지방자치법상 지방자치단체의 조례로 사업소를 설치하여 지방자치단체의 사무 일부를 위임한다고 규정하고 있을 뿐이며, 별도의 규정이 없는 한 청구법인과 oo시청이 본․지점 관계에 해당한다고 보기는 어려운 점, 청구법인은 쟁점시설물과 무관한 별도의 시설물 임대에 관한 사용료 수취액을 매출세액을 신고한 것으로 확인되어 쟁점매입세액을 청구법인의 매출세액에 대응되는 매입세액이라고 보기는 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구법인이 주장하는 쟁점매입세액을 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없음
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 지방재정법등의 관련 규정에 따라 별도의 사업자등록을 하였으나, OOO 산하의 소속기관으로서 OOO 행정기구 설치조례 제19조에 따라 OOO의 고유 사무 중 일부(공공시설 건립계획 및 공사에 관한사항 등)를 수행하고 있고, OOO의 예산으로 쟁점시설물을 신축한 이후 OOO 내 다른 소관부서로 시설물 운영 및 관리를 이관하였는바, 사실상 OOO과 동일한 사업자로서 OOO가 운영한 쟁점시설물의 매출세액에 대응되는 청구법인의 신축관련 매입세액 공제를 부인할 이유가 없다.
(2) 국세청 예규에 의하면 공공기관의 부동산 임대사업과 관련하여 같은 기관 소속의 두 개의 사업자가 각각 신축 및 운영을 담당하는 경우 시설물의 신축관련 매입세액을 신축 관련 담당 사업장에서 공제된다고 유권해석하고 있는바, 청구법인의 경우에도 별도의 사업자 등록을 하였다고 하여도 OOO 산하의 기관으로서 쟁점시설물의 신축과 관련된 매입세액을 공제받을 수 있다고 보아야 한다.
(1) 청구법인은 OOO의 산하기관으로서 사실상 동일한 사업자이므로 청구법인이 쟁점시설물 신축 등에 지출한 비용을 OOO 등이 신고․납부한 쟁점시설물의 매출세액에 대응되는 매입세액으로서 이를 공제하여야 한다고 주장하나, 청구법인과 OOO은 지방자치단체와 그 산하기관으로서 본․지점관계에 해당하지 아니하고, 각각 사업자등록을 하여 별도의 사업자등록번호가 부여되어 있는 별도의 사업자에 해당하므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다.
(2) 청구법인이 쟁점시설물의 신축과 관련된 매입세금계산서를 수취하였으나, OOO이 쟁점시설물의 운영을 담당하고 쟁점시설물과 관련된 부가가치세를 신고한 것으로 나타나고, 청구법인이 신고한 매출세액은 녹지․공원 점용료 등으로서 청구법인이 직접 쟁점시설물과 관련된 부동산 임대업 등을 영위하였다고 볼 수 없으며, 청구법인의 사업과 무관한 쟁점시설물의 신축과 관련된 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없다.
(1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구법인은지방자치법제127조 및 아래 <표2>의 OOO 행정기구 설치 조례 제19조에 따라 OOO 산하기관으로 설치되었고, OOO 내 각 소관실국에서 공공시설 건축 등과 관련된 계획수립 및 예산편성한 공공시설물 중 공사금액 OOO원 이상의 문화․체육․복지 등 공공시설의 신축․증축의 설계․시공․감독․준공 업무를 OOO로부터 이관받아 각 시설물에 대하여 신축․증축하는 업무를 담당하였으며, 각 시설물을 신축하여 준공한 후 다시 OOO 내 소관국실로 그 시설물의 소유․운영업무를 재이관한 것으로 나타난다. <표2> OOO 행정기구 설치 조례 및 시행규칙 주요 내용 OOO (나) 청구법인과 OOO은 아래 <표3>과 같이 각각 별도의 사업자등록을 한 사업자인 것으로 나타난다. <표3> 청구법인 및 OOO의 사업자등록 내역 OOO (다) 쟁점①시설물의 신축 및 운영과 관련된 사실관계는 다음과 같다.
1. 청구법인은 2013년 10월경부터 쟁점①시설물 건립공사를 진행하여 준공하였고, 쟁점①시설물 준공 후 OOO 행정기구 설치조례에 따라 쟁점①시설물 관련 업무를 OOO로 이관하였으며, OOO는 2016.11.15. 쟁점①건물에 대한 소유권보존등기를 경료하였다. <표4> 쟁점①시설물 관련 업무이관 내역 OOO
2. OOO는 재단법인 AAA과 쟁점①시설물의 위․수탁관리 및 운영 협약을 체결하였고, 수탁자인 재단법인 AAA이 쟁점①시설물의 사용료를 수취하여 관련 부가가치세를 신고․납부하였다. <표5> OOO 여성청소년시설 위․수탁관리 및 운영협약서 OOO (라) 쟁점②시설물의 신축 및 운영과 관련된 사실관계는 다음과 같다.
1. 청구법인은 2018년 1월경부터 쟁점②시설물 건립공사를 진행하여 준공하였고, 쟁점②시설물 준공 후 OOO 행정기구 설치조례에 따라 쟁점②시설물 관련 업무를 OOO로 이관하였으며, OOO는 2019.12.27. 쟁점②건물에 대한 소유권보존등기를 경료하였다. <표6> 쟁점②시설물 관련 업무이관 내역 OOO
2. OOO는 OOO와 쟁점②시설물의 운영위탁협약을 체결하여 OOO가 쟁점②시설물을 운영하도록 하였고, 쟁점②시설물의 사용료에 대한 부가가치세를 직접 신고․납부하였다. <표7> OOO 및 OOO 간의 쟁점②시설물 위탁협약 OOO (마) 쟁점③시설물의 신축 및 운영과 관련된 사실관계는 다음과 같다.
1. 청구법인은 2016년 3월경부터 쟁점③시설물 건립공사를 진행하여 준공하였고, 쟁점③시설물 준공 후 OOO 행정기구 설치조례에 따라 쟁점③시설물 관련 업무를 OOO로 이관하였으며, OOO는 2018.2.21. 쟁점③건물에 대한 소유권보존등기를 경료하였다. <표8> 쟁점③시설물 관련 업무이관 내역 OOO
2. OOO는 OOO와 쟁점③시설물의 운영위탁협약을 체결하여 OOO가 운영하도록 하였고, 쟁점③시설물의 사용료에 대한 부가가치세를 직접 신고․납부하였다. <표9> OOO 및 OOO 간의 쟁점③시설물 위탁협약 OOO
(2) 청구법인은 청구법인이 관리하는 공원 및 녹지 관련 임대료 및 사용료 등을 매출세액으로, 이와 관련하여 지출한 건축비와 공원 및 녹지 관련 유지·관리비를 매입세액으로 하여 관련 부가가치세 신고․납부하였다가, OOO 소유의 쟁점시설물의 신축비용과 관련된 매입세액을 공제하여야 한다는 취지로 아래 <표10>과 같이 처분청에 경정청구를 제기하였고, 쟁점시설물의 신축과 관련된 매입세금계산서 상세내역은 아래 <표11>과 같다. <표10> 쟁점시설물 매입세액 관련 경정청구 상세내역 (단위: 천원) OOO <표11> 쟁점시설물에 대한 매입세금계산서 상세내역 (단위: 천원) OOO
(3) 처분청은 OOO가 쟁점시설물을 소유하여 운영하고 있으며 쟁점시설물의 사용료와 관련된 매출세액의 경우 OOO 및 OOO가 위탁한 기관(AAA)에서 관련 부가가치세를 신고․납부하였고, 청구법인의 경우 쟁점시설물의 신축과 무관한 녹지․공원 점용료 등을 매출세액으로 하여 부가가치세를 신고․납부하고 있어 청구법인이 주장하는 쟁점시설물의 신축․유지비용이 청구법인의 매출세액에 대응되는 매입세액으로 볼 수 없는 것으로 보아 부가가치세법제39조 제1항 제4호에 의한 사업무관 지출에 대한 매입세액에 해당한다는 의견이다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 OOO의 산하기관으로서 사실상 같은 사업자이고, 청구법인이 지출한 쟁점시설물의 신축․유지비용을 OOO의 매출세액에 대응되는 매입세액으로서 공제하여야 한다고 주장하나, 청구법인과 OOO은 별도로 사업자등록을 한 개별사업자인 것으로 나타나 청구법인이 OOO의 산하기관으로서 OOO과 동일한 사업자에 해당한다는 청구법인의 주장을 인정하기는 어렵고, 지방자치법상 지방자치단체의 조례로 사업소를 설치하여 지방자치단체의 사무 일부를 위임한다고 규정하고 있을 뿐이며, 별도의 규정이 없는 한 청구법인과 OOO이 본․지점 관계에 해당한다고 보기는 어려운 점, 부가가치세법 제39조 제1항 제4호 에 따르면 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않도록 규정하고 있는바, 청구법인이 쟁점시설물을 신축하여 준공한 후 쟁점시설물의 소유 및 운영권을 OOO으로 이관한 것으로 확인되고, OOO 또는 OOO이 위탁한 기관에서 쟁점시설물의 운영 및 임대와 관련된 사용료를 수취한 후 이를 매출세액으로 하여 부가가치세를 신고한 것으로 확인되는 반면, 청구법인은 쟁점시설물과 무관한 별도의 시설물 임대에 관한 사용료 수취액을 매출세액을 신고한 것으로 확인되어 쟁점매입세액을 청구법인의 매출세액에 대응되는 매입세액이라고 보기는 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인이 주장하는 쟁점매입세액을 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.