[요지] 지방자치법상 지방자치단체의 조례로 사업소를 설치하여 지방자치단체의 사무 일부를 위임한다고 규정하고 있을 뿐이며, 별도의 규정이 없는 한 청구법인과 oo시청이 본․지점 관계에 해당한다고 보기는 어려운 점, 청구법인은 쟁점시설물과 무관한 별도의 시설물 임대에 관한 사용료 수취액을 매출세액을 신고한 것으로 확인되어 쟁점매입세액을 청구법인의 매출세액에 대응되는 매입세액이라고 보기는 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구법인이 주장하는 쟁점매입세액을 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없음
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 지방재정법등의 관련 규정에 따라 별도의 사업자등록을 하였으나, OOO 산하의 소속기관으로서 OOO 행정기구 설치조례 제19조에 따라 OOO의 고유 사무 중 일부(공공시설 건립계획 및 공사에 관한사항 등)를 수행하고 있고, OOO의 예산으로 쟁점시설물을 신축한 이후 OOO 내 다른 소관부서로 시설물 운영 및 관리를 이관하였는바, 사실상 OOO과 동일한 사업자로서 OOO가 운영한 쟁점시설물의 매출세액에 대응되는 청구법인의 신축관련 매입세액 공제를 부인할 이유가 없다.
(2) 국세청 예규에 의하면 공공기관의 부동산 임대사업과 관련하여 같은 기관 소속의 두 개의 사업자가 각각 신축 및 운영을 담당하는 경우 시설물의 신축관련 매입세액을 신축 관련 담당 사업장에서 공제된다고 유권해석하고 있는바, 청구법인의 경우에도 별도의 사업자 등록을 하였다고 하여도 OOO 산하의 기관으로서 쟁점시설물의 신축과 관련된 매입세액을 공제받을 수 있다고 보아야 한다.
(1) 청구법인은 OOO의 산하기관으로서 사실상 동일한 사업자이므로 청구법인이 쟁점시설물 신축 등에 지출한 비용을 OOO 등이 신고․납부한 쟁점시설물의 매출세액에 대응되는 매입세액으로서 이를 공제하여야 한다고 주장하나, 청구법인과 OOO은 지방자치단체와 그 산하기관으로서 본․지점관계에 해당하지 아니하고, 각각 사업자등록을 하여 별도의 사업자등록번호가 부여되어 있는 별도의 사업자에 해당하므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다.
(2) 청구법인이 쟁점시설물의 신축과 관련된 매입세금계산서를 수취하였으나, OOO이 쟁점시설물의 운영을 담당하고 쟁점시설물과 관련된 부가가치세를 신고한 것으로 나타나고, 청구법인이 신고한 매출세액은 녹지․공원 점용료 등으로서 청구법인이 직접 쟁점시설물과 관련된 부동산 임대업 등을 영위하였다고 볼 수 없으며, 청구법인의 사업과 무관한 쟁점시설물의 신축과 관련된 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없다.
3. 심리 및 판단
(1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구법인은지방자치법제127조 및 아래 ＜표2＞의 OOO 행정기구 설치 조례 제19조에 따라 OOO 산하기관으로 설치되었고, OOO 내 각 소관실국에서 공공시설 건축 등과 관련된 계획수립 및 예산편성한 공공시설물 중 공사금액 OOO원 이상의 문화․체육․복지 등 공공시설의 신축․증축의 설계․시공․감독․준공 업무를 OOO로부터 이관받아 각 시설물에 대하여 신축․증축하는 업무를 담당하였으며, 각 시설물을 신축하여 준공한 후 다시 OOO 내 소관국실로 그 시설물의 소유․운영업무를 재이관한 것으로 나타난다. ＜표2＞ OOO 행정기구 설치 조례 및 시행규칙 주요 내용 OOO (나) 청구법인과 OOO은 아래 ＜표3＞과 같이 각각 별도의 사업자등록을 한 사업자인 것으로 나타난다. ＜표3＞ 청구법인 및 OOO의 사업자등록 내역 OOO (다) 쟁점①시설물의 신축 및 운영과 관련된 사실관계는 다음과 같다.
1. 청구법인은 2013년 10월경부터 쟁점①시설물 건립공사를 진행하여 준공하였고, 쟁점①시설물 준공 후 OOO 행정기구 설치조례에 따라 쟁점①시설물 관련 업무를 OOO로 이관하였으며, OOO는 2016.11.15. 쟁점①건물에 대한 소유권보존등기를 경료하였다. ＜표4＞ 쟁점①시설물 관련 업무이관 내역 OOO
2. OOO는 재단법인 AAA과 쟁점①시설물의 위․수탁관리 및 운영 협약을 체결하였고, 수탁자인 재단법인 AAA이 쟁점①시설물의 사용료를 수취하여 관련 부가가치세를 신고․납부하였다. ＜표5＞ OOO 여성청소년시설 위․수탁관리 및 운영협약서 OOO (라) 쟁점②시설물의 신축 및 운영과 관련된 사실관계는 다음과 같다.
1. 청구법인은 2018년 1월경부터 쟁점②시설물 건립공사를 진행하여 준공하였고, 쟁점②시설물 준공 후 OOO 행정기구 설치조례에 따라 쟁점②시설물 관련 업무를 OOO로 이관하였으며, OOO는 2019.12.27. 쟁점②건물에 대한 소유권보존등기를 경료하였다. ＜표6＞ 쟁점②시설물 관련 업무이관 내역 OOO
2. OOO는 OOO와 쟁점②시설물의 운영위탁협약을 체결하여 OOO가 쟁점②시설물을 운영하도록 하였고, 쟁점②시설물의 사용료에 대한 부가가치세를 직접 신고․납부하였다. ＜표7＞ OOO 및 OOO 간의 쟁점②시설물 위탁협약 OOO (마) 쟁점③시설물의 신축 및 운영과 관련된 사실관계는 다음과 같다.
1. 청구법인은 2016년 3월경부터 쟁점③시설물 건립공사를 진행하여 준공하였고, 쟁점③시설물 준공 후 OOO 행정기구 설치조례에 따라 쟁점③시설물 관련 업무를 OOO로 이관하였으며, OOO는 2018.2.21. 쟁점③건물에 대한 소유권보존등기를 경료하였다. ＜표8＞ 쟁점③시설물 관련 업무이관 내역 OOO
2. OOO는 OOO와 쟁점③시설물의 운영위탁협약을 체결하여 OOO가 운영하도록 하였고, 쟁점③시설물의 사용료에 대한 부가가치세를 직접 신고․납부하였다. ＜표9＞ OOO 및 OOO 간의 쟁점③시설물 위탁협약 OOO
(2) 청구법인은 청구법인이 관리하는 공원 및 녹지 관련 임대료 및 사용료 등을 매출세액으로, 이와 관련하여 지출한 건축비와 공원 및 녹지 관련 유지·관리비를 매입세액으로 하여 관련 부가가치세 신고․납부하였다가, OOO 소유의 쟁점시설물의 신축비용과 관련된 매입세액을 공제하여야 한다는 취지로 아래 ＜표10＞과 같이 처분청에 경정청구를 제기하였고, 쟁점시설물의 신축과 관련된 매입세금계산서 상세내역은 아래 ＜표11＞과 같다. ＜표10＞ 쟁점시설물 매입세액 관련 경정청구 상세내역 (단위: 천원) OOO ＜표11＞ 쟁점시설물에 대한 매입세금계산서 상세내역 (단위: 천원) OOO
(3) 처분청은 OOO가 쟁점시설물을 소유하여 운영하고 있으며 쟁점시설물의 사용료와 관련된 매출세액의 경우 OOO 및 OOO가 위탁한 기관(AAA)에서 관련 부가가치세를 신고․납부하였고, 청구법인의 경우 쟁점시설물의 신축과 무관한 녹지․공원 점용료 등을 매출세액으로 하여 부가가치세를 신고․납부하고 있어 청구법인이 주장하는 쟁점시설물의 신축․유지비용이 청구법인의 매출세액에 대응되는 매입세액으로 볼 수 없는 것으로 보아 부가가치세법제39조 제1항 제4호에 의한 사업무관 지출에 대한 매입세액에 해당한다는 의견이다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 OOO의 산하기관으로서 사실상 같은 사업자이고, 청구법인이 지출한 쟁점시설물의 신축․유지비용을 OOO의 매출세액에 대응되는 매입세액으로서 공제하여야 한다고 주장하나, 청구법인과 OOO은 별도로 사업자등록을 한 개별사업자인 것으로 나타나 청구법인이 OOO의 산하기관으로서 OOO과 동일한 사업자에 해당한다는 청구법인의 주장을 인정하기는 어렵고, 지방자치법상 지방자치단체의 조례로 사업소를 설치하여 지방자치단체의 사무 일부를 위임한다고 규정하고 있을 뿐이며, 별도의 규정이 없는 한 청구법인과 OOO이 본․지점 관계에 해당한다고 보기는 어려운 점, 부가가치세법 제39조 제1항 제4호에 따르면 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않도록 규정하고 있는바, 청구법인이 쟁점시설물을 신축하여 준공한 후 쟁점시설물의 소유 및 운영권을 OOO으로 이관한 것으로 확인되고, OOO 또는 OOO이 위탁한 기관에서 쟁점시설물의 운영 및 임대와 관련된 사용료를 수취한 후 이를 매출세액으로 하여 부가가치세를 신고한 것으로 확인되는 반면, 청구법인은 쟁점시설물과 무관한 별도의 시설물 임대에 관한 사용료 수취액을 매출세액을 신고한 것으로 확인되어 쟁점매입세액을 청구법인의 매출세액에 대응되는 매입세액이라고 보기는 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인이 주장하는 쟁점매입세액을 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령
(1) 부가가치세법(2014.12.23. 법률 제12851호로 개정된 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
2. “용역”이란 재화 외에 재산 가치가 있는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위를 말한다. 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
3. “사업자”란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말한다. 제3조(납세의무자) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.
1. 사업자
2. 재화를 수입하는 자 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액 제51조(주사업장 총괄 납부) ① 사업장이 둘 이상인 사업자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 사업장의 관할 세무서장에게 주사업장 총괄 납부를 신청한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부할 세액을 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다.
② 주사업장 총괄 납부의 변경 및 적용 제외 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(2) 부가가치세법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26071호로 개정된 것) 제77조(사업과 직접 관련이 없는 지출) 법 제39조 제1항 제4호에 따른 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 소득세법 시행령 제78조 또는 법인세법 시행령 제48조, 제49조 제3항 및 제50조에서 정하는 바에 따른다. 제92조(주사업장 총괄 납부) ① 법 제51조에 따른 주된 사업장은 법인의 본점(주사무소를 포함한다. 이하 같다) 또는 개인의 주사무소로 한다. 다만, 법인의 경우에는 지점(분사무소를 포함한다)을 주된 사업장으로 할 수 있다.
② 법 제51조에 따라 주된 사업장에서 총괄하여 납부하는 사업자(이하 “주사업장 총괄 납부 사업자”라 한다)가 되려는 자는 그 납부하려는 과세기간 개시 20일 전에 다음 각 호의 사항을 적은 주사업장 총괄 납부 신청서를 주된 사업장의 관할 세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.
1. 사업자의 인적사항
2. 총괄 납부 신청사유
3. 그 밖의 참고 사항
③ 제2항에도 불구하고 신규로 사업을 시작하는 자가 주된 사업장에서 총괄하여 납부하려는 경우에는 주된 사업장의 사업자등록증을 받은 날부터 20일 이내에 제2항에 따른 주사업장 총괄 납부 신청서를 주된 사업장의 관할 세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.
④ 신규로 사업을 시작하는 자가 제3항에 따라 주사업장 총괄 납부를 신청하였을 때에는 해당 신청일이 속하는 과세기간부터 총괄하여 납부한다.
(3) 소득세법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26067호로 개정된 것) 제78조(업무와 관련 없는 지출) 법 제33조 제1항 제13호에서 “직접 그 업무와 관련이 없다고 인정되는 금액”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 사업자가 그 업무와 관련 없는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 발생하는 취득비ㆍ유지비ㆍ수선비와 이와 관련되는 필요경비
2. 사업자가 그 사업에 직접 사용하지 아니하고 타인(종업원을 제외한다)이 주로 사용하는 토지ㆍ건물등의 유지비ㆍ수선비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금
3. 사업자가 그 업무와 관련 없는 자산을 취득하기 위하여 차입한 금액에 대한 지급이자
4. 사업자가 사업과 관련 없이 지출한 접대비 4의2. 사업자가 공여한 형법에 따른 뇌물 또는 국제상거래에 있어서 외국공무원에 대한 뇌물방지법상 뇌물에 해당하는 금전과 금전 외의 자산 및 경제적 이익의 합계액 4의3. 사업자가 노동조합 및 노동관계 조정법 제24조제2항 및 제4항을 위반하여 지급하는 급여
5. 제1호부터 제4호까지, 제4호의2 및 제4호의3에 준하는 지출금으로서 기획재정부령으로 정하는 것
(4) 지방자치법 제117조(사무의 위임 등) ① 지방자치단체의 장은 조례나 규칙으로 정하는 바에 따라 그 권한에 속하는 사무의 일부를 보조기관, 소속 행정기관 또는 하부행정기관에 위임할 수 있다.
② 지방자치단체의 장은 조례나 규칙으로 정하는 바에 따라 그 권한에 속하는 사무의 일부를 관할 지방자치단체나 공공단체 또는 그 기관(사업소ㆍ출장소를 포함한다)에 위임하거나 위탁할 수 있다. 제127조(사업소) 지방자치단체는 특정 업무를 효율적으로 수행하기 위하여 필요하면 대통령령으로 정하는 범위에서 그 지방자치단체의 조례로 사업소를 설치할 수 있다.