조세심판원 심판청구 법인세

청구법인은 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이므로 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당함

사건번호 조심-2021-중-3554 선고일 2021.11.19

청구법인의 수입금액은 쟁점토지의 처분이익이 유일하고 농업 관련 매출액이 0원인 점, 청구법인이 사실상 부동산매매업을 영위하였다고 하더라도 비사업용 토지에 대한 요건을 달리 적용하는 것이 아니므로 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당함

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 0000.00.00. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제19조에 따라 설립된 농업회사법인으로 같은 날 도매 및 소매업(과실 및 채소 도매업)으로 사업자등록을 하였다.
  • 나. 청구법인은 0000.00.00. 및 0000.00.00. OOO 답 000㎡ 외 126필지 합계 000,000㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 경매 및 매매를 원인으로 취득하였는데, 0000.00.00. AAA 주식회사(이하 “AAA”이라 한다)에 OOO원에 양도하였다는 전제 하에 쟁점토지의 양도가 법인세법제55조의2의 토지 등 양도소득에 대한 법인세 추가 납부대상이라고 보아 0000.00.00. 쟁점토지의 양도차익OOO에 대한 법인세 OOO원(이하 “쟁점법인세”라 한다)을 포함한 0000사업연도 법인세 OOO원을 신고·납부하였다가, 청구법인이 농업을 주된 사업으로 하는 법인이므로 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 보아 0000.00.00. 기납부한 쟁점법인세의 환급을 구하는 경정청구(이하 “이 사건 경정청구”라 한다)를 하였다.
  • 다. 처분청은 청구법인이 0000사업연도에 쟁점토지 양도차익 외 농업 관련 수입이 전혀 없으므로 사실상 부동산매매업을 영위하였다고 보아 0000.00.00. 이를 거부하였다.
  • 라. 청구인은 이에 불복하여 0000.00.00. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 청구법인은 농업을 주된 사업으로 하는 농업법인으로 쟁점토지상에서 농작물(밀)을 경작하여 판매한 사실이 있음에도 청구법인이 부동산매매업을 영위하였다고 보아 이 사건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다. (가) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에서는 농업을 주된 사업으로 하는 자가 농업회사법인을 설립할 수 있다고 규정하고 있는데, 청구법인은 위 법률에 따라 설립된 농업회사법인으로 정관에서 농업경영, 농산물의 가공 및 판매를 목적으로 한다고 명시하고 있으므로 농업을 주된 사업으로 하는 법인임이 명백하다. (나) 청구법인은 0000.00.00. 쟁점토지 중 일부를 경매를 원인으로 취득하였는데, 당시 이전 소유자가 쟁점토지상에 농작물을 경작하고 있었기 때문에 농작물을 재배할 수 없었으나 0000년 0월경 OOO양곡유통센터로부터 금강밀(종자) 20kg 및 유박비료 20kg을 구매하여 이를 파종하였고, 0000년 0월경 밀 000kg을 수확하여 OOO 양곡유통센터에 판매한 사실을 보면 쟁점토지는 농지이고 청구법인은 농업을 주된 사업으로 하는 법인인 사실이 확인되므로 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당하지 않는다. (다) 처분청은 청구법인의 0000·0000사업연도 수입금액 중 농업 관련 매출액이 없고 쟁점토지 취득 후 단기간에 AAA에 양도하였으며 AAA이 쟁점토지상에 골프장 조성사업을 진행하고 있다는 이유로 농업을 주된 사업으로 하는 법인이 아니라고 보았으나, 0000년도 매출액은 전부 우리밀 판매대금 OOO이므로 수입금액을 기준으로 하더라도 농업을 주된 사업으로 하는 법인에 해당하고, 단기양도라는 법률용어가 아닌 불확정개념을 거부사유로 한 것은 과세요건명확주의 등의 반하는 것이며, 골프장조성사업을 하고 있다는 것이 법인세법상의 비사업용 토지 여부를 결정짓는 요건을 구성하지 않는다는 점에서 이 사건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다. (라) 또한, 처분청 의견대로 청구법인이 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이라면, 청구법인은 쟁점토지를 취득일로부터 5년 내에 양도하였으므로 법인세법 시행규칙제26조 제1항 제2호 및 같은 조 제3항 제2호에 따라 업무에 직접 사용한 토지에 해당한다.

(2) 청구법인과 AAA은 0000.00.00. 쟁점토지에 관한 매매계약(이하 “당초 매매계약”이라 한다)을 체결하였다가 0000.00.00. 이를 변경하는 계약(이하 “변경 매매계약”이라 한다)을 체결하였는데, 청구법인은 변경 매매계약에 따라 지급받아야할 잔금을 지급받지 못하였고, 현재까지 AAA에 쟁점토지에 관한 소유권이전등기를 경료해준 사실도 없으며, 청구법인이 쟁점토지에 농작물을 재배하고 있으므로 쟁점토지는 양도되었다고 볼 수 없다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 특수관계법인인 AAA의 골프장 부지 확보를 위하여 쟁점토지를 취득하였다가 단기간에 양도하였고, 0000사업연도에 농업 관련 매출이 전혀 없으므로 부동산매매업을 주된 사업으로 하는 법인이고, 따라서 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당한다. (나) 청구법인은 농업을 주된 사업으로 하는 법인이라고 주장하나, 0000사업연도에 농업 관련 매출은 전혀 없고 쟁점토지 처분이익 OOO만이 존재하는 점, 0000사업연도 재무상태표상 농업에 사용할 농지를 전혀 보유하고 있지 않는 점, 0000.00.00. 청구법인의 이사 BBB 등 17명에게 OOO 대 000㎡를 지분 쪼개기 방식으로 매도한 것 등을 보면 부동산매매업을 영위한 것으로 보아야 한다. (다) 청구법인은 0000년 0월경 밀을 파종하여 0000년 0월경 수확물을 판매하였다고 주장하나, 청구법인은 이미 0000.00.00. 쟁점토지 매매계약을 체결하였는바, 매매계약 체결일 이후 파종을 하였고 000,000㎡의 거대한 토지에 밀 20kg을 파종하여 불과 OOO원만의 수익을 얻은 것을 보면 농업을 영위한 것으로 볼 수 없고, 0000년은 이미 쟁점토지가 양도된 상태이므로 타인의 토지를 임대한 것에 불과하다. (라) 한편, OOO시장은 청구법인이 쟁점토지의 취득 당시 지방세특례제한법제11조 제1항을 근거로 취득세 감면혜택을 받은 것과 관련하여 청구법인이 쟁점토지를 농작물 경작에 사용하지 않았다는 이유로 감면 취득세를 추징하였고, 현재 AAA이 쟁점토지를 골프장 조성사업용 부지로 사용하고 있다는 점을 아울러 감안하면 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당한다.

(2) 청구법인은 당초 매매계약이 변경되어 쟁점토지가 양도된 것이 아니라고 주장하나, 당해 주장은 이 사건 경정청구 당시 주장하지 않았던 것이므로 심리대상이 될 수 없고, 설령 심리대상이라고 하더라도 청구법인이 당초 매매계약에 따라 0000.00.00. 계약금 OOO원을, 0000.00.00. 나머지 잔금 OOO원을 지급받은 사실이 금융거래내역에서 확인되므로 쟁점토지가 양도되지 않았다는 청구주장은 타당하지 않다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점

① 청구법인이 농업을 주된 사업으로 하는 법인에 해당하므로 쟁점토지는 비사업용 토지에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부

② 쟁점토지가 양도되지 않았다는 청구주장의 당부

  • 나. 관련법령

○ 법인세법 제55조 2【토지등의 양도소득에 대한 과세특례】

① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

  • 가. 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지는 제외한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지 가.지방세법이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

  • 나. 지방세법 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지
  • 다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지에 규정된 토지와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지

③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지등 양도소득에 대하여는 제1항을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지등에 대한 토지등 양도소득에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 파산선고에 의한 토지등의 처분으로 인하여 발생하는 소득

2. 법인이 직접 경작하던 농지로서 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분할ㆍ통합으로 인하여 발생하는 소득

3. 도시 및 주거환경정비법이나 그 밖의 법률에 따른 환지(換地) 처분 등 대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 농지ㆍ임야ㆍ목장용지의 범위, 주된 사업의 판정기준, 해당 사업연도에 토지등의 양도에 따른 손실이 있는 경우 등의 양도소득 계산방법, 토지등의 양도에 따른 손익의 귀속사업연도 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제92조의3 【비사업용 토지의 기간기준】 법 제55조의2 제2항 각호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.

  • 가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간
  • 나. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

○ 법인세법 시행령 제92조의4 【토지지목의 판정】 법 제55조의2 제2항의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다.

○ 법인세법 시행령 제92조의5 【농지의 범위 등】

① 법 제55조의2 제2항 제1호에서 “농지”라 함은 전ㆍ답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소(池沼)ㆍ농도ㆍ수로 등의 토지 부분을 포함한다.

② 법 제55조의2 제2항 제1호 가목의 규정을 적용함에 있어 주업은 다음 각 호의 기준에 따라 판정한다.

1. 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 주업은 사업별 사업수입금액이 큰 사업으로 한다.

2. 제1호의 규정에 불구하고 당해 법인이 농업에 직접 사용한 농지에서 생산한 농산물을 당해 법인이 제조ㆍ생산하는 제품의 원료로 사용하고 그 농업과 제조업 등을 구분하여 경리하는 경우에는 농업을 주업으로 하는 것으로 본다. 이 경우 당해 법인이 생산한 농산물 중 당해 법인이 제조하는 제품의 원재료로 사용하는 것의 비율(이하 이 항에서 “사용비율”이라 한다)이 100분의 50 미만인 경우에는 당해 농지의 면적 중 그 사용비율에 상당하는 면적의 2배 이내의 농지에 한하여 농업을 주업으로 하는 것으로 본다.

○ 법인세법 시행령 제92조의8 【사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위】

① 법 제55조의2 제2항 제4호 다목에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 운동장ㆍ경기장 등 체육시설용 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

2. 주차장용 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

3. 사회기반시설에 대한 민간투자법에 따라 지정된 사업시행자가 동법에서 규정하는 민간투자사업의 시행으로 조성한 토지 및 그 밖의 법률에 의하여 사업시행자가 조성하는 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지. 다만, 토지의 조성이 완료된 날부터 2년이 경과한 토지를 제외한다.

4. 청소년활동진흥법에 따른 청소년수련시설용 토지로서 동법에 따른 시설ㆍ설비기준을 갖춘 토지. 다만, 기획재정부령이 정하는 기준면적을 초과하는 토지를 제외한다.

5. 종업원 등의 예비군훈련을 실시하기 위하여 소유하는 토지로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 토지

6. 관광진흥법에 따른 전문휴양업ㆍ종합휴양업 등 기획재정부령이 정하는 휴양시설업용 토지로서 기획재정부령이 정하는 기준면적 이내의 토지

7. 하치장용 등의 토지

물품의 보관ㆍ관리를 위하여 별도로 설치ㆍ사용되는 하치장ㆍ야적장ㆍ적치장 등(건축법에 따른 건축허가를 받거나 신고를 하여야 하는 건축물로서 허가 또는 신고없이 건축한 창고용 건축물의 부속토지를 포함한다)으로서 당해 사업연도중 물품의 보관ㆍ관리에 사용된 최대면적의 100분의 120 이내의 토지

8. 골재채취장용 토지

골재채취법에 따라 시장ㆍ군수 또는 구청장(자치구의 구청장에 한한다)으로부터 골재채취의 허가를 받은 법인이 허가받은 바에 따라 골재채취에 사용하는 토지

9. 폐기물관리법에 따라 허가를 받아 폐기물처리업을 영위하는 법인이 당해 사업에 사용하는 토지

10. 광천지[광천지(청량음료제조업ㆍ온천장업 등에 사용되는 토지로서 지하에서 온수ㆍ약수 등이 용출되는 용출구 및 그 유지를 위한 부지를 말한다)]로서 토지의 가액에 대한 1년간의 수입금액의 비율이 기획재정부령이 정하는 율 이상인 토지

11. 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따른 양어장 또는 지소(池沼)용 토지(내수면양식업ㆍ낚시터운영업 등에 사용되는 댐ㆍ저수지ㆍ소류지(小溜池) 및 자연적으로 형성된 호소와 이들의 유지를 위한 부지를 말한다)로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지

12. 블록ㆍ석물ㆍ토관제조업용 토지, 화훼판매시설업용 토지, 조경작물식재업용 토지, 자동차정비ㆍ중장비정비ㆍ중장비운전 또는 농업에 관한 과정을 교습하는 학원용 토지 그 밖에 이와 유사한 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지의 경우에는 토지의 가액에 대한 1년간의 수입금액의 비율이 기획재정부령이 정하는 율 이상인 토지

13. 그 밖에 제1호 내지 제12호와 유사한 토지로서 토지의 이용상황 및 관계법령의 이행여부 등을 감안하여 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지

⑦ 법 제55조의2 제2항의 규정을 적용함에 있어서 업종의 분류는 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계법 제17조 의 규정에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른다.

○ 법인세법 시행령 제92조의11 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간

③ 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

1. 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 법인의 합병 또는 분할로 인하여 양도되는 토지

2. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 또는 취득일이 사업인정고시일부터 2년 이전인 토지

3. 법 제55조의2 제2항 제1호 나목에 해당하는 농지로서 종중이 소유한 농지(2005년 12월 31일 이전에 취득한 것에 한한다)

4. 사립학교법에 따른 학교법인이 기부(출연을 포함한다)받은 토지

5. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지

○ 법인세법 시행규칙 제46조의2 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 해당 사업과 관련된 인가ㆍ허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)ㆍ면허 등을 신청한 자가 건축법 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지: 건축허가가 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받았으나 건축자재의 수급조절을 위한 행정지도에 따라 착공이 제한된 토지: 착공이 제한된 기간

3. 사업장(임시 작업장을 제외한다)의 진입도로로서 사도법에 따른 사도 또는 불특정다수인이 이용하는 도로: 사도 또는 도로로 이용되는 기간

4. 건축법에 따라 건축허가를 받을 당시에 공공공지(公共空地)로 제공한 토지: 당해 건축물의 착공일부터 공공공지로의 제공이 끝나는 날까지의 기간

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지: 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 정관 및 등기사항전부증명서, 쟁점토지의 등기사항전부증명서 및 매매계약서, 쟁점토지 관련 지방세 심판청구 결과 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 아래 <표1>의 사업을 영위할 목적으로 설립된 법인으로, 주주변동내역은 아래 <표2>와 같으며, 대표이사는 설립당시 CCC이 대표이사였다가 0000.00.00. BBB로 변경된 후 0000.00.00. OOO로 변경되었다. (나) OOO개발은 0000.00.00. 주업종을 여가관련 서비스업(골프장 운영업)을 영위할 목적으로 사업자등록을 한 법인으로, CCC이 대표이사이다. (다) 청구법인은 아래 <표3>과 같이 0000.00.00. 경매를 원인으로 OOO 답 000㎡ 외 107필지 합계 000,000㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다) 및 같은 리 대 000㎡ 외 1필지 합계 000,000㎡(이하 “쟁점②토지”라 한다)를 취득하였고, 0000.00.00. DDD으로부터 OOO 전 000㎡ 외 14필지 합계 000,000㎡(이하 “쟁점③토지”라 한다) 및 같은 리 대 000㎡(이하 “쟁점④토지”라 한다)를 취득하였다(쟁점①토지 및 쟁점③토지의 취득과 관련하여 0000.00.00. 및 0000.00.00. 농지법제8조 제1항에 따라 OOO면장으로부터 농업경영을 취득목적으로 하여 농지취득자격증명을 발급받았음). (라) 청구법인은 AAA과 0000.00.00. 쟁점토지를 OOO원에 매매하기로 하는 계약(당초 매매계약, 아래 <표4> 참조)을 체결하였고, 같은 날 AAA로부터 계약금 OOO원을, 0000.00.00. 잔금 OOO원을 각 지급받은 것으로 나타난다. (마) 청구법인은 위 당초매매계약서를 변경하는 계약을 체결하였다고 주장하면서 0000.00.00.자 변경 매매계약서를 제출하였는데, 그 내용은 아래 <표5>와 같다. (바) 등기사항전부증명서에 따르면, 청구법인은 0000.00.00. 쟁점토지에 관한 신탁예약을 원인으로 주식회사EEE 앞으로 소유권이전청구권가등기를 경료해주었고, 같은 날 OOO 등에게 쟁점토지에 관하여 채무자를 AAA로 한 채권최고액 OOO원의 근저당권설정등기를 경료해주었다가 0000.00.00. 위 근저당권설정등기를 말소시키는 동시에 OOO 등에게 쟁점토지에 관하여 채무자를 AAA로 한 채권최고액 OOO원의 근저당권설정등기를 경료해주었다. (사) 한편, 쟁점③ㆍ④토지와 관련하여 0000.00.00. DDD이 경매를 원인으로 이를 취득하였고, 같은 날 AAA이 매매예약을 원인으로 소유권이전청구권가등기를 경료하였으나 0000.00.00. 매매예약해제를 원인으로 위 가등기를 말소하였으며, 0000.00.00. 청구법인이 DDD으로부터 쟁점③ㆍ④토지를 매수한 것으로 나타난다. (아) 청구법인은 0000.00.00. OOO에 쟁점토지를 양도하였다고 하여 양도차익을 OOO원으로 계산하고 아래 <표7>과 같이 0000사업연도 법인세를 OOO원으로 신고ㆍ납부하였다가, 쟁점토지가 법인세법제55조의2 제2항 제1호 가목 단서에 해당하므로 비사업용토지에 해당하지 아니한다고 주장하면서 기 납부한 쟁점토지의 양도소득에 대한 법인세 OOO원을 환급해줄 것을 청구하였다. (자) 청구법인은 농업을 주된 사업으로 하는 법인으로 쟁점토지를 직접 경작하였다고 주장하면서, 경작시 사용한 장비 및 인력에 대한 세금계산서 및 지급명세서, 0000.00.00. OOO양곡유통센터에 OOO원의 우리밀(2등급)을 공급하고 발급한 세금계산서, 밀경작 사진 등을 제출하였다. (차) 청구법인이 법인세 신고당시 제출한 0000사업연도 손익계산서는 아래 <표9>와 같은데, 이에 따르면 청구법인의 매출은 0000사업연도에 0원(0000사업연도에 OOO원)이고, 쟁점토지의 양도차익이 유형자산처분이익으로 계상되어 있다. (카) 청구법인이 지방세특례제한법제11조 제1항을 근거로 쟁점①·③토지에 관한 취득세를 감면받은 것과 관련하여 강원도 원주시장은 쟁점①토지에 대해서는 지방세특례제한법제11조 제3항 제1호 위반을 이유로, 쟁점③토지에 대해서는 같은 항 제2호 위반을 이유로 0000.00.00.과 0000.00.00. 감면받은 취득세 상당액을 부과·고지하였고, 청구법인은 0000.00.00. 쟁점①토지에 관한 취득세 등 고지세액에 대하여 심판청구를 제기하였으나, 우리 원은 0000.00.00. 청구법인이 쟁점①토지를 영농에 직접 사용하였다고 보기 어렵다고 하여 이를 기각 OOO하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 우선 쟁점①과 관련하여 청구법인은 농업을 주된 사업으로 하는 법인으로 쟁점토지를 직접 경작하였으므로 쟁점토지는 비사업용 토지가 아니고 만일 부동산매매업을 영위한 것이라면 법인세법 시행규칙제26조 제3항 제2호에 따라 쟁점토지가 업무용 토지에 해당한다고 주장하나, 법인세법제55조의2는 비사업용 토지의 양도소득을 원칙적으로 중과세 대상으로 규정하면서 예외적인 경우 비사업용에서 제외하는 구조를 취하고 있고 비사업용 토지의 범위에 관하여 제1항 제3호는 법인의 비사업용 토지에 대하여 법인세를 중과한다고 규정하면서, 비사업용 토지의 범위의 범위에 관하여 같은 조 제2항 제1호 가목은 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지를 비사업용 토지로 규정하고 있는바, 청구법인의 0000사업연도 수입금액은 쟁점토지의 처분이익이 유일하고 농업 관련 매출이 0원인 점, 청구법인은 0000년 말 쟁점토지에 밀을 파종하여 0000년 OOO원의 매출을 발생시켰다고 하나, 사회통념상 000,000㎡(약 00,000평)의 토지에서 OOO원 상당의 농작물을 생산한 것을 두고 농업을 주업으로 하는 법인이 농작물을 경작하였다고 단정하기는 어려운 점, 우리 원이 OOO시장의 쟁점①토지 감면취득세 부과ㆍ고지와 관련된 심판청구사건OOO에서 청구법인이 쟁점①토지를 영농에 직접 사용한 것으로 보기 어렵다고 판단한 점, 청구법인과 AAA은 같은 날 설립되었고 AAA의 대표이사 CCC은 청구법인의 발행주식의 40%를 보유하고 있는 점, 쟁점③ㆍ④토지가 0000.00.00. AAA 앞으로 소유권이전청구권가등기되었다가 0000.00.00. 말소된 후 0000.00.00. 청구법인 앞으로 소유권이전청구권가등기가 경료된 점, 청구법인이 사실상 부동산매매업을 영위하였다고 하더라도 비사업용 토지에 대한 요건을 달리 적용하는 것이 아니므로 쟁점토지의 비사업용 토지 해당 여부는 법인세법제55조의2 제2항 각 호에 따라 판단하여야 하는 점(청구법인이 제시하는 법인세법 시행규칙제26조 제3항 제2호 규정은 업무와 관련 없는 비용의 손금불산입에 관한 규정으로 쟁점토지의 비사업용 여부를 판단하는데 직접 적용할 수 없는 것으로 보인다) 등에 비추어 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하지 않는다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②와 관련하여 청구법인은 설령 쟁점토지가 비사업용 토지라고 하더라도 청구법인이 AAA로부터 변경 매매계약에 따른 쟁점토지의 잔금을 지급받지 못하였으므로 쟁점토지가 양도되지 않은 것으로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인은 당초 매매계약에 따라 0000.00.00. AAA로부터 쟁점토지의 잔금을 모두 지급받은 것으로 확인되는 점, 청구법인 스스로 쟁점토지가 0000사업연도에 양도된 것으로 보아 그 양도차익에 대한 법인세 신고를 하였고 0000사업연도 재무상태표에 쟁점토지를 별도로 계상하지 않은 점, 변경 매매계약에 따르더라도 당초 매매계약의 효력이 부정되는 것이 아니므로 0000.00.00.자 거래는 일단 완료된 것으로 보이고, 다만 거래금액이 증액됨에 따라 AAA이 청구법인에 추가로 지불해야할 채무가 발생한 것으로 해석하는 것이 타당한 것으로 보이는 점, 당해 자산의 대가적 급부가 대부분 지급되고 미미한 금액의 대가적 급부만 남아 있어 당해 자산의 대금이 사회통념상 거의 전부 지급되었다고 볼 만한 사정이 있는 경우에만 당해 자산이 양도된 것으로 볼 수 있는 점OOO 등에 비추어 청구법인이 AAA에 쟁점토지를 양도한 사실이 없다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)