[요지] 청구법인은 본사를 지방으로 이전하면서 주업종을 제조업으로 변경하기 위하여 공장을 신설한 것으로 보이고, 지방으로 이전하기 전의 본사업무와 지방이전 후 신설한 공장의 업무를 실질적인 본사업무로 하여 사업을 영위한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 쟁점인원을 ‘이전본사 근무인원’에 포함하는 것이 타당함
[요지] 청구법인은 본사를 지방으로 이전하면서 주업종을 제조업으로 변경하기 위하여 공장을 신설한 것으로 보이고, 지방으로 이전하기 전의 본사업무와 지방이전 후 신설한 공장의 업무를 실질적인 본사업무로 하여 사업을 영위한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 쟁점인원을 ‘이전본사 근무인원’에 포함하는 것이 타당함
[참조결정] 조심2011전4935 / 조심2020전8301 / 조심2016전2522 / 조심2015전4932 / 조심2011중2769 / 조심2016지0370 / 조심2020광0255 / 조심2014전0071
[주 문] OOO서장이 2021.5.3. 청구법인에게 한 2011∼2015사업연도 법인세 합계 OOO원의 환급경정청구 거부처분은 아래 OOO의 본점(OOO공장) 종사인원 59명을조세특례제한법제63조의2 제3항에 따른 이전본사 근무인원에 포함하여 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 본사업무는 법인의 의사결정 및 관리‧지원 업무에 한정되지 아니하고, 법인의 하나의 사업장으로서 수행되는 제조 및 가공에 관한 업무도 당연히 본사업무에 포함된다. 조특법 제63조의2 상 ‘본사’는 영리법인의 경우에 ‘본점’을 의미하고,상법상 ‘본점’은 상인이 1개의 영업을 위하여 여러 개의 영업소를 가지고 있을 때 영업활동 전체의 지휘‧명령의 중심이 되는 일정한 장소를 말하며, ‘영업활동’이란 같은 법 제46조에서 규정한 기본적 상행위를 하는 활동으로서 제조업을 영위하는 법인의 제조, 가공 또는 수선에 관한 행위가상법상 기본적 상행위로 열거되어 있다. 즉, ‘본사’란상법상 기본적 상행위를 하는 장소 중 영업활동 전체의 지휘‧명령의 중심이 되는 장소로서 ‘본사업무’를 판단함에 있어서도 ① 기본적 상행위 업무와 ② 영업활동 전체에 대한 지휘‧명령 업무가 모두 본사업무에 포함되는 것으로 보아야 한다. 과거 법원에서도 ‘본사’를 판단함에 있어 대표이사가 근무하면서 지휘·명령 업무를 행하던 장소가 아닌 영업활동을 통하여 법인의 소득창출에 기여하는 장소, 즉 본점으로서 영업활동을 하는 곳을 진정한 본점으로 판단하여, 본점 업무가 단순하게 지휘·명령 업무만을 수행하는 것으로 한정할 것이 아니라 영업활동을 수행하는 업무도 본점의 중요한 업무로 판단한 바 있다(대전지방법원 2015.6.25. 선고 2014구합104079 판결). 또한 조세심판원에서도 생산업무에 종사하는 조립장 인원을 본점업무에 종사하는 인원으로 보아 본점업무가 지휘·명령 업무만을 한정하는 것이 아니라 영업활동을 영위하는 업무도 포함된다고 판단한 바 있다(조심 2011전4935, 2013.10.29.). 따라서 청구법인과 같은 제조업 법인의 경우, 본사에서 제품의 제조, 가공 및 수선에 관한 영업활동을 수행하는 업무와 영업활동에 대한 지휘·명령 업무가 모두 수행되고 있는바, 당해 업무에 종사하는 모든 인원들이 본사업무 종사인원에 해당하는 것으로 보아야 한다. 한편, 조사청은 법인의 중추적인 의사결정 및 이를 관리‧지원하는 기획, 재무, 총무 등의 업무가 수행되는 곳을 본사로 판단한 과거 해석사례를 바탕으로 본사업무는 동 의사결정 및 관리‧지원 업무만을 본사업무라고 주장하나, 해당 해석사례들은 이미 영업활동을 영위하는 사업장 중에서 본사를 판단하기 위한 판단기준일 뿐, 해당 업무만을 본사업무로 한정하여 해석한 것이 아니다.
(2) 조특법 제63조의2는 공장이전 감면소득과 본사이전 감면소득이 중복하여 산정되도록 규정하고 있는바, 조특법 제63조의2에 따른 본사 및 공장은 상대적 개념이 아닌 상호보완적인 개념으로 해석하여야 한다. 조특법 제63조의2 제2항은 공장을 지방으로 이전할 경우, 법인의 전체소득 중 공장에서 발생한 소득을 감면소득으로 하고 있고, 본사를 지방으로 이전할 경우에는, 법인의 전체소득 중 지방으로 이전한 인원비율로 안분한 소득을 감면소득으로 산정함으로써 공장이전 감면소득과 본사이전 감면소득이 중복하여 산정되도록 규정하고 있다. 또한 조특법 제63조의2는 본사와 공장이 모두 이전한 경우에는 해당 사업연도의 소득금액을 감면소득의 한도로 하는 별도의 ‘감면한도’를 규정하고 있다. 이러한 본사이전 감면소득의 산정방식에 대하여, 조세심판원은 본사이전 감면소득을 공장이전 감면소득의 상대적 개념으로 규정하기 위함이 아니라 지방으로 이전한 인원이 적을수록 실효 감면율이 낮아지는 효과를 보완하기 위하여 법인의 전체소득 중 지방이전에 따른 기여분을 산출하기 위하여 본사이전 감면소득을 규정하고 있는 것으로 해석하였다(조심 2020전8301, 2021.1.13.). 만약 조사청의 의견과 같이 조특법 제63조의2가 본사와 공장을 상대적 개념으로 구분하여 제정된 것이라면, 본사이전 감면소득과 공장이전 감면소득을 상대적으로 구분·경리하여 산정하도록 법문체계가 이루어져야 하고, 본사이전 감면소득과 공장이전 감면소득의 합계가 해당 사업연도 소득금액을 초과할 수 없어야 한다. 따라서 조특법 제63조의2에 따른 본사 및 공장은 상대적 개념이 아닌 상호보완적 개념으로 해석하여야 하는바, 본사와 공장의 개념을 상대적으로 구분하여 공장 내 제조인원을 본사근무인원에서 제외하여야 한다는 조사청의 주장은 타당하지 아니하다.
(3) 본사이전 감면소득 산정 시 공장 내 제조인원을 본사근무인원에서 제외하는 것은 과세형평에 부합하지 아니한다. 조세심판원은 도매업 등 제조업 이외의 업종을 영위하는 법인이 본사를 지방으로 이전하는 경우, 이전본사 근무인원에 대하여 기획, 재무 및 총무 등의 지원‧관리업무를 수행하는 인원 외에 영업부서 등 영업직 인원 또한 이전본사 근무인원에 포함된다고 해석한바 있다.(조심 2016전2522, 2017.2.10.). 본사업무를 법인의 의사결정 및 관리‧지원업무만으로 한정하는 조사청의 주장에 따른다면, 영업직원의 업무가 본사업무에 포함되지 아니하게 되는데, 위 조세심판원 결정례에 따르면 영업직 인원 또한 이전본사 근무인원에 포함되는바, 본사업무를 판단함에 있어 본사의 중요한 기능인 영업업무와 제조업무를 달리 취급하여야 할 이유가 없음에도 제조인원만이 본사근무인원에서 제외되는 결과가 초래되므로 조사청의 주장은 타당하지 아니하다. 또한 기획재정부 등은 본사의 지방이전 후 업종을 추가하는 경우에 추가한 업종에서 발생한 소득도 감면소득에 포함된다고 해석한 바 있으나, 청구법인과 같이 본사의 지방이전 후 제조업을 추가한 경우에 신규채용한 공장의 제조인원을 본사근무인원에서 제외한다면 사실상 추가한 업종에서 발생한 소득을 감면소득에서 배제하는 결과가 초래되므로 기획재정부의 유권해석 등에 비추어 합목적성에 부합하지 아니한다(대법원 2014.11.13. 선고 2014두38965 판결, 조심 2015전4932, 2016.9.21., 조세특례제도과-578, 2018.7.23.). 만약 본사를 지방으로 이전한 후에 제조업을 추가하는 사례에서 공장의 제조인원을 본사근무인원에서 제외하는 경우, 아래 OOO와 같이 지방이전 후 제조업을 추가하여 신규인원을 고용한 경우가 업종을 추가하지 않은 경우보다 오히려 감면소득이 감소되어 ‘수도권 외 지역의 고용창출 및 경제활성화’를 도모하기 위한 조특법 제63조의2 규정의 입법취지에 반하게 된다. 또한 도매업 및 제조업을 겸영하는 법인이 지방으로 이전하는 사례에서 공장의 제조인원을 본사근무인원에서 제외하는 경우, 아래 OOO와 같이 법인전체가 지방으로 이전하였음에도 법인소득 중 일부가 감면소득에서 배제되게 되는바, 법인소득 중 지방이전에 따른 기여분을 산출하도록 한 감면소득의 산정취지에 부합하지 아니하게 된다.
(4) 청구법인은 OOO 다음과 같이 주장하였다. (가) 본사의 지방이전에 따른 감면소득 계산(법인전체 과세표준 × 지방이전 인원비율) 시 ‘본사이전 후 신규채용한 인원’도 ‘지방이전 인원비율’에 포함하여야 한다. ‘이전본사인원’은 본사의 지방이전 후 매월 말 현재 이전본사에서 근무하는 인원을 사업연도의 월수로 평균계산한 인원으로, 기획재정부는 아래 OOO과 같이 ‘본사이전 후 신규채용한 인원’을 ‘지방이전 인원비율’에 포함하는 것으로 해석한바 있다. (나) 본사의 지방이전 후 ‘추가된 업종’에 종사하기 위하여 신규로 채용한 인원 또한 이전본사 근무인원에 포함된다.
1. 위 OOO과 같은 기획재정부 예규 생성 이후, ‘본사이전 후 신규채용인원’이 ‘이전본사인원’에 포함되는지 여부에 대하여는 이견이 없고, 이후 해당 쟁점에 대한 추가적인 해석이 있지도 아니하다.
2. 다만, 본사이전 후 추가된 업종이 감면대상 업종에 해당하는지 여부에 대하여는 대법원 판결(본사이전 후 추가된 업종도 감면대상 업종에 해당) 외 다수의 판례가 존재하는데, 대전지방법원은 아래 OOO과 같이 본사이전 후 신규채용한 인원 또한 감면대상 인원에 포함하여야 한다고 판시(대전지방법원 2016.10.5. 선고 2015구합100128 판결)한바 있다.
3. 또한, 조세심판원도 아래 OOO과 같이 ‘본사이전 후 신규채용한 인원’에 대하여, “이전본사에서 새로이 채용한 자라 하더라도 이전본사에서 근무하지 아니한 인원은 이에 포함되지 아니한다고 봄이 타당”하다고 설시하면서도, 처분청에서 본사이전비율 산정 시 ‘본사이전 후 신규채용한 인원’이 ‘이전본사에서 근무한 일부기간’에 대한 급여를 반영하지 아니한 것은 잘못이라고 결정(조심 2011전4935, 2013.10.29.)한바 있다. 한편, 조세심판원은 아래 OOO와 같이 본사이전 후 추가된 업종이 감면대상 업종에 해당하지 아니한다는 사유로 추가된 업종에서 신규로 채용한 인원 또한 이전본사 근무인원에 포함되지 아니한다고 결정(조심 2014전71, 2014.10.17.)한바 있으나, 이는 원칙적으로 신규채용인원이 이전본사 근무인원에 포함되는 것이나, 추가업종이 감면대상 업종에 해당하지 아니하기 때문에 추가업종과 관련된 신규채용인원을 배제한 것으로 이해된다. (다) 만약 ‘본사이전 후 신규채용인원’을 ‘이전본사 근무인원’에서 제외할 경우, 법인이 본사를 이전한 이후 신규고용을 늘릴수록 오히려 감면소득이 감소하게 되어 조특법 제63조의2의 입법취지에 부합하지 아니하게 된다.
1. 조특법 제63조의2의 입법취지는 “법인의 지방이전을 장려하여 지방의 고용창출 및 경제활성화를 도모하기 위함”이나, 본사이전 후 신규채용한 인원을 이전본사 근무인원에서 제외하게 되면, 법인이 본사를 이전하여 사업이 확장됨에 따라 고용을 창출하였음에도 오히려 감면소득이 감소하게 되어 지방고용창출이라는 입법취지에 부합하지 않게 되는 결과가 초래된다.
2. 조세심판원은 본사이전 감면소득의 계산방식에 대하여, “본사이전세액감면의 감면대상 소득을 법인의 전체 소득 중 지방으로 이전한 인원비율로 안분계산하는 것은 법인의 전체 소득 가운데 지방이전 기여분을 구하기 위한 것으로, 특정 감면대상사업 소득을 계산한 것이라기보다는 세액감면율을 보완하여 조정(지방으로 이전한 인원이 적을수록 실효 감면율이 낮아지는 효과)하는 개념으로 봄이 타당”하다고 결정(조심 2020전8301, 2021.1.13.)하였는바, 법인이 지역균형발전을 위하여 본사를 지방으로 이전한 후 신규로 채용한 인원도 지방이전에 따른 기여분으로 고려하여야 입법취지에 부합하게 될 것이다.
3. 국세청도 ‘본사이전 후 신규채용한 인원’을 ‘지방이전 인원비율’에 포함하는 것으로 해석한 기획재정부 예규(제도46012-11228, 2001.5.23.) 생성 이후 감면비율 산정 시 당연히 신규채용인원을 포함하여야 한다는 입장을 견지하고 있다. 다만, 추가업종과 관련된 신규채용인원에 대하여는 추가업종이 감면대상 업종이 아닌 한, 이전본사 근무인원에 포함할 수 없다는 입장을 가지고 있었을 뿐이나, 이러한 입장도 대법원 판결(대법원 2014.11.13. 선고 2014두38965 판결) 이후 포함되는 것으로 변경되었다.
(1) ‘본사‘의 개념을 해석함에 있어 제조행위를 수행하는 공장은 경영계획, 재무·투자 등의 업무를 수행하는 본사와 명확히 구분되는 것으로 제조행위는 본사업무에 해당하지 않는다고 보는 것이 타당하다. 조세정책적 차원에서 제정된 조세특례규정들의 적용에 있어서 전제가 되는 해당 요건의 구비여부는 그 형식보다는 실질에 의하여 판단하여야 한다(대법원 1997.5.7. 96누2330 판결). 조특법 제63조의2 제3항에서 규정한 ‘이전본사 근무인원’이란 ‘이전본사’에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원이라고 명백하게 규정하고 있고, ‘이전본사 근무인원’에 해당하는지 여부는 구체적인 사건에서 당해 직원들의 근무장소, 근무형태, 업무내용 및 업무의 지시·복명관계 등 제반사정을 종합하여 판단하여야 한다(대법원 2008.10.23. 선고 2008두7830 판결, 법령해석과-576, 2017.3.16.). 조세심판원은 본사(본점 또는 주사무소)의 개념에 대하여 “대표이사 등 임직원이 상주하면서 기획, 재무, 총무 등 전반적인 사업을 수행하고 있는 곳인 영리법인의 주된 사무소를 의미하는 것으로 이는 등기가 아니라 법인의 중추적인 의사결정 등 주된 기능을 수행하는 장소를 뜻한다”고 해석한 바 있고(조심 2016지370, 2016.11.25.), 본사 업무를 경영계획, 재무·투자, 자산·부채의 관리는 물론 총무, IT, 연구, 경리, 인사, 노무, 회계 등 본사가 그 기능을 원활히 수행할 수 있도록 관리·지원하는 업무로 보고 있다(조심 2020광255, 2021.1.25.). 청구법인이 인용한 판례(대전지방법원 2015.6.25. 선고 2014구합104079 판결)에서도 단순히 등기부상의 본점을 본사로 보는 것이 아니라 실질적으로 본점 또는 주사무소로서 영업을 하고 있는 곳을 본사로 보는 것이 엄격해석원칙에 부합한다고 판시하고 있다.
(2) 본사의 개념과 공장의 개념을 구분하여 해석하는 것이 엄격해석의 원칙에 부합한다. 조특법 제63조의2와 동일한 취지로 제정된 같은 법 제63조에 대한 국세청 예규 및 조세심판례에서 제조업을 영위하는 법인에 대하여, 같은 법 제63조 제1항 제1호 나목은 “중소기업이 공장시설을 수도권 안(수도권과밀억제권역은 제외한다)으로 이전하는 경우로서 본점이나 주사무소(이하 이 조 및 제63조의2에서 “본사”라 한다)가 수도권과밀억제권역에 있는 경우에는 해당 본사도 공장시설과 함께 이전할 것”이라고 규정하고 있는바, 사실상 본사 역할을 하는 조직이 수도권과밀억제권역 안에 소재하는 경우에는 세액감면을 받을 수 없는 것으로 해석하고 있다(조심 2011중2769, 2012.2.13.). 이는 제조업을 영위하는 법인의 경우에도 공장(제조시설)과 본사를 명백히 구분하고 있는 것으로서 제조설비에서 이루어지는 공장업무와 다르게 경영계획, 재무·투자, 자산·부채의 관리 등을 본사업무로 보고 있는 것이다. 또한 조특법 제63조의2는 감면적용대상, 적용요건, 감면대상소득 계산방법, 감면배제규정 등과 관련하여 모든 규정을 ① 공장을 이전한 경우, ② 본사를 이전한 경우, ③ 공장과 본사를 모두 이전한 경우 등으로 별도 구분하여 규정하고 있고, 이는 해당 조항의 신설 시부터 본사의 개념과 공장의 개념을 구분하여 제정하였다는 것을 의미하는 것이며, 이에 대한 해석에서도 본사와 공장을 상대적 개념으로 보아 해석하는 것이 엄격해석원칙에 부합한다. 한편 현행 조특법은 공장을 수도권 밖으로 이전하는 경우를 제63조에, 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우를 제63조의2에 각각 규정하고 있는바, 본사의 개념과 공장의 개념을 구분하여 해석하여야 한다.
(3) 본사의 지방이전 후 추가한 제조업 중 실질적으로 본사업무에 종사하는 직원만을 ‘이전본사 근무인원’에 포함하는 것으로 해석하는 것이 엄격해석원칙에 부합한다. 청구법인이 제시한 심판례(조심 2016전2522, 2017.2.10.)는 계속적으로 사무실에 출근하지 아니하는 외근직(영업직원)이라도 영업이라는 업무의 특성을 고려하여 본사의 근무직원으로 보는 것이 합리적이라고 결정한 사례로서 이것이 곧 공장(제조시설)에서 근무하는 생산직 직원을 본사의 근무직원으로 보아야 하는 이유가 되지는 않는다. 오히려 조특법 기본통칙 63의2-0…2에 따르면, 기업부설연구소의 연구전담요원을 본사근무인원에서 제외하고 있고, 해외현지사무소 직원도 본사근무인원에서 제외하고 있다(법인46012-3, 2003.1.3.). 이와 같이 본사업무는 각각의 부문에서 행해지는 근무형태, 업무내용 및 업무의 지시·복명관계 등 제반사정을 종합하여 판단하여야 하는바, 공장(제조시설)에서 시행되는 생산활동은 본사업무에 포함되지 아니하는 것으로 해석하는 것이 조세법률주의에 따른 엄격해석의 원칙에 부합하는 것이다. 또한, 청구법인이 제시한 위 OOO의 ‘도매업 및 제조업 전체를 지방으로 이전하는 경우의 감면소득내역’에서와 같이 청구법인은 도매업과 제조업을 겸영하다가 사업장 전체를 지방으로 이전하는 경우, 공장인원을 이전본사인원에서 제외하게 되면 법인소득 중 일부가 감면소득에서 제외되어 불합리하다고 주장하나, 아래 OOO과 같이 이전본사에서 근무하는 인원이 공장인원보다 많거나 같은 경우에는 전체소득이 감면되는 효과가 발생(나, 다의 경우)한다. 상기와 같이 법령에 따라 감면되는 소득은 이전한 본사 및 공장의 소득과 인원에 따라 변동될 수 있는 사항으로, 청구법인이 제시한 사례에서 발생하는 불합리한 점은 법령의 개정 등을 통하여 보완하여야 할 점일 뿐, 이것이 청구주장과 같이 이전본사인원에 공장인원을 포함하여야 하는 이유는 되지 아니한다.
3. 심리 및 판단
(1) 처분청은 본사의 지방이전에 따른 감면소득 계산 시 본사이전 후 추가업종에서 신규채용된 인원 또한 이전본사 근무인원에 포함된다는 점에 대하여는 이견이 없으나, 다만 쟁점인원은 청구법인의 추가업종(제조업, 공장)에 근무하는 인원이므로, 본사근무인원으로 볼 수 없다는 의견이다.
(2) 청구법인의 등기사항일부증명서에 의하면, 청구법인은 2007.1.5. 본사를 OOO에서 OOO로 이전한 것으로 나타난다.
(3) OOO시장이 2012.5.10., 2013.8.26. 발급한 공장등록증명서에 의하면, 청구법인은 2007.4.11. 본점 소재지에 청구법인의 OOO인 OOO공장을 등록하고, 2013.8.22. OOO에 청구법인의 OOO인 OOO공장을 등록한 것으로 나타난다.
(4) 청구법인의 주요연혁은 아래 OOO과 같다.
(5) 청구법인의 본사이전 후 본점(공장 인원포함), OOO공장 및 OOO사무소 인원현황은 아래 OOO와 같다.
(6) 조사청이 2021년 4월에 작성한 법인세 경정청구 검토서에 의하면, 아래 OOO과 같은 사항이 확인된다.
(7) 이 사건 쟁점에 대하여 청구법인과 조사청이 제시한 법원 판례, 조세심판결정례 및 유권해석 사례 등은 다음과 같다. (가) 청구법인이 제시한 사례는 다음과 같다.
1. 청구법인은 본사이전 후 추가업종에서 발생한 소득이 감면소득에 포함됨에도, 쟁점인원을 이전본사 근무인원에서 제외한다면 사실상 추가업종에서 발생한 소득을 감면소득에서 배제하는 결과가 초래된다고 주장하며 아래 OOO와 같이 법원 판례, 조세심판결정례 및 기획재정부 유권해석 사례를 제시하였다.
2. 청구법인은 제조업(공장) 근무인원도 본사근무인원에 해당한다고 주장하며 아래 OOO와 같이 법원 판례, 조세심판결정례 등을 제시하였다.
(8) 본사의 지방이전에 따른 감면소득의 계산식(조특법 제63조의2 제2항 제2호)은 아래 OOO과 같이 ‘법인전체 과세표준 × 지방이전 인원비율’로 산정하는바, ‘법인전체 과세표준’에는 본사이전 후 추가업종에서 발생한 소득이 포함되고, ‘지방이전 인원비율’ 계산식 중 근무인원수에 의한 계산식 상 추가업종 신규채용인원도 ‘법인전체 인원수’에 포함되는 것으로 나타난다.
(9) 조특법 제63조의2는 2011.12.31. 법률 제11133호로 개정 시 제10항을 신설하여 “제1항·제2항·제5항 또는 제6항을 적용받으려는 지방이전법인은 대통령령으로 정하는 분류를 기준으로 이전 전의 공장에서 영위하던 업종과 이전 후의 공장에서 영위하는 업종이 같아야 한다.”라고 규정하였고, 2015.12.15. 법률 제13560호로 개정 시에는 제10항을 “제1항·제2항·제5항 또는 제6항을 적용받으려는 지방이전법인은 대통령령으로 정하는 분류를 기준으로 이전 전의 공장 또는 본사에서 영위하던 업종과 이전 후의 공장 또는 본사에서 영위하는 업종이 각각 같아야 한다.”라고 개정되었다.
(10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점인원을 이전본사 근무인원으로 볼 수 없다는 의견이나, (가) 기획재정부는 본사이전 후 신규채용인원이 ‘지방이전 인원비율’에 포함된다고 해석(기획재정부 제도46012-11228, 2001.5.23.)하여 온 점, 대법원은 본사이전 후 추가업종에서 발생한 소득도 감면대상 소득에 포함된다고 판결(대법원 2014.11.13. 선고 2014두38965 판결, 대법원 판결 이후 기획재정부도 이와 관련한 기존의 해석을 번복)하였고, 조특법 제63조의2는 2011.12.31. 법률 제11133호로 개정 시 제10항을 신설하여 “제1항·제2항·제5항 또는 제6항을 적용받으려는 지방이전법인은 대통령령으로 정하는 분류를 기준으로 이전 전의 공장에서 영위하던 업종과 이전 후의 공장에서 영위하는 업종이 같아야 한다.”라고 규정하였는데, 2015.12.15. 법률 제13560호로 개정 시에는 제10항을 “제1항·제2항·제5항 또는 제6항을 적용받으려는 지방이전법인은 대통령령으로 정하는 분류를 기준으로 이전 전의 공장 또는 본사에서 영위하던 업종과 이전 후의 공장 또는 본사에서 영위하는 업종이 각각 같아야 한다.”라고 개정하여 본사의 경우에도 공장과 같이 이전 전에 영위하던 업종과 이전 후에 영위하는 업종이 같은 경우에만 감면대상 소득으로 인정함으로써 본사의 지방이전 후에 새로 추가된 업종에 대한 감면범위를 명확히 하였는바, 2015.12.15. 법률 제13560호로 개정되기 전 조특법 제63조의2 규정의 문언 상 본사이전 전부터 영위하던 사업과 동일한 업종에 종사한 직원만이 ‘이전본사 근무인원’에 해당한다고 볼 근거가 없고, 수도권 외의 지역으로 본사를 이전한 법인이 이전 후에 새로운 영업을 개시하여 사업을 확장하고 추가적인 소득을 거두는 것이 위와 같은 취지에 반한다고 보기도 어려운 점 등을 고려할 때, 본사이전 후 추가업종에서 신규채용한 인원 또한 ‘이전본사 근무인원’에 포함된다고 해석함이 타당해 보이는 점, 본사이전 세액감면의 감면대상 소득을 법인의 전체 인원수 중 이전본사 근무인원비율로 안분계산하는 것은 법인의 전체 인원수 가운데 지방이전 기여분을 구하기 위한 것으로, 특정 감면대상사업 소득을 계산한 것이라기보다는 세액감면율을 보완하여 조정(지방으로 이전한 인원이 적을수록 실효 감면율이 낮아지는 효과)하는 개념으로 보이는바(조심 2020전8301, 2021.1.13., 같은 뜻임), 법인이 지역균형발전을 위하여 본사를 지방으로 이전한 후 신규로 채용한 인원도 지방이전에 따른 기여분에 포함하는 것이 ‘수도권 외 지역의 고용창출 및 경제활성화’라는 입법취지에도 부합하는 것으로 보이는 점, 국세청도 ‘본사이전 후 신규채용한 인원’을 ‘지방이전 인원비율’에 포함하는 것으로 해석한 기획재정부 예규(제도46012-11228, 2001.5.23.) 생성 이후 감면비율 산정 시 신규채용인원을 포함하여야 한다는 데에 이견이 없는 점 등에 비추어, 본사이전 후 추가업종에서 신규채용한 인원 또한 본사이전 감면소득 계산 시 ‘지방이전 인원비율’에 포함되는 것으로 봄이 타당하다고 판단된다. (나) 조특법 제63조의2 제2항은 제1호에서 ‘공장을 이전한 경우’를, 제2호에서 ‘본사를 이전한 경우’를, 제3호에서 ‘공장과 본사를 함께 이전한 경우’를 각각 규정하고 있어 청구법인의 경우 본사이전 전에는 공장이 존재하지 아니하였으므로 제2호를 적용하여야 하는데, 조특법 제63조의2에서의 ‘본사’ 개념을 해석함에 있어 문제되는 장소가 실질적으로 본점 또는 주사무소로서 영업을 하고 있는 곳에 해당하는지에 따라 지방균형발전과 수도권 과밀화 억제라는 입법취지에 기여하는 기업에 대한 혜택으로서 법인세의 감면을 허용하는 것이 실질과세의 원칙이나 조세공평의 원칙에 부합하는 점, 조특법 제63조의2 제3항을 적용함에 있어 ‘이전본사 근무인원’에 해당하는지 여부는 구체적인 사건에서 당해 직원들의 근무장소, 근무형태, 업무내용 및 업무의 지시·복명관계 등 제반사정을 종합하여 판단하여야 하는바(대법원 2008.10.23. 선고 2008두7830 판결, 같은 뜻임), 본사업무가 법인의 의사결정 및 관리‧지원업무에 한정된다고 보기 어렵고, 법인이 하나의 사업장으로서 수행하는 제조 및 가공에 관한 업무도 해당 사업장이 실질적으로 본점 또는 주사무소로서의 기능을 담당하고 있다면 본사업무에 포함되는 것으로 보이는 점, 청구법인의 경우 2007.1.5. 본사를 지방으로 이전하고 2007.4.11. 이전본사 소재지에 추가업종의 공장(OOO공장)을 신설·등록하였고, 2008년 12월에 의약품 제조업 허가를 취득하여 2013년 3월에 청구법인의 주업종을 의료용 제제 제조업으로 변경하였으며, 본사이전 후 OOO공장의 상시 근로자 수를 살펴보면, 대표이사/임원 1명, 경영관리 등 2명, 생산본부 23명 및 안전/품질관리 33명으로 청구법인의 주된 사업은 제조업으로 보이는 점 등을 고려할 때, 청구법인은 본사를 지방으로 이전하면서 주업종을 제조업으로 변경하기 위하여 OOO공장을 신설한 것으로 보이고, 지방으로 이전하기 전의 본사업무와 지방이전 후 신설한 OOO공장의 업무를 실질적인 본사업무로 하여 사업을 영위한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 쟁점인원을 ‘이전본사 근무인원’에 포함하는 것이 타당하다고 판단된다. (다) 따라서 처분청에서 쟁점인원이 ‘이전본사 근무인원’에 해당하지 아니하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 (1)-1 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정된 것) 제63조의2[법인의 공장 및 본사의 수도권외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면] ① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 “수도권 외 지역이전법인”이라 한다)은 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 소비성서비스업, 대통령령이 정하는 부동산업 및 건설업을 영위하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 수도권과밀억제권역 안에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 “본사”라 한다)를 둔 법인일 것
2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권외의 지역(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는산업입지 및 개발에 관한 법률에 의한 산업단지에 한한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령이 정하는 바에 따라 2008년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나 수도권외의 지역에 2011년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2008년 12월 31일까지 보유하고 2008년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준 신고 시에 이전계획서를 제출하는 경우에 한한다)
② 수도권 외 지역이전법인은 다음 각 호의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
1. 공장을 이전한 경우에는 당해 공장에서 발생하는 소득
2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목 중 작은 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득
3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 당해 과세연도의 소득금액을 한도로 한다.
③ 제2항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 이전본사 근무인원이라 함은 수도권 외의 지역으로 이전한 본사(이하 이 조에서 “이전본사”라 한다)에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원의 연평균인원(매월 말 현재의 인원을 합하고 이를 해당 월수로 나누어 계산한 인원을 말하며, 이전일부터 소급하여 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 이후 수도권 외의 지역에서 본사업무에 종사하는 근무인원이 이전본사로 이전한 근무인원을 제외한다)에서 이전일부터 소급하여 3년이 되는 날이 속하는 과세연도에 이전본사에서 본사업무에 종사하던 상시근무인원의 연평균인원을 차감하여 계산한 인원을 말하며, 수도권 안의 본사 근무인원이라 함은 본사의 이전 후 수도권 안에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원의 연평균인원을 말한다. 이 경우 이전일이 속하는 과세연도에는 이전 후 근무인원을 기준으로 연평균인원을 계산한다.
⑨ 제1항 내지 제5항 및 제7항의 규정을 적용함에 있어서의 기간계산의 방법, 급여의 범위, 세액감면신청 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1)-2 조세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11133호로 개정된 것) 제63조의2[법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면] ① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 “지방이전법인”이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업 및 소비성서비스업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 “본사”라 한다)를 둔 법인일 것
2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는산업입지 및 개발에 관한 법률에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2014년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2017년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2014년 12월 31일까지 보유하고 2014년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다)
② 지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
1. 공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득
2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목 중 작은 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득
3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 해당 과세연도의 소득금액을 한도로 한다.
③ 제2항 제2호를 적용할 때 이전 본사 근무인원이란 수도권 밖으로 이전한 본사(이하 이 조에서 “이전본사”라 한다)에서 본사 업무에 종사하는 상시 근무인원의 연평균 인원(매월 말 현재의 인원을 합하고 이를 해당 개월 수로 나누어 계산한 인원을 말하며, 이전일부터 소급하여 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 이후 수도권 외의 지역에서 본사업무에 종사하는 근무인원이 이전본사로 이전한 근무인원은 제외한다)에서 이전일부터 소급하여 3년이 되는 날이 속하는 과세연도에 이전본사에서 본사 업무에 종사하던 상시 근무인원의 연평균 인원을 빼고 계산한 인원을 말하며, 법인전체 근무인원이란 법인 전체의 상시 근무인원의 연평균 인원을 말한다.
⑩ 제1항·제2항·제5항 또는 제6항을 적용받으려는 지방이전법인은 대통령령으로 정하는 분류를 기준으로 이전 전의 공장에서 영위하던 업종과 이전 후의 공장에서 영위하는 업종이 같아야 한다. (1)-3 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정된 것) 제63조의2[법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면] ① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 “지방이전법인”이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업, 소비성서비스업, 무점포판매업 및 해운중개업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 “본사”라 한다)를 둔 법인일 것
2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는산업입지 및 개발에 관한 법률에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2017년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2020년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2017년 12월 31일까지 보유하고 2017년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다)
② 지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일 이후 지방이전법인에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니한 경우에는 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.
1. 공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득
2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목 중 작은 비율과 라목의 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득
3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 해당 과세연도의 소득금액을 한도로 한다.
③ 제2항 제2호를 적용할 때 이전본사 근무인원이란 이전본사에서 본사 업무에 종사하는 상시 근무인원의 연평균 인원(매월 말 현재의 인원을 합하고 이를 해당 개월 수로 나누어 계산한 인원을 말하며, 이전일부터 소급하여 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 이후 수도권 외의 지역에서 본사업무에 종사하는 근무인원이 이전본사로 이전한 근무인원은 제외한다)에서 이전일부터 소급하여 3년이 되는 날이 속하는 과세연도에 이전본사에서 본사 업무에 종사하던 상시 근무인원의 연평균 인원을 빼고 계산한 인원을 말하며, 법인전체 근무인원이란 법인 전체의 상시 근무인원의 연평균 인원을 말한다.
⑩ 제1항·제2항·제5항 또는 제6항을 적용받으려는 지방이전법인은 대통령령으로 정하는 분류를 기준으로 이전 전의 공장 또는 본사에서 영위하던 업종과 이전 후의 공장 또는 본사에서 영위하는 업종이 각각 같아야 한다.
(2) 조세특례제한법 시행령 제60조의2[법인의 공장 및 본사의 수도권 외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면] ② 법 제63조의2 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 기간계산은 다음 각 호의 어느 하나에 의한다.
1. 공장을 이전하는 경우에는 공장시설을 법 제2조 제1항 제9호의 규정에 따른 수도권(이하 “수도권”이라 한다) 외의 지역으로 이전하기 위하여 조업을 중단한 날부터 소급하여 3년 이상 계속하여 수도권 과밀억제권역안에서 조업(대기환경보전법,수질환경보전법또는소음·진동규제법에 의하여 배출시설이나 오염물질배출방지시설의 개선·이전 또는 조업정지명령을 받아 조업을 중단한 기간은 이를 조업한 것으로 본다)한 실적이 있을 것
2. 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 “본사”라 한다)를 이전하는 경우에는 본사의 이전등기일부터 소급하여 3년 이상 계속하여 수도권 과밀억제권역안에 본사를 두고 사업을 영위한 실적이 있을 것
④ 법 제63조의2 제1항 제2호의 규정에 의하여 공장시설의 전부 또는 본사를 이전하는 법인은 다음 각 호의 어느 하나의 요건을 갖추어야 한다. 이 경우 법 제63조의2 제5항의 규정을 적용함에 있어서는 수도권 과밀억제권역 안의 공장 또는 본사를 양도하는 경우에 한한다.
1. 수도권 외의 지역으로 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 과밀억제권역안의 공장을 양도하거나 수도권 과밀억제권역 안에 남아 있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해 공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태일 것
2. 수도권 과밀억제권역안의 공장을 양도 또는 폐쇄한 날(공장의 대지 또는 건물을 임차하여 자기공장시설을 갖추고 있는 경우에는 공장이전을 위하여 조업을 중단한 날을 말한다)부터 2008년 12월 31일까지 수도권 외의 지역에서 사업을 개시하거나 공장을 신축하여 이전하는 경우에는 2008년 12월 31일까지 부지를 취득(부지를 보유하고 있는 경우를 포함한다)하고 2011년 12월 31일까지 사업을 개시할 것
3. 수도권 외의 지역으로 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 과밀억제권역안의 본사를 양도하거나 본사외의 용도(제11항이 정하는 기준 미만의 사무소로 사용하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)로 전환할 것
4. 수도권 과밀억제권역안의 본사를 양도하거나 본사외의 용도로 전환한 날부터 2008년 12월 31일까지 수도권 외의 지역에서 사업을 개시하거나 본사를 신축하여 이전하는 경우에는 2008년 12월 31일까지 부지를 취득(부지를 보유하고 있는 경우를 포함한다)하고 2011년 12월 31일까지 사업을 개시할 것
(3) 법인세법 제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “내국법인”이란 본점, 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소가 국내에 있는 법인을 말한다.
(4) 상법 제46조[기본적 상행위] 영업으로 하는 다음의 행위를 상행위라 한다. 그러나 오로지 임금을 받을 목적으로 물건을 제조하거나 노무에 종사하는 자의 행위는 그러하지 아니하다.
3. 제조, 가공 또는 수선에 관한 행위