쟁점거주주택(고가주택)에 대하여 1세대 3주택의 경우로 보아 중과세율 적용 및 장기보유특별공제를 배제하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 OOO, 이하 “쟁점거주주택”이라 한다)를 2003.6.11. 취득하여 거주하다가 2018.7.12. 양도하였고, 양도 당시 2018.6.12. 취득한 대체주택과 2012.5.9. 배우자가 취득한 임대주택을 보유하고 있었다.
• 나. 청구인은 2018.7.20. 쟁점거주주택(고가주택)에 대한 양도소득세를 신고하면서 소득세법 제89조 제1항 제3호, 제95조 제3항, 같은 법 시행령 제154조 및 제155조에 따라 일시적 2주택 및 장기임대주택에 따른 양도소득의 특례규정을 적용하는 한편, 기본세율을 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.
• 다. 처분청은 청구인의 양도소득세 신고내용을 검토한 후, 소득세법 제95조 제2항, 제104조 제7항 제3호 및 같은 법 시행령 제167조의3 제1항에 따라 양도 당시 1세대 3주택의 경우에 해당하므로 중과세율(기본세율에 100분의 20을 가산)을 적용하고 장기보유특별공제의 적용을 배제하여야 한다고 보아 2020.11.16. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2021.1.28. 이의신청을 거쳐 2021.7.7. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 소득세법 시행령 제155조 제1항 및 제20항에 따라 일시적 2주택과 임대주택은 주택수에 포함되지 아니하는바, 쟁점거주주택의 양도소득에 대하여 1세대 1주택의 특례가 적용되어야 한다.

(2) 2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정된 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제13호 의 규정에 의하면, 1세대 1주택으로 보아 양도소득 특례가 적용되는 주택을 양도하는 경우 중과세율을 적용하지 않는 것으로 규정하고 있고, 이는 특별한 사정의 변화로 신설한 것이 아니라 2018년 세법 개정 당시 규정하였어야 할 것을 규정하지 않아 납세자의 법적 안정성이 현저히 훼손되어 신설한 것이므로 쟁점거주주택의 양도에도 적용되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1) 소득세법 제104조 제7항 에서 3주택 이상을 소유하고 있는 1세대가 조정대상지역 안에 있는 주택을 양도하는 경우 중과세율을 적용하도록 규정하고 있고, 소득세법 제95조 제2항 에서 중과세율 적용자산에 대하여는 장기보유특별공제의 적용을 배제한다고 규정하고 있는바, 이 건 처분은 적법하다.

(2) 일시적 2주택의 경우 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제8호 에서 2주택자의 중과대상에서 제외하고 있으나, 1세대 3주택의 경우 소득세법 시행령 제167조의3 등에서 중과대상에서 제외하지 않고 있으므로 이 건 처분에 잘못이 없다.

(3) 2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정된 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제13호 에서 양도소득의 비과세 특례가 적용되는 경우는 중과세율 적용대상에서 제외하고 있으나, 부칙에서 시행일 이후에 양도하는 분부터 적용한다고 규정하고 있으므로 그 전에 양도된 쟁점거주주택에 대하여는 적용할 수 없다.

• 가. 쟁점 쟁점거주주택에 대하여 1세대 3주택의 경우로 보아 장기보유특별공제의 적용을 배제하고 중과세율을 적용하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 그 배우자가 쟁점거주주택을 양도할 당시에 주택을 보유한 현황은 아래 <표>와 같은바, 3주택을 보유하고 있었고, 쟁점거주주택의 경우 조정대상지역에 있는 주택에 해당한다. <표> 청구인 및 그 배우자의 주택 보유현황 OOO

(2) 처분청은 소득세법 제95조 제3항 및 같은 법 시행령 제154조, 제160조 제1항 제1호 등에 따라 일시적 2주택 및 장기임대주택을 보유한 경우로 보아 양도소득 특례규정을 적용하는 한편, 소득세법 제95조 제2항 및 제104조 제7항 제3호에 따라 장기보유특별공제의 적용을 배제하고 중과세율을 적용하여 이 건 양도소득세를 부과하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점주택을 양도할 당시에 임대주택과 대체주택을 보유하고 있었으므로 1세대 1주택의 경우로 보아 장기보유특별공제를 적용하고 중과세율의 적용을 배제하여야 한다고 주장하나, 소득세법 제95조 제2항 및 제104조 제7항 제3호에서 1세대 3주택 이상에 해당하는 경우에는 장기보유특별공제의 적용을 배제하고 중과세율을 적용한다고 규정하고 있는 점, 같은 법 시행령 제167조의3 제1항 제10호에서 임대주택을 제외하고 1주택만을 소유한 경우 1세대 3주택의 경우로 보지 아니한다고 규정하고 있으나, 이 건의 경우 임대주택을 제외하고 2주택을 소유한 경우이므로 해당 규정을 적용하기는 어려워 보이는 점, 청구인은 2021.2.17. 개정된 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제13호 에 따라 1세대 3주택에서 제외되는 경우로 볼 수 있다고 주장하나, 해당 규정은 부칙에서 영 시행일(2021.2.17.) 이후에 양도하는 분부터 적용한다고 규정하고 있으므로 이 건과 같이 그 전에 양도한 주택에 대하여 적용하기는 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점거주주택을 1세대 3주택의 경우로 보아 장기보유특별공제의 적용을 배제하고 중과세율을 적용하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
• 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.(표 생략)

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 제104조(양도소득세의 세율) ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택 (2) 소득세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28637호로 개정된 것) 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다.(단서 생략)

⑪ 법 제89조 제1항 제3호 나목에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 제155조에 따른 1세대1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다. 제155조(1세대1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 아니하며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

⑳ 제167조의3 제1항 제2호 가목부터 라목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 “장기가정어린이집”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 “거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 영유아보육법 제13조제1항 에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 “직전거주주택”이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 “직전거주주택보유주택”이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 거주주택: 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 영유아보육법 제13조제1항 에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것 제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.(산식 생략) 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

1. 수도권 및 광역시ㆍ특별자치시(광역시에 소속된 군, 지방자치법 제3조 제3항 ㆍ제4항에 따른 읍ㆍ면 및 세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법 제6조 제3항 에 따른 읍ㆍ면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 않는 주택

10. 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(이하 이 조에서 “일반주택”이라 한다) (3) 소득세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정된 것) 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

13. 제155조 또는 조세특례제한법에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택 부칙 <대통령령 제31442호, 2021.2.17.> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각 호에서 정한 날부터 시행한다.(각 호 생략) 제2조(일반적 적용례) ② 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.