조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점토지를 비사업용토지로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분의 당부

사건번호 조심-2021-중-5052 선고일 2022.06.22

도시개발구역에서도 농림수산물의 생산에 직접 이용되는 간이공작물의 설치, 경작을 위한 토지의 형질변경 등의 개발행위는 허가 없이도 가능하고 AAA 등이 청구인에게 경작을 금지하였다는 것은 법적 근거 없는 제한에 불과함

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2004.6.22. OOO 답 982㎡, 같은 리 OOO 답 2,826㎡(OOO 답 982㎡와 합하여 이하 “쟁점토지”라 한다)를 매매를 원인으로 취득하여 2020.9.2. 매매를 원인으로 양도한 후 2020.11.20. 양도소득세 예정신고를 하면서 양도가액을 OOO원으로, 취득가액을 OOO원으로 하고 비사업용토지에 해당하는 세율(52%)을 적용하여 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.
  • 나. 이후 청구인은 2021.3.17. 쟁점토지를 사업용토지로 보아 일반세율을 적용하여야 한다며 양도소득세 OOO원을 환급하여야 달라는 내용의 경정청구를 하였으나 처분청은 2021.6.4. 이를 거부하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2021.6.4. 이의신청을 거쳐 2021.8.5. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 2021.3.17. 경청청구를 하였으나 법정 처리기한 2개월이 지난 지금에도 처리결과를 회신 받지 못하였으므로 이 건 처분은 위법하다.

(2) OOO는 2019.9.2. 쟁점토지를 도시개발구역으로 지정하여 그 내용을 고시하였다. 기획재정부(재산세제과-60, 2014.1.21.)는 도시지역 내 주거지역으로 지정된 농지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따라 개발행위허가제한구역으로 지정되거나 도시개발법에 따라 도시개발구역으로 지정되어 건축물 건축 등 개발행위가 제한되는 경우 개발행위허가제한 구역 및 도시개발구역으로 지정고시된 날부터 소득세법 시행령제168조의14 제1항 제1호의 규정에 따른 법령에 따라 사용이 제한된 토지로 보는 것이라고 해석하고 있다. 따라서, 쟁점토지는 양도일 직전 3년 중 2년 이상(2017.9.2.〜2018.11.12. 기간은 처분청에서 사업용으로 인정, 2019.9.2.〜2020.9.2. 기간은 법령에 따라 사용이 제한된 토지로 비사업용토지에서 제외)을 사업용으로 사용하여 비사업용토지에서 제외되는 요건을 충족하였으므로 처분청이 기획재정부의 예규를 무시하고 이 건 경정청구를 거부한 것은 위법․부당한 처분이다.

  • 나. 처분청 의견 청구인은 기획재정부 예규를 근거로 도시개발구역으로 지정 고시된 날부터 비사업용토지에서 제외된다고 주장하나, 국세청은 주거지역으로 편입된 날로부터 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호 에 따라 “법령에 따라 사용이 제한된 토지”로 보는 것(2017-법령해석재산 244)으로 해석하고 있다. 쟁점토지는 OOO 고시 제2020-187호에 따라 2020.6.19. 자연녹지지역에서 제2종일반주거지역으로 변경되어 주거지역으로 편입된 날인 2020.6.19.부터 쟁점토지의 양도일(2020.9.2.)까지 사업용 토지라 하더라도 양도일 직전 5년 중 3년 이상, 3년 중 2년 이상 사업용으로 사용하지 아니하여 사업용 토지로 볼 수 없다. 또한, 2020.6.19. 제2종일반주거지역 편입일 이전의 쟁점토지는 자연녹지지역으로 자경할 수 있음에도 청구인은 쟁점토지를 2018.11.28.부터 양도일까지 자경하지 아니하여 비사업용 토지에 해당한다.
3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 경정청구 처리결과를 2개월이내 회신하지 아니하여 위법하다는 청구주장의 당부

② 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분의 당부

  • 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구) ③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. 다만, 청구를 한 자가 2개월 이내에 아무런 통지(제4항에 따른 통지를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)를 받지 못한 경우에는 통지를 받기 전이라도 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 감사원법에 따른 심사청구를 할 수 있다.

(2) 소득세법 제104조의3(비사업용 토지의 범위) ① 제104조 제1항 제8호에서 “비사업용 토지”란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 농지로서 다음 각 목의 하나에 해당하는 것

  • 가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.
  • 나. 특별시·광역시(광역시에 있는 군은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)·특별자치시(특별자치시에 있는 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)·특별자치도(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역(「지방자치법」 제3조제4항 에 따른 도농 복합형태인 시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에 있는 농지. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지로서 특별시·광역시·특별자치시·특별자치도 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.(중략)

② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

③ 제1항과 제2항을 적용할 때 농지·임야·목장용지의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (3) 소득세법 시행령 제168조의6(비사업용 토지의 기간기준) 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

  • 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
  • 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
  • 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간 제168조의14(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등) ① 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후 「문화재보호법」에 따라 지정된 보호구역 안의 토지: 보호구역으로 지정된 기간

3. 제1호 및 제2호에 해당되는 토지로서 상속받은 토지: 상속개시일부터 제1호 및 제2호에 따라 계산한 기간

4. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간 (4) 도시개발법 제3조(도시개발구역의 지정 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 계획적인 도시개발이 필요하다고 인정되는 때에는 도시개발구역을 지정할 수 있다 제4조(개발계획의 수립 및 변경) ① 지정권자는 도시개발구역을 지정하려면 해당 도시개발구역에 대한 도시개발사업의 계획(이하 “개발계획”이라 한다)을 수립하여야 한다. 다만, 제2항에 따라 개발계획을 공모하거나 대통령령으로 정하는 지역에 도시개발구역을 지정할 때에는 도시개발구역을 지정한 후에 개발계획을 수립할 수 있다. 제9조(도시개발구역지정의 고시 등) ⑤ 제7조 제1항에 따라 도시개발구역지정에 관한 주민 등의 의견청취를 위한 공고가 있는 지역 및 도시개발구역에서 건축물의 건축, 공작물의 설치, 토지의 형질 변경, 토석의 채취, 토지 분할, 물건을 쌓아놓는 행위, 죽목의 벌채 및 식재 등 대통령령으로 정하는 행위를 하려는 자는 특별시장・광역시장・특별자치도지사・시장 또는 군수의 허가를 받아야 한다. 허가받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다.

⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위는 제5항에도 불구하고 허가를 받지 아니하고 할 수 있다.

1. 재해 복구 또는 재난 수습에 필요한 응급조치를 위하여 하는 행위

2. 그 밖에 대통령령으로 정하는 행위 (5) 도시개발법 시행령 제16조(행위허가의 대상 등) ③ 법 제9조 제6항 제2호에서 “그 밖에 대통령령으로 정하는 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제56조 에 따른 개발행위허가의 대상이 아닌 것을 말한다.

1. 농림수산물의 생산에 직접 이용되는 것으로서 국토교통부령으로 정하는 간이공작물의 설치

2. 경작을 위한 토지의 형질변경

3. 도시개발구역의 개발에 지장을 주지 아니하고 자연경관을 훼손하지 아니하는 범위에서의 토석채취

4. 도시개발구역에 남겨두기로 결정된 대지에서 물건을 쌓아놓는 행위

5. 관상용 죽목의 임시 식재(경작지에서의 임시 식재는 제외한다)

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 및 청구인이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 쟁점토지에 대한 부동산매매계약서에 따르면 청구인은 2004.6.22. 쟁점토지를 OOO원에 취득한 후 2020.9.2. ㈜AAA에 OOO원에 양도하였고 쟁점토지의 지목은 취득시부터 양도시까지 답(농지)으로 확인된다. (나) 쟁점토지가 포함된 OOO 도시개발사업의 진행 내용 등은 아래 <표1>과 같다. <표1> OOO 도시개발사업의 진행 내용 등 OOO (다) OOO시장이 2019.8.2. 고시한 OOO 도시개발구역 지정 및 개발계획 고시내역(OOO 고시 제2019-200호)은 아래 <표2>와 같은바, 도시개발법제3조 및 제4조의 규정에 따라 도시개발구역지정 및 개발계획을 수립하고, 같은 법 제9조 및 같은 법 시행령 제15조,국토의 계획 및 이용에 관한 법률제32조 및 토지이용규제 기본법제8조, 같은 법 시행령 제7조의 규정에 따라 지형도면을 작성하여 고시한다고 기재되어 있다. <표2> OOO 도시개발구역 지정 및 개발계획 고시(2019.8.2. 고시) OOO (라) OOO시장이 2020.6.19. 고시한 OOO 도시개발구역 실시계획 인가 고시내역(OOO 고시 제2020-187호)은 아래 <표3>과 같은바, 도시개발법제17조 규정에 의거 실시계획인가하고, 같은 법 제18조 및 국토의 계획 및 이용에 관한 법률제32조, 토지이용규제 기본법제8조 규정에 의하여 지형도면을 작성하여 이를 고시한다고 기재되어 있다. <표3> OOO 도시개발구역 실시계획 인가 고시(2020.6.19. 고시) OOO (마) 청구인은 쟁점토지를 도시개발구역으로 지정고시된 날부터 사업용토지로 보아야 한다고 주장하며 아래와 같이 기획재정부 및 국세청 예규를 제출하였고 이의신청 시 2019년부터 경작이 금지되었다고 주장하며 ㈜AAA 등이 청구인에게 보낸 공문서 등이 있다는 확인서를 제출하였다. OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 처분청이 경정청구 처리결과를 2개월이내 회신하지 아니하여 위법하다고 주장하나, 처분청이 제시한 자료에 따르면 청구인은 2021.6.4. 이 건 경정청구거부통지서를 수령한 것으로 확인되는 점, 국세기본법제45조의2 제3항 단서에서 “청구를 한 자가 2개월 이내에 아무런 통지를 받지 못한 경우에는 통지를 받기 전이라도 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 심판청구를 할 수 있다”고 규정하고 있는바, 경정청구 처리기한 동안 경정청구에 대한 통지를 받지 못한 경우 심판청구 등 불복을 제기할 수 있어 권리구제에 불이익이 없으므로 설령, 청구인이 경정청구 처리결과를 회신 받지 못하였다하더라도 위법․부당하다고 보기 어려운 점(조심 2018서290, 2018.3.8. 같은 뜻임) 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 기획재정부 예규(기획재정부재산세제과-60, 2014.1.21.)등에 따라 쟁점토지는 도시개발구역으로 지정고시된 날부터 소득세법 시행령제168조의14 제1항 제1호의 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’에 해당되어 사업용토지로 보아야 한다고 주장하나, 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호 의 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’란 용도에 따른 통상적인 제한을 넘어 법령에 의하여 특별히 사용이 제한된 토지로 해석하는 것이 입법취지에 부합하는 점(조심 2017서4670, 2017.12.26. 같은 뜻임), 쟁점토지가 도시개발법제3조(도시개발구역의 지정 등)의 규정에 따라 도시개발구역으로 지정고시 되어 고시일부터 도시개발구역지정 지역 내에서 건축 등의 행위가 제한된다 하더라도 쟁점토지는 양도시까지 지목이 답으로 되어 있어 농지에 해당하고 농지 본래의 용도로 사용이 가능한 점(조심 2014중2405, 2014.10.14. 외 다수 같은 뜻임), 도시개발법제9조 제6항 제2호 및 같은 법 시행령 제16조 제3항에 의하면 도시개발구역에서도 농림수산물의 생산에 직접 이용되는 간이공작물의 설치, 경작을 위한 토지의 형질변경 등의 개발행위는 허가 없이도 가능하고 ㈜AAA디 등이 청구인에게 경작을 금지하였다는 것은 법적 근거 없는 제한에 불과한 점, 기획재정부 예규 등은 모두 행정관청 내부의 사무처리지침에 불과하여 국민을 기속하는 법규적 효력이 없어 청구인이 제시한 예규 등에 근거하여 도시개발구역으로 지정고시된 날부터 쟁점토지를 사업용토지로 보아야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 점(서울고등법원 2018.11.29. 선고 2018누59894 판결 참조) 등에 비추어 처분청이 청구인의 양도소득세 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

[참조결정] 조심2017서4670 / 조심2014중2405 / 조심2018서0290 결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)