청구법인이 경정청구를 제기한 사업비 지출내역이 대부분 면세사업과 관련된 것으로 보이는 점, 관리처분계획이 인가되지 않아 주택재개발정비사업이 무산되었다하여 과세사업과 면세사업에 관련된 매입세액의 안분계산 없이 그 전부를 공제받을 매입세액으로 할 수는 없다 할 것인 점, 그 지출의 목적이 토지의 조성을 위한 것인 이상 관련 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제할 수는 없다 할 것이므로 청구주장 받아들이기 어렵다고 판단됨
청구법인이 경정청구를 제기한 사업비 지출내역이 대부분 면세사업과 관련된 것으로 보이는 점, 관리처분계획이 인가되지 않아 주택재개발정비사업이 무산되었다하여 과세사업과 면세사업에 관련된 매입세액의 안분계산 없이 그 전부를 공제받을 매입세액으로 할 수는 없다 할 것인 점, 그 지출의 목적이 토지의 조성을 위한 것인 이상 관련 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제할 수는 없다 할 것이므로 청구주장 받아들이기 어렵다고 판단됨
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 주택재개발정비사업을 시행하면서 사업자등록 이후 발생된 부가가치세 공통매입세액을 안분계산 할 수 있는 기준인 예정·확정 사용면적 또는 과세·면세 공급가액이 없어 이를 전액 공제받지못할 매입세액으로 신고할 수밖에 없었고, 관리처분계획의 인가가 이루어지면 그 내용에 따라 그 동안 공제받지 못한 매입세액을 부가가치세 과세·면세대상인 주택 등의 예정사용면적을 기준으로 공통매입세액을 안분계산하여 신고하려 하였으나, 관리처분계획의 인가를 받기 전에 정비구역이 해제되고, 조합설립인가가 취소되어 예정사용면적을 기준으로 공통매입세액의 안분계산을 하지 못하게 되었다.
(2) 조세심판원 선결정례(조심 2012서2267, 2013.1.9.)에 따르면 관리처분계획의 변경인가 등 추후 계속 변동되는 예정사용면적에 따라 해당 과세기간의 공통매입세액을 안분계산하여 신고하고, 사용면적이 최종적으로 확정되는 과세기간에 대한 확정신고시 재개발사업과 관련된 전체 공통매입세액을 확정된 사용면적에 따라 정산하는 것이 사업 초기에 불공제한 매입세액을 수개의 과세기간이 지나 조합이 해산되기 직전에 총사용면적이 확정되는 시점에 정산하는 것보다 더 합리적인 것이다.
(3) 재개발사업이 정상적으로 진행되어 철거·신축·등기·청산 등의 절차가 마무리가 된다는 가정 하에서 부가가치세 과세 및 면세대상인 사용면적이 결정되는 관리처분계획의 인가 전에 전액 불공제 신고한 부가가치세 매입세액을 관리처분계획의 인가시 정산하여 신고하고, 해당 조합이 해산되기 직전에 최종적으로 정산하여야 하는 것인데, OOO시장의 직권해제로 인하여 관리처분계획의 인가를 받지 못하고 그 이전에 재개발사업이 무산되어 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다)에 따른 부가가치세 면세대상인 국민주택 규모 이하의 건설사업이 무산된 경우에는 조특법상 부가가치세 면제대상이 없으므로 당초 불공제된 부가가치세 매입세액 전부를 공제받을 매입세액으로 보아야 한다. 그리고, 만일 처분청 의견과 같이 부가가치세 공통매입세액을 과세 및 면세대상인 사용면적 등을 기준으로 정산할 근거가 없는 경우, 관련 매입세액을 전액 공제받을 매입세액으로 봄이 타당하다.
(4) 또한, 부가가치세법 시행령제80조에 규정된 공제받지 못하는 매입세액인 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액의 경우, 자본적 지출이 고정자산에 관한 지출 중에서 고정자산의 가치를 증가시키고 또한 가용연수를 증가시키는 지출을 의미하고, 주택재개발사업은 도시 및 주거환경정비법(이하 “도정법”이라 한다)과 정관이 정하는 바에 따라 사업시행구역 안의 건축물을 철거하고, 그 대지위에 새로운 건축물을 건설하는 사업인바, 관리처분계획의 인가가 이루어진 이후에 종전자산 철거·종후자산의 신축 및 등기를 하여야 비로소 자본적 지출로서의 가치가 있는 토지 관련 매입세액이라 할 수 있으므로 관리처분계획의 인가 이전에 재개발사업이 무산된 경우에는 토지 관련 매입세액이라 할지라도 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액이 아닌 것으로 보아 이를 공제하여야 한다.
(5) 대부분의 재개발조합들이 관리처분계획의 인가 이전에 매입세액을 공제하여 부가가치세 신고 및 환급을 받은 후, 과세·면세사업의 사용면적이 결정되는 관리처분계획의 인가 후에 이를 정산하지 않고, 관리처분계획의 인가 이전에는 매입세액을 전액 불공제하여 부가가치세를 신고하다가 관리처분계획의 인가 후에 이를 정산하는 이유는 도정법에 의해 재개발사업을 추진하고 사업이 완료된 후 청산하여야 하고, 도정법에서 규정한 것을 제외하고는 민법중 사단법인(일정한 목적을 위하여 결합한 사람의 단체를 실체로 하는 법인)에 관한 규정을 준용하여야 하는 특수성이 있기 때문이다. 만일 재개발조합이 부가가치세 매입세액 공제와 관련하여 가산세가 발생하는 경우 총회에서 선출한 조합장, 임직원, 행정대행용역업체(정비사업전문관리업체)의 귀책 사유가 될 수 있으므로 이에 대한 부담으로 인하여 위와 같이 보수적인 세무관리를 하고 있는 것이다.
(6) OOO시장은 정비사업 사용비용(일명 매몰비용) 결정금액 및 보조금에 대한 청구법인의 이의신청에 따른 회신문에서 ‘관리처분계획의 인가 이전 조합해산으로 인한 청구법인의 부가가치세 매입세액 불공제분은 오류신고분에 해당하고, 경정청구를 통하여 매입세액을 환급받을 수 있으므로 불공제된 부가가치세 매입세액은 매몰비용에 해당하지 않아 보조금 지급대상이 아니라’는 취지로 회신하였으므로 이 또한 고려되어야 한다. 따라서, 위와 같은 사항들을 종합적으로 고려하여 처분청이 청구법인에게 한 이 건 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다.
(2) 청구법인은 관리처분인가가 이루어지기 이전에 재개발사업이 무산된 경우, 토지 관련 지출은 자본적 지출로서의 가치가 없기 때문에 공제받지 못할 매입세액에 해당하지 않는다고 주장하나, 사업을 진행하면서 사용한 토지에 대한 자본적 지출과 관련한 매입세액은 관리처분인가 여부에 무관하게 그 당시에 실질적인 지출 및 사용의 목적에 따라 불공제되어야 한다. 청구법인에 대한 조합설립인가가 취소되었다 하여 당초 사용한 토지와 관련한 자본적 지출 그 자체가 취소되는 것으로 볼 수도 없다.
(3) 조세심판원 선결정례(조심 2011서1274, 2012.4.27.)에서도 재개발사업과 관련하여 건축물 신축에 착공하기 이전의 단계에서 필요로 하는 일련의 진행절차와 관련한 매입세액(정비사업 전문관리용역계약, 정비계획수립 및 구역지정업무계약, 조합설립동의서 징구대행용역 계약에 따라 제공받은 용역 등)은 결국 부가가치세법 시행령제60조 제6항 제1호 및 제3호에 규정되어 있는 토지의 조성을 위한 자본적인 지출에 관련된 매입세액에 해당되므로 불공제 대상이라고 결정한바 있다. 따라서 처분청이 청구법인에게 한 이 건 경정청구 거부처분은 적법하다.
① 관리처분계획의 인가 이전에 정비구역 해제 및 조합설립인가 취소로 인하여 공급하는 부가가치세 과세·면세대상 주택 등의 면적을 확정 할 수 없으므로 공제받지 못할 매입세액으로 기 신고한 부가가치세를 전액 환급하여야 한다는 청구주장의 당부
② 관리처분계획의 인가 이전에 주택재개발정비사업이 무산된 조합의 토지 관련 매입세액은 공제받지 못할 매입세액에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)
② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 제40조【공통매입세액의 안분】사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분하여 계산한다. (2) 부가가치세법 시행령 제80조【토지에 관련된 매입세액】법 제39조 제1항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액
2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액
3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 제81조【공통매입세액 안분 계산】① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. 면세공급가액 면세사업등에 관련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ─────── 총공급가액
④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율
2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율
3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율
⑤ 제4항 단서에 따라 토지를 제외한 건물 또는 구축물에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분 계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 계산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항 제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제82조 제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다.
⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 공통매입세액의 안분 계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. (3) 조세특례제한법 제104조의7【정비사업조합에 대한 과세특례】 ① 2003년 6월 30일 이전에 주택건설촉진법(법률 제6852호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제44조 제1항에 따라 조합설립의 인가를 받은 재건축조합으로서 도시 및 주거환경정비법 제38조 에 따라 법인으로 등기한 조합(이하 이 조에서 "전환정비사업조합"이라 한다)에 대해서는 법인세법제3조에도 불구하고 전환정비사업조합 및 그 조합원을 각각 소득세법 제87조제1항 및 같은 법 제43조제3항에 따른 공동사업장 및 공동사업자로 보아 소득세법을 적용한다. 다만, 전환정비사업조합이 법인세법제60조에 따라 해당 사업연도의 소득에 대한 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하는 경우 해당 사업연도 이후부터는 그러하지 아니하다.
② 도시 및 주거환경정비법제35조에 따라 설립된 조합(전환정비사업조합을 포함하며, 이하 이 조에서 "정비사업조합"이라 한다)에 대해서는 법인세법 제2조 에도 불구하고 비영리내국법인으로 보아 법인세법(같은 법 제29조는 제외한다)을 적용한다. 이 경우 전환정비사업조합은 제1항 단서에 따라 신고한 경우만 해당한다.
③ 정비사업조합이 도시 및 주거환경정비법에 따라 해당 정비사업에 관한 공사를 마친 후에 그 관리처분계획에 따라 조합원에게 공급하는 것으로서 종전의 토지를 대신하여 공급하는 토지 및 건축물(해당 정비사업의 시행으로 건설된 것만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)은 부가가치세법제9조 및 제10조에 따른 재화의 공급으로 보지 아니한다.
④ 정비사업조합이 관리처분계획에 따라 해당 정비사업의 시행으로 조성된 토지 및 건축물의 소유권을 타인에게 모두 이전한 경우로서 그 정비사업조합이 납부할 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비를 납부하지 아니하고 그 남은 재산을 분배하거나 인도한 경우에는 그 정비사업조합에 대하여 체납처분을 집행하여도 징수할 금액이 부족한 경우에만 그 남은 재산의 분배 또는 인도를 받은 자가 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 이 경우 해당 제2차 납세의무는 그 남은 재산을 분배 또는 인도받은 가액을 한도로 한다.
⑤ 제2항을 적용할 때 정비사업조합에 대한 법인세법제4조에 따른 과세소득의 범위에서 제외되는 사업의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제106조【부가가치세의 면제 등】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다.(단서 생략)
4. 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역(대통령령으로 정하는 리모델링 용역을 포함한다)
(2) 청구법인의 주택재개발사업과 관련한 주요 추진현황 등을 요약하면, 2009.4.20. 정비구역지정고시, 2009.12.4. 조합설립인가 및 사업자등록, 2009.12.9. 법인설립등기, 2011.12.23. 사업시행인가 고시, 2016.11.21. 사업시행인가 변경고시, 2017.1.5. 조합원 분양신청 개시, 2017.3.5. 조합원 분양신청 마감, 2018.10.22. 정비구역지정 해제, 2018.10.29. 조합설립인가 취소 등이 있었다.
(3) 청구법인이 제기한 이 건 경정청구와 관련한 지출액의 내역은 다음과 같다. OOO
(4) 청구법인은 OOO시장이 2016.11.21.자로 고시한 OOO 주택재개발정비사업 사업시행(변경)인가 고시문, 청구법인의 정관, 청구법인의 법인등기부등본(법인성립일자: 2009.12.9.), 청구법인의 주택신축판매업 사업자등록증(개업일자: 2009.12.4.), OOO시장이 2018.10.22.자로 고시한 이 건 주택재개발 정비구역에 대한 해제 고시문(근거법규: 도정법 제21조 및 OOO 도시 및 주거환경정비 조례제9조), OOO시장이 2018.10.29.자로 고시한 청구법인에 대한 조합설립인가 취소 고시문 등을 제출하였다.
(5) OOO시장이 2020.10.14. 청구법인에게 발송한 공문(제목: 사용비용 결정금액 및 보조금액 이의신청에 따른 회신)을 보면, 부가가치세 오류신고분은 경정청구를 통하여 매입세액을 환급 또는 공제받을 수 있으므로 OOO 정비사업 사용비용 보조기준3-4-3에 따른 명백한 사유에 해당하지 않아 검증위원회 재검증 대상이 아님을 회신한다는 내용이 기재되어 있다.
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 관리처분계획의 인가 이전에 정비구역 해제 및 조합설립인가 취소로 인하여 공급하는 부가가치세 과세·면세대상 주택 등의 면적을 확정할 수 없으므로 공제받지 못할 매입세액으로 기 신고한 부가가치세를 전액 환급하여야 한다고 주장하나, 부가가치세법제39조(공제하지 아니하는 매입세액)에 제38조(공제하는 매입세액)에도 불구하고 면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정되어 있는 점, 청구법인이 경정청구를 제기한 사업비 지출내역이 대부분 면세사업과 관련된 것으로 보이는 점, 관리처분계획이 인가되지 않아 주택재개발정비사업이 무산되었다하여 과세사업과 면세사업에 관련된 매입세액의 안분계산 없이 그 전부를 공제받을 매입세액으로 할 수는 없다 할 것인 점 등을 종합할 때, 쟁점①과 관련한 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 관리처분계획의 인가가 이루어지기 이전에 주택재개발정비사업이 무산된 경우, 토지 관련 지출은 자본적 지출로서의 가치가 없으므로 공제받지 못할 매입세액에 해당하지 아니하는 것으로 보아야 한다고 주장하나, 부가가치세법 시행령제80조(토지와 관련된 매입세액)에 법 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) 제1항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다고 규정하고, 제1호는 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액, 제2호는 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액, 제3호는 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액이라고 규정하고 있는바, 그 지출의 목적이 토지의 조성을 위한 것인 이상 관련 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제할 수는 없다 할 것이므로 쟁점②와 관련한 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.