쟁점토지를 자경하였다고 볼만한 객관적이고 구체적인 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 처분청이 쟁점토지에 대하여 조세특례제한법상 양도소득세 감면규정의 적용을 배제하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 사건 처분은 잘못이 없다고 판단됨
쟁점토지를 자경하였다고 볼만한 객관적이고 구체적인 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 처분청이 쟁점토지에 대하여 조세특례제한법상 양도소득세 감면규정의 적용을 배제하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 사건 처분은 잘못이 없다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 청구인은 2016.2.29. OOO서장에게 쟁점토지에 관한 양도소득세 신고를 하였는데, OOO서장 및 처분청은 위 신고서에 대한 검토를 5년 이상 미루다가 부과제척기간의 만료일까지 불과 45일을 앞두고 과세예고통지를 함으로써 청구인이 과세전적부심사를 받을 권리를 박탈하였으므로 이 사건 처분은 중대한 절차적 하자가 있어 위법한 처분이다. (가) OOO서장은 청구인으로부터 쟁점토지에 대한 양도소득세 신고서를 받고 이를 검토대상으로 분류하였음에도 방치하였고, 청구인의 주소지 이전에 따라 위 업무를 인계받은 처분청 또한 신고서 검토업무를 하지 않다가 부과제척기간의 만료일까지 불과 45일을 앞두고 과세예고통지를 한 후 국세기본법제81조의15 제3항 제3호를 이유로 청구인에게 과세전적부심사를 받을 기회를 주지 않았다. (나) 그러나, 국세기본법제81조의15 제3항 제3호가 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 과세전적부심사 적용대상에서 제외한다고 규정하고 있는 것은 관련 법령 등에서 정한 기한 내에 과세예고통지를 하게 되면 납세자의 과세전적부심사 청구가 있을 경우 부과제척기간 내에 부과처분을 이행할 수 없어 불가피하게 그 절차를 생략할 수 있도록 하는 것이지, 처분청이 장기간 국세행정을 해태함으로써 부과제척기간 만료일이 임박한 경우에도 동 규정을 적용할 수 있게 되면 과세관청이 자의적으로 납세자의 사전적인 권리구제 절차를 박탈할 수 있게 된다는 점을 고려하면 불가피한 사유도 없이 5년 이상 신고서 검토업무를 방치하여 청구인에게 과세전적부심사를 청구할 기회도 주지 않고 과세한 이 사건 처분은 중대한 절차적 하자가 있어 무효이다.
(2) 청구인은 2002.10.28. 쟁점토지를 취득한 후 2015.12.7. 양도하였는데, 보유기간 중 2003.11.24.부터 2006.11.17.까지 3년간, 2009.12.13.부터 2015.12.7.까지 6년간 총 9년 동안 쟁점토지를 직접 경작하였고, 이러한 사실이 위성사진 및 경작사진 등을 통하여 확인되므로 쟁점토지에 대하여 조세특례제한법제69조 제1항의 감면규정을 적용하지 않고 과세한 이 사건 처분은 부당하다. (가) 국가지리정보원의 위성사진에 따르면 2001.12.25. 및 2003.1.1. 쟁점토지에 비닐하우스가 있다가 2003.11.23. 비닐하우스가 철거되고 농지상태가 되었음이 나타나는데, 청구인은 비닐하우스가 철거된 2003.11.23.부터 직접 자경을 하였다. (나) 쟁점토지는 약 241평으로 청구인은 쟁점토지를 취득한 후 다른 사업이나 근로를 하지 않고 딸들과 함께 오직 쟁점토지의 경작에만 전념하였는데, 이는 경작 당시 찍은 사진을 통해 확인된다. (다) 처분청은 AAA이 2006.8.10.부터 쟁점토지를 임차하였고, BBB이 2003.1.10.부터 AAA으로부터 쟁점토지를 전차하였기 때문에 2003년부터 쟁점토지를 경작하지 않았다고 하나, 임차인인 AAA이 2006년부터 쟁점토지를 임차하였는데, 전차인인 BBB이 2003년부터 쟁점토지를 전차하였다는 것은 성립할 수 없으므로 처분청은 잘못된 주장을 하고 있다.
(1) 국세기본법제81조의15 제3항 제3호는 과세예고통지를 하는 날부터 국세의 부과제척기간 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 과세전적부심사를 생략할 수 있다고 규정하고 있는데, 처분청이 청구인에게 과세예고통지를 한 때(2021.4.15.)는 2015년 귀속 양도소득세 부과제척기간의 만료일(2021.5.31.)까지의 기간이 3개월 이하이므로 청구인이 과세전적부심사를 청구할 수 없었다고 하여 이 사건 처분에 절차적 하자가 있다고 할 수 없다.
(2) 청구인은 쟁점토지를 자경하였다는 주장과 관련하여 농지원부 및 농자재 구매내역 등 기초적인 증빙조차 제출하지 못하고 있고, 2005년 12월경부터 2009년 3월까지 AAA에게 쟁점토지를 임대한 사실까지 확인되므로 쟁점토지가 8년 이상 자경농지에 해당하지 않는 것으로 보아 조세특례제한법제69조 제1항의 적용을 배제하고 과세한 이 사건 처분은 정당하다. (가) 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정의 입법취지는 육농정책의 일환으로 농지의 양도에 따른 조세부담을 경감시켜주자는데 있고, 따라서 이러한 감면요건에 대한 입증책임은 양도소득세의 면제를 주장하는 납세의무자에게 있는 것인데, 청구인은 쟁점토지를 8년 이상 자경하였다는 주장과 관련하여 농자재구매내역, 농산물판매내역 등 가장 기본적인 자료조차 제출하지 못하고 있다. (나) 또한, OOO의 위성사진에 따르면 2001년 12월경부터 2003년 11월경까지 쟁점토지상에 있던 비닐하우스가 철거되고 있었던 것으로 나타나므로 위 기간동안 청구인의 자경이 불가능하였고, 국세청통합전산망상 AAA이 2005년 12월경부터 2009년 3월경까지 쟁점토지를 임차(전세금 OOO원, 월세 OOO원)하고 이를 사업장 소재지로 하여 발생한 부동산임대소득 및 도소매 관련 소득을 신고·납부한 사실이 나타나므로 이 기간 역시 청구인의 자경이 불가능하였음이 확인된다. (다) 결국 청구인은 2002년 및 2003년, 2005년부터 2009년까지 쟁점토지를 자경할 수 없었던 상황이었음이 확인되고, 나머지 기간에 대해서도 쟁점토지를 자경하였다는 어떠한 구체적 증빙도 제출하고 있지 못하므로 이 사건 처분은 정당하다.
① 처분청이 이 사건 처분을 지연하여 과세전적부심사를 받지 못하였으므로 절차상 하자가 있는 위법한 처분이라는 청구주장의 당부
② 쟁점토지를 8년 이상 자경하였으므로 조세특례제한법상 양도소득세 감면규정을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 조세특례제한법(2014.12.23. 법률 제12853호로 개정된 것) 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분(換地處分) 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.
③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26070호로 개정된 것) 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.
1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역
2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역
3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역
④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.
1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 지방자치법 제3조 제4항 에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조 제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다}에 있는 농지중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.
2. 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.
⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.
1. 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우: 매매계약일 현재의 농지 기준
2. 환지처분 전에 해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정 후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우: 토지조성공사 착수일 현재의 농지 기준
3. 광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률, 지방자치단체의 조례 및 지방자치단체의 예산에 따라 광산피해를 방지하기 위하여 휴경하고 있는 경우: 휴경계약일 현재의 농지 기준
⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.
⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자의 소득세법 제19조 제2항 에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 소득세법 제45조 제2항 에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.
(3) 국세기본법(2020.12.22. 법률 제17650호로 개정된 것) 제81조의15(과세전적부심사) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 “과세예고통지”라 한다)하여야 한다.
1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우
2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우
3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만, 감사원법 제33조 에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우는 제외한다.
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 “과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.
1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지
2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지
③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.
1. 국세징수법 제9조 에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우
2. 조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우
3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우
4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우
(1) 쟁점토지의 등기사항일부증명서ㆍ위성사진, 청구인이 제출한 증빙 및 국세청통합전산망(NTIS)상 쟁점토지의 임대차내역 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인은 2002.10.28. OOO답 1,877㎡의 1/2 지분을 취득하였다가 2007.9.18. 공유물 분할을 원인으로 하여 쟁점토지(OOO 답 1,877㎡ 중 434㎡가 2006.3.15.에, 647㎡가 2006.11.27. 각 분할ㆍ이기되고 남은 토지임, 아래 <표1> 참조)에 관한 소유권이전등기를 경료하였다. <표1> 쟁점토지의 등기사항일부증명서 OOO (나) 청구인은 2015.12.7. 쟁점토지를 양도한 후 아래 <표2>와 같이 쟁점토지 보유기간 중 약 9년간 자경을 하였다고 하면서 쟁점토지에 관하여 조세특례제한법제69조 제1항의 양도소득세 감면규정을 적용하여 2016.2.29. 당시 주소지 관할 OOO서장에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였고, 처분청(청구인이 2016.4.27. 현재의 주소지로 전입함에 따라 처분청이 이 건 관할 세무서장이 됨)은 이에 대하여 청구인이 2006.3.10.부터 2009.11.30.까지 쟁점토지를 임대하는 등 자경하였다는 구체적인 증빙이 없다고 보아 쟁점토지에 관한 양도소득세 감면규정의 적용을 배제하여 2014.4.15.(2015년 귀속 양도소득세 부과제척기간의 만료일까지 3개월 이하) 과세예고통지 후 이 사건 처분을 하였다. <표2> 쟁점토지의 자경기간에 관한 청구인 주장 OOO (다) 국세청통합전상망상 청구인은 2006.3.10.부터 2008.12.31.까지 쟁점토지를 사업장 소재지로 하여 부동산업(전답기타토지)을 영위한 것(아래 <표3> 참조)으로 나타나고, AAA은 2006.3.10.부터 2009.3.9.까지 청구인으로부터 쟁점토지를 포함한 938.5㎡를 임차(아래 <표4> 참조)하여 OOO(129-29-52) 등의 사업장으로 사용한 것으로 나타나며, BBB은 2007.4.20.부터 2008.11.1.까지 CCC로부터 쟁점토지의 일부(165.29㎡)를 전차(아래 <표5> 참조)하여 OOO(129-91-31)의 사업장으로 사용한 것으로 나타난다. <표3> 쟁점토지를 사업장소재지로 한 사업자내역 OOO <표4> 청구인과 AAA의 쟁점토지 임대차세부내용 OOO <표5> AAA과 BBB의 쟁점토지 전대차세부내용 OOO (라) 위성사진 등에 따르면, 쟁점토지는 왕복8차로의 대로변에 인접한 토지로 비닐하우스가 설치되어 있었거나(2003.1.1.자 위성사진), 수석 및 수공예품 등을 판매하는 4개의 가건물이 있었던(2008년 8월경 및 2009년 7월경 로드뷰사진) 사실이 나타난다. (마) 청구인은 쟁점토지를 자경하였다고 주장하면서, 그 증빙으로 쟁점토지 사진(청구인 등이 경작을 하고 있는 모습, 쟁점토지상에 있는 농작물을 찍은 사진인데, 촬영날짜는 확인되지 않음), 인근 주민의 명의로 된 사실확인서(청구인이 2002.10.14.부터 2015.12.7.까지 경작하였다고 기재되어 있음), 상추 및 고추 구매영수증(2013.4.15. 상추 및 고추 OOO원을 구매한 영수증 1매)을 제출하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 우선 쟁점①과 관련하여, 청구인은 처분청이 이 사건 처분에 관한 과세예고통지를 지연하여 국세기본법상 과세전적부심사를 받지 못하였으므로 이 사건 처분에 절차상 하자가 있다고 주장하나, 처분청은 2015년 귀속 양도소득세 부과제척기간의 만료일(2016.5.31.)까지의 기간이 3개월 이하의 기간이 남은 2021.4.15. 이 사건 처분에 관한 과세예고통지를 하였고, 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호 에서 과세예고통지 등을 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 과세전적부심사 적용대상에서 제외하도록 규정하고 있으며, 처분청이 고의 또는 중과실로 이 사건 처분을 장기간 해태하였다고 볼만한 사실 또한 확인된 바 없으므로 이 사건 처분에 절차적 하자가 있다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②와 관련하여, 청구인은 쟁점토지를 8년 이상 자경하였다고 주장하나, 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정은 자경농민에 대하여 정책적으로 특혜를 주는 것이라 조세형평상 엄격히 제한적으로 적용하여야 하는 것OOO으로 조세특례제한법상 자경농지 감면대상이 되는 토지를 자경하였다는 점에 대해서는 이를 주장하는 납세자에게 입증책임이 있다고 할 것인바OOO, 국세청통합전산망(NTIS)상 청구인이 2006.3.10.부터 2009.3.9.까지 AAA에게 쟁점토지를 임대하였음이 나타나고, 청구인이 위 임대기간을 제외한 나머지 보유기간(약 9년) 동안 쟁점토지를 자경하였다고 볼만한 객관적이고 구체적인 증빙(청구인이 제출한 경작사진의 구체적인 날짜를 확인할 수 없고, 인근 주민들의 사실확인서에는 청구인이 2002년부터 2015년까지 쟁점토지 소유기간 내내 자경하였다고 기재되어 있는 등 신빙성이 부족해 보인다)을 제시하지 못하고 있으므로 처분청이 쟁점토지에 대하여 조세특례제한법상 양도소득세 감면규정의 적용을 배제하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 사건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.