자료를 신뢰할 수 없다는 의견이나, 다음과 같은 이유로 처분청의 의견은 부당하다. (가) 청구법인은 앞서 언급하였듯이 OOO관리 프로그램상(ERP)상 착오·중복 입력한 입고(매입)에 대하여 자료를 삭제하지 않고 로스(loss)출고로 처리하였으므로 착오·중복 입력한 내역은 당연히 OOO관리 프로그램(ERP)상에만 존재하고 OOO회사별 웹주소에서는 확인이 되지 않는 것이다. (나) 청구법인의 입고(입고일 포함), 출고(출고일 포함), 재고수량 및 거래처는 OOO의 웹주소에서도 확인이 가능하나, 청구법인이 사용하는 OOO관리프로그램(ERP)은 청구법인이 거래하는 모든 OOO별 현황이 일목요연하게 나타나 있어, OOO관리프로그램(ERP)으로 청구법인의 입고, 출고 수량 및 거래처를 확인함이 간단하다. 청구법인이 OOO관리프로그램(ERP)을 사용함에 따라 청구법인이 거래하는 모든 물품의 입고, 출고, 재고수량 및 거래처가 100% 확인이 가능하다. OOO관리프로그램(ERP) 자료와 OOO 웹주소의 내역의 예시는 아래 OOO와 같다. (다) 처분청은 재고금액의 적정성이 문제된다고 하나, 다음과 같이 재고금액은 명확하게 확인된다.
1. 청구법인이 매입·매출하는 모든 물품은 OOO관리프로그램(ERP)에 단가를 입력하여 관리(기말재고 자산만 별도로 단가를 입력하는 방식이 아님)하고 있으며, 매입액에 대한 단가는 ① 국내업체 거래 매입액은 계산서 매입액이며, ② 수입물품의 단가는 수입신고필증을 기준으로 수입신고필증에 기재된 kg당 ‘단가×환율+관세’에 일정금액의 기타경비를 반영하여 매입단가를 관리하였으며, ③ 출고시 출고 단가는 실제 매출액에 대한 단가(계산서 발행 금액)를 기재하였다.
2. 국내 매입분에 대하여는 청구법인이 OOO관리프로그램(ERP)에 입력한 매입단가 및 매입액과 청구법인이 수취한 계산서와 비교하면 착오·중복 입력분을 제외하고는 정확히 일치함이 아래 OOO과 같이 확인된다. 또한 수입물품 또한 수입계산서 금액에 기타 경비를 더한 것임이 확인되며, 이를 통하여 청구법인이 OOO관리프로그램(ERP)에 입력하는 매입단가 및 매입액이 청구법인이 임의로 입력하는 숫자가 아닌 실제 매입 단가 및 매입액임을 알 수 있다.
3. OOO관리프로그램(ERP)상의 당기매입액과 청구법인 회계장부상 당기 매입액이 차이가 발생하는 이유는 OOO관리프로그램(ERP)에 착오·중복 입력한 매입내역과 귀속시기 차이(반입일과 수입통관일의 귀속 연도차이)에 의한 것으로 2016년의 차액 OOO원(ERP매입액 OOO원 - 회계 OOO원)은 착오·중복 입력분 OOO원, 귀속시기 차이 OOO원, 타계정 대체액 OOO원, 각종 수수료 등 기타 경비 OOO원임이 아래 OOO에서 확인가능하다.
4. 청구법인이 제출한 OOO관리프로그램(ERP)상의 수량(중량)은 OOO 수량(중량)과 일치하며, OOO관리프로그램(ERP)상의 단가는 청구법인이 임의로 수시 입력 하는 것이 아닌 거래처로부터 매입한 단가로 수취한 계산서상의 단가와 일치하며, 출고 단가는 청구법인이 실제 발행한 계산서 금액과 일치한다.
5. 처분청은 OOO관리프로그램(ERP)에 기재된 물품과 계산서상 물품이 동일한 물품이고 동일한 중량이라고 볼 수 있는 객관적인 증거가 없다는 의견이나, 청구법인이 계산서로 매입한 물품은 직수입 또는 OOO내의 거래이며 직수입의 경우 수입계산서에는 금액만 기재되어 있으나, 수입계산서 품목에 보면 “수입신고필증 참조”라고 기재되어 있다. 즉 세관에서 수입계산서를 발행할 때에는 수입신고필증을 근거로 수입계산서를 발행하고 있으며, 해당 수입신고필증으로 품목, 수량 등 세부 내역이 확인된다. 직수입에 대하여 청구법인이 제출한 자료를 신뢰할 수 없다면 처분청이 직접 세관에 공문을 발송하여 수입신고필증을 별도로 확인하여도 된다. 청구법인의 일반 계산서 매입은 OOO내에서의 매입으로 ‘ERP매입액과 계산서 비교표’와 같이 청구법인의 ERP로 정리한 매입금액과 계산서 매입금액이 정확히 일치하며, 거래처에 요청하여 확인한 거래처 보관 거래처원장 등의 품목과 수량, 거래금액이 ERP와 계산서 매입금액과 정확히 일치함을 확인할 수 있으며, ERP매출액과 계산서 매출액 또한 정확히 일치함에도 ERP에 기재된 물품이 계산서와 동일한 물품인지에 대한 증거로 볼 수 없다는 처분청 의견에는 동의할 수 없다. 처분청이 청구법인의 자료를 신뢰할 수 없다면 계산서 거래한 청구법인의 거래처에 물품세부내역을 요청하여 해당 거래를 확인할 수 있다.
(4) 처분청은 경정청구를 인용할 경우 청구법인의 원가율이 동종업종에 비해 턱없이 높다는 의견이나, 청구법인은 본 건 경정청구시 손익의 귀속시기만을 조정하였으므로 처분청의 주장처럼 원가율의 변화가 없으며, 청구법인은 은행에서 요구하는 신용등급을 만족하기 위하여 이익을 과다 계상하여야 하는 입장에서 가공경비를 계상하는 등 비용을 과다계상할 이유가 전혀 없으며 따라서 기존에 신고한 계정과목 어디에도 과다계상한 비용이 없다. 다만 청구법인 자금사정 악화로 인하여 매입 대비 손실을 감수한 출혈 매출로 인하여 상대적으로 원가율이 상승한 측면은 있었다.
(5) 처분청은 청구법인이 신의성실의 원칙 및 성실신고의무도 위반하였고, 필요에 따라 장부를 실지 내용과 다르게 법인세를 신고하고 또 다른 필요에 따라 경정청구하는 행위는 인정되어서는 안 된다는 의견이나, 청구법인이 기말재고자산을 사실과 다르게 신고함에 따라서 어떠한 조세포탈행위도 일어나지 않았으며, 국가에 납부되어야 할 국고에 어떠한 손해도 발생하지 않았다. 또한 경정청구로 인하여도 어떠한 조세포탈행위 및 국고에 손해가 발생하지 않는다. 국세는 국세기본법상 실질과세의 원칙에 따라서 계산하여야 하므로 성실신고의무를 위반하였다는 이유만으로 경정청구행위를 인정할 수 없다는 것은 부당하다.
(6) (예비적 청구) 청구법인이 제시한 재고현황 및 거래의 사실관계는 OOO, 세관(수입신고), 매입․매출거래처를 통하여 확인할 수 있으며, 각 단가 및 재고 금액은 수입통관자료 및 계산서 매입액으로 확인이 가능하므로 처분청에서 사실관계를 조사 후 결정함이 타당하다. 처분청은 청구법인은 폐업상태로 2018.12.7. OOO회생법원으로부터 파산선고받아 사업장이 없음에도 직접 입력한 OOO관리프로그램상 엑셀자료가 실지기말재고라며 재조사를 청구하는 것은 부당하다는 의견이나, 처분청이 청구법인이 제출한 자료를 ERP자료, OOO 자료 및 매입, 매출 거래자료에 대하여 ERP회사, OOO, 거래처등에 어떠한 확인도 하지 않고 경정청구를 거부한 것은 부당하다. 또한 처분청에서는 청구법인이 제출한 자료에 대하여 구체적인 확인 없이 객관적인 증거로 볼 수 없다고 하고 있으며, 제출한 자료에 대한 설명요구도 하지 않았으며, 심지어 처분청은 ① 2017년 ‘로스분’ 이 있음에도 없다고 하고 있으며, ② ERP매입액과 계산서 매입액이 일치함에도 불구하고 해당 내용을 확인 없이 믿을 수 없다고 하며, ③ 기말재고를 재고확인서는 box로, ERP재고는 kg으로 각 서로 다른 기준으로 비교하고 있으며, ④ LOT_NO 부여체계에 대한 확인도 없이 단순히 해당 상품이 다르다고 하고 있다. 청구법인은 비록 폐업되었고 파산하였지만 청구법인이 제출한 자료 및 ERP자료의 진위여부는 세관 통관자료, OOO 보관자료, 거래처 보관자료 등으로 진위여부를 100% 확인이 가능하다.
(1) 재고금액이 정확하게 확인된다는 청구주장은 부당하다. (가) 청구법인은 2016사업연도 계산서 매입자료와 OOO관리프로그램상 매입액의 차이(OOO원)가 착오·중복 입력에 의한 차이와 귀속연도 인식차이에 따른 것으로 소명하면서 청구법인이 OOO관리프로그램에 자료를 입력하는 과정에서 오류입력 자료의 삭제없이 ‘가입고’ 또는 ‘로스분’ 등으로 기재한 후 ‘재고로스출고’항목에서 출고처리하여 실지매입과 차이가 발생하였다고 주장하나, 2017사업연도 매입의 경우 ‘가입고’ 또는 ‘로스분’ 매입이 없음에도 계산서 자료금액(OOO원)과 OOO관리프로그램상 매입액(OOO원)의 차이가 확인되는 등 OOO관리프로그램상 금액을 신뢰할 수 없다. (나) 또한 청구법인은 OOO관리프로그램상 국내매입 물품과 전자계산서 수취자료의 물품이 동일하며 계산서매입액을 기준으로 단가를 산정하여 매입단가가 객관적이라고 주장하나, 계산서에서 확인되는 내용은 거래처명·공급가액·품목뿐으로 OOO관리프로그램에 기재된 물품과 계산서상 물품이 동일한 물품이고 동일한 중량이라는 객관적인 증거로 볼 수 없다. 계산서상 품목은 동일하게 ‘수입육외’로 기재되어 있고 중량표기는 없으며, 직수입은 ‘수입육’으로 기재되어 있고 중량표기가 없다.
(2) 재고수량이 정확하게 확인된다는 청구주장은 부당하다. (가) 청구법인은 OOO관리시스템 기말재고가 OOO별 재고확인서 등에 의하여 명확히 확인된다고 주장하나 제출한 OOO별 재고확인서에는 중량만 기재되어 있고 단가는 확인되지 않으며 단가는 청구법인이 OOO관리프로그램에 직접 입력·수정 관리하므로 객관적인 금액으로 볼 수 없고, OOO(15개) 중 3개업체(OOO, OOO, OOO)는 부도 등의 사유로 재고확인서를 제출할 수 없는 상황으로 OOO별 재고확인서로 청구법인의 기말수량을 파악할 수 없다. (나) 또한 청구법인이 제출한 OOO별 재고확인서에서 확인되는 물품별 관리번호(LOT_NO)가 OOO관리프로그램 재고이동현황에서도 확인되나, 아래 OOO 재고확인서(일부발췌)상 관리번호(LOT_NO)와 OOO관리프로그램의 재고이동현황상 관리번호(LOT_NO)가 상이하며, 재고내역도 상이하여 OOO관리시스템상 기말재고가 OOO별 재고확인서상 재고내용과 동일한 물품이라는 청구 법인의 주장을 인정할 수 없다.
(3) 청구법인은 2019사업연도까지 법인세 신고기간 내 정상신고하였고 장기간 기말재고에 대한 경정사유도 없었으며 당기 기말재고가 차기 기초재고로 연결되는 법인세 신고구조상 쟁점기말재고가 실지재고라는 청구법인의 주장을 신뢰할 수 없다.
(4) 청구법인은 OOO세무서로부터 불균등증자로 인한 증여세 과세자료 해명안내문을 받기 전까지 기말재고에 대한 경정청구를 제기한적 없다가 증여세 과세가 예상되자 기말재고가 과대계상되었다는 사유로 경정청구서를 제출하였다. 법인세 정기 신고시 금융기관 대출연장 목적으로 기말재고를 실지재고와 다르게 신고하였고 현재는 경정청구 처리결과에 따라 증여세가 차감될 여지도 있는 상황이다. 청구 법인의 주장대로라면 신의성실의 원칙을 위배한 것이며 성실신고의무도 위반한 것으로 필요에 따라 장부를 실지내용과 다르게 신고하고 필요에 따라 경정청구하는 행위는 인정되어서는 안 된다.
(5) (예비적 청구에 대하여) 청구법인은 현재 폐업상태로 2018.12.7. OOO회생법원으로부터 파산선고를 받은 상태인바 사업장이 없음에도 직접 입력한 OOO관리프로그램상 엑셀자료가 실지기말재고라고 주장하며 예비적 청구로 재조사를 요청하는 것은 부당하다.
(1) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.
② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제66조(결정 및 경정) ② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.
1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우
(2) 국세기본법(2021.12.21. 법률 제18586호로 개정되기 전의 것) 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 제15조(신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.
(1) 청구법인의 등기사항일부증명서에 따르면, 청구법인은 2010.1.6. 설립등기되었고, OOO 등에서 “농, 축산물의 유통, 가공, 판매”, “식품 제조업 및 판매업” 등을 목적으로 사업을 영위하다가, 2018.11.30. 등기폐쇄하였다.
(2) 청구법인의 법인세 경정청구 내역은 아래 OOO과 같다. 청구법인은 2021.3.22. 2015∼2017사업연도에 대하여 경정청구하였고, 이에 대하여 처분청은 2021.6.15. “청구법인이 손금산입하여 줄 것을 주장하는 기말재고가 매출액에 대응되는 원가로 계상되어야 할 재고자산에 해당하는지가 불명확하며, 제출자료의 신뢰성을 인정할 수 없다”는 이유로 거부통지하였다.
(3) 청구법인은 2018사업연도에 대하여는 수정신고하였고, 당초 신고시 청구법인이 결손인 상태여서 별도로 납부한 세액이 없다.
(4) 처분청의 경정청구 검토서(2021년 6월)에 따르면, 처분청은 아래 OOO와 같은 이유로 경정청구를 거부하였다.
(5) 청구인이 제시한 OOO관리프로그램(OOO)상 기말재고내역 등은 아래 OOO와 같다. 청구법인은 2016사업연도와 관련하여 경정청구시 제출한 금액내역을 본 심판청구 과정에서 수정하였다. 즉 2016사업연도의 당기매입액을 OOO원에서 OOO원으로, 매출원가를 OOO원에서 OOO원으로 수정하였다.
(6) OOO관리프로그램상 기말재고의 상세내역은 아래 OOO과 같다. 청구법인의 이의신청시 OOO지방국세청 심리담당자는 OOO의 OOO관리프로그램은 판매업체에서 프로그램을 사용하면 해당 자료가 서버에 저장되는 시스템으로 OOO에서 사용하는 창고관리 시스템과 연동되는 것은 아니며, 판매업체는 OOO 프로그램으로 매입매출 관리를 하고 OOO에서는 입출고 내역을 전산으로 관리하는 이원적 시스템으로 파악되며, OOO에서 전산으로 관리하는 시스템은 품목별 중량으로만 관리하고 판매업체는 OOO 프로그램에 단가(변동분 반영) 등을 수시로 입력하여 관리하는 것으로 확인된다는 의견이다.
(7) 청구법인이 거래한 OOO내역은 아래 OOO과 같다. 청구법인은 부도로 자료가 확인 되지 않는 OOO냉장을 제외하고 자료를 열람할 수 있는 아이디와 비밀번호를 제출하였다. OOO의 경우, 처분청은 관련자료가 확인되지 않는다는 의견이나, 청구법인이 제시한 아이디와 비밀번호로 OOO 사이트에 로그인이 되며, 청구법인이 제시한 자료와 같이 2016.12.31. 현재 재고수량 94, 재고중량 2180.80., 입고일자는 2015.11.1.로 각 확인된다. 청구법인은 고려물류의 경우 재고기록이 1년 오차가 있다고 주장하였고, 위 OOO상 2015사업연도의 재고로 기록하였다.
(8) 청구법인이 제시한 OOO소프트 최고관리자 AAA의 2021.11.12.자 “LOT NO 입력에 대한 확인요청” 문서에 따르면, ① OOO 프로그램상 Lot-No는 상품의 이력 추적성을 강화하기 위해 입고·생산 등의 과정에서 자동적으로 부여되는 코드인 점, ② 사용자가 임의적으로 입력·수정할 수 없는 점, ③ 거래처와의 입출고 내역 및 입출금 내역이 기존재한다면, 해당 거래처의 마스터정보는 삭제가 불가능한 점 등이 확인된다.
(9) 청구법인은 기말재고계상액의 대응 매출액 리스트(2016.1.4.〜2018.1.24.), 2016〜2018사업연도 매입·매출·로스(loss)출고·상품이동현황·OOO관리프로그램(ERP) 매입액과 계산서 비교표, 수입신고필증 등의 자료를 제출하였다.
(10) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 제출한 자료를 신뢰할 수 없으며 쟁점기말재고가 매출액에 대응되는 재고자산에 해당하는지 여부가 불명확하다는 의견이나, 청구법인 제출한 OOO관리프로그램(ERP)상의 입·출고 및 재고관리내역과 OOO의 입·출고 및 재고관리내역, 수입신고필증상의 반입내역 등이 대체적으로 일치하는 것으로 보이는바, 청구법인이 제출한 자료를 토대로 쟁점기말재고가 실제기말재고와 부합하는지 여부는 일응 확인가능한 것으로 판단된다. 처분청은 OOO 및 OOO를 제시하면서 OOO의 자료와 OOO관리프로그램의 자료가 관리번호(LOT_NO) 및 재고내역에서 상이하다는 의견이나, 처분청은 OOO와 OOO관리프로그램상 관리번호 부여방식이 각기 달라 관리번호를 기준으로 재고를 비교할 수 없다는 청구법인의 주장이 있음에도 이를 확인하지 아니하고 관리번호가 상이하여 동일 물품으로 볼 수 없다고 판단하였으며, OOO(OOO 자료)의 기말재고 단위는 box인 반면, OOO(OOO관리프로그램)의 기말재고 단위는 kg으로 각각 서로 다른 단위를 기준으로 계산된 값임에도 이를 간과하고 재고수량이 다르다고 판단한 문제가 있다. 또한 처분청은 2017사업연도 매입의 경우 ‘가입고’ 또는 ‘로스분’ 매입이 없음에도 계산서 자료금액(OOO원)과 OOO관리프로그램상 매입액(11,575백만원)의 차이가 확인되는 등 OOO관리프로그램상 금액을 신뢰할 수 없다는 의견이나, 청구법인이 제출한 “2017년 로스출고자료” 또는 “2017매입”에 의하면 2017년 ‘로스분’ 매입 내역이 있음이 확인된다. 나아가 처분청은 청구법인이 제시한 OOO 및 OOO관리프로그램상의 재고내역은 단순한 전산자료로써 이를 신뢰할 수 없다는 의견이나, 재고관리가 전산으로 이루어지는 업계현실을 고려할 때 전산자료 전체를 증거자료로 인정할 수 없다는 처분청 의견은 받아들이기 어려우며, 만약 전산자료의 진위가 의심된다면 OOO관리프로그램 및 OOO 재고관리시스템의 담당자 등을 통하여 전산자료 수정내역 및 최종재고 내역을 확인해 볼 수 있을 것이며, 해당 전산자료와 실제 거래내역의 일치여부도 청구법인과 매입·매출처 간의 거래내역 등을 통하여 확인가능할 것으로 보인다. 이처럼 처분청은 청구법인이 제시한 자료를 충분히 검토하지 아니하였을 뿐만 아니라 실제기말재고를 확인하기 위한 조사과정 없이 청구법인의 경정청구를 거부한바, 해당 경정청구 거부처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 다만 OOO 중 OOO 및 OOO과 관련된 OOO자료는 확인되지 아니하며, OOO의 경우 OOO관리프로그램과 OOO의 기말재고기록 간에 1년의 시간차이가 있는 등 청구법인이 주장하는 쟁점기말재고 전체가 실제기말재고임이 명확하게 확인되지 아니하는 측면이 있으므로, 처분청은 OOO관리프로그램 및 OOO 시스템상의 재고관리내역, 수입신고필증상의 반입내역, 매입·매출처들의 거래내역 등을 토대로 쟁점기말재고가 실제기말재고인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.