당초 세금계산서의 공급가액을 감액하는 수정세금계산서가 발급된 후 당초 세금계산서의 공급가액이 정당한 것으로 확인되었고, 공급자가 당초 세금계산서의 공급가액에 맞게 매출세액을 추가 납부한 경우, 공급받는 자(청구법인) 역시 당초 세금계산서의 공급가액에 상당하는 매입세액을 공제받아야 한다는 청구주장의 당부

OOO서장이 2021.1.14. 청구법인에게 한 2017년 제1기 부가가치세 OOO원의 경정청구 거부 처분은 이를 취소한다. 1.처분개요

• 가. 청구법인은 OOO의 발전사업부분 조직 개편에 따라 OOO에 설립된 OOO(한국 영업소)로, 2016년 8월경 국내 관계사인 OOO 한국지점(이하 “쟁점거래처”라 한다)으로부터 발전사업부를 양수하였고, 발전사업부 관련 영업권 OOO원(감정평가법인 평가액, 이하 “쟁점영업권”이라 한다)에 대하여 쟁점거래처로부터 세금계산서를 발급받아 매입세액을 지급한 후 2016년 제2기 부가가치세 신고시 매입세액 공제로 처리하였다.
• 나. 이후 청구법인과 쟁점거래처 간의 합의에 따라 쟁점영업권의 공급가액 약 OOO원을 감액하기로 함에 따라, 청구법인은 2017년 4월경 쟁점거래처로부터 수정세금계산서(작성일자 2017.4.18., 공급가액 OOO원, 세액 OOO원, 이하 “쟁점수정세금계산서”라 한다)를 발급받고, 이를 2017년 제1기 부가가치세 신고에 반영하여 공급가액 감액분에 해당하는 매입세액을 납부하였다.
• 다. 한편, 쟁점거래처가 2020년 8월경 OOO청장의 세무조사를 받으면서, 쟁점영업권 가액은 2017년 4월경 수정된 금액이 아닌 당초 공급가액 OOO원이 타당한 것으로 확인되었고, 쟁점거래처는 쟁점영업권 평가 감액분 OOO원에 대한 재수정세금계산서 발급 없이 2020.9.18. 2017년 제1기 부가가치세 수정신고서를 제출(매출세액 OOO원 증액)하였으며, 2020.10.5. 추가적인 부가가치세 및 관련 가산세를 납부하였다.
• 라. 그에 따라 청구법인은 2017년 제1기 부가가치세 신고시 쟁점수정세금계산서에 따라 매입세액공제액에서 제외한 OOO원에 대하여 매입세액을 공제받는 것이 타당하다는 이유로 2020.10.14. 처분청에 경정청구를 하였다.
• 마. 처분청은 쟁점수정세금계산서를 재수정하는 세금계산서가 발급되지 않아 매입세액 공제가 불가능하다는 이유로 2021.1.14. 청구법인의 경정청구를 거부하는 통지를 하였다.
• 바. 청구법인은 이에 불복하여 2021.3.10. 이의신청을 거쳐 2021.9.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점수정세금계산서가 발급된 사유였던 쟁점영업권 공급가액 감액이 과세관청에 의하여 잘못된 것으로 판명되었고 당초의 공급가액이 옳은 것으로 경정됨에 따라, 쟁점거래처(공급자)가 쟁점수정세금계산서의 효과를 취소하기 위한 부가가치세 수정신고서를 제출하고 쟁점수정세금계산서에 의해 감액한 매출세액을 다시 납부하였으므로, 매입자인 청구법인 입장에서도 2017년 제1기 부가가치세 산정시 정당한 매입세액을 모두 공제받는 것이 타당하다.

(2) 조세심판원은 이 건과 매우 유사한 사실관계에 대하여 수정세금계산서에 대한 재수정세금계산서 발급 여부를 전혀 논하지 않고, 국세기본법제14조에 따른 실질과세 원칙을 근거로 매입자가 수정세금계산서로 인해 과다납부한 세액을 환급받을 수 있다고 결정하였고(조심 2010서2845, 2011.9.23., 조심 2012구1920, 2012.10.10.), 이 건의 경우에도 해당 심판례를 준용하는 것이 타당하다. (가) 조세심판원 선결정례 “조심 2010서2845, 2011.9.23.”은 특수관계인간 영업권을 양수도 하면서 대가를 지급하기로 하고 세금계산서를 발급하였다가 당사자간 합의 하에 이를 취소하는 수정세금계산서를 발급하였으며, 이후 과세관청이 이를 부당하게 공급대가를 받지 않은 것으로 보아 양도인의 부가가치세 매출세액을 추징한 경우, 양수인이 수정세금계산서에 의하여 동일 과세기간에 매입세액을 차감하여 신고․납부한 것은 부가가치세를 과다 납부한 것으로 보아 환급하는 것이 타당하다고 결정하였다. 해당 선결정례에서도 처분청은 과세관청의 경정 후에 재수정세금계산서를 발급할 수 없다는 이유로 해당 재수정세금계산서를 부인하였으나, 조세심판원은 해당 재수정세금계산서와 무관하게 ‘과세관청에 의해 수정세금계산서가 잘못된 것이 밝혀져 매출자가 다시 매출세액을 추가로 납부하였다면 매입자가 동일 과세기간에 세액을 과다 납부한 것이 인정되어 매입세액을 공제하는 것이 타당하다고 하였다. (나) 조세심판원 심판례 “조심 2012구1920, 2012.10.10.”에서도 당초 세금계산서 발행 후 착오로 계약이 해제된 것으로 오인하여 1차 수정세금계산서를 발행하였다가, 이후 착오를 발견하여 당초 세금계산서의 공급가액이 타당하다는 취지의 2차 수정세금계산서를 다시 발행한 경우, 당초 세금계산서에 따라 매입세액을 공제받을 수 있다고 보았고, 판단부분에서 2차 수정세금계산서는 착오로 발행된 1차 수정세금계산서를 바로잡기 위해 발급된 것에 불과하므로, 2차 수정세금계산서를 문제삼을 것 없이 당초 세금계산서에 따른 매입세액을 공제받을 수 있다고 결정하였다. (다) 즉, 당초 거래의 공급가액을 감액하는 수정세금계산서를 발급한 후 과세관청의 경정(조심 2010서2845, 2011.9.23. 및 청구법인 사례) 또는 당사자 합의(조심 2012구1920, 2012.10.10.)에 따라 공급가액이 재조정된 경우, 재수정세금계산서의 발급 여부를 불문하고 최초 세금계산서가 실제 거래에 맞게 적법하게 발급되었다면, 매입자 입장에서는 실질에 따라 당초 공제받았어야 하는 세액을 공제할 수 있다는 것이 조세심판원의 일관된 입장으로 해석된다.

(3) 처분청은 재수정세금계산서가 발급되었어야만 매입세액 공제가 가능하고, 이 건의 경우 쟁점거래처의 세무조사 과정에서 공급가액 감액의 취소가 이루어져 재수정세금계산서 발행이 불가능하다는 이유로 청구법인의 매입세액 공제도 불가능하다고 판단하였는데, 이는 조세심판원 선결정례에 반할 뿐만 아니라, 공급자인 쟁점거래처가 매출세액을 추가로 납부하였음에도 매입자인 청구법인은 여전히 잘못된 공급가액에 따른 부가가치세를 납부하여야 한다면 부가가치세가 이중으로 과세되는 결과가 되어 부당하다.

(4) 대법원 및 부산고등법원 역시 수정세금계산서를 발급받지 않더라도 당초 세금계산서에서 확인되는 거래내용을 바탕으로 매입세액 공제가 가능하다고 판시한 바 있다(부산고등법원 2016.11.30. 선고 2016누10032 판결, 대법원 2017.4.13.자 2016두64159 심리불속행 판결로 확정됨).

• 나. 처분청 의견

(1) 쟁점거래처는 쟁점영업권 가액 OOO원을 감액하였다가 OOO청장의 조사과정에서쟁점영업권 가액 OOO원을 증액하는 부가가치세 수정신고(2020.9.18.) 및 자진 납부(2020.10.5.)를 하였으나, 수정신고일 현재 OOO원을 증액하는 재수정세금계산서를 발급하지 않았고, 수정신고일로부터 5개월이 지난 시점인 2021.1.13. ‘착오에 의한 이중 발급’을 사유로 OOO원을 증액하는 재수정세금계산서를 발급하였으므로, 청구법인은 부가가치세법제39조 제1항 제2호에 따라 세금계산서를 발급받지 아니한 경우에 해당하여 매입세액공제를 받을 수 없다.

(2) 청구법인이 인용한 심판례 “조심 2010서2845, 2011.9.23.”은 영업권 양도에 따른 세금계산서가 발급된 후 당사자 합의하에 이를 취소하는 1차 (감액) 수정세금계산서가 발급되었고, 이후 과세관청에서 부당하게 공급대가를 받지 않은 것으로 보아 양도인의 매출세액을 경정하자, 2차로 매출 공급가액을 증액시키는 재수정세금계산서를 발급하였으며, “조심 2012구1920, 2012.10.10.”은 1차 수정세금계산서가 착오로 발행된 후 2차 수정세금계산서가 발급되었으므로 청구법인의 경우와 사실관계가 다르다.

(3) 청구법인의 경우, 부가가치세법 시행령제70조 제1항 제5호에 따라 세금계산서의 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우에 해당하지 않고, 착오라고 하더라도 OOO청장의 세무조사로 인해 경정할 것을 미리 알고 있는 경우에 해당하여 수정세금계산서를 발급할 수 있는 사유에 해당하지 않으며, 같은 항 제6호에 따라 착오외의 사유로 잘못 적힌 경우라 하더라도 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정 신고기한인 2017.7.25.까지 세금계산서를 작성·발급하지 않았으므로 청구법인은 매입세액공제를 받을 수 없다.

(4) 전단계세액공제 방식을 취하는 현행 부가가치세 체계에서 세금계산서는 거래노출 및 납세자간 상호검증의 기능을 갖고 있는바, 이러한 기능이 제대로 작동하기 위해서는 정확한 세금계산서의 작성 및 교부가 거래시기가 속하는 과세기간 내에 정상적으로 이루어지는 것이 필수이고, 세금계산서의 수취 없이 매입세액 공제를 요구하는 청구법인의 주장은 부당하다.

• 가. 쟁점 당초 세금계산서의 공급가액을 감액하는 수정세금계산서가 발급된 후 당초 세금계산서의 공급가액이 정당한 것으로 확인되었고, 공급자가 당초 세금계산서의 공급가액에 맞게 매출세액을 추가 납부한 경우, 공급받는 자(청구법인) 역시 당초 세금계산서의 공급가액에 상당하는 매입세액을 공제받아야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

(2) 부가가치세법 제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 “수정세금계산서”라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 “수정전자세금계산서”라 한다)를 발급할 수 있다.

⑧ 세금계산서, 전자세금계산서, 수정세금계산서 및 수정전자세금계산서의 작성과 발급에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (3) 부가가치세법 시행령 제70조(수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차) ① 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

1. 처음 공급한 재화가 환입(還入)된 경우: 재화가 환입된 날을 작성일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급

2. 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우: 계약이 해제된 때에 그 작성일은 계약해제일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급

3. 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가되거나 차감되는 금액이 발생한 경우: 증감 사유가 발생한 날을 작성일로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급

4. 재화 또는 용역을 공급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 25일(과세기간 종료 후 25일이 되는 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다) 이내에 내국신용장이 개설되었거나 구매확인서가 발급된 경우: 내국신용장 등이 개설된 때에 그 작성일은 처음 세금계산서 작성일을 적고 비고란에 내국신용장 개설일 등을 덧붙여 적어 영세율 적용분은 검은색 글씨로 세금계산서를 작성하여 발급하고, 추가하여 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 또는 음(陰)의 표시를 하여 작성하고 발급

5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급

• 가. 세무조사의 통지를 받은 경우
• 나. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우
• 다. 세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우
• 라. 그 밖에 가목부터 다목까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우

6. 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우(제5호 각 목의 어느 하나에해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 재화나 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 세금계산서를 작성하되, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급

7. 착오로 전자세금계산서를 이중으로 발급한 경우: 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 음(陰)의 표시를 하여 발급

8. 면세 등 발급대상이 아닌 거래 등에 대하여 발급한 경우: 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급

9. 세율을 잘못 적용하여 발급한 경우(제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급 제75조(세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제) 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받은 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점영업권 관련 세금계산서 발급내역은 다음과 같다. (가) 청구법인은 쟁점거래처로부터 발전사업부를 양수하면서 쟁점영업권 가액을 OOO원으로 평가하여 세금계산서를 발급받았다(세금계산서 작성일자: 2016.8.1., 수정발급 일자: 2016.10.12.). (나) 이후 2017년 2월경 회계법인이 발전사업부 양수도 관련 자산․부채의 기초 잔액을 검토한 바, 당초 양수한 자산․부채 잔액과 쟁점거래처가 양도한 자산․부채 잔액에 차이가 있음을 발견하였고, 쟁점거래처와 영업권을 감액 조정하는 것으로 합의하여 쟁점영업권 가액을 OOO원으로 수정하고, 2017.4.18. 쟁점수정세금계산서(공급가액: OOO원)을 발급받았다. (다) 쟁점거래처에 대한 OOO 조사 결과, 쟁점영업권 가액이 당초 공급가액인 OOO원으로 확인되었고, 쟁점거래처는 세무조사 종결 후 쟁점영업권의 공급가액 감액분 OOO원에 대한 재수정세금계산서의 발급 없이, 2020.9.18. 부가가치세를 수정신고하였으며, 2020.10.5. 납부하였다. (라) 청구법인은 쟁점거래처가 2017년 제1기 부가가치세를 수정 신고하자 2020.10.14. 처분청에 경정청구를 하였으며, 쟁점거래처는 2021.1.13. 쟁점수정세금계산서가 착오에 의해 이중발급되었다는 이유로 재수정세금계산서를 발급하였다. <표> 쟁점영업권 양도관련 세금계산서 발급 이력 (단위: 원) OOO

(2) 처분청의 경정청구 처리결과 통지 내역은 다음과 같다. OOO

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점거래처가 부가가치세 수정신고일까지 OOO원을 증액하는 재수정세금계산서를 발급하지 않았으므로, 청구법인은 부가가치세법제39조 제1항 제2호에 따라 세금계산서를 발급받지 아니한 경우에 해당하여 매입세액공제를 받을 수 없다는 의견이나, 청구법인은 2016년 8월경 쟁점거래처로부터 쟁점영업권을 양수하면서 당초 적법한 세금계산서를 발급받았다가, 쟁점거래처와의 합의에 따라 공급가액을 감액하고 2017.4.18. 쟁점수정세금계산서를 발급받았으나, 쟁점거래처의 세무조사 과정에서 당초 공급가액이 적정한 것으로 확인되어 쟁점거래처가 2020.9.18. 부가가치세를 수정신고한 후 2020.10.5. 매출세액을 추가로 납부한 사실이 확인되므로, 청구법인이 당초 세금계산서에 따라 적법하게 납부한 세액을 초과하여 쟁점수정세금계산서에 따라 추가로 납부한 매입세액은 환급되는 것이 타당한 점(조심 2010서2845, 2011.9.23., 같은 뜻임), 쟁점거래처의 세무조사 과정에서 당초 세금계산서상의 공급가액이 적정한 것으로 확인됨에 따라 쟁점거래처가 재수정세금계산서를 발급하였더라도 부가가치세법 시행령제70조 제1항 제5호 및 제6호에서 정하는 ‘과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우’에 해당되어 해당 재수정세금계산서는 정당한 수정세금계산서로 인정되지 않을 것이므로, 쟁점거래처가 재수정세금계산서를 발급하지 않았다는 이유로 청구법인의 매입세액 공제를 부인한 처분청의 의견은 부당한 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.