1. 처분개요
- 가. 청구법인은 2013.10.25. 개업하여 OOO에서 부동산 분양 및 분양대행업을 영위하는 사업자로서, 2014.12.31. 주식회사 AAA(이하 “수탁자” 또는 “AAA”이라 한다)으로부터 OOO 소재 OOO 판매시설(지하1층∼지상5층, 전용면적 12,373.143㎡, 이하 “쟁점상가”라 한다)을 OOO원(토지가액 OOO원, 건물가액 OOO원, 부가가치세 OOO원)에 분양받는 계약(이하 “당초분양계약(서)”라 한다)을 체결하고, 쟁점상가의 잔금 지급일(소유권이전등기일)인 2019.4.19.을 작성일로 하여 2019.5.9. 분양사(위탁자)인 ㈜BBB(이하 “분양사”라 한다)으로부터 공급가액 OOO원의 매입세금계산서(이하 “쟁점당초세금계산서”라 한다)를 수취한 후 처분청에 2019년 제1기 부가가치세를 신고하였다.
- 나. 청구법인은 쟁점상가의 잔금 지급일(소유권이전등기일) 전인 2019.4.15. 분양사와 쟁점상가의 분양금액을 당초 OOO원에서 OOO원으로 변경하는 내용의 수정계약(이하 “쟁점수정계약(서)”라 한다)을 체결하였으나, 착오로 당초분양계약에 근거한 쟁점당초세금계산서를 수취함에 따라 2020.11.3. 분양사로부터 쟁점수정계약에 따른 공급가액 OOO원의 수정매입세금계산서(작성일은 2019.4.19.이고, 이하 “쟁점수정세금계산서”라 한다)를 수취하였다고 하여, 2020.11.27. 처분청에 2019년 제1기 부가가치세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.
- 다. 처분청은 청구법인의 경정청구를 OOO지방국세청에 이관하였고, OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 쟁점수정세금계산서가부가가치세법제32조 제7항 및 같은 법 시행령 제70조 제1항 제5호에 따른 ‘필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우’에 발급된 적법한 수정세금계산서에 해당하지 아니하는 것으로 보아 처분청에 ‘거부의견’을 통보하였으며, 이에 따라 처분청은 2021.2.2. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
- 라. 청구법인은 이에 불복하여 2021.3.15. 이의신청을 거쳐 2021.8.31. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장 쟁점당초세금계산서는 유효한 쟁점수정계약이 있음에도 수탁자와 분양사, 청구법인 실무직원들의 착오를 원인으로 잘못 수수된 것이므로, 쟁점수정세금계산서 관련 매입세액을 공제하여야 한다.
(1) 쟁점수정계약은 허위계약이 아니라 적법하게 효력을 가지는 계약서이다. (가) 쟁점수정계약서를 체결하게 된 경위는 다음과 같다.
1. 쟁점상가가 포함된 ‘주상복합신축사업(이하 “쟁점주상복합신축사업”이라 한다)’은 OOO 외 19필지에 상가, 아파트, 판매시설을 건설하는 사업으로, 위 사업의 시행사이자 위탁자는 분양사인 주식회사 BBB이고, 시공사는 CCC 주식회사, 수탁자는 AAA이다.
2. 쟁점주상복합신축사업의 부지 12,849.4㎡(이하 “사업부지”라 한다)를 소유하고 있던 DDD 주식회사(이하 “DDD”이라 한다)는 건축될 호실 중 쟁점상가를 DDD이 취득하는 조건으로 분양사에게 사업부지를 OOO원에 매도하였다. DDD으로부터 사업부지를 취득한 분양사는 CCC 주식회사를 시공사로 지정하고 2015년 초경 착공하여 2018년 11월경 임시사용승인을 받았다.
3. 쟁점주상복합신축사업의 아파트와 상가는 수년간 불특정다수인을 상대로 정당한 시가로 분양된 반면, 쟁점상가는 다음과 같이 특수한 방식으로 거래가 이루어졌다. 유동성 확보방안을 모색하던 분양사에게 AAA은 시가 OOO원에 이르는 쟁점상가를 수탁자가 청구법인에게 OOO원에 저가로 분양하고, 청구법인은 즉시 이를 DDD에게 OOO원에 양도하여 그 차액인 OOO원의 이익을 청구법인에게 귀속시킨 후, 해당 채권을 담보로 EEE 주식회사(이하 “EEE”이라 한다)가 청구법인에게 대출하여 주면, 청구법인은 그 자금으로 분양사에게 이를 대출하는 방안을 제안하였다. 이에 분양사는 2014.12.31. DDD으로부터 사업부지를 OOO원에 양수(계약금 OOO원은 즉시 지급하고 잔금 OOO원은 2018.12.31. 지급)하고, 같은 날 같은 장소에서 분양사의 지시를 받은 수탁자는 쟁점상가를 청구법인에게 OOO원에 분양하는 당초분양계약을 체결(계약금은 즉시 지급하고 중도금 OOO원은 2015.12.28.까지 지급하며 잔금 OOO원은 쟁점상가 입점시에 지급함)하였으며, 동시에 청구법인이 DDD에게 쟁점상가를 OOO원에 양도하는 계약(계약금, 중도금 없이 사용승인일로부터 1개월내 잔금지급조건)을 체결하였으며, EEE은 매매차익(OOO원)의 귀속자인 청구법인에게 OOO원을 대여하고, 청구법인은 이 중 약 OOO원을 분양사에 대여하였다. 청구법인은 2019.4.15. 분양사와 쟁점상가 분양가액을 OOO원에서 OOO원으로 증액하는 내용의 쟁점수정계약을 체결한 후, 2019.4.19. DDD으로부터 잔금을 수령하고 쟁점상가의 소유권을 DDD이 지정한 주식회사 FFF에 이전하였다.
4. 즉, 당초분양계약과 대출계약은 2014.12.31. 수탁자, EEE, DDD, 분양사, 청구법인의 대표와 담당자들이 같은 장소에 모여 일괄적으로 작성하였고, DDD 담당자는 청구법인이 OOO원에 쟁점상가를 양수한 사실을 인지하고 있음에도 청구법인으로부터 이를 OOO원에 양수하는 계약을 체결하였는데, 이러한 거래는 DDD 담당자가 당초분양계약이 대출을 받기 위한 형식적인 저가계약임을 인지하였기 때문에 가능하였고, 청구법인이 DDD에 쟁점상가를 양도하는 매매계약서에도 당초분양계약이 있었음이 명시되어 있다. 당초분양계약을 수정하지 아니하고 그대로 둘 경우, 분양사가 법인세법상 특수관계인인 청구법인에게 쟁점상가를 저가양도한 것이 되어, 법인세 등이 과도하게 부과될 것이어서 이러한 회계처리를 방치할리 없으므로 쟁점수정계약서가 작성되어야 한다는 사실은 당초분양계약서가 작성될 시점인 2014.12.31. 예정되어 있었다 할 것이다. (나) 처분청은 당초분양계약의 당사자인 수탁자가 배제된 채 쟁점수정계약이 이루어져 동 수정계약은 효력이 없다는 의견이나, 신탁법제33조는 수탁자는 수익자의 이익을 위하여 신탁사무를 처리하여야 한다고 규정하고 있어 위탁자에게 손해가 예견되면 이를 해소하고자 위탁사가 수탁자에게 제안한 사항을 수탁자가 수용할 의무가 있고, 당초분양계약서에 계약당사자는 수탁자와 청구법인 뿐만 아니라 분양사(위탁자)도 포함되어 있으며, 2019.4.15.에는 사실상 분양이 종료되어 신탁계약관계도 종료되었으므로 위탁자인 분양사가 수탁자의 지위를 포괄승계받은 상태라 할 것이어서 수탁자가 계약당사자가 아니라는 이유로 쟁점수정계약의 효력을 부인하는 것은 타당하지 아니하다.
(2) 부가가치세법제32조 제7항 및 같은 법 시행령 제70조 제1항 에 따르면, ‘착오’에 의한 세금계산서는 과세관청의 경정결정 전까지(제5호), ‘착오 외’에 의한 세금계산서는 동 거래분 확정신고기한까지(제6호) 발급하여야 한다고 규정하고 있다. ‘착오’의 개념에 관하여부가가치세법에서 규정하고 있거나 그 의미에 제한을 가하고 있는 법령이 있지 아니하고, 이 건 ‘착오’를 법률적 성질이 다른민법상 법률행위의 착오 또는 착오에 의한 의사표시에 있어서의 착오와 같이 해석할 수 없으며, 따라서 그 본래의 뜻에 따라 널리 의사형성에 있어서의 착각 또는 동기의 착오 등을 포함하는 넓은 의미로 해석하는 것이 타당하다(대법원 2007.9.7. 선고 2007두8959 판결, 조심 2013중3618, 2014.7.2. 참조). AAA은 쟁점주상복합신축사업과 관련하여 아파트 736세대, 상가 29호실의 계약이 체결될 때마다 매월 말 계약서에 정해진 입금일자에 따라 매출세금계산서를 발행할 일자와 내역을 첨부하여 메일로 송부하였고, 분양사의 AAA 대리는 그 자료를 보고 기계적으로 세금계산서를 발행하였다. 쟁점당초세금계산서도 OOO의 잔금청산이 종료된 2019.4.19. 이후 다음달 10일 이내인 2019.5.9. 수탁자인 AAA(직원 BBB)이 분양사 직원인 AAA 대리에게 이메일로 당초분양계약에 근거하여 세금계산서를 발급하도록 함에 따라 관행적으로 청구법인에게 발급된 것으로, 말단 직원인 AAA 대리는 쟁점수정계약의 내용을 알지 못하였다. AAA은 당초분양계약이 신축자금을 조달할 목적으로 형식적으로 체결된 사실을 알고 있으므로 쟁점상가의 매매거래종료일인 2019.4.19. 전에 변경수정계약을 체결하여야 함을 알고 있었으나, 수탁자로서 기획저가거래를 통한 자금조달 목표를 달성하여 일단 소임을 다한 상태였고, 묵시적으로 2014.12.31.부터 2019.4.19. 사이에 당초분양계약의 실질당사자인 분양사와 청구법인간 체결될 변경계약에 대하여 동의한 상태였기에 수정계약에 관여할 이유가 없었으며, 분양이 본격적으로 시작된 2016년부터는 업무가 영업부에서 관리부로 이관되어 관리부 직원으로서는 2014.12.31. 이루어진 기획저가거래를 통한 자금조달 과정을 잘 알지 못하였고, 2019.4.15. 당시 아파트와 상가분양사무가 청산단계에 진입하여 사실상 신탁사무가 종료되었기에 관리부에서는 착오로 당초분양계약서를 토대로 당초세금계산서를 발급하도록 분양사에 전달한 것이므로, 이는 착오의 유발행위에 해당한다. 한편, 분양사의 중간간부인 CCC 부장은 2019.4.15. 체결된 쟁점수정계약의 사실을 알고 있으므로 2019.5.9. 쟁점당초세금계산서 발급시 적정여부를 검토한 후 이를 수정하였어야 했으나, 쟁점상가 분양사업이 종료되어 관심 밖의 일이었고, 2019년 5월경에는 다른 신축분양사업(OOO 외 16필지에 소재한 업무시설 및 근린생활시설)이 진행중이어서 이를 검토하지 못하였다. 분양사는 쟁점주상복합신축사업이 종료된 후 2020년 3월경 2019사업연도 법인세 결산업무와 회계감사를 진행하는 과정에서 세금계산서가 착오에 의하여 발행된 사실을 인지하고 이를 수정하고자 하였으나, 당시 세무대리인은 당초세금계산서 발급내용을 그대로 반영하여 결산할 수 밖에 없다고 하며 사의를 표명하였고, 이에 2020년 3월말 법인세 신고기한을 1개월 연장하고 쟁점당초세금계산서대로 2019사업연도분에 대한 결산업무 및 법인세 신고업무를 마무리한 후 새로 선임된 세무대리인이 착오를 원인으로 쟁점당초세금계산서를 수정하는 방법을 제시하여 2020년 11월경 쟁점수정세금계산서를 수수하게 된 것이다.
(3) 처분청은 쟁점수정계약에 의한 매매차익이 거래당사자간 장부에 기재되어 있지 아니하고, 청구법인이 문서감정에 동의하지 아니하여 쟁점수정계약을 신뢰하기 어렵다는 의견이나, 쟁점수정계약이 2019.4.15.이 아닌 그 이후에 작성되었다거나 허위의 계약서로 볼 만한 특별한 사정이 없는 한 당연히 효력을 가질 수 밖에 없고, 실질과세원칙에 따라 계약내용의 실질이 중요할 뿐 장부의 기재여부는 계약효력에 영향을 미칠 수 없다. 청구법인은 조사청의 조사과정에서 쟁점수정계약서 원본을 제출한바 있고, 동 계약서 작성시점부터 문서감정시점까지의 기간이 약 1년 7개월 정도에 불과하여 문서감정이 실효성에 의문이 있었으며, 이를 감정하게 되면 경정청구처리기간만 소요될 것이 우려되어 동의를 하지 않았을 뿐 동 계약은 2019.4.15. 체결한 실지계약서이다.
- 나. 처분청 의견 쟁점수정계약서는 사실상 소급작성된 것으로 보이는바, 이를 근거로 발행된 쟁점수정계산서는 ‘착오’에 의해 발급된 적법한 수정세금계산서인 것으로 보기 어렵다.
(1) 사업자는 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 경우 부가가치세법제32조 제1항에 따라 공급받는 자에게 세금계산서를 발급하여야 하고, 같은 조 제7항에 따라 세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적어 발급한 경우 수정세금계산서를 발급할 수 있다.
(2) ‘착오’란 법률의 적용대상에 대한 착오나 법령의 무지(無知) 등은 포함하지 아니하고, ‘착오’에 의하여 ‘잘못 기재하였다’ 함은 공급하는 사업자가 당해 거래의 내용을 객관적 사실과 달리 인식함으로써 세금계산서 상의 기재사항을 잘못 기재한 것을 의미(조심 2020서91, 2020.11.27. 참조)한다.
(3) 다음과 같은 점을 종합해 보면 쟁점수정세금계산서의 근거가 된 쟁점수정계약서가 적법하게 작성된 것으로 보기 어렵다. (가) 청구법인은 2019.4.15. 쟁점수정계약서를 체결하였으나, 착오로 당초분양계약서를 근거로 2019.4.19.자 당초세금계산서를 2019.5.9. 발행하였다고 주장하나, 쟁점수정계약에는 청구법인이 증액된 공급가액(OOO원, 이하 “쟁점증액금액”이라 한다)을 계약체결일에 분양사에 납부하도록 되어 있음에도 청구법인은 이를 이행하지 아니하였고, 청구법인의 대표이사는 쟁점증액금액의 납부여부를 알지 못한다고 조사청에 진술하였으며, 청구법인의 실무자는 분양사에 대한 채권과 쟁점증액금액을 상계처리할 계획임을 피력하였다. (나) 쟁점증액금액에 대하여 청구법인은 매입채무를, 분양사는 매출채권을 장부에 계상하여야 하나, 양 측 모두 이를 누락하였고, 청구법인은 지연결제(채권·채무상계)에 대한 이자비용(수익)으로 연 6%를 적용한다고 조사청에 진술하였으나, 당초분양계약서에 의하면 연 12%의 이율을 적용하도록 되어 있다. (다) 조사청은 청구법인이 변경된 분양가액 OOO원의 근거로 제시한 시가표준액 산정자료 원본 1매와 쟁점수정계약서 원본에 대하여 문서작성일자 등의 확인을 위한 포렌식 감정을 의뢰하고자 하였으나, 청구법인은 문서감정을 위하여 제출해야 할 문서훼손동의서를 제출하지 아니하였다. (라) 쟁점수정계약서는 쟁점상가의 소유권이전등기일(2019.4.19.) 4일 전인 2019.4.15.에 당초분양계약서 제17조(신탁종료시 처리)에 따라 수탁자가 분양관계에서 탈퇴하고 분양사가 대신 수탁자의 지위를 이어받아 작성된 것으로 기재되어 있으나, 관련 신탁이 종료되거나 쟁점상가의 소유권이 청구법인으로 이전되지 아니하여 수탁자를 배제한 쟁점수정계약은 당초분양계약에 위배될 소지가 있어 보인다. (마) 청구법인은 의도적으로 저가양도인 당초분양계약을 체결하였다고 주장하나, 청구법인이 쟁점부동산을 분양받은 가액과 DDD에 매도한 가액과의 차액인 쟁점증액금액을 담보로 EEE로부터 자금을 대여하는 구조라는 설명과는 달리 청구법인의 대출약정서에는 양도차익을 담보로 하는 약정이 존재하지 않고, 2014.12.31. 현재 청구법인의 장부상 채권으로 기재되어 있지 아니한 양도차익을 담보로 자금을 차입하는 것은 통상의 대출거래와 다르다. (바) 청구법인은 쟁점상가의 소유권을 취득하면서 실거래가 신고(2019.4.18.)와 소유권이전등기(2019.4.19.)를 당초분양계약서에 근거하여 하였는바, 불과 3~4일 전에 2019.4.15. 쟁점수정계약서를 작성하였다면, 당초분양계약서에 따라 등기를 하는 것은 상식에 부합하지 아니하고, 앞서 언급한 바와 같이 쟁점수정계약서상 체결일 즉시 지급하기로 되어 있던 쟁점증액금액이 납부되지 않은 점, 2019년 제1기∼2020년 제2기 예정 부가가치세 신고 시와 2019사업연도 법인세 결산 시까지 자기시정의 기회가 있었음에도 2020.11.3.이 되어서야 쟁점수정세금계산서를 수수한 점 등을 고려할 때, 쟁점수정계약서는 쟁점상가의 공급이 완료된 소유권이전등기일(2019.4.19.) 이후에 작성되었을 것으로 보인다.
(4) 위와 같이 쟁점수정세금계산서 작성의 근거가 된 쟁점수정계약서는 소유권이전등기일(2019.4.19.) 이후에 매입세액 공제를 위하여 소급하여 작성된 계약서로 보이므로 청구법인이 쟁점수정세금계산서를 적법하게 수수하였다고 볼 수 없어 청구주장을 받아들이기 어렵다.