통보청이 기획재정부에 질의·회신한 자료에 의하면, 쟁점철도건설용역이 조특법 제105조 제1항 제3호의 부가가치세 영세율 적용대상에 해당하지 아니한다고 해석한 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.
통보청이 기획재정부에 질의·회신한 자료에 의하면, 쟁점철도건설용역이 조특법 제105조 제1항 제3호의 부가가치세 영세율 적용대상에 해당하지 아니한다고 해석한 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.
[주 문] OO서장 외 11이 <별지2>와 같이 청구법인에게 한 2015년 제2기∼2020년 제1기 부가가치세 합계 OOO원의 부과처분은 가산세 합계 OOO원을 차감하여 그 세액을 각각 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유]
28. 외 심판청구를 각각 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) (주위적 청구) 쟁점철도건설용역은 조특법 제105조 제1항 제3호의 부가가치세 영세율 적용대상인 도시철도건설용역에 해당하므로 이 건 처분은 위법․부당하다. (가) 조특법 상 부가가치세 영세율 적용대상인 도시철도건설용역에 대하여 그 적용 범주가 명확히 규정되어 있지 아니하고, 기획재정부 등은 도시철도를도시철도법에 따른 철도시설에 국한하지 않고 실질적으로 그와 동일한 기능을 수행하는 도시교통권역 내 철도시설 등으로 해석하고 있는바, 이 건 쟁점구간에 대한 쟁점철도건설용역은 부가가치세 영세율 적용대상에 해당된다. 1)도시철도법제2조는 ‘도시철도’란 도시교통의 원활한 소통을 위하여 도시교통권역에서 건설ㆍ운영하는 철도, 모노레일, 노면전차, 자기부상열차 등 궤도에 의한 교통시설 및 수단이라고, ‘도시철도건설사업’이란 새로운 도시철도시설의 건설, 기존 도시철도시설의 성능 및 기능 향상을 위한 개량, 도시철도시설의 증설 및 도시철도시설의 건설 시 수반되는 용역 업무 등에 해당하는 사업이라고 각각 규정하고 있다. 여기에서 도시교통권역은도시교통정비촉진법제4조에 따라 지정·고시된 교통권역을 의미하고, 국토교통부장관은 같은 법 제3조 및 제4조에 따라 도시교통정비지역 중에서 같은 교통생활권에 있는 둘 이상의 인접한 도시교통정비지역 간에 연계된 교통관련계획을 수립할 수 있도록 교통권역을 지정ㆍ고시할 수 있다고 규정하고 있다.
2. 2016.7.28. 국토교통부 고시 제2016-509호로 지정된 도시교통정비지역 및 교통권역에는 OOO 등이 포함되어 있다.
3. 주무부처인 국토교통부장관은 도시교통권역에서 시행하는 일반철도건설사업이 도시철도와 연계운영되어 실질적으로도시철도법상의 도시철도와 동일한 기능을 수행하는 경우 조특법 상 도시철도건설사업에 해당한다는 취지로 해석(구 건설교통부 도시철도과OOO, 2004.9.22.)한 바 있고, 기획재정부장관은 도시철도건설용역은도시철도법에 의한 도시철도에 한정되지 아니하고, 국토교통부장관이 지정ㆍ고시한 교통권역에서 건설·운영되는 철도 중에서 기존 서울지하철노선과 연계되어 운영되고 그 요금체계가 동일하여 도시교통의 원활한 소통을 위하여 건설·운영되는 철도에 대하여 부가가치세 영세율이 적용된다는 취지로 해석(기획재정부 소비세제과, 2005.10.11.)한 바 있으며, 국세청장은도시교통정비촉진법에 의하여 국토교통부장관(구 건설 교통부장관)이 지정·고시한 교통권역에서 건설되는 철도건설용역을 쟁점공단에 직접 제공하는 일반철도구간의 하나인 경의선의 파주시 구간에 대하여(국세청 서면3팀-OOO, 2006.3.3.) 조특법 제105조 제1항 제3호의 부가가치세 영세율이 각각 적용된다고 해석한 바 있다.
4. AAA은 2012년 12월경 쟁점구간과 연계된 일반철도사업인 쟁점외구간(OOO 간)의 시공사로 참여하면서, 부가가치세 일반세율을 적용한 공사도급계약서를 체결하고 그 철도건설용역을 제공하던 중에 쟁점공단으로부터 부가가치세 영세율 변경통보를 받고 난 후, 관할 세무서인 OOO서장에게 과다납부한 부가가치세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하자, 동 세무서장이 청구주장을 받아들여 쟁점외구간이 일반철도구간임에도 부가가치세 영세율을 적용하여 관련 부가가치세를 감액(환급)경정한 바 있다. (나) 쟁점공단은 쟁점구간의 설계금액에 부가가치세 영세율을 적용한 공사입찰공고(OOO, 2015.5.29.)를 하였다.
1. 이 건 철도건설사업은 국가가 재원을 100% 부담하는 것으로서, 도시교통권역OOO 내에 철도가 건설되고, 개통 시 기존의 광역도시철도와 연계운행 중인 쟁점외구간의 전동열차가 쟁점구간까지 연장운행하도록 계획되어 있다.
2. 쟁점구간에서 일반전동열차를 운행할지 아니면, 고속열차를 운행할 것인지는 현재까지 확정되어 있지 아니하고, 향후 한국코레일이 동 구간에 대한 개통 직전 국토교통부장관에게 어떻게 운영할 것인지 등을 보고한 후에 비로소 확정된다.
3. 쟁점공단은 쟁점외구간과 같이 쟁점구간에 전동열차를 운행할 것으로 보아 쟁점철도건설용역을 부가가치세 영세율 적용대상으로 입찰공고를 하였다.
(2) (예비적 청구) 설령 쟁점철도건설용역이 부가가치세 영세율 적용대상에 해당하지 아니한다 하더라도, 청구법인이 이 건 부가가치세 납세의무를 이행하지 아니한 데에 대하여 정당한 사유가 있으므로 쟁점가산세는 취소되어야 한다. (가) 법원 등은국세기본법제48조 제1항 제2호의 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 대하여 정당한 사유가 있는 경우를 아래와 같이 판시 등을 하고 있다.
1. 법원은 OOO 산하 ○○공사가 시행하는 교통신호기 설치공사에 대해 부가가치세 면세로 잘못 신고한 사항에 대한 가산세(세금계산서 미발급 관련 및 신고ㆍ납부불성실 관련)를 다투는 사안에서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 경우 정당한 사유로 인정된다는 취지로 판시(대법원 2017.6.9. 선고 2017두39228 판결 등 다수, 참조)하였다. 또한 정부에서 온실가스 감축사업을 위탁받아 수행하는 ○○공단이 실시한 사업에 참여하여 온실가스 감축시설을 당해 공단에 판매해 온 사업자에게 당해 공단이 부가가치세 과세대상이 아니라는 견해표명을 하였고, 사업자가 이를 신뢰하여 부가가치세를 신고·납부하지 않은 사안에서 부가가치세 납부의무를 알지 못한 데에 대하여 정당한 사유가 있다는 취지로 판시(대 법원 2018.4.12. 선고 2017두65524 판결 참조)하였다.
2. 국세청은 계속적·반복적으로 해오던 기존 질의회신과 다르게 해석한 경우 가산세 감면의 정당한 사유에 해당한다는 취지로 해석(국세청 서면 2017-법령해석기본-3174, 법령해석과-3782, 2018.1.4., 참조)하였다. (나) 청구법인이 쟁점철도건설용역을 부가가치세 영세율로 적용 ㆍ신고한 것은 단순히 사실관계의 오인이나 법률상의 부지·오해를 넘어 세법해석 상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있었던 것으로서, 동 용역을 부가가치세 일반세율 적용대상으로 신고의무를 이행한다는 것을 청구법인에게 기대하기는 무리라는 사정이 있다(대법원 2017.6.9. 선고, 2017두39228 판결 참조). 1) 쟁점공단은 2015.5.29. 입찰공고 시 쟁점철도건설용역이 부가가치세 영세율 적용대상에 해당한다는 내용을 명확히 표시하였다.
2. 쟁점공단은 시공사인 청구법인을 대상으로 실시한 사업현장설명회에서도 쟁점철도건설용역이 부가가치세 영세율 적용대상에 해당한다고 표시하였다.
3. 국토교통부(구 건설교통부)의 2006년 OOO(쟁점구간 포함) 간 기본계획보고서 상 운행차량시스템 현황을 보면, 쟁점구간인 1단계는 전동열차 운행(광역전동열차 연장운행을 고려)으로 기재되어 있고, 쟁점공단의 2017년 실시설계보고서 상에도 쟁점구간인 1단계는 전동열차로, 2단계는 급행․완행열차 및 화물열차 등으로 기재되어 있다.
4. 쟁점구간의 OOO관리단(OOO사업단장)이 2019.7.9. 쟁점공단에 쟁점철도건설용역이 부가가치세 영세율 적용대상인지 여부를 질의하자, 동 공단은 2019.8.13. 동 용역이 조특법 상 부가가치세 영세율 적용대상에 해당한다고 회신한 바 있다.
5. 청구법인은 2015년 제2기 부가가치세 신고시부터 영세율 적용을 하였는데, 처분청은 이 건 과세처분이 있기 전까지 청구법인의 신 고내용이 위법하다는 의견을 단 한 차례도 제시하지 아니하다가 2020. 7.30. 기획재정부의 질의ㆍ회신을 받고 난 후 비로소 동 용역을 부가가치세 일반세율 적용대상으로 보아 2021년 초순경에 이르러서야 청구법인에게 이 건 부가가치세 수정신고안내를 하였다. (다) 국토교통부장관, 기획재정부장관 및 국세청장은 위 (가), (나)와 같이 쟁점철도건설용역이 조특법 상 부가가치세 영세율 적용대상인지 여부에 관한 견해표명 및 해석(변경) 등을 하였는바, 청구법인이 이를 신뢰함에 있어서 어떠한 귀책사유가 있다고 할 수 없다. 또한 AAA이 2012년 12월경 쟁점공단과 부가가치세 일반세율을 적용한 도급계약서를 체결하고 철도건설용역을 제공하면서 관련 부가가치세 신고ㆍ납부를 하였으나, 동 공단으로부터 부가가치세 영세율 변경통보를 받고 난 후, 관할 세무서인 OOO서장에 경정청구를 제기하여 감액(환급) 경정을 받은 점을 감안할 때, 처분청은 쟁점철도건설용역에 대하여 부가가치세 영세율 적용대상에 해당한다는 의사 또는 공적 견해를 상당기간 묵시적으로 표시하였는바, 비과세 관행이 존재한다. (라) 청구법인이 쟁점철도건설용역을 부가가치세 영세율로 적용ㆍ신고한 것은 신뢰보호원칙 상 보호가치있는 신뢰가 존재한다.
1. 청구법인은 쟁점철도건설용역이 부가가치세 영세율 적용대상이라는 것에 대하여 수차례 쟁점공단에 문의하는 등 나름대로 최선을 다하였다.
2. 청구법인은 공공기관인 쟁점공단에 임의로 세금계산서를 교부할 수 없는 상황에서, 쟁점공단이 부가가치세 영세율 세금계산서(이하 “영세율세금계산서”라 한다)의 발급을 요구하고, 매 분기마다 부가가치세 영세율 확인서까지 발급하였다. (마) 청구법인은 쟁점철도건설용역에 대한 부가가치세 영세율 적용ㆍ신고로 어떠한 이익을 얻은 바가 없고, 조세를 탈루하거나 회피할 의도도 없었으며, 거래상대방에게 부당한 환급이 발생하는 등 조세 탈루를 방조한 사실도 없다.
1. 청구법인은 쟁점공단에서 쟁점철도건설용역이 부가가치세 영세율 적용대상이라는 의견을 제시함에 따라 영세율세금계산서를 교부하였고 별도의 부가가치세를 수수한 사실이 없으므로 법정납부기한과 납부일까지의 기간에 대한 어떠한 이익도 없다.
2. 부가가치세 일반세율을 적용ㆍ신고하였다면, 청구법인은 관련 부가가치세를 징수 납부하였을 것이고, 쟁점공단은 이에 상당하는 부가가치세를 환급받거나 납부할 세액에서 공제받았을 것이므로 세수에 대한 실익이 존재하지 않는바, 정상적으로 납부한 자와의 형평성을 고려하더라도 어떠한 혜택이나 이익도 없다.
(1) (주위적 청구) 쟁점철도건설용역은 조특법 제105조 제1항 제3호의 부가가치세 영세율 적용대상에 해당하지 아니하므로 이 건 처분은 정당하다. (가)이 건 철도건설사업은 중부내륙 간선철도망 구축의 일환으로서 쟁점공단이 OOO을 연결하여 철도의 효율성 제고 및 지역발전 도모를 목적으로 총 사업비 OOO원을 투입하여 2014년 12월경부터 2021년 12월경까지 시행하는 사업이다. (나) 국토교통부 최종(변경)승인 고시(국토교통부 고시 OOO, 2015.9.22.)를 보면, 이 건 철도사업의 노선형태는 일반철도로 확인되고, 고시 주요내용은 아래와 같다. (다) 철도건설법 제2조 는 “일반철도란 고속철도와도시철도법에 따른 도시철도를 제외한 철도를 말한다”고 규정하고 있고, 제9조는 “사업시행자는 철도건설사업계획을 작성하여 국토교통부장관의 승인을 받아야 한다”고 규정하고 있으며, 위 고시내용 등에 비추어 이 건 철도건설사업은 쟁점공단이 관련 법령에 따라 승인받은 일반철도사업에 해당한다. (라) 과거 기획재정부는 부가가치세 영세율이 적용되는 도시철도의 범위에 대하여 기존 서울지하철노선과 연계ㆍ운영되고 그 요금체계가 동일하여 도시교통의 원활한 소통을 위하여 건설, 운영되는 철도에 대하여 부가가치세 영세율을 적용한다고 해석(소비세제과, 2005. 10.11.)하였으나, 이 건 철도건설사업은 당초부터 일반철도로 승인되어 전동열차가 투입되지 아니하고, 200km로 운행되는 간선고속형 전동차(EMU-200, Electronic Multiple Unit)가 투입될 경우 도시철도와 달리 KTX 등 일반철도의 요금체계가 적용될 것이며, 서울 등 인근 도시의 지하철 등과 연계되지 아니하여 도시철도에 해당되지 않는다고 해석(기획재정부 부가가치세제과-329, 2020.7.30. 참조)하였다.
(2) (예비적 청구) 쟁점가산세를 감면할 만한 정당한 사유가 없으므로 청구주장을 받아들이기 어렵다. (가)청구법인이 쟁점철도건설용역에 부가가치세 영세율을 적용․신고함에 있어서 세법해석 상 의의로 인한 견해 대립으로 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 대하여 정당한 사유가 있다고 할 수 없다. 도시철도와 일반철도는 규율하는 법률 및 사업승인이도시철도법과 철도건설법으로 서로 상이하고, 국토교통부 고시(OOO호, 2015.9.22.) 상 일반철도로 사업승인되었는바, 이는 세법해석 상 의의로 인한 견해 대립이 아니라 청구법인과 쟁점공단이 동 고시를 열람하지 않았거나 오인한 데서 비롯되었고, 과세관청이 부과제척기간 내에 잘못된 신고내용에 대하여 경정처분하는 것은 적법하다. (나) 과세관청의 해석(변경) 및 비과세관행이 존재하지 않는다.
1. 일반철도에 해당된다고 하더라도 실질적으로도시철도법상 도시철도와 동일한 기능을 수행하는 경우 조특법 상 도시철도에 해당한다는 국토교통부 및 기획재정부 등의 해석은 기존 서울지하철노선과 연계되어 그 요금체계가 동일한 경우에 한하여 적용ㆍ해석한 것인바, 이 건 철도건설사업과는 그 사실관계가 다르다.
2. 청구법인이 제시한 국세청장의 해석사례(국세청 서면3팀-196, 2006.1.31., 국세청 서면3팀-393, 2006.3.3.)는 특정한 일반철도구간을 부가가치세 영세율 적용대상으로 해석한 것이 아니라, 도시철도용역의 일반적인 범주에 대한 해석에 불과하다.
3. 처분청이 과세요건의 사실을 알지 못하여 과세를 하지 아니한 이른바 과세의 단순 누락은 그것이 비록 장기간 계속되었다 하더라도 비과세 관행이 성립된다고 할 수 없고, 비과세 관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수가 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 아니한다는 의사표시가 있어야 하지만 그와 같은 사실이 확인되지 아니하는 경우 비과세 관행이 성립되었다고 볼 수도 없다(조심 2011전4842, 2012.3.26. 참조). (다) 청구법인이 쟁점철도건설용역에 대하여 부가가치세 영세율을 적용ㆍ신고한 것에 대하여 신뢰보호원칙 상 보호가치 있는 신뢰가 존재하지 않는다. 1)일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위한 요건으로서는 첫째 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는 것이다(대법원 1985.4.23. 선고, 84누593 판결 참조).
2. 쟁점공단이 쟁점철도건설용역에 대하여 부가가치세 영세율 적용대상이라는 의견표명을 한 것이지 과세관청이 공적인 견해표명을 한 것이 아니고, 오히려 국토교통부장관은 국토교통부 고시(OOO호, 2015.9.22.)를 통하여 일반철도임을 명확히 하였으며, 고시는 일반 대중에게 공표되는 것으로서 누구나 열람 및 접근이 가능한 정보이므로 청구법인이 2015년부터 2020년까지 큰 규모의 공사를 수주하면서 쟁점사업에 관한 고시에 대하여 무지 또는 오인을 하였다면 청구법인의 귀책사유가 없다고 볼 수 없다.
3. 청구법인은 법원판례(대법원 2017.6.9. 선고 2017두39228 참조)를 제시하면서 쟁점사업이 부가가치세 영세율 적용대상이라고 믿은 데에 보호가치 있는 신뢰가 있다고 주장하나, 동 판례는 OOO의 감사통보라는 공적인 견해표명이 있어 이를 신뢰하고 이에 따라 한 행위에 대하여 보호가치를 인정하여 가산세를 취소한 것으로서 이 건 사실관계와 다르다.
① 쟁점철도건설용역이 조특법 제105조제1항 제3호의 부가가치세 영세율 적용대상인 도시철도건설용역에 해당하는지 여부
② 쟁점가산세를 감면할 만한 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 국세기본법 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우
2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우
3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
(2) 조세특례제한법(2020.6.9. 법률 제17460호로 개정되기 전의 것) 제105조(부가가치세 영세율의 적용) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영(零)의 세율을 적용한다. 이 경우 제3호 및 제3호의2는 2021년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용하고, 제5호 및 제6호는 2020년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자에게 직접 공급하는 도시철도건설용역
(3) 철도의 건설 및 철도시설 유지관리에 관한 법률 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 다만, 이 법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는철도산업발전기본법에서 정하는 바에 따른다.
1. "철도"란 여객 또는 화물을 운송하는 데 필요한 철도시설과 철도차량 및 이와 관련된 운영ㆍ지원체계가 유기적으로 구성된 운송체계를 말한다.
2. "고속철도"란 열차가 주요 구간을 시속 200킬로미터 이상으로 주행하는 철도로서 국토교통부장관이 그 노선을 지정ㆍ고시하는 철도를 말한다.
3. "광역철도"란대도시권 광역교통관리에 관한 특별법제2조 제2호 나목에 따른 철도를 말한다.
4. "일반철도"란 고속철도와도시철도법에 따른 도시철도를 제외한 철도를 말한다.
(4) 도시철도법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "도시교통권역"이란도시교통정비촉진법제4조에 따라 지정ㆍ고시된 교통권역(交通圈域)을 말한다.
2. "도시철도"란 도시교통의 원활한 소통을 위하여 도시교통권역에서 건설ㆍ운영하는 철도ㆍ모노레일ㆍ노면전차(路面電車)ㆍ선형유도전동기(線形誘導電動機)ㆍ자기부상열차(磁氣浮上列車) 등 궤도(軌道)에 의한 교통시설 및 교통수단을 말한다.
3. "도시철도시설"이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 시설(부지를 포함한다)을 말한다.
4. "도시철도사업"이란 도시철도건설사업, 도시철도운송사업 및 도시철도부대사업을 말한다.
5. "도시철도건설사업"이란 새로운 도시철도시설의 건설, 기존 도시철도시설의 성능 및 기능 향상을 위한 개량, 도시철도시설의 증설 및 도시철도시설의 건설 시 수반되는 용역 업무 등에 해당하는 사업을 말한다.
(5) 도시교통정비촉진법 제4조(교통권역의 지정ㆍ고시) ① 국토교통부장관은 제3조 제1항에 따른 도시교통정비지역(이하 "도시교통정비지역"이라 한다) 중 같은 교통생활권에 있는 둘 이상의 인접한 도시교통정비지역 간에 연계(連繫)된 교통 관련 계획을 수립할 수 있도록 교통권역(交通圈域)을 지정·고시할 수 있다.
② 국토교통부장관은 교통권역을 지정하려면 행정안전부장관과 미리 협의한 후 위원회의 심의를 거쳐야 한다.
(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 통보청은 쟁점사업이 부가가치세 영세율 적용대상인지 여부에 대하여 기획재정부장관에 해석질의를 하였고, 기획재정부장관은 “쟁점사업은 조특법 제105조 제1항 제3호의 부가가치세 영세율 적용대상에 해당하지 아니한다”고 회신(부가가치세제과-329, 2020.7.30.)하였다. (나) 통보청은 2020.12.20. 위 해석에 따라, 청구법인이 쟁점구간에 대한 쟁점철도건설용역을 각각 제공하면서 이를 조특법 제105조 제1항 제3호의 도시철도건설용역으로 보아 쟁점과세기간에 대한 부가가치세 신고 시 그 공급가액에 영세율을 적용한 것에 대하여 관련 부가가치세 상당액을 경정하도록 관련 자료(기타 부가가치세자료)를 처분청에 각각 통보하였고, 처분청은 이에 따라 <별지2>와 같이 청구법인에게 2015년 제2기〜2020년 제1기 부가가치세 합계 OOO원(쟁점가산세 포함)을 각각 경정ㆍ고지하였다. (다) 이 건 철도건설사업은 2016년 9월경 개통된 쟁점외구간의 복선 전철건설사업과 연계되어 OOO(쟁점구간 포함) 간 94.3㎞ 추가노선을 연결하는 사업으로서 사업기간은 2005년부터 2021년까지이고, 1단계는 쟁점구간(OOO), 2단계는 OOO이다. (라) 국토교통부장관은 2014년경 외 이 건 철도건설사업에 대한 사업고시를 하였고, 주요내용은 아래와 같다.
(2) 청구법인은 아래와 같이 증빙 등을 제시하면서 이 건 철도건설사업이 도시교통권역으로 지정된 지역 내에 시행되고, 당해 철도가 도시철도와 연계ㆍ운영되어 실제 도시철도와 동일한 기능을 수행하는 등 조특법 제105조 제1항 제3호의 부가가치세 영세율 적용대상인 도시철도건설용역에 해당한다고 주장한다. (가) 청구법인이 제시한 쟁점공단의 이 건 입찰공고 및 사업현장설명자료에 의하면, 공사비 산정 시 부가가치세 영세율을 적용한 것으로 나타난다. (나) 쟁점공단은 쟁점구간 개통 시 현재 운행 중인 쟁점외구간의 광역도시철도망 전동열차를 쟁점구간까지 연장운행할 것으로 보아 부가가치세 영세율에 해당한다고 제1공구부터 제5공구까지의 입찰공고를 하였고, 청구법인은 그 입찰에 각각 참가ㆍ낙찰받은 후 쟁점철도건설용역을 제공하면서 쟁점공단에 영세율세금계산서를 발행하였으며, 동 공단으로부터 매 분기마다 부가가치세 영세율 확인서를 수령하였다고 주장한다. (다) 청구법인이 제시한 2016.7.28.자 국토교통부 도시교통정비지역 및 교통권역 지정고시에 의하면, 쟁점구간인 OOO 등이 포함되어 있는 것으로 나타난다. (라) 청구법인이 제시한 쟁점구간 OOO관리단(OOO사업단장)의 쟁점공단에 대한 질의ㆍ회신(2019.8.13.)자료에 의하면, 쟁점철도건설용역이 부가가치세 영세율 적용대상에 해당한다고 기재되어 있는 것으로 나타난다. (마) 청구법인이 제시한 국토교통부(구 건설교통부)의 2006년 OOO(쟁점구간 포함) 간 기본계획보고서 및 쟁점공단의 2017년 실시설계보고서에 의하면, 쟁점구간은 전동열차 운행으로 설계ㆍ기재되어 있는 것으로 나타난다. (바) 청구법인은 쟁점철도건설용역이 기획재정부 예규(부가가치세제과-329, 2020.7.30.)와 같이 부가가치세 영세율 적용대상에 해당되지 않는다 하더라도, 쟁점공단의 입찰공고 및 사업현장설명에서의 의견표시 및 처분청의 비과세 관행 등이 존재하는바, 이 건 납세의무를 이행하지 아니한 데에 대하여 정당한 사유가 있으므로 쟁점가산세는 감면되어야 한다고 주장한다.
(3) 처분청은 도시철도와 일반철도를 규율하는 법률이 서로 상이하고, 국토교통부장관이 이 건 철도건설사업을 일반철도로 사업승인ㆍ고시한 점, 국세청의 기존 해석은 도시철도용역의 일반적인 범주에 대한 단순 해석으로 그 변경이 있었다고 볼 수 없는 점, 쟁점공단의 입찰공고와 현장설명 등을 과세관청의 공적인 견해 표명으로 볼 수 없는 점 등을 감안할 때, 이 건 처분은 정당하다는 의견을 제시한다. 또한 청구법인의 2015년 제2기 부가가치세 신고 이후 상당기간 부과처분을 하지 않았다 하더라도, 이는 과세요건의 사실을 알지 못하 여 과세를 하지 아니한 과세의 단순 누락으로, 이런 상태가 비록 장기간 계속되었어도 비과세 관행이 성립되었다고 볼 수 없다 는 의견이다.
(4) AAA은 쟁점구간과 연결된 쟁점외구간인 일반철도구간에 시공사로 참여하면서 당초 부가가치세 일반세율을 적용ㆍ신고한 후, 쟁점공단으로부터 부가가치세 영세율 적용대상 변경통보에 따라 2015년 8월경 OOO서장에 과다납부한 부가가치세의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 청구주장이 받아들여져 감액(환급)경정된 것으로 확인된다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점철도건설용역이 부가가치세 영세율 적용대상이므로 이 건 처분이 부당하다고 주장하나, 국토교통부장관이 2014년부터 3회에 걸쳐 이 건 철도건설사업의 노선형태를 일반철도로 고시한 점, 통보청이 기획재정부에 질의․회신한 자료에 의하면, 쟁점철도건설용역이 조특법 제105조 제1항 제3호의 부가가치세 영세율 적용대상에 해당하지 아니한다고 해석한 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점가산세를 감면할 만한 정당한 사유가 있다고 보기 어려우므로 이 건 처분이 정당하다는 의견이나, 가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부를 의무지우고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 게을리 하였을 때 가해지는 일종의 행정상의 제재인 점, 쟁점공단이 쟁점철도건설용역이 부가가치세 영세율 적용대상이라고 입찰공고를 하였을 뿐 아니라 사업현장설명에서도 동일한 내용으로 설명한 것으로 확인되는 점, AAA이 시공사로 참여한 쟁점구간과 연결된 쟁점외구간의 일반철도구간에 대하여 OOO서장이 부가가치세 영세율 적용대상으로 보아 청구주장을 받아들여 부가가치세를 감액(환급)경정한 점, 국토교통부(구 건설교통부)의 2006년 기본계획보고서 및 쟁점공단의 2017년 실시설계보고서에 의하면, 쟁점구간인 1단계는 전동열차가 운행되는 것으로 기재되어 있는 점, 쟁점공단은 2019.8.13. 쟁점구간에 대한 책임건설사업관리단(OOO사업단장)의 쟁점철도건설용역이 부가가치세 영세율 적용대상인지 여부에 대한 질의에 대하여 조특법 상 부가가치세 영세율 적용대상에 해당한다고 회신한 점, 쟁점공단이 청구법인에게 쟁점철도건설용역의 공급가액에 대하여 영세율세금계산서의 발급을 요구하면서 매 분기마다 그 확인서까지 발급하여 준 점, 청구법인이 쟁점철도건설용역에 대한 부가가치세 영세율 적용ㆍ신고로 인하여 어떠한 이익을 얻은 바가 없고, 조세를 탈루하거나 회피할 의도도 없었으며, 쟁점공단에 부당한 환급이 발생하는 등 조세 탈루를 방조한 사실도 나타나지 아니하는 점, 처분청 자신도 기획재정부 예규(부가가치세제과-329, 2020.7.30.)가 생산되기 전까지는 쟁점철도건설용역이 부가가치세 일반세율 적용대상인지, 영세율 적용대상인지에 대한 확신이 없었던 것으로 보이는 점 등을 감안할 때, 청구법인이 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석 상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로서 청구법인이 이 건 납세의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다 (대법원 2017.6.9. 선고, 2017두39228 판결 참조)고 보인다. 따라서 쟁점가산세를 감면할 만한 정당한 사유가 있음에도 처분청이 이를 가산하여 청구법인에게 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유가 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.