쟁점세금계산서가 가공세금계산서에 해당하는지 여부 등

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2010.11.12. 개업하여 OOO에서 장비 제조업을 주업으로 하는 법인으로 2011년 제2기 부가가치세 과세기간에 OOO(이하 “쟁점매입처”라 한다)와 4회에 걸쳐서 철골제작설치의 용역거래(이하 “쟁점거래”라 한다)를 하였다.
• 나. 처분청은 2016.5.30.부터 2016.7.10.까지 쟁점매입처의 2011년 제2기에 대한 부가가치세 세목별조사를 실시한 결과 쟁점거래가 실제 용역의 공급이 없는 가공거래에 해당하고 발행된 세금계산서(공급가액 OOO원 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)도 사실과 다른 세금계산서라고 보아 쟁점매입처를 조세범처벌법위반으로 2016년에 고발하였으며 2021.6.14. 청구법인에게 부과제척기간 10년을 적용하여 2011년 제2기 부가가치세 OOO원 및 2011사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.9.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 쟁점매입처에 대한 조사결과를 유추․확대해석하여 실제 거래에 대한 조사 없이 쟁점거래를 가공거래라고 판단하였으므로 과세처분은 위법하다. (가) 쟁점거래와 관련한 부가가치세법과 법인세법상 장부 및 지출증빙서류의 보관 기한은 2017.1.26.과 2017.3.31.로 이미 종료되어 처분청이 청구법인에게 이 건 부과처분을 할 당시에 관련 증빙을 제시하기 어려운 상황이었다. (나) 2016년 당시 쟁점매입처에 대한 조사종결보고서에도 쟁점거래가 허위라고 단정할 구체적인 입증자료는 제시되지 아니하였고 설령 청구법인의 소명이 부족하였다고 하더라도 추가적인 조사 없이 불충분한 과세자료에 근거해 과세한 처분은 위법하다. 당초 조사대상이 쟁점매입처였으므로 쟁점매입처의 내부자료를 확인하였어야 함에도 청구법인에게 쟁점거래에 대한 소명을 요구한 것도 문제였고 이를 입증하지 못하였다고 하여 청구법인에게 과세한 것도 잘못이다. (다) 통상 기업들은 세금계산서를 발행한 후 결제대금(외상매입금)을 지급하므로 처분청이 쟁점거래와 관련하여 대금이체일자와 세금계산서 발행일자가 일치하지 않는다는 이유로 대사가 불가능하다고 주장하는 것도 상식에 부합하지 않는다. (라) 청구법인이 쟁점매입처로부터 되돌려받은 OOO원의 경우 쟁점매입처가 청구법인의 공사현장에서 작업을 하는 도중에 공사자재가 필요하여 청구법인에게 구매를 요구해 송금한 것이며 자재를 구매하지 않고 청구법인이 보유한 자재를 사용하기 위하여 다시 되돌려 준 것이다. 다만 이 과정에서 착오가 발생하여 청구법인의 대표이사 개인계좌를 이용하였을 뿐이다. (마) 처분청은 또한 입금 받은 즉시 대체되거나 불특정 다수에게 이체되어 금융조작흔적이 보이므로 가공거래라는 의견이나, 이는 구체적으로 어떤 거래가 어떻게 조작되었는지 입증하지 않고 추정에 의하여 가공이라고 판단하는 것은 불합리한 결정이다.

(2) 처분청은 2011년에 발생한 쟁점거래와 관련하여 2016년 쟁점매입처에 대한 세무조사가 이루어졌음에도 불구하고 그 과세의무를 해태하다가 2021.6.14. 청구법인에게 부과제척기간 10년을 적용하여 과세를 하였으므로 이 건 처분은 위법하다. (가) 쟁점매입처에 대한 세무조사 당시 처분청은 청구법인으로부터 소명자료를 제출받았으나 과세통지 등 관련 조치를 하지 않고 2021년 3월에 이르러 관련 증빙자료가 남아있지 않은 시점에서 과세예고통지를 함으로써 납세자의 권리를 침해한 행위로 위법하다. (나) 더욱이 청구법인에 대한 별도의 조사없이 쟁점매입처에 대한 조사종결보고서를 근거로 부과 처분을 하였으므로 명백히 세무공무원이 업무를 해태함과 통시에 재량을 일탈․남용한 것으로 보아야한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 2011사업연도에 쟁점매입처로부터 매입 거래없이 가공세금계산서만 발급받았으므로 이를 가공거래로 보아 과세한 처분은 적법하다. (가) 처분청은 쟁점매입처에 대한 세무조사 후 쟁점세금계산서를 포함한 쟁점매입처의 일련의 거래가 가공거래에 해당한다고 보아 쟁점매입처를 조세범처벌법 위반으로 고발하였고 OOO에서도 쟁점거래가 가공이라고 보아 쟁점매입처의 대표자에게 벌금형을 선고하였다. (나) 쟁점매입처에 대한 조사종결보고서를 살펴보면 쟁점매입처는 공사용역을 공급하기 위한 근로자 고용 이력이 없고 거래대금도 입금 받은 즉시 대체거래 되거나 불특정인에게 이체되는 것으로 확인된다. 특히 2011.9.23. 청구법인으로부터 OOO원을 입금받고 3분 뒤에 청구법인 대표자 개인통장으로 입금한 내역이 나타나고 이에 대하여 청구법인의 대여금이라는 주장은 관련 증빙이 확인되지 않으므로 쟁점거래가 가공거래에 해당한다고 보아 과세한 처분은 잘못이 없다.

(2) 가공거래 자체가 ‘사기 및 기타 부정한 행위’에 해당한다고 볼 수 있으므로 부과제척기간 10년을 적용한 처분은 적법하다.

• 가. 쟁점

① 쟁점세금계산서가 가공세금계산서에 해당하는지 여부

② 부과제척기간 10년을 적용하여 과세한 처분의 당부

• 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 “세금계산서등”이라 한다)을 발급한 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우: 그 공급가액의 2퍼센트 제71조(장부의 작성ㆍ보관) ① 사업자는 자기의 납부세액 또는 환급세액과 관계되는 모든 거래사실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 장부에 기록하여 사업장에 갖추어 두어야 한다.

② 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역의 공급과 함께 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하거나 제42조 제1항을 적용받는 경우에는 과세되는 공급과 면세되는 공급 및 면세농산물등을 공급받은 사실을 각각 구분하여 장부에 기록하여야 한다.

③ 사업자는 제1항 및 제2항에 따라 기록한 장부와 제32조, 제35조 및 제36조에 따라 발급하거나 발급받은 세금계산서, 수입세금계산서 또는 영수증을 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한 후 5년간 보존하여야 한다. 다만, 제32조에 따라 전자세금계산서를 발급한 사업자가 국세청장에게 전자세금계산서 발급명세를 전송한 경우에는 그러하지 아니하다.

(2) 법인세법 제116조(지출증명서류의 수취 및 보관) ① 법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증명서류를 작성하거나 받아서 제60조에 따른 신고기한이 지난 날부터 5년간 보관하여야 한다. 다만, 제13조 제1항 제1호에 따라 각 사업연도 개시일 전 5년이 되는 날 이전에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금을 각 사업연도의 소득에서 공제하려는 법인은 해당 결손금이 발생한 사업연도의 증명서류를 공제되는 소득의 귀속사업연도의 제60조에 따른 신고기한부터 1년이 되는 날까지 보관하여야 한다.

(3) 국세기본법 제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[ 국제조세조정에 관한 법률 제2조 제1항 제1호 에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우: 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(역외거래의 경우 10년)

2. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우: 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년(역외거래에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년). 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 또한 같다. (4) 국세기본법 시행령 제12조의2(부정행위의 유형 등) ① 법 제26조의2 제2항 제2호 전단에서 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”란 조세범 처벌법 제3조 제6항 에 해당하는 행위를 말한다.

(5) 조세범처벌법 제3조(조세 포탈 등) ⑥ 제1항에서 "사기나 그 밖의 부정한 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작

6. 조세특례제한법 제5조의2 제1호 에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위

• 다. 사실관계 및 판단 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인이 2011년 제2기에 주식회사 AAA 등으로부터 납품계약을 맺고 쟁점매입처와 쟁점거래 후 발급받은 세금계산서 내역은 <표1>과 같다. <표1> 쟁점거래 관련 청구법인의 매입․매출내역 OOO (나) 청구법인과 쟁점매입처의 개․폐업 현황는 <표2>와 같다. <표2> 청구법인과 쟁점매입처의 개․폐업 현황 OOO (다) 처분청이 작성한 쟁점매입처에 대한 부가가치세 조사종결보고서를 보면 청구법인과의 쟁점거래를 가공거래로 보면서 청구법인이 제출한 소명자료가 불충분하다고 보아 사실로 인정하지 않았고, 금융거래 내역상 대금이체일자가 세금계산서 발행기간과 달라 대사가 불가능하다고 판단하였으며, 2011.9.23. 쟁점매입처와 청구법인이 OOO원을 입출금한 내역 등이 비정상적이라는 이유로 금융거래를 조작한 흔적이 있다고 보았다. (라) 쟁점매입처에 대한 조세범처벌법위반 고발사건과 관련한 OOO(2017.2.13. 선고 OOO 판결) 약식명령문을 보면 ‘피고인(쟁점매입처)은 2012.1.25.경 OOO에 있는 OOO서에서 2011년 제2기 부가가치세 확정신고를 함에 있어 사실은 2011년 7월경부터 2011년 12월경까지 기간 동안 OOO(쟁점매입처)에서 재화나 용역을 제공하지 아니하고 OOO(청구법인)에 공급가액 OOO원 상당을 공급한 것처럼 합계표를 작성하는 등 별지 범죄일람표 기재와 같이 6개의 업체에 재화나 용역을 제공하지 않았음에도 공급가액 합계 OOO원 상당의 매출처별 세금계산서 합계표를 거짓으로 기재하여 OOO서에 제출하였다’고 기재되어 있다. (마) 처분청은 2011년에 발생한 쟁점거래와 관련하여 2016년 쟁점매입처를 세무조사한 후 쟁점거래를 가공거래라고 보아 쟁점매입처를 고발하였으나 청구법인에 대한 별도의 조사는 진행하지 아니하였고 2021.3.24. 청구법인에게 쟁점거래에 대하여 2011년 제2기 부가가치세와 2011사업연도 법인세를 과세예고통지를 하였다. 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 쟁점매입처에 대한조세범처벌법위반에 대한 고발사건에서 OOO이 쟁점매입처와 청구법인간 쟁점거래가 실제 재화나 용역을 공급하지 않고 거짓으로 세금계산서를 발급하였다는 이유로 쟁점매입처에게 벌금형을 선고한 점, 청구법인이 2011.9.23. 쟁점매입처에 OOO원을 송금한 후 3분여 후에 청구법인 대표이사 계좌로 재송금 받은 내역에 대하여 명확히 소명하지 못하는 점 등 청구법인과 쟁점매입처간 금융거래내역이 비정상적이고 세금계산서발행 내역과도 일치하지 않는 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점거래를 가공거래라고 보아 부가가치세와 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 쟁점①에서 살펴본 바와 같이 쟁점세금계산서가 실제 용역의 공급없이 허위로 발행된 세금계산서에 해당하는 것으로 보이고 이에 따라 청구법인이 부당하게 매입세액을 매출세액에서 공제받거나 환급받음으로써 조세를 포탈한 것으로 보이므로 처분청이 이를 사기나 그 밖의 부정한 행위로 보아 국세기본법제26조의2 제2항 제2호의 규정에 따라 10년의 부과제척기간을 적용하여 청구법인에게 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.