조세심판원 심판청구 양도소득세

처분청의 양도소득세 신고 사후검증이 세무조사에 해당하므로 이 건 세무조사가 중복조사에 해당한다는 청구주장의 당부 등

사건번호 조심-2021-중-3694 선고일 2021.10.27

(쟁점①) 처분청의 양도소득세 신고 관련 해명 안내 등은 양도소득세 예정신고 내용의 적정여부를 확인하기 위한 사후검증 과정에서 단순한 사실관계 확인 등을 통해 이루어진 것으로 보이고, 공식적인 세무조사통지를 한 사실이나 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 조사한 사실 등이 확인되지 아니하므로 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단됨 (쟁점②) 가각처리공사, 토지 형질변경 관련 공사와 관련하여 공사업체와의 계약서, 견적서 및 대금지급증빙 등 공사사실 및 금액을 입증할 수 있는 객관적이고 구체적인 증빙을 제시하지 못하고 있고, 묘지 이장비용도 이장여부를 확인할 수 있는 서류 및 대금지급내역 등이 제시되지 아니하였으므로 동 비용들을 양도소득세의 필요경비로 인정하기는 어렵다고 판단됨

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2000.7.25. OOO 외 임야 16,066㎡를 OOO원에 취득하고, 잡종지로 형질변경 후 2001.9.26. 자동차운전면허학원 건물 908.29㎡를 신축하여 운영하다가, 동 토지 및 지상건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 2018.1.29. ㈜AAA 외 3인에게 OOO원에 양도한 후 취득가액을 OOO원, 필요경비를 OOO원으로 하여 양도소득세를 신고(2018.9.30. 수정신고내용 포함)하였다.
  • 나. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2020.7.28.부터 2020.9.9.까지 청구인에 대한 2018년 귀속 양도소득세 세무조사를 실시하여, 쟁점부동산에 대한 취득가액을 OOO원으로 경정하고 과다계상된 필요경비 OOO원을 부인하여 양도소득세를 부과처분하도록 관련 자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2020.12.1. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2021.2.26. 이의신청을 거쳐 2021.6.23. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점부동산을 양도하고 2018.3.31. 양도소득세 예정신고시 양도가액은 OOO원, 취득가액 및 필요경비는 OOO원으로 하여 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였으나, 수개월 후 세무대리인이 처분청으로부터 과소신고된 양도소득세를 수정신고하지 않으면 추후 세무조사를 받을 것이라는 연락을 받았고, 이에 당초 신고된 필요경비 중 일정금액을 부인하여 2018.9.30. 양도소득세를 OOO원으로 수정신고하였다. 청구인은 양도소득세 수정신고 후 추가 납부세액 OOO원을 납부하지 못하여 체납이 된 상태에서 공매통지를 받았고, 공매중지 신청 후 체납처분유예를 받았으나 체납금액의 압박으로 불면증 등에 시달리다 본인 및 배우자의 모든 재산을 담보로 대출을 받아 체납금액을 정리할 수 있었다. 그러나, 어렵게 체납된 금액을 정리한 이후 6개월도 되지 않아 2020년 7월 조사청의 세무조사가 실시되어 수정신고를 대리하였던 세무사와의 논쟁도 있었다. 처분청은 사후검증은 세원관리절차에 따라 신고불성실 혐의에 대한 설명과 그에 따른 소명자료 제출을 요청하거나 수정신고에 대하여 안내하는 것에 불과하므로 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 사후검증은 세무조사에 해당한다고 보기 어렵다고 주장하고 있으나, 청구인의 경우 수정신고 과세표준이 OOO원을 초과하고 수정신고 납부세액이 지방세를 포함하여 OOO원을 초과하여 이를 단순 사후검증이나 신고내용의 정확성 검증으로 보기는 어렵고 세무조사의 범위에 해당한다고 보아야 할 것이다.

(2) 세무조사 과정에서 제출한 다음의 비용들은 대부분 15년 이상 시간이 경과되어 계좌출금내역 등 대금지급 사실을 현실적으로 입증하기 어려우나, 관련 공문 등 제증빙을 통하여 간접적으로 지출사실이 확인되므로 양도자산의 필요경비로 인정하여야 한다. (가) OOO 가각처리공사: OOO원 OOO시장의 인ㆍ허가조건 검토 시 진입로가 원활하지 않아 건축허가신청에 대한 보완요구 사항으로 자동차학원 진입로 교각의 진입각도 곡선을 원활하게 하기 위하여 발생한 비용으로 쟁점부동산 양도 후 18년이 경과되어 대금지급사실은 확인되지 아니하나, 남양주시 인ㆍ허가 관련 공문, 건축허가서 등 관련증빙이 구체적이므로 필요경비로 인정되어야 한다. (나) OOO씨종중 일가 묘지 5기 이장비용: OOO원 출금내역은 확인되지 아니하나 2000.2.22. 항공촬영 사진에 의하면 OOO 소재지에 묘지가 확인되고, 건축허가서 이행사항을 위하여 필수적으로 개인에게 지급될 수 밖에 없는 사항이므로 필요경비로 인정되어야 한다[ 수령자: AAA(420418-1), 수령자 주소지: OOO ] (다) 토지 형질변경에 따른 비용: OOO원 임야를 취득하여 자동차학원을 운영하기 위해 OOO시의 인ㆍ허가 조건인 형질변경을 하기 위하여 발생한 인건비와 포크레인 사용료, 묘목(잣나무 5년생) 식재비용 등으로, 판매업자가 적격증빙을 발행하는 업체가 아니라서 증빙을 갖추지는 못하였으나 인ㆍ허가 조건을 이행하기 위해 실제 발생한 비용으로 필요경비에 해당한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 양도소득세 예정신고 후 처분청의 수정신고 권고에 따라 수정신고하였으므로, 이후 조사청에서 실시한 이 건 양도소득세 세무조사는 중복조사에 해당한다고 주장하나, 처분청의 수정신고 권고는 세원관리 업무절차에 따른 신고불성실 혐의에 대한 설명과 그에 따른 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 정당한 행위이고, 이와 별개로 국세청장은국세기본법제81조의6 제3항 제4호에 따라 신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 조사할 수 있으므로 이에 따라 실시한 이 건 세무조사를 중복조사에 해당한다고 볼 수 없다.

(2) 아래와 같은 내용들을 종합해 보면, 청구인이 필요경비로 인정되어야 한다고 주장하는 비용들은 소득세법제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취․보관한 사실도 없고 실제 비용 지출사실이 금융거래 증빙서류 등에 의하여 객관적으로 확인되지도 않으므로 필요경비로 인정할 수 없다. (가) OOO 가각처리공사 비용의 경우 총괄표만 있을 뿐 공사업체, 공사시기 및 공사비용을 지급한 금융내역 등이 확인되지 않으므로, 진입로 공사가 OOO시 건축허가의 인․허가 전제조건 이었다는 청구주장만으로 총괄표상 기재 금액인 OOO원을 필요경비로 인정할 수 없다. (나) OOO종중 일가 묘지 5기의 이장비용 또한 이장 여부를 확인할 수 있는 서류 및 금융내역 등이 확인되지 않고, 실제 이장 행위 여부를 확인할 수도 없으므로 청구인이 주장하는 이장비용을 필요경비로 인정하기 어렵다. (다) OOO시의 건축 인․허가 조건을 위한 형질변경에 따른 비용은 OOO시의 공문만 있을 뿐 실제 잣나무 식재를 위한 비용 관련 산출내역서 등 객관적인 증빙이 없을 뿐만 아니라, 납세자가 주장하는 식재비용은 추산한 가액으로 실제 지출된 비용으로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 처분청의 양도소득세 신고 사후검증이 세무조사에 해당하므로 이 건 세무조사가 중복조사에 해당한다는 청구주장의 당부

② 청구인이 주장하는 OOO 가각처리공사 비용, 묘지 이장비용, 토지 형질변경에 따른 비용을 양도자산의 필요경비로 인정할 수 있는지 여부

  • 나. 관련 법령 등

(1) 국세기본법 제81조의4【세무조사권 남용 금지】① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제4항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

③ 세무공무원은 세무조사를 하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 장부등의 제출을 요구하여야 하며, 조사대상 세목 및 과세기간의 과세표준과 세액의 계산과 관련 없는 장부등의 제출을 요구해서는 아니 된다. 제81조의6【세무조사 관할 및 대상자 선정】② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에 정기적으로 신고의 적정성을 검증하기 위하여 대상을 선정(이하 “정기선정”이라 한다)하여 세무조사를 할 수 있다. 이 경우 세무공무원은 객관적 기준에 따라 공정하게 그 대상을 선정하여야 한다.

1. 국세청장이 납세자의 신고 내용에 대하여 과세자료, 세무정보 및 주식회사의 외부감사에 관한 법률에 따른 감사의견, 외부감사 실시내용 등 회계성실도 자료 등을 고려하여 정기적으로 성실도를 분석한 결과 불성실 혐의가 있다고 인정하는 경우

2. 최근 4과세기간 이상 같은 세목의 세무조사를 받지 아니한 납세자에 대하여 업종, 규모, 경제력 집중 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고 내용이 적정한지를 검증할 필요가 있는 경우

3. 무작위추출방식으로 표본조사를 하려는 경우

③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.

1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성ㆍ교부ㆍ제출, 지급명세서의 작성ㆍ제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우

2. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우

3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우

4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

(2) 소득세법 제97조【양도소득의 필요경비 계산】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

  • 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
  • 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제160조의2【경비 등의 지출증명 수취 및 보관】② 제1항의 경우 사업소득이 있는 자가 사업과 관련하여 사업자(법인을 포함한다)로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지출하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류를 받아야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 제163조 및 법인세법 제121조 에 따른 계산서

2. 부가가치세법 제32조 에 따른 세금계산서

3. 여신전문금융업법에 따른 신용카드매출전표(신용카드와 유사한 것으로서 대통령령으로 정하는 것을 사용하여 거래하는 경우 그 증명서류를 포함한다)

4. 제162조의3 제1항에 따라 현금영수증가맹점으로 가입한 사업자가 재화나 용역을 공급하고 그 대금을 현금으로 받은 경우 그 재화나 용역을 공급받는 자에게 현금영수증 발급장치에 의하여 발급하는 것으로서 거래일시ㆍ금액 등 결제내역이 기재된 영수증(이하 “현금영수증”이라 한다) 제170조【질문ㆍ조사】소득세에 관한 사무에 종사하는 공무원은 그 직무 수행상 필요한 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에 대하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건을 조사하거나 그 제출을 명할 수 있다. 다만, 제21조 제1항 제26호에 따른 종교인소득(제21조제3항에 해당하는 경우를 포함한다)에 대해서는 종교단체의 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건 중에서 종교인소득과 관련된 부분에 한하여 조사하거나 그 제출을 명할 수 있다.

1. 납세의무자 또는 납세의무가 있다고 인정되는 자 (3) 소득세법 시행령 제163조【양도자산의 필요경비】③법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관한 경우를 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것

⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

  • 가. 증권거래세법에 따라 납부한 증권거래세
  • 나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용
  • 다. 공증비용, 인지대 및 소개비
  • 라. 가목부터 다목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용 (4) 소득세법 시행규칙 제79조【양도자산의 필요경비 계산등】①영 제163조 제3항 제4호에서 “기획재정부령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 비용을 말한다.

1. 하천법댐건설 및 주변지역지원 등에 관한 법률 그 밖의 법률에 따라 시행하는 사업으로 인하여 해당사업구역 내의 토지소유자가 부담한 수익자부담금 등의 사업비용

2. 토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용

3. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지 또는 해당 토지에 인접한 타인 소유의 토지에 도로를 신설한 경우의 그 시설비

4. 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지에 도로를 신설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우의 그 도로로 된 토지의 취득당시 가액

5. 사방사업에 소요된 비용

6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 국세청 전산망 자료 등에 따르면 청구인은 쟁점부동산을 2018.1.29. ㈜AAA 외 3인에게 OOO원에 양도하고 2018.3.31. 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다가, 2018.9.30. 양도소득세를 OOO원으로 하여 수정신고 하였으며, 이후 2020.7.28.부터 2020.9.9.까지 실시한 조사청의 청구인에 대한 세무조사 결과 양도차익 OOO원을 과소신고한 것으로 확인되어 처분청은 2020.12.1. 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

(2) 이 건 세무조사와 관련하여 조사청이 송부한 세무조사 사전통지서에 조사대상 세목은 양도소득세, 조사대상 과세기간은 2018.1.1.∼2018.12.31., 조사기간은 2020.7.28.∼2020.8.26., 조사사유는 ‘ 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호 의 규정에 따라 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당하여 세무조사 실시’로 기재되어 있다.

(3) 청구인은 성원교 가각처리공사와 관련하여 2001.2.13. 시행한 OOO시청의 건축허가신청서 보완요구(협조사항) 공문, 도로확보계획서, 서약서, 건축허가서 및 공사금액 산출내역 등을 제출하였다.

(4) 청구인은 OOO종중 일가 묘지 이장비용과 관련하여 OOO에 대한 2000.2.22. 항공사진 사본 등을 제출하였다.

(5) 청구인은 토지 형질변경과 관련하여 OOO시청의 공문 및 잣나무 식재공사 내역 등을 제출하였다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 양도소득세 예정신고에 대하여 처분청에서 신고내용을 검토한 후 수정신고를 권고한 것이 실질적인 세무조사에 해당한다고 주장하나, 처분청의 양도소득세 신고 관련 해명 안내 등은소득세법제170조에 따라 양도소득세 예정신고 내용의 적정여부를 확인하기 위한 사후검증 과정에서 단순한 사실관계 확인 등을 통해 이루어진 것으로 보이고, 처분청이 당시 청구인에게 공식적인 세무조사통지를 한 사실이나 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 조사한 사실 등이 확인되지 아니하므로 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 양도소득세 과세처분 취소소송에 있어서의 과세근거로 되는 과세표준의 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 양도가액으로부터 취득가액 등 필요경비를 공제한 것이므로 양도가액 및 취득가액 등 필요경비의 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 취득가액 등 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 그가 입증하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면, 취득가액 등 필요경비에 대해서는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다 할 것인바(대법원 2004.9.23. 선고 2002두1588 판결, 같은 뜻임), 청구인은 성원교 가각처리공사 비용, 묘지 이장비용, 토지 형질변경에 따른 비용이 실제 지출된 것으로 이를 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하나, 성원교 가각처리공사, 토지 형질변경 관련 공사와 관련하여 공사업체와의 계약서, 견적서 및 대금지급증빙 등 공사사실 및 금액을 입증할 수 있는 객관적이고 구체적인 증빙을 제시하지 못하고 있고, 묘지 이장비용도 이장여부를 확인할 수 있는 서류 및 대금지급내역 등이 제시되지 아니하였으므로 동 비용들을 양도소득세의 필요경비로 인정하기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)