조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점아파트의 양도시기를 쟁점계약상 중도금지급일로 보아 1세대1주택 비과세특례를 배제하고 양도소득세를 과세한 처분의 당부

사건번호 조심-2021-중-4925 선고일 2021.11.02

쟁점계약상 양수인들이 전세계약을 승계하기로 명시되어 있고, 실제로 쟁점아파트의 임차인이 임차기간을 연장함에 따라 잔금일에 청구인과 양수인들간에 매매대금을 별도로 정산한 사실일 없는 점 등을 고려할 때 청구인은 중도금지급일에 매매대금을 사실상 청산하고도 청구인의 1세대1주택 비과세요건을 충족시키기 위하여 잔금지급 일정을 조정한 것으로 보임

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2017.10.30. 취득한 OOO(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 2018.10.18. AAA 및 BBB(AAA의 배우자로, AAA와 함께 이하 “양수인들”이라 한다)에게 OOO원[계약금 OOO원(2018.10.18.), 중도금 OOO원(2018.12.10.), 잔금 OOO원(2019.11.1.)]에 양도하는 내용의 계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결한 후, 쟁점아파트 양도시기를 잔금지급일인 2019.11.1.로 하여 1세대 1주택 비과세 규정(일시적 2주택)을 적용하여 양도소득세를 신고하였다.
  • 나. OOO서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2020년 11월 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 양수인들이 잔금(OOO원)과 동일한 임차인의 전세보증금(OOO원)을 승계하도록 되어 있어 중도금 지급일인 2018.12.10.에 사실상 매매대금이 청산되었으므로 쟁점아파트는 2년 이상 보유기간을 충족하지 못하여 1세대 1주택 비과세 대상에 해당하지 아니하고, 2018.12.10. 양도 당시 청구인은 조정지역내 1세대 3주택자에 해당하여 중과세율(일반세율+20%)을 적용하여야 한다고 보아 과세자료를 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 2020.12.7. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정 ․고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2021.3.2. 이의신청을 거쳐 2021.7.27. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 소득세법제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항은 양도자산의 양도시기는 대금을 청산한 날로 하되, 대금을 청산한 날이 분명하지 않은 경우에는 등기부 등에 기재된 등기접수일 등으로 보아야 한다고 규정하고 있는바, 청구인과 양수인들은 쟁점아파트 거래시 잔금 지급에 갈음하여 양수인들이 임대보증금 반환채무를 인수하기로 약정하였고, 그 채무인수의 효력은 매매대금의 지급과 부동산 권리이전소요서류의 교부를 동시에 이행한 날로 보아야 하므로 청구인이 양수인들에게 부동산등기권리증 등을 교부한 2019.11.2.(쟁점계약상 2019.11.1.에 교부하여야 하나, 양수인들의 사정으로 하루 늦게 교부됨)를 쟁점아파트의 잔금청산일로 보아야 하며, 이러한 당사자들의 의사에 반하여 쟁점아파트의 잔금청산일을 중도금지급일로 보는 것은 확장해석이므로 조세법률주의원칙에 반한다.

(2) 대법원 판례(2007.9.21. 선고 2006다69479 판결) 등에 의하면, “특별한 사정이 없는 한 매수인이 매매대금에서 그 채무액을 공제한 나머지를 지급함으로써 잔금지급의 의무를 다하였다고 할 것이나, (중략) 여기서 ‘특별한 사정’이 있었는지 여부는 매매계약의 당사자들이 그러한 내용의 매매계약에 이르게 된 경위, 매수인의 인수채무 불이행을 인하여 매도인이 입게되는 구체적인 불이익의 내용과 그 정도 등 제반 사정을 종합적으로 고려하여 ‘매매대금의 일부를 지급하지 아니한 것과 동일하다고 평가할 수 있는 경우’에 해당하는지 여부를 판단해 보아야 한다”고 판시하였다. 먼저, 청구인과 양수인들이 쟁점계약에 이르게 된 경위를 보면, 양수인 AAA는 OOO에서 군의관으로 복무하며 타지 생활을 하고 있었고, 공동양수인 BBB은 OOO에서 근무하던 교사로, 출산으로 인해 휴직을 하면서 친정인 OOO에서 산후조리를 하고 있어 OOO에 소재한 쟁점아파트에 입주할 시기가 명확하지 아니하였으며, 쟁점아파트의 임차인도 퇴거일을 확정하지 못한 상태였다. 또한, 임차인의 전세보증금(OOO원)은 쟁점아파트의 소유권에 기하여 담보대출을 받지 않는 이상 변제할 수 없을 정도의 고액으로, 청구인이 쟁점아파트의 소유권을 양수인들에게 이전하기 전에 임차인이 퇴거하면 임대보증금을 변제할 책임은 청구인에게 있었으므로 양수인들의 인수채무 불이행으로 인하여 청구인이 입게 되는 구체적인 불이익은 전세보증금 반환책임이라 할 것이다. 이처럼 계약 당시 또는 중도금 지급시에 매매대금 지급에 갈음하여 임대보증금을 승계할지 여부가 확정되어 있지 않았으므로 이 건은 매매대금에서 그 채무액을 공제한 나머지를 지급함으로써 잔금지급의 의무를 다하였다고 볼 수 없는 특별한 사정이 있었다고 보아야 한다.

(3) 쟁점아파트 관련 중개수수료 현금영수증이 2018.11.2.에 발행된 이유는 당시 중개업자인 OOO공인중개사사무소가 폐업과 사무소 이전을 고민하고 있어 현금영수증을 미리 발급하였기 때문이고, OOO 공인중개사사무소는 계약서에 명시된 잔금지급일에 소유권이전절차를 마무리하였으며, 쟁점계약상 쟁점아파트의 2019년도 재산세를 양수인들이 부담하기로 한 것은 매매가액의 에누리에 불과하고, 중도금지급일에 실질적인 소유권이 양수인들에게 이전되어 이들이 사용․수익하였다는 객관적인 증거가 없으므로 쟁점아파트의 양도대금이 2018.12.10. 청산된 것으로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 2017.10.30. 취득한 쟁점아파트를 같은 날 CCC에게 보증금 OOO원에 임대하고, 2019.11.1.을 양도일로 하여 양도소득세를 신고하였으나, 쟁점계약상 특약사항을 보면, 2019.11.1. 잔금 OOO원은 임대보증금 OOO원으로 대체하기로 되어 있고, 잔금시까지 일체의 대출을 하지 아니하며, 2019년도 재산세는 양수인들이 부담한다는 조건이 명시되어 있는바, 2018.12.10. 중도금 지급일에 실질적으로 매매대금이 청산되었다고 보아야 한다.

(2) 쟁점아파트의 임차인은 2020년 11월 이 건 양도소득세 조사시에도 쟁점아파트에 거주하고 있고, 2019.11.1. 잔금일에 청구인과 양수인들 간에 매매잔금을 수수한 사실이 없는바, 매매대금 OOO원 중 임차인의 임대보증금 OOO원을 양수인들이 승계하여, 청구인이 실제로 수취한 매매대금은 OOO원(2018.10.18. 계약금 OOO원, 2018.12.10. 중도금 OOO원)인 것으로 나타난다. 이처럼 청구인은 2018.12.10. 매매대금을 청산하였음에도 1세대 1주택 비과세 요건(보유기간 2년)을 충족하기 위하여 잔금일을 2019.11.1.로 조정하여 2019.11.13. 소유권이전등기를 한 것이다.

(3) 청구인이 쟁점아파트의 취득일을 공부상 소유권이전등기 접수일이 아닌 아파트 분양대금을 청산하고 취득세를 납부한 2017.10.30.로 신고한 것으로 보아 청구인도 실질적 취득시기에 대한 이해가 있었던 것으로 보이고, 이 건 양도소득세 조사시 청구인은 잔금청산일에 대한 문제를 인지하고 중도금지급일을 양도일로 보면, 1세대 3주택자에 해당하여 양도소득세 중과세율이 적용된다는 점에 대하여 인정한 바 있다. 처분청은 청구인에게 임차인이 납부해온 아파트 장기수선충당금에 대하여 매매당시 양수인들과 정산한 자료를 제출하도록 요구하였으나, 이에 응하지 아니하였고, 전산상 확인되는 중개수수료 현금영수증 발행일은 2018.11.2.로 나타난다.

(4) 법원 판례(OOO지방법원 2017.6.7. 선고 2016구단7969 판결) 등에서 임대차보증금이나 대출금을 매수인이 인수하기로 하고 보증금, 대출금을 공제한 금액을 대금으로 지급하기로 약정하였다면, 잔금청산일은 보증금 등을 제외한 나머지가 전부 지급된 날이라고 판시하고 있는바, 쟁점아파트 매매대금 수수과정과 쟁점계약 특약사항 등을 종합적으로 고려할 때, 중도금지급일인 2018.12.10.에 매매대금이 청산된 것으로 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점아파트의 양도시기를 쟁점계약상 중도금지급일인 2018.12.10.로 보아 1세대 1주택 비과세특례를 배제하고 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  • 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
  • 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. (2) 소득세법 시행령(2018.10.23. 대통령령 제29242호로 개정된 것) 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다. 제155조(1세대1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 “신규 주택”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 그 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내[종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득{조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다}하는 경우에는 2년 이내]에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 아니하며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다. 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 과세자료에 의하면, 청구인은 2017.10.30. 취득한 쟁점아파트를 2019.11.1. 양도한 것으로 하여 1세대 1주택 비과세 규정(일시적 2주택)을 적용하여 양도소득세를 신고하였고, 조사청은 2020년 11월 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 중도금 지급일인 2018.12.10.에 사실상 매매대금이 청산되었으므로 쟁점아파트는 2년 이상 보유기간을 충족하지 못하여 1세대 1주택 비과세 대상에 해당하지 아니하고, 2018.12.10. 양도 당시 청구인은 조정지역내 1세대 3주택자에 해당하여 중과세율을 적용하여야 한다고 보아 과세자료를 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 2020.12.7. 청구인에게 아래 OOO과 같이 이 건 처분을 한 것으로 나타난다.

(2) 국세청의 전산자료에 의하면, 쟁점아파트 보유기간 중 청구인 세대의 부동산 보유현황은 아래 OOO와 같은바, 청구인은 쟁점계약상 잔금청산일인 2019.11.1.을 양도일로 신고하였는데, 이 때를 양도일로 보면, 청구인의 배우자가 보유하고 있던 OOO 소재 주거용 오피스텔을 2019.5.9. 양도하였으므로 청구인은 2019.11.1. 당시 일 시적 1세대 2주택자에 해당하여 양도소득세 비과세 대상이고, 처분청이 쟁점아파트 양도일로 본 2018.12.10.을 기준으로 보면, 청구인 세대는 쟁점아파트 양도 당시 1세대 3주택자에 해당하는 것으로 나타난다.

(3) 청구인과 양수인들이 2018.10.18. 체결한 쟁점계약의 주요내용은 아래 OOO과 같은데, 계약서상 중도금지급일은 2018.12.10.로 되어 있고, 잔금청산일은 약 11개월 후인 2019.11.1.로 되어 있으며, 기존 전세계약을 승계하는 조건이다. 동 전세계약의 보증금이 잔금(OOO원)과 동일하고, 2019년도 재산세는 양수인들이 부담하는 것으로 기재되어 있다.

(4) 조사청의 청구인에 대한 양도소득세 조사종결보고서(2020년 11월)에 의하면, 쟁점계약상 잔금지급일인 2019.11.1.에 기존의 전세계약을 승계(보증금 OOO원)하고, 2019년도 재산세는 양수인들이 부담하기로 하였는바, 총 매매대금(OOO원) 중 임차인 보증금 OOO원을 제외한 OOO원은 계약일과 중도금지급일에 지급되어 실질적인 매매대금 청산은 중도금지급일인 2018.12.10.에 완료되었으므로 1세대 1주택 비과세 적용을 위한 보유기간 2년 요건을 충족하지 못하였고, 조정지역 내 1세대 3주택자에 해당하므로 양도소득세 중과대상에 해당한다고 기재되어 있다.

(5) 청구인과 쟁점아파트 임차인 CCC 간에 2017.9.17. 체결한 전세계약서 등 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 임대차기간은 2017.10.30.~2019.10.30.(24개월)이고, 전세보증금은 OOO원으로, 쟁점계약상 잔금과 동일한 것으로 나타나며, 임차인은 동 전세계약을 연장하여 2020년 11월 이 건 세무조사시에도 쟁점아파트를 임차중인 것으로 나타난다.

(6) 쟁점아파트의 등기사항전부증명서에 의하면, 2018.9.7. 보존등기된 쟁점아파트의 소유권을 청구인이 2015.7.16. 매매를 원인으로 2018.10.8. 자신의 명의로 소유권이전등기 하였다가, 2018.10.18. 매매를 원인으로 2019.11.13. 양수인들에게 소유권이전등기한 것으로 나타난다.

(7) 국세청의 전산자료에 의하면, 쟁점아파트의 양수인 AAA가 부동산 중개업자(OOO공인중개사사무소 대표자 DDD)에게 지급한 중개수수료 OOO원에 대한 현금영수증은 2018.11.2. 발급되었고, OOO공인중개사사무소는 2018.11.22. 폐업하였으며, 대표자 DDD는 2018.11.23. OOO에 ‘OOO공인중개사사무소’를 개업한 것으로 나타난다.

(8) 쟁점아파트 매매대금 관련 금융거래내역에 의하면, 청구인은 양수인 AAA로부터 2018.9.22. 가계약금 OOO원, 2018.10.18. 계약금 OOO원, 2018.12.10. 중도금 OOO원을 수령한 것으로 나타난다.

(9) 이 건 이의신청심리시 청구인이 제시한 증빙자료에 의하면, 중개업자는 2019년 10월경 양수인 AAA 및 청구인에게 2019.11.1. 잔금일에 필요한 서류(부동산 매도용 인감증명서, 주민등록초본, 소유권이전등기신청서류 등)를 안내한 것으로 나타난다.

(10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 청구인은 쟁점아파트의 양도시기는 부동산등기권리증 등을 교부한 2019.11.2.이므로 중도금지급일(2018.12.10.)을 양도시기로 적용하여 양도소득세를 부과한 처분이 부당하다고 주장한다. 그러나 소득세법제98조 및 같은 법 시행령 제162에 의하면 자산의 양도시기에 대하여 대금이 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등을 제외하고는 해당 자산의 대금이 청산한 날로 한다고 규정하고 있고, 부동산의 매수인이 매매목적물에 관한 채무를 인수하는 한편 그 채무액을 매매대금에서 공제하기로 약정한 경우, 특별한 사정이 없는 한 매수인이 매매대금에서 그 채무액을 공제한 나머지를 지급함으로써 잔금지급의 의무를 다하였다 할 것(대법원 2007.9.21. 선고 2006다69479․69486 판결 참조)인바, 청구인이 2018.10.18. 양수인들과 체결한 쟁점계약에 의하면, 매매대금은 OOO원이고, 계약금 OOO원을 2018.10.18.에, 중도금 OOO원은 2018.12.10.에 각각 지불하고, 잔금 OOO원은 2019.11.1.에 지불한다고 되어 있으나, 특약사항에 양수인들이 기존 전세계약(전세보증금 OOO원)을 승계하는 것으로 기재되어 있으므로 청구인이 양수인들로부터 수령하여야 할 매매대금은 계약금과 중도금을 합한 OOO원이고, 동 매매대금은 2018.12.10. 청산되었으므로 이때를 쟁점아파트의 양도시기로 보아야 할 것이다. 또한 청구인은 계약 당시 또는 중도금 지급시 매매대금 지급에 갈음하여 임대보증금을 승계할지 여부가 확정되지 않았기에 이 건의 경우 매매대금에서 그 채무액을 공제한 나머지를 지급한 때를 매매대금 청산시기로 볼 수 없는 특별한 사정이 있었다고 주장하나, 쟁점계약상 양수인들이 전세계약을 승계하기로 명시되어 있고, 실제로 쟁점아파트를 임차중인 임차인이 당초 임차기간(2017.10.30.~2019.10.30.)을 연장함에 따라 잔금일인 2019.11.1.에 청구인과 양수인들 간에 매매대금을 별도로 정산한 사실이 없으며, 2019년도 재산세도 양수인들이 부담하기로 사전에 약정한 사정 등을 종합적으로 고려할 때, 청구인은 중도금지급일인 2018.12.10. 매매대금을 사실상 청산하고도 청구인의 1세대 1주택 비과세 요건(2년 보유)을 충족시키기 위하여 잔금지급 일정을 조정한 것으로 보이므로 이에 대한 청구주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)